# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.023 0.005 0.001 0.044 0.103 0.045 0.177 0.012 0.001 0.037 0.554 2 P 0.009 0.011 0.001 0.232 0.064 0.090 0.118 0.003 0.001 0.034 0.439 3 R 0.008 0.006 0.001 0.352 0.094 0.166 0.055 0.001 0.001 0.065 0.251 4 C 0.006 0.005 0.002 0.527 0.111 0.106 0.040 0.001 0.001 0.036 0.166 5 F 0.018 0.018 0.002 0.440 0.109 0.141 0.049 0.003 0.001 0.037 0.182 6 F 0.049 0.017 0.002 0.300 0.082 0.108 0.071 0.007 0.001 0.042 0.321 7 D 0.024 0.012 0.002 0.237 0.074 0.151 0.095 0.004 0.001 0.051 0.350 8 I 0.028 0.012 0.006 0.153 0.091 0.171 0.135 0.004 0.004 0.063 0.333 9 A 0.063 0.010 0.004 0.107 0.134 0.191 0.090 0.009 0.002 0.054 0.336 10 I 0.157 0.006 0.001 0.035 0.068 0.083 0.078 0.003 0.001 0.054 0.514 11 N 0.006 0.002 0.001 0.027 0.055 0.107 0.114 0.001 0.001 0.024 0.663 12 N 0.011 0.001 0.004 0.018 0.019 0.046 0.098 0.001 0.002 0.023 0.777 13 Q 0.142 0.002 0.002 0.013 0.095 0.075 0.121 0.020 0.002 0.124 0.404 14 P 0.135 0.002 0.001 0.014 0.009 0.018 0.110 0.002 0.001 0.068 0.641 15 A 0.009 0.002 0.001 0.031 0.017 0.047 0.123 0.001 0.001 0.035 0.732 16 G 0.003 0.001 0.001 0.054 0.094 0.181 0.126 0.001 0.001 0.068 0.471 17 R 0.001 0.003 0.001 0.099 0.189 0.259 0.063 0.001 0.001 0.071 0.314 18 V 0.001 0.001 0.001 0.155 0.296 0.356 0.020 0.001 0.001 0.057 0.113 19 V 0.002 0.002 0.001 0.248 0.260 0.313 0.020 0.001 0.001 0.044 0.111 20 F 0.005 0.001 0.001 0.200 0.297 0.334 0.017 0.001 0.001 0.066 0.080 21 E 0.004 0.005 0.001 0.201 0.231 0.334 0.048 0.001 0.001 0.042 0.132 22 L 0.095 0.021 0.008 0.104 0.095 0.155 0.085 0.007 0.009 0.034 0.386 23 F 0.521 0.086 0.002 0.019 0.020 0.025 0.045 0.049 0.003 0.061 0.169 24 S 0.243 0.018 0.002 0.011 0.009 0.017 0.081 0.003 0.002 0.061 0.553 25 D 0.032 0.055 0.007 0.037 0.018 0.041 0.117 0.002 0.001 0.037 0.653 26 V 0.029 0.062 0.002 0.011 0.046 0.028 0.101 0.005 0.001 0.119 0.596 27 C 0.047 0.586 0.002 0.005 0.014 0.010 0.043 0.023 0.001 0.038 0.233 28 P 0.058 0.740 0.002 0.003 0.003 0.005 0.020 0.008 0.001 0.013 0.148 29 K 0.039 0.499 0.008 0.010 0.008 0.015 0.036 0.007 0.003 0.180 0.195 30 T 0.057 0.552 0.006 0.007 0.006 0.011 0.045 0.009 0.002 0.158 0.147 31 C 0.084 0.580 0.015 0.016 0.010 0.014 0.031 0.015 0.004 0.094 0.137 32 E 0.043 0.546 0.007 0.031 0.013 0.017 0.060 0.006 0.002 0.054 0.221 33 N 0.031 0.512 0.004 0.026 0.013 0.025 0.074 0.009 0.002 0.039 0.266 34 F 0.067 0.372 0.009 0.042 0.020 0.037 0.080 0.033 0.002 0.104 0.232 35 R 0.070 0.102 0.007 0.050 0.028 0.059 0.087 0.007 0.003 0.280 0.308 36 C 0.035 0.069 0.021 0.090 0.031 0.078 0.114 0.004 0.010 0.225 0.324 37 L 0.095 0.022 0.021 0.068 0.031 0.059 0.122 0.008 0.010 0.140 0.424 38 C 0.237 0.013 0.004 0.056 0.040 0.058 0.095 0.007 0.004 0.110 0.376 39 T 0.042 0.003 0.001 0.020 0.008 0.025 0.115 0.002 0.001 0.038 0.745 40 G 0.029 0.002 0.001 0.016 0.004 0.014 0.096 0.003 0.001 0.032 0.801 41 E 0.053 0.004 0.001 0.014 0.011 0.020 0.143 0.006 0.001 0.092 0.654 42 K 0.039 0.004 0.001 0.018 0.008 0.016 0.121 0.002 0.001 0.059 0.732 43 G 0.053 0.004 0.001 0.019 0.019 0.029 0.117 0.002 0.001 0.064 0.691 44 T 0.031 0.003 0.001 0.011 0.024 0.035 0.124 0.003 0.001 0.054 0.714 45 G 0.061 0.007 0.002 0.018 0.012 0.025 0.165 0.005 0.001 0.060 0.646 46 K 0.092 0.005 0.001 0.015 0.019 0.034 0.128 0.009 0.001 0.071 0.624 47 S 0.106 0.003 0.001 0.008 0.014 0.020 0.106 0.002 0.001 0.035 0.706 48 T 0.012 0.002 0.001 0.016 0.031 0.049 0.140 0.002 0.001 0.019 0.729 49 Q 0.026 0.007 0.001 0.014 0.018 0.021 0.111 0.003 0.001 0.019 0.780 50 K 0.071 0.010 0.001 0.015 0.095 0.063 0.145 0.036 0.001 0.054 0.510 51 P 0.060 0.017 0.001 0.033 0.024 0.045 0.118 0.003 0.001 0.031 0.666 52 L 0.050 0.009 0.008 0.083 0.065 0.115 0.106 0.003 0.002 0.052 0.507 53 H 0.062 0.013 0.002 0.085 0.051 0.088 0.119 0.006 0.001 0.053 0.519 54 Y 0.207 0.020 0.002 0.048 0.038 0.042 0.105 0.005 0.001 0.043 0.489 55 K 0.018 0.013 0.001 0.122 0.066 0.090 0.133 0.004 0.001 0.024 0.529 56 S 0.007 0.008 0.001 0.061 0.064 0.149 0.111 0.003 0.001 0.035 0.560 57 C 0.012 0.017 0.002 0.174 0.250 0.171 0.077 0.002 0.001 0.045 0.248 58 L 0.020 0.016 0.003 0.203 0.159 0.228 0.062 0.004 0.001 0.052 0.252 59 F 0.033 0.021 0.002 0.129 0.161 0.245 0.053 0.006 0.001 0.074 0.275 60 H 0.032 0.005 0.001 0.189 0.098 0.175 0.083 0.002 0.001 0.053 0.361 61 R 0.010 0.003 0.003 0.127 0.139 0.210 0.103 0.001 0.002 0.049 0.353 62 V 0.022 0.002 0.003 0.107 0.077 0.110 0.123 0.002 0.002 0.035 0.516 63 V 0.281 0.013 0.002 0.047 0.061 0.051 0.105 0.013 0.002 0.074 0.352 64 K 0.051 0.009 0.001 0.048 0.019 0.028 0.150 0.005 0.001 0.059 0.628 65 D 0.008 0.005 0.001 0.097 0.034 0.090 0.147 0.004 0.001 0.078 0.535 66 F 0.010 0.004 0.001 0.233 0.108 0.163 0.095 0.002 0.001 0.124 0.259 67 M 0.012 0.002 0.002 0.312 0.100 0.116 0.079 0.001 0.001 0.103 0.273 68 V 0.014 0.002 0.001 0.330 0.081 0.125 0.084 0.001 0.001 0.079 0.282 69 Q 0.034 0.003 0.001 0.206 0.042 0.100 0.136 0.002 0.001 0.104 0.372 70 G 0.039 0.003 0.001 0.114 0.031 0.058 0.190 0.002 0.001 0.083 0.477 71 G 0.013 0.002 0.001 0.057 0.034 0.083 0.227 0.006 0.001 0.065 0.512 72 D 0.122 0.009 0.002 0.070 0.021 0.035 0.176 0.003 0.001 0.108 0.454 73 F 0.053 0.004 0.003 0.054 0.025 0.044 0.186 0.005 0.001 0.130 0.495 74 S 0.046 0.004 0.001 0.026 0.011 0.022 0.185 0.003 0.001 0.069 0.631 75 E 0.155 0.006 0.001 0.023 0.015 0.025 0.160 0.006 0.001 0.091 0.517 76 G 0.048 0.003 0.001 0.016 0.006 0.012 0.188 0.004 0.001 0.070 0.653 77 N 0.032 0.002 0.001 0.017 0.009 0.024 0.191 0.004 0.001 0.055 0.664 78 G 0.064 0.004 0.001 0.024 0.014 0.028 0.182 0.003 0.001 0.072 0.608 79 R 0.054 0.006 0.001 0.021 0.018 0.029 0.180 0.002 0.001 0.052 0.637 80 G 0.035 0.014 0.001 0.026 0.021 0.041 0.186 0.005 0.001 0.057 0.613 81 G 0.050 0.030 0.001 0.030 0.033 0.056 0.196 0.008 0.001 0.069 0.527 82 E 0.049 0.023 0.002 0.049 0.073 0.130 0.171 0.007 0.001 0.083 0.414 83 S 0.058 0.023 0.004 0.059 0.075 0.140 0.130 0.003 0.001 0.070 0.437 84 I 0.082 0.024 0.004 0.061 0.062 0.113 0.131 0.007 0.002 0.074 0.440 85 Y 0.148 0.035 0.002 0.033 0.036 0.065 0.126 0.010 0.001 0.055 0.490 86 G 0.073 0.013 0.001 0.020 0.032 0.065 0.130 0.005 0.001 0.039 0.622 87 G 0.010 0.007 0.001 0.017 0.049 0.098 0.130 0.002 0.001 0.024 0.663 88 F 0.016 0.031 0.003 0.021 0.044 0.063 0.117 0.002 0.002 0.029 0.673 89 F 0.198 0.077 0.008 0.011 0.040 0.030 0.096 0.014 0.004 0.073 0.450 90 E 0.234 0.124 0.003 0.006 0.008 0.010 0.066 0.012 0.002 0.058 0.478 91 D 0.227 0.102 0.004 0.006 0.005 0.010 0.066 0.005 0.001 0.037 0.537 92 E 0.079 0.141 0.003 0.012 0.017 0.029 0.079 0.007 0.001 0.035 0.597 93 S 0.100 0.143 0.002 0.007 0.027 0.037 0.081 0.006 0.001 0.031 0.564 94 F 0.071 0.110 0.003 0.015 0.082 0.069 0.093 0.014 0.001 0.034 0.508 95 A 0.110 0.098 0.004 0.012 0.036 0.052 0.098 0.008 0.002 0.032 0.549 96 V 0.106 0.066 0.003 0.021 0.044 0.051 0.094 0.011 0.001 0.043 0.560 97 K 0.142 0.057 0.004 0.026 0.036 0.060 0.102 0.005 0.002 0.033 0.534 98 H 0.034 0.036 0.006 0.040 0.028 0.047 0.098 0.003 0.002 0.024 0.682 99 N 0.069 0.101 0.002 0.023 0.041 0.052 0.104 0.010 0.001 0.042 0.556 100 A 0.120 0.194 0.002 0.033 0.033 0.031 0.097 0.009 0.001 0.044 0.437 101 A 0.009 0.082 0.002 0.097 0.072 0.111 0.117 0.002 0.001 0.080 0.426 102 F 0.003 0.369 0.002 0.061 0.108 0.180 0.041 0.003 0.001 0.035 0.197 103 L 0.028 0.422 0.003 0.057 0.145 0.114 0.027 0.010 0.001 0.034 0.160 104 L 0.013 0.290 0.007 0.102 0.138 0.118 0.030 0.004 0.002 0.088 0.208 105 S 0.042 0.124 0.015 0.058 0.059 0.088 0.047 0.010 0.010 0.371 0.177 106 M 0.189 0.055 0.037 0.058 0.029 0.044 0.058 0.029 0.020 0.302 0.178 107 A 0.179 0.019 0.007 0.061 0.043 0.064 0.104 0.008 0.006 0.099 0.409 108 N 0.037 0.005 0.001 0.046 0.019 0.045 0.123 0.001 0.001 0.035 0.687 109 R 0.008 0.002 0.001 0.064 0.014 0.032 0.143 0.002 0.001 0.041 0.694 110 G 0.118 0.007 0.001 0.036 0.022 0.029 0.172 0.005 0.001 0.109 0.500 111 K 0.021 0.002 0.001 0.025 0.006 0.014 0.179 0.003 0.001 0.051 0.696 112 D 0.097 0.004 0.002 0.023 0.004 0.012 0.145 0.003 0.001 0.055 0.653 113 T 0.120 0.004 0.003 0.034 0.009 0.025 0.160 0.004 0.001 0.143 0.496 114 N 0.061 0.003 0.001 0.022 0.008 0.027 0.178 0.002 0.001 0.069 0.627 115 G 0.029 0.003 0.001 0.034 0.036 0.098 0.182 0.003 0.001 0.085 0.529 116 S 0.007 0.002 0.001 0.050 0.076 0.178 0.170 0.002 0.001 0.083 0.432 117 Q 0.002 0.001 0.001 0.062 0.131 0.326 0.080 0.001 0.001 0.106 0.290 118 F 0.001 0.001 0.001 0.089 0.245 0.396 0.038 0.001 0.001 0.072 0.158 119 F 0.001 0.001 0.001 0.101 0.257 0.409 0.025 0.001 0.001 0.063 0.142 120 I 0.004 0.001 0.001 0.132 0.286 0.306 0.030 0.001 0.001 0.079 0.162 121 T 0.005 0.001 0.001 0.119 0.177 0.310 0.060 0.001 0.001 0.067 0.262 122 T 0.035 0.001 0.001 0.070 0.068 0.084 0.104 0.001 0.001 0.044 0.592 123 K 0.014 0.001 0.001 0.029 0.051 0.073 0.170 0.008 0.001 0.044 0.610 124 P 0.066 0.003 0.001 0.023 0.008 0.011 0.130 0.003 0.001 0.039 0.713 125 T 0.113 0.005 0.002 0.029 0.028 0.038 0.153 0.009 0.001 0.087 0.537 126 P 0.039 0.002 0.002 0.016 0.014 0.027 0.147 0.003 0.001 0.064 0.686 127 H 0.115 0.003 0.002 0.025 0.017 0.039 0.142 0.003 0.001 0.060 0.592 128 L 0.228 0.002 0.002 0.026 0.017 0.034 0.128 0.004 0.001 0.101 0.458 129 D 0.055 0.003 0.001 0.017 0.007 0.016 0.180 0.002 0.001 0.027 0.692 130 G 0.007 0.001 0.001 0.018 0.019 0.031 0.196 0.004 0.001 0.021 0.704 131 H 0.003 0.004 0.001 0.163 0.092 0.097 0.153 0.001 0.001 0.062 0.422 132 H 0.001 0.002 0.001 0.288 0.145 0.260 0.045 0.001 0.001 0.086 0.172 133 V 0.002 0.004 0.001 0.338 0.195 0.164 0.029 0.001 0.001 0.036 0.230 134 V 0.005 0.009 0.001 0.317 0.261 0.218 0.025 0.001 0.001 0.030 0.132 135 F 0.020 0.029 0.001 0.236 0.120 0.208 0.050 0.006 0.001 0.070 0.259 136 G 0.037 0.020 0.001 0.214 0.085 0.135 0.066 0.004 0.001 0.138 0.298 137 Q 0.034 0.038 0.009 0.087 0.104 0.135 0.114 0.004 0.007 0.193 0.273 138 V 0.111 0.043 0.007 0.053 0.067 0.080 0.112 0.007 0.003 0.096 0.422 139 I 0.133 0.148 0.005 0.040 0.042 0.044 0.073 0.009 0.003 0.169 0.333 140 S 0.033 0.465 0.001 0.006 0.006 0.011 0.060 0.004 0.001 0.084 0.328 141 G 0.006 0.864 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.003 0.001 0.014 0.094 142 Q 0.004 0.934 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.018 0.030 143 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 144 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 145 V 0.007 0.920 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.053 0.010 146 R 0.011 0.526 0.014 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.388 0.034 147 E 0.083 0.306 0.142 0.010 0.002 0.002 0.036 0.026 0.043 0.253 0.097 148 I 0.300 0.078 0.081 0.014 0.003 0.005 0.064 0.029 0.054 0.116 0.256 149 E 0.139 0.016 0.002 0.007 0.003 0.007 0.065 0.002 0.002 0.029 0.728 150 N 0.016 0.010 0.001 0.003 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.011 0.893 151 Q 0.033 0.004 0.001 0.004 0.007 0.017 0.103 0.006 0.001 0.030 0.795 152 K 0.033 0.030 0.003 0.007 0.009 0.019 0.102 0.001 0.002 0.026 0.768 153 T 0.026 0.008 0.006 0.006 0.006 0.014 0.069 0.005 0.003 0.014 0.842 154 D 0.707 0.022 0.001 0.002 0.004 0.006 0.021 0.020 0.001 0.043 0.173 155 A 0.376 0.008 0.001 0.004 0.002 0.004 0.040 0.001 0.001 0.031 0.532 156 A 0.004 0.003 0.001 0.008 0.005 0.015 0.071 0.001 0.001 0.008 0.884 157 S 0.018 0.004 0.001 0.004 0.022 0.017 0.065 0.001 0.001 0.014 0.852 158 K 0.097 0.001 0.001 0.004 0.100 0.031 0.108 0.017 0.001 0.071 0.572 159 P 0.026 0.001 0.001 0.011 0.014 0.025 0.125 0.002 0.001 0.022 0.773 160 F 0.025 0.002 0.001 0.037 0.012 0.031 0.104 0.001 0.001 0.024 0.765 161 A 0.005 0.002 0.001 0.083 0.138 0.093 0.130 0.001 0.001 0.038 0.509 162 E 0.001 0.001 0.001 0.143 0.130 0.246 0.078 0.002 0.001 0.038 0.360 163 V 0.001 0.001 0.001 0.387 0.144 0.141 0.033 0.001 0.001 0.046 0.247 164 R 0.001 0.001 0.001 0.529 0.184 0.185 0.012 0.001 0.001 0.031 0.056 165 I 0.007 0.001 0.001 0.385 0.131 0.157 0.028 0.001 0.001 0.047 0.242 166 L 0.008 0.001 0.001 0.352 0.168 0.145 0.038 0.002 0.001 0.022 0.264 167 S 0.056 0.004 0.001 0.128 0.084 0.137 0.094 0.006 0.001 0.042 0.447 168 C 0.017 0.002 0.001 0.081 0.125 0.249 0.096 0.012 0.001 0.024 0.393 169 G 0.042 0.003 0.001 0.104 0.115 0.185 0.092 0.001 0.001 0.026 0.432 170 E 0.006 0.002 0.001 0.084 0.221 0.217 0.081 0.001 0.001 0.019 0.368 171 L 0.005 0.004 0.002 0.066 0.055 0.060 0.103 0.001 0.001 0.013 0.690 172 I 0.208 0.021 0.003 0.027 0.087 0.059 0.103 0.034 0.003 0.086 0.369 173 P 0.161 0.040 0.004 0.019 0.004 0.008 0.095 0.005 0.002 0.066 0.595