# TARGET T0290 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1354 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.026 0.009 0.001 0.003 0.254 0.009 0.698 2 P 0.035 0.002 0.001 0.001 0.027 0.002 0.932 3 R 0.642 0.006 0.001 0.003 0.150 0.004 0.193 4 C 0.957 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 5 F 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 6 F 0.951 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.037 7 D 0.748 0.002 0.004 0.004 0.030 0.006 0.205 8 I 0.623 0.004 0.017 0.011 0.116 0.045 0.184 9 A 0.620 0.010 0.029 0.029 0.104 0.078 0.130 10 I 0.648 0.018 0.029 0.033 0.051 0.113 0.108 11 N 0.525 0.020 0.021 0.023 0.084 0.225 0.102 12 N 0.408 0.008 0.014 0.006 0.176 0.210 0.178 13 Q 0.410 0.009 0.004 0.002 0.260 0.034 0.281 14 P 0.575 0.029 0.003 0.001 0.079 0.031 0.283 15 A 0.625 0.010 0.009 0.002 0.091 0.099 0.164 16 G 0.701 0.005 0.007 0.001 0.153 0.052 0.082 17 R 0.860 0.004 0.004 0.001 0.017 0.007 0.107 18 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 19 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 20 F 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 21 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 22 L 0.903 0.010 0.002 0.001 0.011 0.002 0.070 23 F 0.548 0.012 0.007 0.003 0.049 0.009 0.372 24 S 0.056 0.003 0.257 0.041 0.141 0.379 0.123 25 D 0.007 0.002 0.181 0.041 0.123 0.592 0.054 26 V 0.008 0.029 0.111 0.086 0.256 0.321 0.189 27 C 0.008 0.013 0.001 0.093 0.498 0.016 0.370 28 P 0.001 0.001 0.004 0.874 0.038 0.037 0.045 29 K 0.001 0.001 0.006 0.941 0.008 0.035 0.008 30 T 0.001 0.001 0.007 0.973 0.001 0.017 0.002 31 C 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 33 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 34 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 35 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 36 C 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 37 L 0.001 0.001 0.009 0.961 0.001 0.028 0.001 38 C 0.003 0.005 0.008 0.919 0.008 0.046 0.009 39 T 0.009 0.003 0.014 0.823 0.020 0.104 0.027 40 G 0.020 0.002 0.012 0.536 0.133 0.211 0.085 41 E 0.034 0.009 0.022 0.287 0.145 0.167 0.337 42 K 0.039 0.019 0.062 0.259 0.140 0.221 0.260 43 G 0.066 0.010 0.077 0.261 0.172 0.266 0.149 44 T 0.080 0.016 0.074 0.210 0.162 0.298 0.161 45 G 0.124 0.029 0.057 0.155 0.187 0.165 0.283 46 K 0.101 0.026 0.068 0.127 0.157 0.228 0.294 47 S 0.085 0.018 0.079 0.099 0.156 0.414 0.150 48 T 0.087 0.008 0.044 0.047 0.160 0.531 0.122 49 Q 0.114 0.022 0.037 0.032 0.225 0.238 0.333 50 K 0.218 0.058 0.045 0.036 0.179 0.098 0.367 51 P 0.278 0.041 0.059 0.032 0.127 0.138 0.325 52 L 0.280 0.033 0.073 0.029 0.146 0.164 0.273 53 H 0.261 0.053 0.056 0.028 0.109 0.128 0.364 54 Y 0.160 0.040 0.063 0.033 0.156 0.172 0.375 55 K 0.068 0.012 0.044 0.041 0.231 0.459 0.145 56 S 0.057 0.006 0.027 0.019 0.290 0.424 0.176 57 C 0.215 0.036 0.010 0.024 0.170 0.029 0.516 58 L 0.381 0.065 0.013 0.035 0.082 0.032 0.392 59 F 0.609 0.021 0.058 0.078 0.037 0.038 0.159 60 H 0.679 0.012 0.073 0.058 0.033 0.026 0.119 61 R 0.694 0.007 0.067 0.060 0.026 0.025 0.122 62 V 0.674 0.015 0.048 0.066 0.034 0.049 0.114 63 V 0.523 0.023 0.035 0.016 0.069 0.026 0.308 64 K 0.068 0.002 0.085 0.007 0.120 0.650 0.068 65 D 0.018 0.001 0.035 0.002 0.056 0.874 0.014 66 F 0.495 0.035 0.026 0.003 0.053 0.096 0.292 67 M 0.860 0.030 0.002 0.001 0.012 0.008 0.088 68 V 0.880 0.021 0.001 0.001 0.013 0.008 0.077 69 Q 0.736 0.017 0.004 0.001 0.048 0.034 0.160 70 G 0.388 0.012 0.008 0.003 0.160 0.168 0.261 71 G 0.178 0.033 0.012 0.003 0.275 0.201 0.297 72 D 0.095 0.046 0.024 0.008 0.244 0.101 0.483 73 F 0.073 0.046 0.057 0.016 0.205 0.329 0.273 74 S 0.050 0.056 0.073 0.028 0.192 0.368 0.233 75 E 0.048 0.036 0.070 0.022 0.291 0.265 0.268 76 G 0.058 0.030 0.049 0.025 0.246 0.308 0.284 77 N 0.059 0.063 0.055 0.024 0.273 0.263 0.264 78 G 0.053 0.030 0.032 0.019 0.338 0.212 0.316 79 R 0.058 0.044 0.033 0.031 0.223 0.290 0.321 80 G 0.057 0.033 0.035 0.042 0.268 0.184 0.381 81 G 0.104 0.031 0.069 0.072 0.182 0.198 0.345 82 E 0.179 0.061 0.082 0.096 0.150 0.135 0.297 83 S 0.196 0.055 0.080 0.095 0.164 0.101 0.309 84 I 0.171 0.035 0.074 0.132 0.102 0.201 0.285 85 Y 0.108 0.024 0.050 0.133 0.124 0.256 0.304 86 G 0.069 0.011 0.061 0.120 0.166 0.188 0.385 87 G 0.089 0.018 0.060 0.146 0.167 0.158 0.361 88 F 0.115 0.049 0.063 0.201 0.153 0.104 0.314 89 F 0.100 0.038 0.053 0.213 0.113 0.075 0.409 90 E 0.072 0.017 0.071 0.201 0.092 0.152 0.396 91 D 0.052 0.009 0.125 0.268 0.135 0.220 0.190 92 E 0.058 0.011 0.115 0.262 0.171 0.192 0.191 93 S 0.065 0.015 0.091 0.186 0.161 0.190 0.293 94 F 0.077 0.014 0.083 0.164 0.145 0.225 0.292 95 A 0.075 0.031 0.097 0.150 0.149 0.197 0.302 96 V 0.111 0.034 0.100 0.154 0.163 0.132 0.307 97 K 0.083 0.028 0.080 0.105 0.121 0.224 0.359 98 H 0.047 0.027 0.042 0.076 0.202 0.246 0.359 99 N 0.043 0.014 0.012 0.049 0.379 0.107 0.396 100 A 0.037 0.014 0.023 0.091 0.399 0.122 0.314 101 A 0.086 0.014 0.036 0.155 0.162 0.171 0.377 102 F 0.341 0.021 0.042 0.126 0.124 0.096 0.251 103 L 0.579 0.014 0.038 0.173 0.057 0.023 0.116 104 L 0.681 0.009 0.029 0.168 0.016 0.018 0.079 105 S 0.458 0.016 0.073 0.278 0.026 0.033 0.116 106 M 0.358 0.014 0.141 0.225 0.045 0.071 0.146 107 A 0.171 0.008 0.177 0.159 0.099 0.226 0.160 108 N 0.052 0.010 0.095 0.075 0.205 0.406 0.157 109 R 0.028 0.027 0.024 0.023 0.325 0.177 0.396 110 G 0.014 0.019 0.017 0.004 0.268 0.060 0.619 111 K 0.014 0.012 0.051 0.005 0.296 0.402 0.221 112 D 0.012 0.012 0.083 0.004 0.192 0.397 0.300 113 T 0.022 0.028 0.088 0.006 0.276 0.102 0.478 114 N 0.056 0.021 0.072 0.011 0.229 0.374 0.236 115 G 0.092 0.020 0.131 0.013 0.235 0.304 0.206 116 S 0.289 0.033 0.037 0.009 0.120 0.038 0.474 117 Q 0.729 0.023 0.016 0.008 0.043 0.030 0.151 118 F 0.908 0.006 0.006 0.006 0.012 0.010 0.053 119 F 0.916 0.005 0.005 0.006 0.009 0.006 0.052 120 I 0.896 0.024 0.004 0.006 0.008 0.003 0.060 121 T 0.794 0.018 0.006 0.006 0.023 0.009 0.144 122 T 0.488 0.016 0.012 0.009 0.142 0.045 0.287 123 K 0.207 0.011 0.014 0.010 0.273 0.102 0.383 124 P 0.071 0.022 0.026 0.007 0.301 0.135 0.438 125 T 0.087 0.037 0.048 0.018 0.260 0.054 0.496 126 P 0.075 0.018 0.171 0.036 0.145 0.257 0.297 127 H 0.097 0.027 0.171 0.030 0.120 0.302 0.253 128 L 0.071 0.027 0.116 0.023 0.213 0.307 0.242 129 D 0.030 0.013 0.031 0.011 0.280 0.509 0.127 130 G 0.021 0.002 0.021 0.004 0.272 0.559 0.121 131 H 0.145 0.008 0.015 0.002 0.328 0.241 0.260 132 H 0.709 0.034 0.004 0.001 0.035 0.019 0.198 133 V 0.904 0.007 0.001 0.001 0.008 0.003 0.077 134 V 0.934 0.007 0.002 0.001 0.007 0.004 0.046 135 F 0.913 0.004 0.004 0.004 0.012 0.008 0.055 136 G 0.828 0.003 0.009 0.012 0.037 0.018 0.093 137 Q 0.843 0.013 0.009 0.020 0.019 0.009 0.087 138 V 0.778 0.010 0.014 0.048 0.020 0.041 0.088 139 I 0.541 0.014 0.023 0.113 0.070 0.126 0.113 140 S 0.145 0.018 0.024 0.197 0.152 0.353 0.111 141 G 0.055 0.008 0.009 0.289 0.163 0.308 0.169 142 Q 0.007 0.002 0.008 0.909 0.019 0.026 0.030 143 E 0.003 0.001 0.009 0.958 0.007 0.013 0.009 144 V 0.002 0.001 0.006 0.974 0.003 0.011 0.003 145 V 0.003 0.001 0.004 0.981 0.003 0.006 0.003 146 R 0.003 0.001 0.006 0.975 0.003 0.008 0.004 147 E 0.002 0.001 0.010 0.962 0.006 0.015 0.006 148 I 0.004 0.002 0.021 0.934 0.006 0.025 0.008 149 E 0.010 0.002 0.022 0.788 0.017 0.146 0.016 150 N 0.006 0.002 0.015 0.606 0.017 0.331 0.023 151 Q 0.008 0.007 0.008 0.189 0.341 0.098 0.349 152 K 0.021 0.028 0.010 0.042 0.234 0.099 0.567 153 T 0.037 0.063 0.014 0.025 0.117 0.046 0.699 154 D 0.028 0.023 0.044 0.020 0.114 0.219 0.552 155 A 0.016 0.006 0.048 0.013 0.165 0.587 0.164 156 A 0.019 0.010 0.046 0.013 0.328 0.448 0.138 157 S 0.021 0.011 0.013 0.003 0.514 0.108 0.330 158 K 0.088 0.029 0.003 0.002 0.323 0.014 0.541 159 P 0.235 0.091 0.003 0.002 0.053 0.013 0.603 160 F 0.342 0.026 0.008 0.002 0.074 0.020 0.528 161 A 0.352 0.017 0.010 0.002 0.197 0.011 0.411 162 E 0.400 0.008 0.006 0.001 0.113 0.005 0.466 163 V 0.837 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.143 164 R 0.961 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 165 I 0.943 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 166 L 0.877 0.005 0.003 0.001 0.028 0.010 0.076 167 S 0.673 0.011 0.007 0.001 0.070 0.014 0.223 168 C 0.562 0.006 0.009 0.001 0.105 0.037 0.280 169 G 0.772 0.011 0.003 0.001 0.054 0.021 0.138 170 E 0.782 0.050 0.001 0.001 0.028 0.006 0.132 171 L 0.434 0.065 0.001 0.001 0.037 0.006 0.455 172 I 0.194 0.048 0.001 0.001 0.073 0.035 0.647 173 P 0.005 0.003 0.001 0.001 0.036 0.006 0.949