# TARGET T0290 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1354 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.103 0.235 0.140 0.038 0.229 0.026 0.036 0.049 0.052 0.052 0.040 2 P 0.142 0.246 0.095 0.011 0.333 0.006 0.011 0.033 0.034 0.043 0.045 3 R 0.126 0.270 0.049 0.004 0.442 0.006 0.016 0.031 0.024 0.015 0.017 4 C 0.251 0.101 0.013 0.002 0.555 0.002 0.004 0.015 0.007 0.010 0.042 5 F 0.220 0.116 0.023 0.011 0.499 0.013 0.021 0.036 0.010 0.018 0.034 6 F 0.250 0.129 0.022 0.009 0.497 0.006 0.006 0.017 0.007 0.016 0.042 7 D 0.271 0.112 0.020 0.014 0.402 0.021 0.036 0.039 0.012 0.016 0.056 8 I 0.220 0.158 0.017 0.003 0.524 0.005 0.007 0.018 0.007 0.012 0.028 9 A 0.353 0.050 0.004 0.002 0.508 0.004 0.012 0.024 0.005 0.004 0.035 10 I 0.212 0.046 0.016 0.052 0.175 0.222 0.118 0.039 0.015 0.040 0.065 11 N 0.060 0.233 0.073 0.154 0.190 0.088 0.073 0.043 0.022 0.034 0.030 12 N 0.091 0.024 0.011 0.033 0.035 0.027 0.021 0.020 0.085 0.490 0.164 13 Q 0.009 0.352 0.519 0.044 0.063 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 14 P 0.152 0.158 0.082 0.049 0.159 0.049 0.078 0.096 0.059 0.048 0.070 15 A 0.025 0.062 0.078 0.114 0.037 0.164 0.284 0.074 0.081 0.061 0.020 16 G 0.033 0.145 0.177 0.268 0.074 0.058 0.020 0.030 0.036 0.120 0.037 17 R 0.303 0.115 0.011 0.001 0.530 0.001 0.003 0.005 0.005 0.008 0.020 18 V 0.276 0.102 0.005 0.001 0.590 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 19 V 0.288 0.042 0.004 0.003 0.600 0.007 0.008 0.005 0.001 0.003 0.040 20 F 0.368 0.067 0.006 0.002 0.491 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.051 21 E 0.244 0.120 0.017 0.001 0.571 0.001 0.002 0.006 0.003 0.003 0.031 22 L 0.275 0.135 0.036 0.007 0.376 0.012 0.012 0.019 0.011 0.028 0.090 23 F 0.130 0.254 0.083 0.054 0.265 0.012 0.016 0.041 0.050 0.037 0.058 24 S 0.018 0.046 0.022 0.023 0.038 0.023 0.035 0.282 0.436 0.064 0.013 25 D 0.013 0.016 0.011 0.009 0.019 0.019 0.175 0.370 0.244 0.110 0.014 26 V 0.032 0.083 0.050 0.025 0.050 0.021 0.100 0.200 0.126 0.287 0.025 27 C 0.018 0.455 0.325 0.033 0.064 0.009 0.007 0.050 0.015 0.013 0.012 28 P 0.019 0.166 0.081 0.015 0.080 0.019 0.017 0.404 0.161 0.026 0.013 29 K 0.012 0.008 0.007 0.001 0.016 0.002 0.014 0.734 0.158 0.031 0.017 30 T 0.003 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.757 0.156 0.059 0.003 31 C 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.856 0.122 0.007 0.001 32 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.916 0.058 0.002 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.895 0.075 0.018 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.133 0.005 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.861 0.130 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.892 0.075 0.003 0.001 37 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.081 0.789 0.088 0.031 0.001 38 C 0.025 0.023 0.005 0.003 0.031 0.006 0.045 0.534 0.167 0.136 0.024 39 T 0.009 0.081 0.064 0.051 0.027 0.061 0.125 0.409 0.101 0.065 0.006 40 G 0.025 0.201 0.184 0.070 0.076 0.039 0.064 0.115 0.057 0.137 0.031 41 E 0.063 0.071 0.066 0.068 0.057 0.051 0.075 0.150 0.116 0.203 0.080 42 K 0.065 0.208 0.097 0.052 0.134 0.037 0.064 0.111 0.073 0.105 0.052 43 G 0.048 0.146 0.084 0.086 0.116 0.067 0.059 0.116 0.083 0.149 0.046 44 T 0.083 0.131 0.144 0.058 0.118 0.033 0.036 0.067 0.061 0.199 0.070 45 G 0.056 0.225 0.194 0.068 0.148 0.027 0.032 0.079 0.054 0.082 0.034 46 K 0.052 0.121 0.126 0.074 0.093 0.037 0.049 0.182 0.121 0.102 0.043 47 S 0.038 0.066 0.092 0.077 0.051 0.088 0.126 0.193 0.125 0.120 0.024 48 T 0.036 0.205 0.095 0.075 0.087 0.062 0.117 0.126 0.078 0.095 0.024 49 Q 0.060 0.037 0.039 0.069 0.056 0.036 0.032 0.055 0.085 0.392 0.138 50 K 0.051 0.261 0.248 0.124 0.113 0.037 0.033 0.042 0.033 0.034 0.024 51 P 0.113 0.144 0.081 0.069 0.166 0.047 0.059 0.070 0.067 0.096 0.088 52 L 0.112 0.132 0.097 0.047 0.165 0.024 0.054 0.088 0.111 0.120 0.051 53 H 0.169 0.136 0.074 0.039 0.197 0.028 0.040 0.071 0.051 0.117 0.077 54 Y 0.083 0.125 0.174 0.181 0.108 0.070 0.021 0.046 0.034 0.098 0.060 55 K 0.008 0.037 0.028 0.114 0.017 0.213 0.347 0.126 0.065 0.039 0.006 56 S 0.045 0.023 0.028 0.052 0.032 0.009 0.007 0.030 0.064 0.538 0.173 57 C 0.093 0.355 0.083 0.009 0.338 0.004 0.008 0.034 0.035 0.023 0.017 58 L 0.234 0.086 0.025 0.013 0.289 0.019 0.050 0.110 0.062 0.044 0.068 59 F 0.216 0.104 0.020 0.021 0.295 0.011 0.024 0.073 0.056 0.094 0.088 60 H 0.176 0.144 0.030 0.021 0.334 0.024 0.032 0.059 0.055 0.076 0.050 61 R 0.206 0.158 0.040 0.005 0.390 0.005 0.018 0.063 0.038 0.027 0.051 62 V 0.247 0.105 0.019 0.015 0.214 0.020 0.029 0.035 0.036 0.141 0.140 63 V 0.069 0.245 0.282 0.169 0.132 0.016 0.008 0.016 0.011 0.021 0.031 64 K 0.004 0.019 0.022 0.100 0.007 0.273 0.353 0.131 0.072 0.017 0.003 65 D 0.060 0.049 0.049 0.069 0.063 0.012 0.021 0.073 0.128 0.343 0.134 66 F 0.151 0.166 0.032 0.021 0.301 0.015 0.019 0.054 0.053 0.114 0.077 67 M 0.158 0.144 0.029 0.008 0.481 0.009 0.030 0.041 0.026 0.039 0.036 68 V 0.324 0.113 0.041 0.011 0.354 0.008 0.010 0.015 0.013 0.032 0.080 69 Q 0.130 0.128 0.071 0.091 0.182 0.063 0.062 0.052 0.040 0.092 0.088 70 G 0.053 0.176 0.144 0.098 0.129 0.035 0.039 0.061 0.070 0.137 0.057 71 G 0.055 0.155 0.121 0.128 0.111 0.062 0.054 0.047 0.067 0.137 0.063 72 D 0.102 0.218 0.143 0.036 0.257 0.020 0.028 0.050 0.050 0.050 0.047 73 F 0.105 0.078 0.035 0.015 0.098 0.013 0.033 0.127 0.196 0.224 0.077 74 S 0.032 0.206 0.157 0.084 0.095 0.056 0.126 0.094 0.056 0.076 0.019 75 E 0.048 0.125 0.136 0.150 0.083 0.066 0.038 0.057 0.052 0.169 0.076 76 G 0.043 0.132 0.159 0.144 0.074 0.058 0.064 0.079 0.075 0.128 0.044 77 N 0.050 0.127 0.140 0.102 0.079 0.062 0.063 0.071 0.058 0.187 0.060 78 G 0.047 0.118 0.136 0.119 0.078 0.053 0.054 0.087 0.081 0.165 0.062 79 R 0.042 0.145 0.153 0.134 0.082 0.075 0.082 0.070 0.052 0.121 0.045 80 G 0.044 0.098 0.172 0.158 0.082 0.047 0.033 0.072 0.065 0.159 0.070 81 G 0.084 0.147 0.084 0.032 0.153 0.026 0.039 0.128 0.134 0.126 0.047 82 E 0.081 0.154 0.108 0.039 0.148 0.019 0.037 0.119 0.127 0.115 0.052 83 S 0.098 0.162 0.079 0.016 0.204 0.013 0.034 0.120 0.106 0.120 0.047 84 I 0.102 0.085 0.037 0.021 0.143 0.036 0.090 0.210 0.108 0.123 0.045 85 Y 0.053 0.151 0.094 0.072 0.110 0.042 0.060 0.133 0.080 0.159 0.046 86 G 0.047 0.127 0.149 0.155 0.088 0.053 0.038 0.113 0.084 0.102 0.043 87 G 0.083 0.178 0.106 0.027 0.143 0.017 0.038 0.173 0.114 0.078 0.043 88 F 0.078 0.223 0.131 0.022 0.145 0.012 0.032 0.141 0.080 0.088 0.048 89 F 0.061 0.290 0.183 0.034 0.137 0.016 0.022 0.096 0.056 0.070 0.034 90 E 0.043 0.230 0.104 0.031 0.106 0.026 0.048 0.188 0.133 0.066 0.025 91 D 0.046 0.097 0.056 0.015 0.083 0.013 0.041 0.297 0.225 0.101 0.026 92 E 0.035 0.090 0.040 0.021 0.063 0.045 0.123 0.276 0.165 0.117 0.025 93 S 0.105 0.137 0.058 0.029 0.171 0.018 0.027 0.101 0.090 0.180 0.083 94 F 0.093 0.101 0.055 0.030 0.123 0.020 0.028 0.166 0.170 0.141 0.072 95 A 0.055 0.133 0.074 0.032 0.122 0.023 0.052 0.187 0.146 0.136 0.040 96 V 0.101 0.157 0.060 0.017 0.196 0.011 0.025 0.163 0.130 0.095 0.045 97 K 0.062 0.077 0.033 0.021 0.103 0.044 0.131 0.251 0.156 0.090 0.033 98 H 0.144 0.069 0.029 0.024 0.179 0.020 0.035 0.131 0.111 0.178 0.082 99 N 0.098 0.097 0.066 0.065 0.124 0.047 0.059 0.111 0.089 0.202 0.043 100 A 0.046 0.197 0.191 0.119 0.116 0.045 0.057 0.104 0.042 0.065 0.019 101 A 0.090 0.090 0.033 0.034 0.078 0.027 0.069 0.220 0.119 0.152 0.089 102 F 0.034 0.229 0.219 0.139 0.104 0.029 0.019 0.114 0.035 0.060 0.019 103 L 0.254 0.087 0.015 0.004 0.333 0.005 0.014 0.199 0.035 0.019 0.037 104 L 0.289 0.049 0.015 0.017 0.271 0.038 0.028 0.199 0.033 0.015 0.048 105 S 0.126 0.163 0.053 0.022 0.310 0.015 0.013 0.197 0.041 0.027 0.035 106 M 0.153 0.101 0.029 0.011 0.221 0.009 0.017 0.238 0.098 0.073 0.051 107 A 0.082 0.150 0.055 0.029 0.114 0.029 0.077 0.244 0.135 0.051 0.033 108 N 0.111 0.126 0.038 0.021 0.186 0.030 0.120 0.174 0.069 0.074 0.051 109 R 0.073 0.264 0.146 0.109 0.133 0.027 0.030 0.034 0.032 0.105 0.048 110 G 0.043 0.155 0.282 0.232 0.074 0.061 0.026 0.029 0.018 0.045 0.035 111 K 0.063 0.177 0.045 0.029 0.124 0.054 0.092 0.166 0.117 0.085 0.048 112 D 0.145 0.104 0.096 0.037 0.143 0.022 0.024 0.043 0.062 0.211 0.114 113 T 0.070 0.108 0.103 0.066 0.104 0.066 0.079 0.137 0.128 0.095 0.043 114 N 0.057 0.151 0.141 0.097 0.109 0.060 0.071 0.069 0.062 0.139 0.045 115 G 0.056 0.165 0.116 0.100 0.102 0.032 0.027 0.041 0.058 0.220 0.084 116 S 0.222 0.156 0.024 0.004 0.503 0.003 0.006 0.012 0.013 0.026 0.031 117 Q 0.255 0.113 0.018 0.019 0.443 0.028 0.027 0.018 0.014 0.021 0.042 118 F 0.278 0.070 0.007 0.002 0.588 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.043 119 F 0.217 0.128 0.013 0.004 0.594 0.004 0.003 0.005 0.002 0.004 0.025 120 I 0.227 0.109 0.013 0.001 0.595 0.002 0.003 0.004 0.003 0.006 0.036 121 T 0.330 0.086 0.014 0.003 0.476 0.003 0.005 0.006 0.004 0.012 0.061 122 T 0.178 0.111 0.042 0.038 0.203 0.024 0.026 0.037 0.059 0.185 0.099 123 K 0.029 0.390 0.315 0.042 0.158 0.012 0.015 0.016 0.011 0.008 0.005 124 P 0.159 0.147 0.044 0.018 0.195 0.024 0.034 0.036 0.070 0.152 0.120 125 T 0.094 0.299 0.123 0.013 0.387 0.004 0.006 0.013 0.020 0.016 0.025 126 P 0.052 0.113 0.042 0.021 0.118 0.027 0.072 0.227 0.244 0.061 0.023 127 H 0.112 0.084 0.041 0.013 0.105 0.025 0.102 0.185 0.121 0.157 0.056 128 L 0.070 0.062 0.051 0.103 0.069 0.103 0.060 0.104 0.108 0.187 0.085 129 D 0.013 0.122 0.177 0.314 0.040 0.079 0.112 0.066 0.044 0.026 0.007 130 G 0.014 0.027 0.036 0.066 0.014 0.045 0.048 0.130 0.225 0.345 0.050 131 H 0.060 0.211 0.048 0.015 0.190 0.015 0.052 0.108 0.157 0.104 0.040 132 H 0.268 0.084 0.011 0.005 0.470 0.003 0.007 0.015 0.026 0.049 0.061 133 V 0.210 0.116 0.013 0.001 0.626 0.001 0.003 0.005 0.002 0.005 0.018 134 V 0.412 0.050 0.012 0.011 0.363 0.020 0.009 0.014 0.005 0.018 0.086 135 F 0.122 0.048 0.029 0.195 0.122 0.055 0.047 0.038 0.037 0.166 0.141 136 G 0.043 0.217 0.273 0.180 0.120 0.027 0.019 0.023 0.014 0.058 0.025 137 Q 0.085 0.375 0.085 0.002 0.408 0.001 0.004 0.019 0.006 0.005 0.012 138 V 0.403 0.070 0.014 0.005 0.271 0.016 0.020 0.065 0.014 0.016 0.106 139 I 0.031 0.065 0.044 0.128 0.068 0.253 0.161 0.125 0.043 0.060 0.022 140 S 0.021 0.101 0.100 0.213 0.031 0.073 0.083 0.178 0.075 0.105 0.020 141 G 0.025 0.053 0.085 0.051 0.024 0.011 0.005 0.073 0.071 0.489 0.114 142 Q 0.027 0.109 0.015 0.009 0.092 0.014 0.017 0.471 0.212 0.021 0.013 143 E 0.015 0.015 0.006 0.002 0.016 0.001 0.016 0.846 0.068 0.007 0.007 144 V 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.847 0.101 0.036 0.001 145 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.875 0.101 0.007 0.001 146 R 0.003 0.009 0.004 0.002 0.004 0.001 0.006 0.900 0.068 0.003 0.002 147 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.839 0.125 0.017 0.001 148 I 0.009 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.656 0.264 0.040 0.006 149 E 0.002 0.006 0.001 0.002 0.005 0.011 0.077 0.633 0.245 0.018 0.001 150 N 0.019 0.019 0.003 0.003 0.027 0.008 0.059 0.317 0.154 0.370 0.021 151 Q 0.077 0.337 0.176 0.011 0.270 0.006 0.009 0.024 0.019 0.044 0.027 152 K 0.157 0.151 0.075 0.035 0.166 0.028 0.052 0.097 0.054 0.090 0.094 153 T 0.070 0.346 0.137 0.028 0.231 0.013 0.012 0.041 0.034 0.058 0.031 154 D 0.074 0.151 0.233 0.114 0.111 0.034 0.027 0.090 0.054 0.068 0.043 155 A 0.009 0.032 0.065 0.110 0.016 0.161 0.172 0.272 0.112 0.043 0.008 156 A 0.011 0.140 0.117 0.238 0.039 0.037 0.027 0.064 0.050 0.237 0.039 157 S 0.040 0.061 0.056 0.042 0.057 0.017 0.017 0.031 0.051 0.506 0.123 158 K 0.018 0.499 0.324 0.009 0.116 0.003 0.004 0.009 0.007 0.007 0.004 159 P 0.119 0.352 0.104 0.002 0.359 0.001 0.005 0.011 0.008 0.008 0.031 160 F 0.200 0.174 0.099 0.033 0.234 0.052 0.053 0.029 0.029 0.038 0.058 161 A 0.022 0.464 0.243 0.050 0.143 0.024 0.020 0.015 0.007 0.009 0.005 162 E 0.381 0.078 0.017 0.006 0.364 0.004 0.013 0.011 0.010 0.035 0.082 163 V 0.156 0.275 0.024 0.003 0.526 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 164 R 0.111 0.230 0.018 0.001 0.625 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 165 I 0.576 0.022 0.002 0.001 0.311 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 166 L 0.038 0.067 0.018 0.151 0.104 0.408 0.157 0.028 0.009 0.010 0.009 167 S 0.337 0.046 0.015 0.008 0.252 0.003 0.002 0.004 0.005 0.062 0.268 168 C 0.177 0.192 0.044 0.044 0.324 0.013 0.011 0.018 0.031 0.067 0.079 169 G 0.092 0.228 0.154 0.067 0.228 0.031 0.040 0.020 0.021 0.062 0.057 170 E 0.259 0.190 0.049 0.008 0.368 0.006 0.011 0.028 0.018 0.016 0.048 171 L 0.113 0.184 0.098 0.053 0.206 0.052 0.058 0.063 0.042 0.074 0.057 172 I 0.072 0.246 0.212 0.068 0.175 0.045 0.029 0.033 0.025 0.046 0.049 173 P 0.132 0.189 0.113 0.025 0.237 0.014 0.017 0.069 0.073 0.073 0.059