# TARGET T0290 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.023 0.334 0.370 0.003 0.033 0.017 0.021 0.001 0.196 0.001 0.001 2 P 0.037 0.009 0.880 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 3 R 0.089 0.440 0.352 0.024 0.037 0.035 0.003 0.002 0.016 0.001 0.002 4 C 0.017 0.792 0.110 0.007 0.048 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 5 F 0.019 0.740 0.133 0.009 0.037 0.030 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 6 F 0.026 0.649 0.138 0.009 0.091 0.036 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 7 D 0.060 0.343 0.319 0.019 0.058 0.130 0.016 0.002 0.046 0.001 0.006 8 I 0.055 0.673 0.164 0.015 0.041 0.027 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 9 A 0.062 0.574 0.271 0.012 0.030 0.031 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 10 I 0.092 0.671 0.089 0.030 0.026 0.036 0.003 0.001 0.052 0.001 0.001 11 N 0.102 0.175 0.132 0.171 0.082 0.049 0.227 0.010 0.042 0.010 0.001 12 N 0.073 0.067 0.114 0.188 0.066 0.053 0.269 0.127 0.015 0.025 0.002 13 Q 0.028 0.443 0.355 0.003 0.038 0.010 0.005 0.001 0.117 0.002 0.001 14 P 0.370 0.003 0.465 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 15 A 0.106 0.126 0.286 0.350 0.046 0.023 0.037 0.008 0.014 0.001 0.002 16 G 0.004 0.007 0.027 0.005 0.155 0.001 0.018 0.332 0.001 0.452 0.001 17 R 0.010 0.292 0.558 0.022 0.070 0.031 0.003 0.001 0.007 0.001 0.006 18 V 0.001 0.776 0.192 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 19 V 0.001 0.896 0.065 0.001 0.010 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 20 F 0.001 0.772 0.182 0.001 0.011 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 E 0.002 0.700 0.124 0.001 0.010 0.060 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 22 L 0.047 0.330 0.511 0.009 0.004 0.081 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 23 F 0.031 0.307 0.360 0.017 0.074 0.099 0.012 0.001 0.095 0.003 0.001 24 S 0.755 0.014 0.109 0.061 0.020 0.009 0.007 0.005 0.001 0.017 0.001 25 D 0.581 0.023 0.040 0.287 0.013 0.021 0.019 0.005 0.008 0.001 0.001 26 V 0.509 0.069 0.083 0.319 0.005 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 27 C 0.452 0.073 0.241 0.005 0.028 0.007 0.021 0.007 0.114 0.052 0.001 28 P 0.805 0.001 0.110 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 29 K 0.917 0.009 0.021 0.030 0.003 0.005 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 30 T 0.879 0.024 0.024 0.059 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 C 0.964 0.009 0.007 0.012 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.962 0.007 0.007 0.016 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.910 0.005 0.006 0.065 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 34 F 0.965 0.005 0.004 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.977 0.006 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 C 0.969 0.007 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.877 0.004 0.010 0.105 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 C 0.601 0.096 0.109 0.135 0.011 0.022 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 39 T 0.220 0.089 0.074 0.578 0.014 0.008 0.005 0.001 0.007 0.003 0.001 40 G 0.070 0.016 0.093 0.049 0.077 0.002 0.069 0.334 0.005 0.284 0.001 41 E 0.247 0.149 0.349 0.104 0.037 0.046 0.027 0.009 0.019 0.008 0.005 42 K 0.169 0.190 0.326 0.191 0.031 0.037 0.024 0.004 0.025 0.003 0.001 43 G 0.068 0.051 0.202 0.042 0.177 0.017 0.066 0.184 0.008 0.183 0.002 44 T 0.173 0.328 0.206 0.200 0.037 0.018 0.006 0.002 0.027 0.001 0.001 45 G 0.102 0.075 0.216 0.050 0.194 0.017 0.046 0.098 0.010 0.190 0.001 46 K 0.265 0.178 0.281 0.169 0.033 0.029 0.014 0.005 0.020 0.004 0.002 47 S 0.289 0.186 0.235 0.148 0.039 0.026 0.024 0.014 0.027 0.011 0.001 48 T 0.227 0.154 0.179 0.233 0.052 0.030 0.085 0.013 0.016 0.010 0.001 49 Q 0.157 0.083 0.195 0.277 0.030 0.056 0.132 0.030 0.028 0.009 0.002 50 K 0.020 0.295 0.510 0.002 0.027 0.011 0.007 0.001 0.124 0.002 0.001 51 P 0.085 0.008 0.796 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.075 52 L 0.107 0.205 0.466 0.074 0.028 0.077 0.017 0.006 0.018 0.001 0.001 53 H 0.109 0.426 0.177 0.081 0.109 0.031 0.025 0.008 0.028 0.007 0.001 54 Y 0.138 0.354 0.245 0.082 0.059 0.048 0.014 0.004 0.050 0.005 0.001 55 K 0.145 0.150 0.327 0.171 0.031 0.060 0.081 0.006 0.023 0.005 0.001 56 S 0.063 0.070 0.122 0.149 0.091 0.032 0.307 0.137 0.014 0.015 0.001 57 C 0.032 0.353 0.499 0.013 0.064 0.016 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 58 L 0.333 0.250 0.326 0.031 0.010 0.032 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 59 F 0.333 0.313 0.196 0.055 0.033 0.036 0.006 0.002 0.022 0.003 0.001 60 H 0.342 0.337 0.123 0.087 0.060 0.021 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 61 R 0.235 0.334 0.218 0.024 0.065 0.061 0.030 0.003 0.027 0.001 0.001 62 V 0.205 0.451 0.237 0.027 0.012 0.044 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 63 V 0.152 0.382 0.251 0.040 0.011 0.063 0.004 0.001 0.095 0.001 0.001 64 K 0.482 0.070 0.321 0.055 0.021 0.017 0.014 0.004 0.005 0.011 0.001 65 D 0.159 0.059 0.039 0.224 0.090 0.022 0.329 0.059 0.014 0.005 0.001 66 F 0.097 0.415 0.195 0.116 0.120 0.018 0.013 0.006 0.017 0.004 0.001 67 M 0.047 0.649 0.171 0.016 0.051 0.027 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 68 V 0.062 0.469 0.296 0.023 0.031 0.075 0.006 0.001 0.034 0.002 0.001 69 Q 0.070 0.418 0.190 0.094 0.030 0.070 0.019 0.002 0.106 0.001 0.001 70 G 0.070 0.096 0.156 0.080 0.277 0.016 0.081 0.074 0.011 0.135 0.002 71 G 0.071 0.066 0.141 0.044 0.276 0.010 0.029 0.123 0.007 0.229 0.003 72 D 0.059 0.151 0.410 0.068 0.080 0.116 0.025 0.004 0.070 0.008 0.009 73 F 0.456 0.071 0.174 0.153 0.034 0.045 0.029 0.011 0.015 0.007 0.007 74 S 0.347 0.144 0.127 0.291 0.037 0.021 0.009 0.007 0.011 0.006 0.001 75 E 0.174 0.101 0.170 0.298 0.080 0.019 0.077 0.032 0.032 0.017 0.001 76 G 0.098 0.023 0.069 0.076 0.076 0.006 0.098 0.314 0.005 0.233 0.001 77 N 0.107 0.041 0.160 0.272 0.032 0.043 0.276 0.026 0.028 0.014 0.002 78 G 0.131 0.039 0.181 0.106 0.085 0.010 0.088 0.238 0.003 0.116 0.003 79 R 0.198 0.181 0.218 0.291 0.043 0.016 0.022 0.006 0.017 0.006 0.001 80 G 0.027 0.011 0.090 0.031 0.099 0.002 0.081 0.232 0.003 0.422 0.001 81 G 0.132 0.043 0.261 0.058 0.148 0.010 0.034 0.174 0.003 0.131 0.005 82 E 0.196 0.267 0.276 0.151 0.070 0.014 0.006 0.003 0.012 0.004 0.001 83 S 0.122 0.270 0.355 0.048 0.145 0.024 0.009 0.005 0.012 0.009 0.002 84 I 0.248 0.326 0.187 0.148 0.035 0.029 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 85 Y 0.127 0.212 0.206 0.217 0.101 0.033 0.047 0.008 0.042 0.006 0.001 86 G 0.079 0.066 0.187 0.057 0.205 0.006 0.065 0.164 0.008 0.162 0.001 87 G 0.138 0.096 0.294 0.055 0.181 0.007 0.021 0.098 0.004 0.103 0.002 88 F 0.174 0.326 0.277 0.069 0.081 0.025 0.013 0.007 0.016 0.009 0.001 89 F 0.134 0.273 0.367 0.047 0.056 0.054 0.019 0.004 0.038 0.008 0.001 90 E 0.457 0.101 0.238 0.093 0.038 0.032 0.015 0.004 0.013 0.006 0.002 91 D 0.406 0.078 0.143 0.185 0.055 0.037 0.039 0.018 0.032 0.006 0.003 92 E 0.559 0.097 0.147 0.142 0.017 0.015 0.008 0.003 0.009 0.002 0.001 93 S 0.390 0.118 0.129 0.226 0.029 0.027 0.046 0.007 0.023 0.003 0.001 94 F 0.212 0.115 0.191 0.238 0.054 0.048 0.090 0.013 0.032 0.006 0.001 95 A 0.332 0.212 0.203 0.108 0.029 0.042 0.037 0.005 0.027 0.003 0.001 96 V 0.215 0.298 0.355 0.036 0.022 0.034 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 97 K 0.318 0.133 0.394 0.056 0.010 0.053 0.013 0.003 0.015 0.002 0.003 98 H 0.282 0.154 0.174 0.161 0.056 0.057 0.064 0.010 0.034 0.007 0.001 99 N 0.259 0.118 0.118 0.277 0.041 0.051 0.079 0.014 0.035 0.006 0.001 100 A 0.216 0.271 0.245 0.067 0.115 0.019 0.026 0.007 0.022 0.010 0.001 101 A 0.291 0.121 0.399 0.104 0.025 0.026 0.012 0.006 0.006 0.003 0.005 102 F 0.082 0.441 0.176 0.030 0.218 0.013 0.012 0.006 0.017 0.004 0.001 103 L 0.077 0.660 0.177 0.008 0.029 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 104 L 0.122 0.636 0.139 0.016 0.028 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 105 S 0.126 0.547 0.157 0.025 0.084 0.031 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 106 M 0.234 0.310 0.187 0.048 0.086 0.048 0.027 0.004 0.050 0.003 0.001 107 A 0.411 0.176 0.245 0.067 0.044 0.030 0.010 0.002 0.009 0.006 0.001 108 N 0.292 0.128 0.115 0.260 0.058 0.055 0.055 0.007 0.025 0.004 0.001 109 R 0.119 0.125 0.175 0.445 0.048 0.016 0.040 0.009 0.019 0.002 0.001 110 G 0.033 0.034 0.165 0.013 0.154 0.004 0.045 0.202 0.011 0.339 0.001 111 K 0.365 0.097 0.324 0.109 0.039 0.025 0.007 0.006 0.005 0.014 0.008 112 D 0.066 0.080 0.210 0.221 0.032 0.163 0.143 0.009 0.071 0.004 0.001 113 T 0.242 0.218 0.195 0.200 0.082 0.022 0.010 0.011 0.012 0.007 0.001 114 N 0.193 0.089 0.077 0.365 0.054 0.027 0.126 0.023 0.040 0.006 0.001 115 G 0.096 0.073 0.239 0.092 0.228 0.005 0.017 0.118 0.004 0.127 0.001 116 S 0.113 0.324 0.251 0.061 0.194 0.019 0.011 0.010 0.008 0.009 0.001 117 Q 0.071 0.522 0.171 0.087 0.082 0.029 0.009 0.002 0.025 0.003 0.001 118 F 0.015 0.703 0.096 0.007 0.147 0.012 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 119 F 0.013 0.752 0.152 0.003 0.029 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 120 I 0.022 0.780 0.125 0.006 0.015 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 121 T 0.023 0.622 0.152 0.018 0.101 0.055 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 122 T 0.098 0.364 0.163 0.217 0.044 0.040 0.009 0.001 0.059 0.003 0.001 123 K 0.011 0.412 0.327 0.001 0.122 0.011 0.020 0.001 0.091 0.003 0.001 124 P 0.158 0.003 0.467 0.016 0.001 0.119 0.001 0.001 0.002 0.001 0.234 125 T 0.025 0.355 0.407 0.005 0.077 0.016 0.010 0.001 0.101 0.001 0.002 126 P 0.266 0.010 0.663 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 127 H 0.209 0.070 0.203 0.390 0.020 0.031 0.016 0.016 0.041 0.001 0.001 128 L 0.111 0.193 0.408 0.124 0.015 0.106 0.007 0.001 0.033 0.002 0.001 129 D 0.039 0.076 0.209 0.292 0.019 0.066 0.214 0.005 0.073 0.006 0.001 130 G 0.028 0.002 0.014 0.021 0.021 0.001 0.069 0.686 0.001 0.157 0.001 131 H 0.202 0.306 0.242 0.150 0.050 0.017 0.012 0.006 0.012 0.002 0.001 132 H 0.029 0.351 0.456 0.039 0.042 0.043 0.013 0.002 0.022 0.002 0.001 133 V 0.014 0.603 0.313 0.006 0.021 0.030 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 134 V 0.018 0.809 0.108 0.006 0.030 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 135 F 0.014 0.733 0.078 0.035 0.080 0.028 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 136 G 0.004 0.154 0.068 0.002 0.737 0.001 0.005 0.011 0.002 0.014 0.001 137 Q 0.006 0.729 0.201 0.002 0.031 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 138 V 0.005 0.082 0.821 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 139 I 0.770 0.011 0.005 0.210 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.029 0.339 0.062 0.058 0.474 0.001 0.027 0.001 0.004 0.004 0.001 141 G 0.048 0.014 0.024 0.006 0.096 0.001 0.025 0.445 0.001 0.339 0.001 142 Q 0.773 0.042 0.134 0.011 0.017 0.007 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 143 E 0.981 0.002 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.919 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.935 0.006 0.038 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.313 0.003 0.014 0.625 0.003 0.008 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 151 Q 0.075 0.131 0.621 0.085 0.013 0.036 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 152 K 0.143 0.116 0.305 0.105 0.031 0.147 0.100 0.006 0.040 0.006 0.001 153 T 0.198 0.353 0.194 0.152 0.056 0.022 0.003 0.002 0.016 0.004 0.001 154 D 0.195 0.120 0.238 0.186 0.055 0.084 0.048 0.009 0.055 0.008 0.001 155 A 0.359 0.071 0.127 0.346 0.016 0.027 0.021 0.011 0.018 0.004 0.001 156 A 0.276 0.047 0.110 0.342 0.022 0.015 0.118 0.046 0.008 0.016 0.001 157 S 0.128 0.066 0.229 0.292 0.029 0.043 0.133 0.048 0.020 0.010 0.001 158 K 0.013 0.429 0.403 0.002 0.014 0.013 0.007 0.001 0.118 0.001 0.001 159 P 0.033 0.006 0.918 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 160 F 0.105 0.350 0.330 0.085 0.051 0.042 0.007 0.004 0.024 0.001 0.001 161 A 0.021 0.546 0.278 0.008 0.107 0.009 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 162 E 0.018 0.164 0.721 0.012 0.004 0.069 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 163 V 0.003 0.750 0.160 0.002 0.048 0.013 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 164 R 0.003 0.641 0.290 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 165 I 0.003 0.199 0.644 0.001 0.001 0.139 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 166 L 0.521 0.103 0.032 0.316 0.013 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 167 S 0.004 0.382 0.056 0.006 0.532 0.005 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 168 C 0.054 0.674 0.103 0.061 0.076 0.007 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 169 G 0.086 0.106 0.089 0.031 0.346 0.006 0.036 0.086 0.010 0.204 0.001 170 E 0.073 0.510 0.268 0.039 0.078 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 171 L 0.083 0.359 0.379 0.051 0.013 0.068 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 172 I 0.028 0.291 0.516 0.002 0.018 0.024 0.009 0.001 0.108 0.002 0.001 173 P 0.416 0.006 0.481 0.015 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.002 0.053