# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.073 0.011 0.001 0.014 0.060 0.034 0.153 0.019 0.001 0.045 0.591 2 P 0.020 0.012 0.001 0.066 0.062 0.095 0.136 0.005 0.001 0.034 0.568 3 R 0.026 0.009 0.003 0.123 0.059 0.143 0.095 0.002 0.001 0.064 0.477 4 C 0.019 0.008 0.003 0.207 0.152 0.130 0.083 0.002 0.001 0.047 0.348 5 F 0.060 0.030 0.003 0.159 0.076 0.113 0.097 0.006 0.001 0.041 0.414 6 F 0.052 0.015 0.002 0.104 0.095 0.102 0.091 0.010 0.001 0.038 0.492 7 D 0.016 0.009 0.001 0.128 0.088 0.182 0.094 0.004 0.001 0.037 0.440 8 I 0.019 0.009 0.005 0.134 0.123 0.221 0.103 0.003 0.002 0.055 0.325 9 A 0.042 0.007 0.003 0.134 0.167 0.208 0.066 0.006 0.001 0.048 0.317 10 I 0.127 0.005 0.001 0.048 0.085 0.092 0.070 0.002 0.001 0.050 0.519 11 N 0.005 0.001 0.001 0.037 0.061 0.105 0.106 0.001 0.001 0.020 0.663 12 N 0.009 0.001 0.003 0.023 0.019 0.043 0.093 0.001 0.002 0.020 0.785 13 Q 0.120 0.002 0.002 0.017 0.101 0.076 0.121 0.018 0.002 0.109 0.432 14 P 0.135 0.001 0.001 0.015 0.010 0.019 0.107 0.002 0.001 0.064 0.644 15 A 0.009 0.002 0.001 0.033 0.018 0.045 0.121 0.001 0.001 0.034 0.735 16 G 0.003 0.001 0.001 0.056 0.088 0.164 0.131 0.001 0.001 0.062 0.493 17 R 0.001 0.003 0.001 0.105 0.179 0.241 0.067 0.001 0.001 0.069 0.333 18 V 0.001 0.001 0.001 0.162 0.286 0.349 0.022 0.001 0.001 0.057 0.121 19 V 0.002 0.002 0.001 0.255 0.253 0.308 0.020 0.001 0.001 0.044 0.114 20 F 0.005 0.001 0.001 0.207 0.296 0.327 0.018 0.001 0.001 0.062 0.084 21 E 0.003 0.004 0.001 0.207 0.230 0.333 0.047 0.001 0.001 0.041 0.132 22 L 0.091 0.019 0.008 0.110 0.095 0.153 0.084 0.007 0.009 0.035 0.388 23 F 0.527 0.083 0.002 0.019 0.020 0.025 0.045 0.047 0.003 0.063 0.167 24 S 0.245 0.018 0.002 0.011 0.009 0.016 0.080 0.003 0.002 0.060 0.554 25 D 0.031 0.051 0.006 0.036 0.018 0.041 0.117 0.002 0.001 0.036 0.661 26 V 0.030 0.059 0.002 0.011 0.046 0.028 0.102 0.005 0.001 0.120 0.597 27 C 0.049 0.566 0.002 0.005 0.015 0.010 0.045 0.024 0.001 0.041 0.241 28 P 0.062 0.725 0.002 0.003 0.003 0.005 0.021 0.009 0.001 0.013 0.156 29 K 0.041 0.498 0.008 0.010 0.008 0.015 0.036 0.007 0.003 0.175 0.199 30 T 0.057 0.533 0.006 0.007 0.006 0.011 0.047 0.009 0.002 0.167 0.154 31 C 0.084 0.583 0.015 0.016 0.010 0.014 0.031 0.015 0.004 0.090 0.137 32 E 0.046 0.523 0.007 0.031 0.013 0.018 0.062 0.006 0.003 0.056 0.236 33 N 0.036 0.490 0.005 0.025 0.013 0.026 0.077 0.009 0.002 0.041 0.275 34 F 0.073 0.324 0.009 0.045 0.020 0.037 0.085 0.029 0.002 0.130 0.246 35 R 0.069 0.096 0.009 0.054 0.027 0.056 0.097 0.007 0.004 0.269 0.313 36 C 0.049 0.073 0.017 0.085 0.036 0.087 0.110 0.005 0.008 0.187 0.344 37 L 0.076 0.029 0.020 0.061 0.033 0.063 0.125 0.006 0.010 0.112 0.465 38 C 0.219 0.018 0.007 0.055 0.048 0.065 0.099 0.010 0.005 0.106 0.368 39 T 0.073 0.007 0.001 0.023 0.008 0.028 0.116 0.004 0.001 0.048 0.690 40 G 0.071 0.003 0.001 0.019 0.007 0.020 0.098 0.004 0.001 0.049 0.727 41 E 0.029 0.004 0.001 0.024 0.011 0.023 0.143 0.002 0.001 0.059 0.703 42 K 0.011 0.001 0.001 0.020 0.011 0.022 0.121 0.002 0.001 0.033 0.777 43 G 0.131 0.007 0.001 0.026 0.030 0.030 0.129 0.003 0.001 0.091 0.551 44 T 0.017 0.002 0.001 0.017 0.015 0.026 0.139 0.003 0.001 0.057 0.724 45 G 0.074 0.012 0.002 0.024 0.010 0.022 0.180 0.004 0.001 0.060 0.610 46 K 0.095 0.005 0.002 0.023 0.023 0.042 0.140 0.013 0.001 0.096 0.560 47 S 0.150 0.005 0.001 0.011 0.009 0.015 0.111 0.002 0.001 0.044 0.651 48 T 0.015 0.002 0.001 0.019 0.038 0.067 0.147 0.003 0.001 0.027 0.682 49 Q 0.030 0.008 0.001 0.012 0.012 0.016 0.119 0.002 0.001 0.020 0.780 50 K 0.082 0.010 0.001 0.015 0.099 0.076 0.150 0.035 0.001 0.066 0.466 51 P 0.058 0.013 0.001 0.027 0.021 0.042 0.125 0.003 0.001 0.031 0.679 52 L 0.043 0.006 0.007 0.058 0.067 0.123 0.115 0.003 0.002 0.049 0.527 53 H 0.102 0.013 0.002 0.061 0.045 0.075 0.121 0.007 0.001 0.060 0.513 54 Y 0.202 0.015 0.002 0.035 0.027 0.035 0.112 0.006 0.001 0.038 0.528 55 K 0.015 0.011 0.001 0.091 0.058 0.089 0.134 0.003 0.001 0.023 0.574 56 S 0.007 0.007 0.001 0.061 0.069 0.163 0.112 0.003 0.001 0.038 0.539 57 C 0.011 0.015 0.002 0.154 0.264 0.180 0.073 0.002 0.001 0.046 0.252 58 L 0.020 0.014 0.003 0.192 0.171 0.234 0.060 0.004 0.001 0.050 0.251 59 F 0.035 0.021 0.002 0.117 0.158 0.247 0.055 0.006 0.001 0.073 0.287 60 H 0.036 0.005 0.001 0.162 0.099 0.180 0.086 0.002 0.001 0.055 0.372 61 R 0.010 0.003 0.003 0.111 0.137 0.211 0.106 0.001 0.002 0.046 0.372 62 V 0.023 0.002 0.003 0.091 0.075 0.106 0.123 0.002 0.002 0.034 0.538 63 V 0.293 0.013 0.002 0.043 0.059 0.046 0.104 0.014 0.002 0.074 0.351 64 K 0.048 0.009 0.001 0.044 0.017 0.025 0.148 0.005 0.001 0.055 0.647 65 D 0.008 0.005 0.001 0.098 0.037 0.096 0.144 0.004 0.001 0.074 0.532 66 F 0.010 0.004 0.001 0.239 0.109 0.159 0.091 0.002 0.001 0.121 0.264 67 M 0.012 0.002 0.002 0.329 0.102 0.117 0.075 0.001 0.001 0.095 0.263 68 V 0.015 0.002 0.001 0.337 0.080 0.123 0.082 0.001 0.001 0.080 0.278 69 Q 0.040 0.003 0.001 0.204 0.041 0.098 0.133 0.002 0.001 0.100 0.377 70 G 0.034 0.002 0.001 0.113 0.028 0.056 0.191 0.003 0.001 0.080 0.491 71 G 0.015 0.002 0.001 0.061 0.032 0.076 0.219 0.005 0.001 0.064 0.526 72 D 0.083 0.006 0.001 0.076 0.023 0.041 0.190 0.003 0.001 0.113 0.463 73 F 0.052 0.003 0.002 0.057 0.029 0.045 0.174 0.004 0.001 0.129 0.505 74 S 0.040 0.003 0.001 0.034 0.012 0.027 0.200 0.003 0.001 0.074 0.604 75 E 0.164 0.006 0.001 0.026 0.014 0.022 0.152 0.005 0.001 0.084 0.524 76 G 0.056 0.003 0.001 0.019 0.008 0.013 0.201 0.004 0.001 0.074 0.620 77 N 0.016 0.001 0.001 0.019 0.010 0.026 0.223 0.005 0.001 0.046 0.652 78 G 0.103 0.006 0.001 0.048 0.019 0.041 0.188 0.004 0.001 0.097 0.492 79 R 0.067 0.005 0.001 0.038 0.020 0.034 0.178 0.002 0.001 0.066 0.588 80 G 0.019 0.007 0.001 0.033 0.022 0.060 0.191 0.004 0.001 0.049 0.613 81 G 0.062 0.023 0.001 0.047 0.031 0.056 0.184 0.005 0.001 0.087 0.504 82 E 0.039 0.010 0.003 0.051 0.065 0.105 0.215 0.006 0.001 0.108 0.397 83 S 0.069 0.012 0.004 0.055 0.047 0.097 0.147 0.004 0.002 0.077 0.485 84 I 0.190 0.013 0.003 0.046 0.034 0.062 0.128 0.007 0.001 0.091 0.425 85 Y 0.096 0.020 0.001 0.030 0.021 0.045 0.149 0.009 0.001 0.055 0.574 86 G 0.048 0.010 0.001 0.019 0.020 0.045 0.141 0.005 0.001 0.033 0.678 87 G 0.017 0.004 0.001 0.022 0.092 0.126 0.146 0.003 0.001 0.032 0.556 88 F 0.010 0.012 0.001 0.036 0.044 0.078 0.138 0.001 0.001 0.028 0.651 89 F 0.111 0.026 0.007 0.032 0.058 0.054 0.113 0.008 0.003 0.063 0.525 90 E 0.200 0.064 0.003 0.017 0.016 0.020 0.099 0.014 0.002 0.073 0.492 91 D 0.197 0.058 0.003 0.010 0.007 0.014 0.080 0.005 0.001 0.038 0.587 92 E 0.067 0.064 0.003 0.021 0.019 0.037 0.093 0.007 0.001 0.040 0.647 93 S 0.082 0.079 0.002 0.008 0.031 0.045 0.096 0.005 0.001 0.033 0.618 94 F 0.080 0.073 0.003 0.016 0.074 0.071 0.102 0.013 0.002 0.041 0.527 95 A 0.110 0.064 0.003 0.013 0.032 0.041 0.098 0.007 0.001 0.030 0.601 96 V 0.086 0.043 0.002 0.016 0.037 0.048 0.102 0.011 0.001 0.042 0.612 97 K 0.119 0.047 0.003 0.023 0.032 0.054 0.108 0.004 0.002 0.036 0.573 98 H 0.030 0.026 0.008 0.040 0.025 0.044 0.105 0.003 0.002 0.025 0.692 99 N 0.080 0.059 0.003 0.020 0.051 0.061 0.111 0.010 0.002 0.055 0.548 100 A 0.218 0.166 0.002 0.022 0.020 0.021 0.090 0.010 0.001 0.042 0.409 101 A 0.017 0.052 0.002 0.070 0.059 0.098 0.140 0.003 0.001 0.061 0.497 102 F 0.005 0.159 0.002 0.077 0.098 0.234 0.066 0.003 0.001 0.060 0.295 103 L 0.031 0.136 0.003 0.072 0.232 0.188 0.047 0.008 0.001 0.063 0.218 104 L 0.014 0.104 0.007 0.117 0.199 0.183 0.045 0.003 0.002 0.062 0.263 105 S 0.041 0.065 0.008 0.079 0.112 0.186 0.057 0.009 0.005 0.226 0.213 106 M 0.172 0.040 0.015 0.078 0.043 0.082 0.071 0.020 0.010 0.234 0.235 107 A 0.135 0.014 0.004 0.078 0.062 0.100 0.106 0.006 0.003 0.094 0.399 108 N 0.028 0.004 0.001 0.059 0.035 0.083 0.125 0.001 0.001 0.040 0.621 109 R 0.007 0.001 0.001 0.075 0.024 0.045 0.140 0.002 0.001 0.038 0.667 110 G 0.131 0.008 0.001 0.042 0.038 0.039 0.158 0.005 0.001 0.108 0.468 111 K 0.018 0.002 0.001 0.024 0.007 0.015 0.179 0.003 0.001 0.048 0.702 112 D 0.086 0.003 0.001 0.021 0.006 0.015 0.149 0.003 0.001 0.055 0.659 113 T 0.116 0.003 0.003 0.030 0.010 0.024 0.160 0.004 0.001 0.135 0.514 114 N 0.053 0.002 0.001 0.019 0.008 0.027 0.178 0.002 0.001 0.066 0.642 115 G 0.031 0.002 0.001 0.029 0.036 0.095 0.178 0.003 0.001 0.085 0.538 116 S 0.008 0.002 0.001 0.046 0.074 0.171 0.176 0.002 0.001 0.082 0.439 117 Q 0.002 0.001 0.001 0.060 0.126 0.321 0.084 0.001 0.001 0.102 0.303 118 F 0.001 0.001 0.001 0.090 0.244 0.397 0.038 0.001 0.001 0.072 0.157 119 F 0.001 0.001 0.001 0.101 0.254 0.406 0.026 0.001 0.001 0.065 0.145 120 I 0.004 0.001 0.001 0.133 0.290 0.308 0.029 0.001 0.001 0.076 0.159 121 T 0.005 0.001 0.001 0.119 0.175 0.310 0.059 0.001 0.001 0.065 0.264 122 T 0.032 0.001 0.001 0.068 0.074 0.091 0.103 0.001 0.001 0.042 0.587 123 K 0.012 0.001 0.001 0.028 0.051 0.076 0.170 0.008 0.001 0.041 0.614 124 P 0.077 0.004 0.001 0.023 0.009 0.012 0.128 0.004 0.001 0.042 0.700 125 T 0.129 0.006 0.002 0.028 0.027 0.037 0.144 0.009 0.001 0.092 0.526 126 P 0.039 0.002 0.002 0.014 0.013 0.026 0.142 0.003 0.001 0.063 0.694 127 H 0.117 0.003 0.003 0.023 0.017 0.040 0.135 0.003 0.001 0.060 0.599 128 L 0.269 0.001 0.001 0.021 0.016 0.031 0.116 0.004 0.001 0.100 0.440 129 D 0.054 0.002 0.001 0.014 0.006 0.015 0.171 0.002 0.001 0.024 0.711 130 G 0.005 0.001 0.001 0.014 0.017 0.029 0.189 0.004 0.001 0.017 0.725 131 H 0.003 0.004 0.001 0.148 0.098 0.103 0.152 0.001 0.001 0.059 0.432 132 H 0.001 0.002 0.001 0.274 0.151 0.265 0.044 0.001 0.001 0.083 0.178 133 V 0.002 0.004 0.001 0.329 0.199 0.163 0.028 0.001 0.001 0.033 0.240 134 V 0.005 0.009 0.001 0.308 0.267 0.214 0.026 0.001 0.001 0.031 0.138 135 F 0.020 0.027 0.001 0.240 0.120 0.194 0.051 0.007 0.001 0.068 0.272 136 G 0.033 0.019 0.001 0.214 0.082 0.128 0.066 0.004 0.001 0.141 0.311 137 Q 0.034 0.042 0.009 0.091 0.102 0.130 0.110 0.004 0.006 0.197 0.275 138 V 0.110 0.046 0.007 0.056 0.068 0.080 0.106 0.007 0.003 0.105 0.411 139 I 0.115 0.152 0.006 0.044 0.044 0.045 0.073 0.009 0.003 0.177 0.333 140 S 0.034 0.478 0.001 0.007 0.006 0.011 0.058 0.004 0.001 0.085 0.314 141 G 0.006 0.872 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.003 0.001 0.014 0.086 142 Q 0.005 0.924 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.021 0.035 143 E 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 144 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 145 V 0.010 0.892 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.071 0.013 146 R 0.015 0.517 0.017 0.006 0.002 0.002 0.015 0.003 0.006 0.371 0.047 147 E 0.094 0.272 0.141 0.011 0.002 0.003 0.042 0.028 0.042 0.249 0.116 148 I 0.295 0.063 0.073 0.016 0.003 0.006 0.070 0.026 0.050 0.115 0.281 149 E 0.130 0.013 0.002 0.007 0.003 0.007 0.065 0.002 0.002 0.026 0.742 150 N 0.015 0.007 0.001 0.003 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.010 0.897 151 Q 0.032 0.003 0.001 0.003 0.007 0.015 0.105 0.007 0.001 0.029 0.797 152 K 0.033 0.022 0.002 0.007 0.008 0.016 0.096 0.001 0.001 0.023 0.791 153 T 0.015 0.006 0.005 0.007 0.007 0.016 0.081 0.004 0.002 0.014 0.843 154 D 0.679 0.028 0.002 0.003 0.005 0.008 0.024 0.020 0.001 0.045 0.186 155 A 0.513 0.011 0.001 0.004 0.002 0.003 0.034 0.002 0.001 0.033 0.399 156 A 0.005 0.004 0.001 0.008 0.005 0.016 0.076 0.001 0.001 0.009 0.875 157 S 0.017 0.006 0.002 0.005 0.014 0.014 0.061 0.001 0.001 0.012 0.869 158 K 0.083 0.001 0.001 0.004 0.133 0.040 0.110 0.022 0.001 0.069 0.538 159 P 0.031 0.001 0.001 0.011 0.013 0.023 0.115 0.002 0.001 0.021 0.784 160 F 0.032 0.002 0.001 0.037 0.013 0.032 0.099 0.001 0.001 0.026 0.757 161 A 0.005 0.002 0.001 0.073 0.113 0.083 0.135 0.001 0.001 0.035 0.552 162 E 0.001 0.001 0.001 0.109 0.126 0.253 0.086 0.002 0.001 0.038 0.384 163 V 0.001 0.001 0.001 0.353 0.147 0.150 0.036 0.001 0.001 0.049 0.262 164 R 0.001 0.001 0.001 0.443 0.215 0.224 0.013 0.001 0.001 0.036 0.068 165 I 0.007 0.001 0.001 0.303 0.152 0.174 0.032 0.001 0.001 0.050 0.278 166 L 0.007 0.001 0.001 0.293 0.207 0.194 0.037 0.002 0.001 0.024 0.233 167 S 0.076 0.005 0.001 0.111 0.079 0.140 0.093 0.004 0.001 0.048 0.441 168 C 0.021 0.003 0.001 0.074 0.135 0.253 0.090 0.014 0.001 0.028 0.382 169 G 0.047 0.003 0.001 0.076 0.098 0.171 0.092 0.002 0.001 0.031 0.478 170 E 0.005 0.001 0.001 0.082 0.207 0.215 0.079 0.001 0.001 0.021 0.388 171 L 0.008 0.003 0.002 0.078 0.065 0.074 0.097 0.001 0.001 0.020 0.652 172 I 0.118 0.009 0.003 0.035 0.121 0.079 0.108 0.019 0.002 0.090 0.417 173 P 0.101 0.016 0.003 0.021 0.007 0.011 0.108 0.004 0.002 0.049 0.677