# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.018 0.003 0.028 0.090 0.104 0.118 0.042 0.596 2 P 0.006 0.005 0.081 0.088 0.227 0.090 0.042 0.461 3 R 0.004 0.005 0.179 0.173 0.301 0.053 0.050 0.234 4 C 0.004 0.010 0.297 0.212 0.212 0.038 0.051 0.176 5 F 0.009 0.024 0.372 0.157 0.180 0.035 0.075 0.150 6 F 0.017 0.029 0.260 0.182 0.184 0.049 0.121 0.158 7 D 0.018 0.018 0.198 0.120 0.190 0.049 0.257 0.151 8 I 0.011 0.011 0.183 0.132 0.264 0.047 0.206 0.146 9 A 0.033 0.007 0.133 0.172 0.326 0.055 0.067 0.208 10 I 0.048 0.002 0.069 0.247 0.242 0.066 0.056 0.268 11 N 0.010 0.002 0.035 0.075 0.179 0.119 0.040 0.541 12 N 0.014 0.001 0.023 0.035 0.115 0.157 0.036 0.618 13 Q 0.132 0.002 0.021 0.041 0.036 0.142 0.066 0.558 14 P 0.207 0.009 0.024 0.031 0.047 0.125 0.061 0.496 15 A 0.021 0.006 0.028 0.016 0.062 0.105 0.021 0.742 16 G 0.013 0.010 0.095 0.110 0.359 0.092 0.032 0.288 17 R 0.002 0.005 0.113 0.181 0.325 0.043 0.046 0.285 18 V 0.001 0.004 0.146 0.399 0.358 0.016 0.021 0.055 19 V 0.004 0.008 0.232 0.246 0.390 0.013 0.047 0.061 20 F 0.008 0.010 0.204 0.380 0.255 0.017 0.049 0.079 21 E 0.004 0.009 0.273 0.232 0.325 0.018 0.070 0.067 22 L 0.036 0.026 0.177 0.137 0.198 0.061 0.099 0.266 23 F 0.472 0.053 0.046 0.077 0.073 0.036 0.088 0.155 24 S 0.094 0.023 0.016 0.017 0.028 0.066 0.071 0.685 25 D 0.016 0.021 0.015 0.012 0.034 0.129 0.026 0.745 26 V 0.023 0.026 0.016 0.020 0.024 0.108 0.068 0.715 27 C 0.089 0.258 0.014 0.028 0.019 0.093 0.101 0.398 28 P 0.073 0.369 0.016 0.006 0.012 0.059 0.050 0.417 29 K 0.021 0.247 0.036 0.028 0.020 0.057 0.334 0.258 30 T 0.034 0.855 0.011 0.003 0.004 0.009 0.050 0.033 31 C 0.053 0.856 0.009 0.003 0.003 0.012 0.024 0.040 32 E 0.011 0.778 0.024 0.013 0.013 0.019 0.032 0.110 33 N 0.015 0.860 0.012 0.003 0.010 0.012 0.041 0.047 34 F 0.051 0.774 0.018 0.009 0.012 0.018 0.065 0.053 35 R 0.049 0.129 0.074 0.082 0.064 0.036 0.442 0.124 36 C 0.020 0.082 0.039 0.050 0.074 0.088 0.254 0.393 37 L 0.125 0.054 0.086 0.064 0.128 0.108 0.092 0.342 38 C 0.140 0.014 0.041 0.111 0.132 0.108 0.056 0.399 39 T 0.023 0.004 0.009 0.016 0.047 0.078 0.026 0.797 40 G 0.032 0.004 0.013 0.044 0.085 0.133 0.039 0.650 41 E 0.034 0.005 0.018 0.061 0.068 0.155 0.055 0.605 42 K 0.049 0.005 0.015 0.028 0.036 0.117 0.029 0.721 43 G 0.070 0.005 0.016 0.033 0.042 0.088 0.043 0.702 44 T 0.027 0.004 0.017 0.034 0.048 0.088 0.079 0.703 45 G 0.041 0.007 0.030 0.042 0.064 0.104 0.067 0.644 46 K 0.135 0.009 0.020 0.065 0.086 0.087 0.042 0.555 47 S 0.040 0.005 0.015 0.039 0.051 0.074 0.027 0.748 48 T 0.012 0.007 0.032 0.050 0.150 0.127 0.028 0.594 49 Q 0.012 0.005 0.030 0.054 0.105 0.101 0.037 0.655 50 K 0.059 0.023 0.041 0.165 0.113 0.088 0.062 0.449 51 P 0.051 0.027 0.055 0.066 0.113 0.083 0.069 0.537 52 L 0.013 0.014 0.095 0.121 0.226 0.092 0.087 0.353 53 H 0.031 0.019 0.117 0.091 0.195 0.072 0.102 0.374 54 Y 0.106 0.036 0.060 0.128 0.120 0.084 0.101 0.365 55 K 0.026 0.036 0.060 0.067 0.146 0.104 0.043 0.519 56 S 0.019 0.048 0.071 0.050 0.188 0.105 0.066 0.453 57 C 0.019 0.042 0.090 0.153 0.249 0.071 0.095 0.281 58 L 0.020 0.031 0.106 0.270 0.287 0.043 0.069 0.173 59 F 0.018 0.032 0.064 0.209 0.332 0.040 0.081 0.224 60 H 0.025 0.027 0.075 0.202 0.260 0.045 0.083 0.282 61 R 0.005 0.009 0.092 0.327 0.272 0.053 0.047 0.196 62 V 0.016 0.010 0.077 0.060 0.107 0.100 0.071 0.559 63 V 0.319 0.032 0.060 0.081 0.055 0.078 0.163 0.212 64 K 0.064 0.019 0.036 0.024 0.041 0.145 0.055 0.616 65 D 0.008 0.011 0.064 0.018 0.072 0.095 0.094 0.637 66 F 0.003 0.005 0.343 0.109 0.189 0.065 0.157 0.130 67 M 0.011 0.005 0.350 0.115 0.158 0.053 0.110 0.198 68 V 0.051 0.003 0.389 0.175 0.106 0.052 0.057 0.167 69 Q 0.038 0.004 0.209 0.043 0.101 0.133 0.063 0.409 70 G 0.017 0.003 0.072 0.027 0.085 0.154 0.041 0.600 71 G 0.018 0.003 0.066 0.038 0.068 0.178 0.050 0.579 72 D 0.058 0.007 0.058 0.072 0.082 0.186 0.111 0.426 73 F 0.055 0.004 0.036 0.048 0.067 0.158 0.069 0.562 74 S 0.064 0.004 0.028 0.034 0.057 0.141 0.065 0.608 75 E 0.090 0.004 0.023 0.030 0.051 0.161 0.051 0.590 76 G 0.047 0.004 0.020 0.025 0.046 0.155 0.037 0.666 77 N 0.041 0.006 0.026 0.031 0.062 0.167 0.028 0.640 78 G 0.074 0.009 0.023 0.024 0.048 0.153 0.034 0.634 79 R 0.074 0.017 0.023 0.043 0.061 0.162 0.051 0.568 80 G 0.054 0.025 0.023 0.030 0.058 0.134 0.058 0.618 81 G 0.083 0.051 0.027 0.065 0.110 0.128 0.086 0.450 82 E 0.045 0.041 0.036 0.078 0.149 0.106 0.064 0.482 83 S 0.050 0.035 0.038 0.109 0.179 0.103 0.063 0.423 84 I 0.076 0.034 0.034 0.120 0.165 0.105 0.054 0.411 85 Y 0.073 0.037 0.024 0.063 0.123 0.095 0.043 0.542 86 G 0.097 0.063 0.021 0.056 0.093 0.106 0.038 0.526 87 G 0.031 0.053 0.024 0.056 0.081 0.117 0.039 0.598 88 F 0.064 0.091 0.016 0.029 0.038 0.115 0.040 0.607 89 F 0.159 0.124 0.026 0.034 0.031 0.076 0.206 0.345 90 E 0.126 0.175 0.013 0.016 0.021 0.087 0.106 0.456 91 D 0.189 0.223 0.013 0.011 0.016 0.059 0.071 0.417 92 E 0.070 0.206 0.011 0.019 0.026 0.094 0.033 0.541 93 S 0.065 0.150 0.017 0.017 0.040 0.082 0.058 0.572 94 F 0.096 0.133 0.016 0.038 0.048 0.103 0.104 0.464 95 A 0.044 0.050 0.036 0.045 0.060 0.108 0.246 0.410 96 V 0.088 0.060 0.025 0.035 0.045 0.109 0.121 0.518 97 K 0.114 0.069 0.027 0.030 0.047 0.099 0.061 0.553 98 H 0.027 0.048 0.018 0.015 0.026 0.102 0.026 0.739 99 N 0.069 0.234 0.026 0.020 0.038 0.096 0.051 0.466 100 A 0.052 0.294 0.025 0.031 0.044 0.089 0.092 0.374 101 A 0.009 0.140 0.073 0.040 0.084 0.086 0.324 0.245 102 F 0.009 0.336 0.092 0.069 0.124 0.031 0.258 0.082 103 L 0.042 0.454 0.119 0.075 0.113 0.039 0.067 0.090 104 L 0.018 0.069 0.357 0.111 0.122 0.032 0.212 0.080 105 S 0.040 0.130 0.174 0.076 0.123 0.056 0.248 0.153 106 M 0.162 0.073 0.138 0.050 0.081 0.091 0.144 0.261 107 A 0.138 0.031 0.037 0.032 0.050 0.172 0.064 0.475 108 N 0.057 0.013 0.016 0.014 0.029 0.111 0.056 0.703 109 R 0.024 0.005 0.009 0.008 0.014 0.140 0.032 0.767 110 G 0.088 0.011 0.021 0.026 0.033 0.183 0.193 0.444 111 K 0.036 0.006 0.014 0.015 0.021 0.162 0.037 0.710 112 D 0.203 0.006 0.017 0.008 0.016 0.115 0.045 0.590 113 T 0.255 0.015 0.018 0.011 0.012 0.115 0.094 0.479 114 N 0.057 0.014 0.021 0.008 0.028 0.188 0.021 0.663 115 G 0.031 0.012 0.032 0.013 0.064 0.141 0.034 0.674 116 S 0.014 0.016 0.094 0.135 0.238 0.138 0.075 0.290 117 Q 0.004 0.004 0.144 0.139 0.313 0.058 0.118 0.221 118 F 0.001 0.002 0.153 0.287 0.364 0.021 0.108 0.063 119 F 0.003 0.002 0.211 0.241 0.425 0.017 0.046 0.056 120 I 0.012 0.001 0.141 0.355 0.369 0.021 0.027 0.075 121 T 0.007 0.002 0.120 0.200 0.443 0.033 0.047 0.148 122 T 0.023 0.003 0.054 0.083 0.213 0.134 0.046 0.446 123 K 0.017 0.002 0.035 0.102 0.127 0.208 0.038 0.472 124 P 0.026 0.003 0.007 0.012 0.016 0.100 0.022 0.814 125 T 0.361 0.020 0.012 0.025 0.026 0.107 0.108 0.340 126 P 0.050 0.007 0.016 0.020 0.029 0.157 0.049 0.672 127 H 0.085 0.004 0.016 0.013 0.029 0.126 0.046 0.682 128 L 0.246 0.006 0.018 0.019 0.022 0.122 0.074 0.493 129 D 0.100 0.010 0.012 0.013 0.037 0.149 0.035 0.645 130 G 0.021 0.007 0.025 0.018 0.084 0.132 0.025 0.689 131 H 0.006 0.003 0.076 0.169 0.312 0.117 0.035 0.281 132 H 0.003 0.003 0.171 0.206 0.382 0.039 0.042 0.155 133 V 0.005 0.004 0.164 0.288 0.336 0.029 0.033 0.142 134 V 0.011 0.005 0.206 0.337 0.295 0.025 0.031 0.090 135 F 0.014 0.012 0.116 0.172 0.342 0.046 0.047 0.251 136 G 0.014 0.014 0.123 0.173 0.336 0.043 0.086 0.211 137 Q 0.010 0.021 0.140 0.291 0.283 0.045 0.071 0.139 138 V 0.051 0.045 0.101 0.101 0.166 0.072 0.063 0.401 139 I 0.135 0.047 0.091 0.178 0.133 0.063 0.085 0.267 140 S 0.037 0.140 0.020 0.035 0.072 0.081 0.049 0.565 141 G 0.024 0.599 0.007 0.005 0.017 0.031 0.039 0.277 142 Q 0.013 0.757 0.014 0.035 0.017 0.021 0.049 0.094 143 E 0.008 0.910 0.010 0.015 0.009 0.007 0.011 0.030 144 V 0.031 0.938 0.006 0.002 0.003 0.002 0.008 0.009 145 V 0.097 0.778 0.033 0.006 0.005 0.006 0.054 0.020 146 R 0.043 0.432 0.045 0.023 0.014 0.019 0.217 0.207 147 E 0.091 0.363 0.036 0.007 0.009 0.039 0.123 0.331 148 I 0.371 0.140 0.044 0.013 0.012 0.056 0.131 0.234 149 E 0.104 0.028 0.011 0.008 0.009 0.067 0.049 0.724 150 N 0.017 0.012 0.004 0.002 0.004 0.061 0.029 0.869 151 Q 0.038 0.031 0.014 0.013 0.012 0.181 0.031 0.680 152 K 0.106 0.022 0.017 0.014 0.018 0.158 0.048 0.617 153 T 0.096 0.014 0.015 0.008 0.008 0.098 0.079 0.682 154 D 0.389 0.022 0.014 0.010 0.012 0.074 0.065 0.413 155 A 0.193 0.006 0.008 0.008 0.010 0.083 0.038 0.652 156 A 0.013 0.002 0.009 0.009 0.021 0.107 0.018 0.821 157 S 0.020 0.001 0.011 0.009 0.031 0.101 0.024 0.802 158 K 0.052 0.002 0.025 0.061 0.044 0.173 0.058 0.585 159 P 0.024 0.003 0.032 0.020 0.039 0.108 0.030 0.744 160 F 0.037 0.005 0.047 0.028 0.059 0.144 0.064 0.615 161 A 0.011 0.006 0.140 0.106 0.167 0.100 0.060 0.409 162 E 0.004 0.005 0.238 0.089 0.221 0.064 0.060 0.319 163 V 0.002 0.003 0.349 0.187 0.224 0.036 0.053 0.146 164 R 0.004 0.003 0.505 0.179 0.199 0.017 0.041 0.052 165 I 0.009 0.005 0.449 0.129 0.162 0.039 0.070 0.137 166 L 0.021 0.004 0.415 0.133 0.149 0.060 0.049 0.169 167 S 0.096 0.007 0.124 0.094 0.182 0.086 0.106 0.305 168 C 0.024 0.003 0.067 0.039 0.104 0.109 0.045 0.609 169 G 0.014 0.002 0.090 0.172 0.316 0.098 0.036 0.271 170 E 0.006 0.001 0.039 0.087 0.180 0.097 0.055 0.536 171 L 0.019 0.002 0.056 0.128 0.146 0.110 0.047 0.493 172 I 0.136 0.006 0.028 0.082 0.092 0.117 0.079 0.459 173 P 0.057 0.007 0.012 0.019 0.030 0.094 0.038 0.742