# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.054 0.003 0.035 0.037 0.037 0.085 0.007 0.741 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 3 R 0.018 0.002 0.156 0.182 0.293 0.074 0.005 0.271 4 C 0.043 0.003 0.140 0.107 0.113 0.047 0.004 0.543 5 F 0.011 0.003 0.281 0.189 0.271 0.031 0.002 0.212 6 F 0.010 0.003 0.201 0.198 0.274 0.054 0.001 0.259 7 D 0.009 0.004 0.209 0.175 0.308 0.051 0.003 0.242 8 I 0.016 0.007 0.180 0.175 0.347 0.083 0.003 0.189 9 A 0.027 0.026 0.114 0.229 0.382 0.101 0.006 0.115 10 I 0.040 0.044 0.102 0.228 0.314 0.070 0.010 0.191 11 N 0.040 0.061 0.063 0.197 0.255 0.051 0.018 0.315 12 N 0.111 0.029 0.048 0.069 0.138 0.059 0.061 0.485 13 Q 0.122 0.018 0.037 0.075 0.100 0.156 0.028 0.463 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 15 A 0.011 0.005 0.016 0.049 0.075 0.110 0.009 0.725 16 G 0.259 0.009 0.067 0.106 0.057 0.064 0.048 0.389 17 R 0.201 0.002 0.098 0.057 0.093 0.133 0.006 0.410 18 V 0.022 0.001 0.149 0.297 0.260 0.052 0.001 0.217 19 V 0.007 0.001 0.154 0.275 0.499 0.019 0.001 0.044 20 F 0.001 0.001 0.168 0.341 0.427 0.008 0.001 0.054 21 E 0.001 0.001 0.265 0.272 0.408 0.010 0.001 0.042 22 L 0.003 0.004 0.137 0.284 0.439 0.028 0.001 0.103 23 F 0.010 0.006 0.158 0.149 0.465 0.057 0.004 0.151 24 S 0.017 0.010 0.066 0.081 0.169 0.101 0.008 0.549 25 D 0.059 0.013 0.024 0.016 0.041 0.135 0.025 0.687 26 V 0.288 0.016 0.012 0.009 0.015 0.179 0.039 0.442 27 C 0.178 0.037 0.031 0.037 0.023 0.160 0.021 0.512 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 K 0.009 0.022 0.026 0.032 0.082 0.198 0.002 0.628 30 T 0.037 0.160 0.018 0.017 0.023 0.077 0.004 0.665 31 C 0.039 0.542 0.018 0.018 0.059 0.054 0.005 0.265 32 E 0.061 0.496 0.012 0.010 0.016 0.136 0.006 0.262 33 N 0.087 0.649 0.003 0.005 0.005 0.053 0.011 0.187 34 F 0.034 0.876 0.005 0.004 0.005 0.007 0.007 0.062 35 R 0.007 0.916 0.004 0.007 0.011 0.008 0.004 0.041 36 C 0.009 0.898 0.006 0.013 0.017 0.006 0.004 0.048 37 L 0.046 0.826 0.008 0.026 0.039 0.010 0.012 0.033 38 C 0.066 0.779 0.013 0.055 0.031 0.006 0.017 0.033 39 T 0.052 0.530 0.073 0.101 0.077 0.018 0.031 0.118 40 G 0.102 0.161 0.038 0.082 0.098 0.038 0.055 0.427 41 E 0.206 0.053 0.032 0.039 0.053 0.108 0.035 0.475 42 K 0.036 0.030 0.024 0.032 0.034 0.111 0.017 0.716 43 G 0.074 0.035 0.037 0.054 0.057 0.113 0.023 0.609 44 T 0.072 0.016 0.037 0.044 0.059 0.133 0.010 0.629 45 G 0.061 0.016 0.029 0.063 0.093 0.108 0.009 0.622 46 K 0.064 0.016 0.032 0.053 0.092 0.156 0.007 0.580 47 S 0.040 0.013 0.016 0.040 0.053 0.142 0.007 0.688 48 T 0.113 0.019 0.021 0.045 0.077 0.152 0.017 0.555 49 Q 0.159 0.017 0.031 0.036 0.065 0.194 0.037 0.461 50 K 0.157 0.011 0.069 0.088 0.104 0.253 0.011 0.307 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 52 L 0.012 0.005 0.068 0.126 0.306 0.093 0.003 0.388 53 H 0.090 0.007 0.062 0.077 0.098 0.076 0.009 0.580 54 Y 0.066 0.016 0.133 0.114 0.250 0.074 0.006 0.340 55 K 0.037 0.020 0.096 0.096 0.128 0.131 0.006 0.486 56 S 0.044 0.014 0.061 0.037 0.047 0.063 0.015 0.719 57 C 0.174 0.015 0.110 0.056 0.076 0.133 0.019 0.417 58 L 0.043 0.012 0.086 0.061 0.088 0.135 0.007 0.568 59 F 0.016 0.021 0.076 0.139 0.248 0.078 0.004 0.418 60 H 0.028 0.041 0.069 0.172 0.296 0.087 0.006 0.300 61 R 0.052 0.044 0.105 0.182 0.210 0.070 0.010 0.326 62 V 0.061 0.054 0.072 0.139 0.204 0.074 0.011 0.386 63 V 0.042 0.081 0.095 0.167 0.370 0.048 0.009 0.188 64 K 0.010 0.040 0.031 0.031 0.091 0.053 0.006 0.737 65 D 0.053 0.052 0.032 0.032 0.046 0.091 0.033 0.662 66 F 0.718 0.015 0.032 0.021 0.011 0.023 0.065 0.116 67 M 0.055 0.016 0.673 0.052 0.039 0.028 0.023 0.115 68 V 0.006 0.008 0.592 0.088 0.110 0.028 0.007 0.161 69 Q 0.011 0.009 0.455 0.115 0.174 0.082 0.005 0.148 70 G 0.009 0.011 0.195 0.075 0.140 0.061 0.004 0.505 71 G 0.012 0.006 0.221 0.056 0.090 0.134 0.008 0.473 72 D 0.057 0.003 0.042 0.055 0.066 0.182 0.008 0.586 73 F 0.030 0.005 0.032 0.071 0.081 0.074 0.004 0.703 74 S 0.026 0.006 0.017 0.065 0.127 0.415 0.006 0.338 75 E 0.088 0.012 0.021 0.053 0.070 0.135 0.010 0.612 76 G 0.046 0.023 0.014 0.037 0.046 0.328 0.010 0.497 77 N 0.130 0.021 0.020 0.044 0.044 0.152 0.034 0.555 78 G 0.102 0.032 0.050 0.057 0.061 0.167 0.028 0.503 79 R 0.060 0.010 0.028 0.045 0.081 0.277 0.016 0.485 80 G 0.051 0.011 0.030 0.048 0.079 0.136 0.012 0.633 81 G 0.070 0.009 0.032 0.052 0.098 0.142 0.009 0.588 82 E 0.042 0.007 0.048 0.068 0.100 0.138 0.005 0.592 83 S 0.042 0.011 0.028 0.075 0.169 0.113 0.005 0.557 84 I 0.068 0.022 0.063 0.154 0.280 0.087 0.007 0.319 85 Y 0.044 0.025 0.046 0.109 0.224 0.134 0.007 0.410 86 G 0.083 0.025 0.037 0.088 0.203 0.098 0.014 0.452 87 G 0.050 0.017 0.025 0.033 0.050 0.091 0.009 0.727 88 F 0.053 0.015 0.018 0.022 0.038 0.115 0.009 0.730 89 F 0.114 0.028 0.038 0.034 0.076 0.136 0.008 0.565 90 E 0.040 0.029 0.020 0.022 0.055 0.127 0.007 0.701 91 D 0.049 0.047 0.016 0.014 0.037 0.075 0.008 0.755 92 E 0.147 0.081 0.021 0.013 0.026 0.216 0.017 0.480 93 S 0.144 0.140 0.020 0.021 0.024 0.256 0.030 0.365 94 F 0.238 0.151 0.046 0.034 0.039 0.050 0.029 0.413 95 A 0.092 0.082 0.046 0.026 0.054 0.168 0.010 0.524 96 V 0.107 0.099 0.054 0.047 0.103 0.135 0.012 0.442 97 K 0.077 0.183 0.038 0.050 0.075 0.118 0.012 0.447 98 H 0.107 0.120 0.048 0.041 0.060 0.124 0.022 0.478 99 N 0.131 0.150 0.051 0.037 0.042 0.116 0.021 0.451 100 A 0.082 0.113 0.081 0.034 0.054 0.131 0.020 0.484 101 A 0.032 0.070 0.039 0.020 0.029 0.167 0.011 0.631 102 F 0.108 0.123 0.085 0.035 0.054 0.193 0.020 0.381 103 L 0.069 0.360 0.172 0.063 0.084 0.081 0.010 0.161 104 L 0.032 0.416 0.159 0.075 0.156 0.051 0.009 0.102 105 S 0.054 0.441 0.098 0.079 0.173 0.044 0.010 0.101 106 M 0.095 0.422 0.056 0.083 0.127 0.035 0.027 0.156 107 A 0.167 0.340 0.069 0.073 0.106 0.038 0.045 0.162 108 N 0.227 0.130 0.039 0.062 0.074 0.073 0.098 0.298 109 R 0.224 0.084 0.093 0.046 0.059 0.062 0.062 0.370 110 G 0.125 0.034 0.046 0.034 0.056 0.228 0.026 0.451 111 K 0.020 0.007 0.015 0.010 0.009 0.045 0.004 0.890 112 D 0.022 0.039 0.051 0.041 0.063 0.119 0.009 0.656 113 T 0.104 0.017 0.042 0.020 0.026 0.159 0.018 0.614 114 N 0.040 0.012 0.023 0.015 0.017 0.608 0.015 0.270 115 G 0.224 0.030 0.034 0.029 0.031 0.185 0.043 0.424 116 S 0.123 0.017 0.048 0.019 0.030 0.511 0.011 0.241 117 Q 0.083 0.018 0.051 0.083 0.143 0.324 0.009 0.290 118 F 0.069 0.036 0.037 0.143 0.341 0.160 0.005 0.209 119 F 0.029 0.018 0.065 0.269 0.486 0.059 0.005 0.069 120 I 0.022 0.053 0.035 0.338 0.402 0.030 0.003 0.116 121 T 0.009 0.047 0.053 0.293 0.497 0.014 0.006 0.079 122 T 0.025 0.033 0.050 0.197 0.360 0.043 0.020 0.271 123 K 0.051 0.014 0.050 0.156 0.262 0.167 0.014 0.286 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 125 T 0.023 0.007 0.024 0.076 0.151 0.212 0.005 0.502 126 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 127 H 0.056 0.009 0.024 0.063 0.130 0.180 0.007 0.532 128 L 0.346 0.013 0.043 0.059 0.065 0.182 0.013 0.279 129 D 0.100 0.032 0.053 0.071 0.085 0.164 0.017 0.479 130 G 0.099 0.016 0.069 0.061 0.072 0.107 0.034 0.542 131 H 0.182 0.004 0.033 0.024 0.041 0.502 0.011 0.202 132 H 0.048 0.005 0.062 0.116 0.109 0.108 0.011 0.541 133 V 0.019 0.005 0.116 0.279 0.385 0.063 0.006 0.127 134 V 0.005 0.002 0.144 0.234 0.260 0.040 0.003 0.313 135 F 0.003 0.001 0.097 0.215 0.396 0.034 0.001 0.253 136 G 0.005 0.002 0.078 0.297 0.458 0.027 0.001 0.131 137 Q 0.016 0.002 0.154 0.189 0.307 0.050 0.003 0.278 138 V 0.009 0.005 0.110 0.177 0.258 0.060 0.002 0.381 139 I 0.012 0.019 0.120 0.247 0.367 0.055 0.003 0.178 140 S 0.006 0.025 0.034 0.064 0.110 0.087 0.003 0.670 141 G 0.040 0.044 0.024 0.029 0.069 0.082 0.016 0.695 142 Q 0.177 0.073 0.020 0.017 0.023 0.114 0.014 0.562 143 E 0.034 0.072 0.009 0.011 0.014 0.224 0.007 0.629 144 V 0.046 0.391 0.006 0.014 0.026 0.102 0.006 0.408 145 V 0.014 0.828 0.008 0.008 0.022 0.015 0.002 0.103 146 R 0.004 0.914 0.002 0.004 0.008 0.010 0.001 0.056 147 E 0.004 0.970 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 148 I 0.018 0.948 0.001 0.002 0.003 0.002 0.006 0.021 149 E 0.038 0.903 0.003 0.004 0.005 0.004 0.013 0.030 150 N 0.126 0.679 0.007 0.007 0.006 0.006 0.051 0.118 151 Q 0.375 0.275 0.046 0.014 0.014 0.021 0.072 0.182 152 K 0.065 0.198 0.035 0.029 0.018 0.069 0.025 0.561 153 T 0.021 0.072 0.072 0.035 0.038 0.054 0.010 0.697 154 D 0.030 0.070 0.043 0.036 0.047 0.102 0.008 0.665 155 A 0.052 0.035 0.026 0.014 0.020 0.219 0.011 0.623 156 A 0.088 0.035 0.012 0.011 0.015 0.413 0.026 0.400 157 S 0.405 0.095 0.018 0.016 0.013 0.070 0.084 0.299 158 K 0.302 0.027 0.052 0.044 0.039 0.204 0.018 0.315 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 F 0.015 0.002 0.026 0.097 0.421 0.105 0.003 0.331 161 A 0.080 0.002 0.032 0.086 0.104 0.097 0.006 0.592 162 E 0.027 0.002 0.045 0.074 0.097 0.058 0.004 0.692 163 V 0.075 0.003 0.194 0.150 0.187 0.062 0.003 0.327 164 R 0.006 0.001 0.556 0.198 0.145 0.017 0.002 0.076 165 I 0.002 0.001 0.299 0.136 0.241 0.018 0.001 0.302 166 L 0.001 0.001 0.684 0.106 0.177 0.008 0.001 0.024 167 S 0.003 0.003 0.263 0.142 0.192 0.078 0.002 0.317 168 C 0.008 0.002 0.328 0.052 0.195 0.053 0.004 0.358 169 G 0.040 0.004 0.134 0.117 0.135 0.188 0.008 0.375 170 E 0.045 0.003 0.075 0.049 0.077 0.083 0.012 0.656 171 L 0.071 0.012 0.106 0.105 0.214 0.085 0.015 0.392 172 I 0.045 0.011 0.049 0.096 0.160 0.104 0.006 0.529 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996