# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.126 0.022 0.012 0.034 0.051 0.077 0.068 0.004 0.001 0.006 0.600 2 P 0.004 0.001 0.002 0.006 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.971 3 R 0.031 0.002 0.003 0.113 0.088 0.142 0.089 0.001 0.001 0.003 0.527 4 C 0.096 0.005 0.004 0.152 0.097 0.133 0.064 0.001 0.001 0.006 0.444 5 F 0.014 0.010 0.002 0.269 0.161 0.310 0.047 0.001 0.001 0.002 0.185 6 F 0.004 0.005 0.001 0.298 0.165 0.387 0.035 0.001 0.001 0.001 0.105 7 D 0.013 0.011 0.001 0.290 0.124 0.248 0.037 0.001 0.001 0.003 0.274 8 I 0.016 0.013 0.002 0.212 0.252 0.312 0.032 0.001 0.001 0.004 0.156 9 A 0.012 0.014 0.002 0.184 0.261 0.336 0.042 0.001 0.001 0.003 0.145 10 I 0.012 0.009 0.002 0.111 0.244 0.373 0.042 0.002 0.001 0.003 0.203 11 N 0.015 0.007 0.002 0.078 0.221 0.387 0.058 0.003 0.001 0.003 0.224 12 N 0.043 0.005 0.006 0.039 0.107 0.169 0.067 0.003 0.001 0.007 0.554 13 Q 0.035 0.004 0.007 0.044 0.133 0.151 0.197 0.002 0.001 0.009 0.418 14 P 0.005 0.001 0.001 0.007 0.010 0.013 0.037 0.001 0.001 0.002 0.925 15 A 0.028 0.001 0.001 0.018 0.030 0.050 0.231 0.001 0.001 0.015 0.624 16 G 0.427 0.003 0.002 0.026 0.041 0.038 0.144 0.001 0.001 0.048 0.270 17 R 0.155 0.004 0.015 0.057 0.050 0.070 0.106 0.001 0.001 0.014 0.528 18 V 0.006 0.001 0.005 0.175 0.355 0.299 0.041 0.001 0.001 0.002 0.116 19 V 0.002 0.001 0.001 0.231 0.214 0.376 0.034 0.001 0.001 0.001 0.141 20 F 0.001 0.001 0.001 0.202 0.288 0.422 0.013 0.001 0.001 0.001 0.073 21 E 0.001 0.001 0.001 0.212 0.253 0.411 0.022 0.001 0.001 0.001 0.100 22 L 0.002 0.001 0.001 0.160 0.181 0.387 0.043 0.001 0.001 0.002 0.223 23 F 0.005 0.001 0.001 0.230 0.180 0.285 0.071 0.001 0.001 0.004 0.223 24 S 0.006 0.002 0.001 0.052 0.040 0.078 0.117 0.001 0.001 0.005 0.700 25 D 0.028 0.004 0.001 0.019 0.011 0.023 0.233 0.001 0.001 0.011 0.669 26 V 0.431 0.019 0.004 0.016 0.013 0.018 0.159 0.003 0.001 0.031 0.307 27 C 0.323 0.078 0.015 0.014 0.015 0.024 0.199 0.002 0.001 0.009 0.320 28 P 0.006 0.012 0.004 0.003 0.002 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.949 29 K 0.022 0.031 0.001 0.009 0.012 0.025 0.080 0.001 0.001 0.001 0.817 30 T 0.154 0.124 0.001 0.004 0.009 0.011 0.104 0.001 0.001 0.003 0.589 31 C 0.054 0.643 0.001 0.011 0.017 0.032 0.039 0.002 0.001 0.002 0.199 32 E 0.024 0.721 0.001 0.008 0.008 0.029 0.049 0.002 0.001 0.002 0.157 33 N 0.064 0.725 0.001 0.002 0.002 0.005 0.031 0.007 0.001 0.001 0.162 34 F 0.063 0.883 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.036 35 R 0.030 0.906 0.006 0.002 0.003 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.034 36 C 0.033 0.796 0.007 0.003 0.011 0.017 0.008 0.023 0.001 0.001 0.101 37 L 0.106 0.761 0.003 0.006 0.009 0.010 0.002 0.025 0.001 0.001 0.079 38 C 0.109 0.715 0.013 0.007 0.014 0.019 0.008 0.018 0.001 0.001 0.096 39 T 0.048 0.341 0.025 0.021 0.046 0.074 0.034 0.024 0.001 0.001 0.385 40 G 0.080 0.111 0.011 0.030 0.026 0.049 0.069 0.023 0.001 0.004 0.597 41 E 0.273 0.069 0.030 0.018 0.014 0.020 0.139 0.008 0.001 0.013 0.415 42 K 0.105 0.057 0.023 0.021 0.017 0.021 0.178 0.004 0.001 0.009 0.564 43 G 0.075 0.048 0.015 0.028 0.032 0.038 0.144 0.003 0.001 0.008 0.608 44 T 0.108 0.053 0.006 0.022 0.045 0.071 0.138 0.002 0.001 0.008 0.546 45 G 0.048 0.032 0.003 0.018 0.062 0.075 0.076 0.002 0.001 0.005 0.678 46 K 0.097 0.036 0.005 0.025 0.058 0.085 0.116 0.002 0.001 0.009 0.566 47 S 0.070 0.028 0.004 0.021 0.049 0.065 0.152 0.004 0.001 0.009 0.597 48 T 0.101 0.030 0.005 0.035 0.039 0.060 0.140 0.005 0.001 0.013 0.571 49 Q 0.148 0.020 0.013 0.036 0.031 0.054 0.175 0.007 0.001 0.025 0.492 50 K 0.165 0.016 0.021 0.052 0.053 0.068 0.158 0.003 0.001 0.013 0.450 51 P 0.007 0.001 0.003 0.009 0.007 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.946 52 L 0.029 0.003 0.002 0.075 0.117 0.175 0.115 0.001 0.001 0.005 0.477 53 H 0.089 0.010 0.001 0.080 0.084 0.125 0.113 0.001 0.001 0.008 0.488 54 Y 0.055 0.029 0.002 0.115 0.121 0.185 0.088 0.002 0.001 0.007 0.397 55 K 0.044 0.017 0.002 0.087 0.102 0.155 0.180 0.002 0.001 0.010 0.403 56 S 0.126 0.013 0.004 0.069 0.040 0.065 0.143 0.003 0.001 0.023 0.513 57 C 0.118 0.013 0.021 0.123 0.106 0.130 0.158 0.002 0.001 0.022 0.306 58 L 0.022 0.008 0.011 0.126 0.173 0.175 0.154 0.001 0.001 0.008 0.323 59 F 0.010 0.007 0.003 0.167 0.195 0.314 0.066 0.001 0.001 0.003 0.234 60 H 0.011 0.007 0.001 0.175 0.262 0.394 0.037 0.001 0.001 0.002 0.111 61 R 0.017 0.009 0.001 0.095 0.212 0.267 0.063 0.001 0.001 0.004 0.330 62 V 0.023 0.009 0.004 0.132 0.181 0.369 0.061 0.002 0.001 0.006 0.214 63 V 0.014 0.005 0.002 0.119 0.201 0.317 0.116 0.002 0.001 0.006 0.218 64 K 0.003 0.001 0.001 0.021 0.020 0.034 0.021 0.001 0.001 0.002 0.897 65 D 0.020 0.001 0.001 0.058 0.065 0.124 0.134 0.001 0.001 0.010 0.586 66 F 0.357 0.003 0.005 0.069 0.083 0.078 0.086 0.001 0.001 0.024 0.294 67 M 0.045 0.010 0.005 0.149 0.136 0.178 0.122 0.001 0.001 0.005 0.349 68 V 0.007 0.004 0.001 0.203 0.227 0.376 0.055 0.001 0.001 0.002 0.126 69 Q 0.013 0.006 0.001 0.189 0.155 0.313 0.060 0.001 0.001 0.003 0.260 70 G 0.011 0.003 0.002 0.057 0.110 0.185 0.051 0.001 0.001 0.004 0.577 71 G 0.019 0.002 0.003 0.058 0.115 0.216 0.110 0.001 0.001 0.010 0.466 72 D 0.029 0.001 0.003 0.033 0.093 0.106 0.146 0.001 0.001 0.008 0.581 73 F 0.008 0.001 0.001 0.024 0.041 0.052 0.050 0.001 0.001 0.003 0.819 74 S 0.019 0.003 0.001 0.037 0.093 0.164 0.274 0.001 0.001 0.010 0.399 75 E 0.163 0.009 0.001 0.019 0.033 0.042 0.171 0.001 0.001 0.022 0.539 76 G 0.235 0.029 0.003 0.022 0.039 0.048 0.230 0.002 0.001 0.025 0.367 77 N 0.154 0.017 0.006 0.017 0.024 0.030 0.268 0.002 0.001 0.021 0.462 78 G 0.081 0.015 0.008 0.019 0.029 0.037 0.189 0.002 0.001 0.016 0.605 79 R 0.078 0.016 0.013 0.021 0.049 0.093 0.224 0.001 0.001 0.016 0.489 80 G 0.035 0.010 0.005 0.016 0.056 0.089 0.113 0.001 0.001 0.007 0.668 81 G 0.042 0.010 0.003 0.023 0.088 0.142 0.088 0.001 0.001 0.007 0.596 82 E 0.037 0.011 0.003 0.025 0.088 0.158 0.100 0.001 0.001 0.006 0.571 83 S 0.036 0.021 0.002 0.064 0.149 0.217 0.106 0.001 0.001 0.006 0.398 84 I 0.053 0.041 0.002 0.084 0.129 0.215 0.105 0.002 0.001 0.008 0.361 85 Y 0.071 0.067 0.004 0.081 0.119 0.198 0.116 0.004 0.001 0.010 0.331 86 G 0.100 0.054 0.007 0.048 0.063 0.117 0.138 0.005 0.001 0.013 0.454 87 G 0.094 0.032 0.012 0.027 0.035 0.058 0.104 0.004 0.001 0.010 0.624 88 F 0.096 0.023 0.015 0.023 0.042 0.062 0.100 0.004 0.001 0.009 0.627 89 F 0.068 0.020 0.010 0.029 0.070 0.114 0.107 0.002 0.001 0.007 0.573 90 E 0.040 0.018 0.003 0.023 0.044 0.071 0.069 0.002 0.001 0.003 0.728 91 D 0.056 0.030 0.002 0.017 0.036 0.056 0.103 0.002 0.001 0.005 0.693 92 E 0.115 0.051 0.002 0.015 0.028 0.044 0.192 0.003 0.001 0.015 0.535 93 S 0.222 0.066 0.005 0.015 0.020 0.030 0.299 0.006 0.001 0.027 0.311 94 F 0.210 0.090 0.017 0.020 0.020 0.022 0.177 0.004 0.001 0.016 0.424 95 A 0.093 0.085 0.013 0.020 0.037 0.046 0.201 0.003 0.001 0.011 0.491 96 V 0.090 0.076 0.013 0.027 0.068 0.116 0.138 0.003 0.001 0.008 0.460 97 K 0.060 0.088 0.004 0.026 0.065 0.094 0.080 0.004 0.001 0.004 0.573 98 H 0.089 0.081 0.004 0.018 0.054 0.084 0.091 0.006 0.001 0.008 0.565 99 N 0.141 0.069 0.006 0.017 0.051 0.083 0.138 0.008 0.001 0.014 0.472 100 A 0.135 0.052 0.020 0.031 0.028 0.048 0.103 0.007 0.001 0.017 0.560 101 A 0.062 0.038 0.023 0.049 0.030 0.049 0.119 0.003 0.001 0.013 0.615 102 F 0.052 0.054 0.011 0.103 0.095 0.138 0.204 0.002 0.001 0.014 0.326 103 L 0.046 0.226 0.010 0.136 0.089 0.187 0.089 0.002 0.001 0.005 0.211 104 L 0.007 0.226 0.001 0.173 0.188 0.298 0.029 0.001 0.001 0.001 0.074 105 S 0.013 0.374 0.001 0.098 0.098 0.186 0.044 0.002 0.001 0.002 0.181 106 M 0.049 0.475 0.003 0.054 0.076 0.114 0.039 0.007 0.001 0.002 0.181 107 A 0.032 0.596 0.003 0.073 0.072 0.110 0.037 0.020 0.001 0.005 0.052 108 N 0.185 0.277 0.018 0.012 0.024 0.054 0.144 0.061 0.001 0.030 0.194 109 R 0.136 0.155 0.213 0.019 0.019 0.027 0.073 0.042 0.001 0.007 0.309 110 G 0.204 0.025 0.020 0.015 0.021 0.015 0.140 0.062 0.001 0.018 0.480 111 K 0.070 0.004 0.365 0.004 0.005 0.005 0.028 0.001 0.001 0.005 0.515 112 D 0.008 0.004 0.002 0.027 0.040 0.036 0.167 0.003 0.001 0.002 0.711 113 T 0.204 0.010 0.002 0.028 0.024 0.022 0.165 0.001 0.001 0.028 0.515 114 N 0.082 0.027 0.001 0.015 0.016 0.022 0.430 0.002 0.001 0.027 0.378 115 G 0.258 0.018 0.004 0.022 0.015 0.019 0.307 0.005 0.001 0.091 0.260 116 S 0.614 0.017 0.013 0.041 0.013 0.011 0.127 0.003 0.001 0.056 0.104 117 Q 0.081 0.012 0.055 0.108 0.109 0.090 0.191 0.002 0.001 0.020 0.332 118 F 0.004 0.001 0.006 0.166 0.295 0.422 0.059 0.001 0.001 0.002 0.044 119 F 0.001 0.001 0.001 0.239 0.275 0.443 0.013 0.001 0.001 0.001 0.027 120 I 0.001 0.001 0.001 0.176 0.320 0.429 0.009 0.001 0.001 0.001 0.064 121 T 0.001 0.001 0.001 0.186 0.303 0.415 0.016 0.001 0.001 0.001 0.078 122 T 0.004 0.001 0.001 0.247 0.117 0.256 0.041 0.001 0.001 0.003 0.330 123 K 0.003 0.001 0.001 0.207 0.120 0.268 0.073 0.001 0.001 0.003 0.325 124 P 0.002 0.001 0.001 0.026 0.011 0.031 0.018 0.001 0.001 0.002 0.908 125 T 0.024 0.001 0.001 0.055 0.090 0.215 0.130 0.001 0.001 0.006 0.478 126 P 0.010 0.001 0.001 0.005 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.964 127 H 0.053 0.003 0.001 0.041 0.086 0.092 0.134 0.001 0.001 0.005 0.585 128 L 0.185 0.007 0.001 0.018 0.040 0.061 0.199 0.001 0.001 0.018 0.469 129 D 0.071 0.019 0.001 0.017 0.030 0.035 0.274 0.001 0.001 0.010 0.542 130 G 0.200 0.006 0.004 0.014 0.015 0.021 0.150 0.001 0.001 0.037 0.552 131 H 0.323 0.003 0.022 0.039 0.042 0.031 0.220 0.001 0.001 0.040 0.280 132 H 0.035 0.001 0.038 0.106 0.133 0.123 0.209 0.001 0.001 0.011 0.344 133 V 0.001 0.001 0.002 0.253 0.270 0.408 0.032 0.001 0.001 0.001 0.033 134 V 0.001 0.001 0.001 0.330 0.236 0.396 0.011 0.001 0.001 0.001 0.026 135 F 0.001 0.001 0.001 0.266 0.248 0.450 0.007 0.001 0.001 0.001 0.028 136 G 0.001 0.001 0.001 0.322 0.207 0.367 0.014 0.001 0.001 0.001 0.087 137 Q 0.002 0.001 0.001 0.328 0.215 0.316 0.024 0.001 0.001 0.002 0.112 138 V 0.003 0.002 0.001 0.218 0.148 0.257 0.058 0.001 0.001 0.004 0.310 139 I 0.008 0.004 0.001 0.172 0.172 0.376 0.069 0.001 0.001 0.006 0.191 140 S 0.022 0.015 0.002 0.071 0.087 0.190 0.127 0.002 0.001 0.005 0.478 141 G 0.065 0.017 0.003 0.018 0.017 0.035 0.081 0.002 0.001 0.007 0.755 142 Q 0.099 0.034 0.012 0.019 0.010 0.030 0.137 0.001 0.001 0.011 0.646 143 E 0.017 0.032 0.001 0.009 0.011 0.011 0.198 0.001 0.001 0.002 0.719 144 V 0.047 0.253 0.003 0.009 0.011 0.022 0.093 0.001 0.001 0.003 0.559 145 V 0.023 0.760 0.001 0.009 0.016 0.044 0.030 0.001 0.001 0.001 0.116 146 R 0.021 0.757 0.001 0.002 0.008 0.019 0.023 0.002 0.001 0.001 0.167 147 E 0.048 0.869 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.072 148 I 0.027 0.936 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 149 E 0.030 0.895 0.003 0.002 0.004 0.013 0.003 0.012 0.001 0.001 0.036 150 N 0.096 0.598 0.010 0.004 0.009 0.016 0.007 0.114 0.001 0.001 0.145 151 Q 0.413 0.368 0.027 0.006 0.006 0.006 0.005 0.054 0.001 0.001 0.114 152 K 0.142 0.118 0.092 0.018 0.036 0.030 0.046 0.031 0.001 0.003 0.484 153 T 0.021 0.023 0.066 0.023 0.039 0.053 0.079 0.004 0.001 0.002 0.691 154 D 0.038 0.023 0.002 0.064 0.055 0.065 0.164 0.003 0.001 0.003 0.582 155 A 0.101 0.021 0.002 0.018 0.012 0.016 0.190 0.002 0.001 0.014 0.624 156 A 0.140 0.024 0.003 0.015 0.010 0.015 0.382 0.002 0.001 0.027 0.381 157 S 0.452 0.022 0.007 0.025 0.009 0.012 0.202 0.005 0.001 0.043 0.223 158 K 0.339 0.025 0.016 0.028 0.025 0.022 0.201 0.002 0.001 0.018 0.324 159 P 0.004 0.001 0.004 0.004 0.007 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.953 160 F 0.017 0.002 0.002 0.038 0.092 0.284 0.152 0.001 0.001 0.006 0.406 161 A 0.088 0.004 0.002 0.045 0.130 0.192 0.075 0.001 0.001 0.008 0.455 162 E 0.027 0.005 0.001 0.064 0.128 0.210 0.047 0.001 0.001 0.004 0.514 163 V 0.016 0.001 0.003 0.201 0.238 0.335 0.042 0.001 0.001 0.003 0.160 164 R 0.007 0.001 0.001 0.472 0.200 0.208 0.033 0.001 0.001 0.001 0.076 165 I 0.002 0.002 0.001 0.368 0.172 0.270 0.031 0.001 0.001 0.001 0.153 166 L 0.001 0.001 0.001 0.375 0.200 0.350 0.024 0.001 0.001 0.001 0.048 167 S 0.006 0.003 0.001 0.221 0.143 0.240 0.077 0.001 0.001 0.004 0.306 168 C 0.014 0.004 0.002 0.182 0.107 0.168 0.077 0.001 0.001 0.009 0.437 169 G 0.028 0.003 0.002 0.109 0.106 0.161 0.189 0.001 0.001 0.014 0.386 170 E 0.055 0.004 0.004 0.055 0.065 0.086 0.127 0.001 0.001 0.012 0.590 171 L 0.041 0.009 0.007 0.074 0.088 0.182 0.122 0.001 0.001 0.009 0.467 172 I 0.041 0.008 0.003 0.057 0.116 0.184 0.147 0.001 0.001 0.005 0.438 173 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.972