# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 2 P 0.098 0.019 0.011 0.026 0.012 0.021 0.814 3 R 0.304 0.025 0.031 0.049 0.142 0.068 0.381 4 C 0.457 0.017 0.028 0.033 0.100 0.052 0.313 5 F 0.594 0.015 0.012 0.041 0.060 0.027 0.251 6 F 0.611 0.007 0.010 0.034 0.059 0.020 0.259 7 D 0.672 0.004 0.011 0.048 0.067 0.018 0.180 8 I 0.686 0.009 0.030 0.079 0.046 0.031 0.118 9 A 0.741 0.010 0.016 0.073 0.020 0.045 0.093 10 I 0.713 0.037 0.019 0.044 0.030 0.055 0.102 11 N 0.548 0.014 0.010 0.018 0.066 0.198 0.147 12 N 0.275 0.018 0.011 0.006 0.274 0.209 0.208 13 Q 0.149 0.027 0.007 0.001 0.260 0.016 0.540 14 P 0.093 0.009 0.037 0.002 0.154 0.308 0.399 15 A 0.045 0.009 0.062 0.002 0.160 0.587 0.135 16 G 0.185 0.004 0.037 0.003 0.282 0.297 0.193 17 R 0.456 0.005 0.006 0.002 0.119 0.041 0.371 18 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 19 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 E 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 22 L 0.806 0.007 0.002 0.007 0.023 0.004 0.150 23 F 0.214 0.005 0.022 0.022 0.130 0.038 0.570 24 S 0.049 0.006 0.212 0.088 0.213 0.240 0.193 25 D 0.018 0.003 0.210 0.113 0.165 0.384 0.107 26 V 0.013 0.010 0.161 0.293 0.234 0.200 0.088 27 C 0.018 0.007 0.006 0.138 0.564 0.019 0.249 28 P 0.018 0.007 0.021 0.550 0.052 0.093 0.259 29 K 0.028 0.007 0.031 0.787 0.036 0.072 0.038 30 T 0.035 0.005 0.034 0.846 0.017 0.026 0.037 31 C 0.023 0.002 0.023 0.907 0.011 0.013 0.021 32 E 0.008 0.001 0.014 0.930 0.008 0.032 0.007 33 N 0.006 0.001 0.008 0.905 0.006 0.062 0.013 34 F 0.003 0.001 0.006 0.947 0.003 0.020 0.019 35 R 0.003 0.001 0.010 0.961 0.006 0.011 0.009 36 C 0.004 0.001 0.008 0.971 0.002 0.012 0.004 37 L 0.004 0.001 0.008 0.958 0.003 0.020 0.006 38 C 0.011 0.007 0.010 0.849 0.016 0.077 0.030 39 T 0.014 0.006 0.011 0.485 0.047 0.369 0.069 40 G 0.020 0.006 0.014 0.129 0.190 0.339 0.303 41 E 0.027 0.010 0.040 0.065 0.188 0.307 0.363 42 K 0.040 0.019 0.062 0.035 0.224 0.268 0.352 43 G 0.056 0.033 0.059 0.020 0.260 0.243 0.328 44 T 0.078 0.051 0.042 0.024 0.240 0.196 0.369 45 G 0.073 0.042 0.050 0.025 0.235 0.141 0.433 46 K 0.047 0.013 0.119 0.035 0.152 0.279 0.355 47 S 0.057 0.019 0.154 0.024 0.142 0.380 0.224 48 T 0.061 0.020 0.104 0.018 0.183 0.381 0.233 49 Q 0.060 0.010 0.051 0.008 0.342 0.316 0.213 50 K 0.133 0.013 0.013 0.006 0.295 0.024 0.516 51 P 0.358 0.024 0.016 0.011 0.059 0.021 0.511 52 L 0.593 0.041 0.030 0.017 0.060 0.025 0.234 53 H 0.545 0.022 0.028 0.028 0.045 0.057 0.274 54 Y 0.510 0.024 0.049 0.034 0.078 0.083 0.223 55 K 0.112 0.005 0.023 0.032 0.090 0.660 0.079 56 S 0.068 0.001 0.012 0.006 0.161 0.678 0.075 57 C 0.402 0.028 0.005 0.010 0.088 0.023 0.444 58 L 0.767 0.039 0.004 0.013 0.029 0.015 0.133 59 F 0.803 0.011 0.012 0.020 0.024 0.014 0.117 60 H 0.779 0.006 0.020 0.031 0.036 0.015 0.113 61 R 0.732 0.008 0.040 0.043 0.061 0.028 0.088 62 V 0.768 0.029 0.018 0.027 0.031 0.022 0.106 63 V 0.597 0.014 0.023 0.025 0.049 0.016 0.276 64 K 0.202 0.004 0.080 0.048 0.141 0.396 0.130 65 D 0.249 0.004 0.067 0.032 0.119 0.458 0.071 66 F 0.684 0.022 0.039 0.023 0.042 0.066 0.123 67 M 0.858 0.025 0.007 0.010 0.023 0.015 0.061 68 V 0.854 0.011 0.008 0.007 0.022 0.014 0.085 69 Q 0.702 0.023 0.006 0.006 0.058 0.039 0.166 70 G 0.298 0.020 0.005 0.003 0.192 0.082 0.399 71 G 0.179 0.039 0.004 0.002 0.312 0.050 0.413 72 D 0.135 0.064 0.004 0.002 0.078 0.021 0.695 73 F 0.053 0.019 0.062 0.015 0.154 0.467 0.230 74 S 0.043 0.034 0.061 0.018 0.144 0.523 0.177 75 E 0.042 0.034 0.060 0.020 0.266 0.380 0.198 76 G 0.045 0.044 0.016 0.008 0.316 0.232 0.340 77 N 0.061 0.049 0.020 0.005 0.272 0.304 0.289 78 G 0.064 0.059 0.020 0.004 0.272 0.343 0.238 79 R 0.085 0.103 0.020 0.006 0.242 0.181 0.363 80 G 0.083 0.057 0.016 0.005 0.282 0.233 0.325 81 G 0.099 0.032 0.023 0.010 0.221 0.135 0.481 82 E 0.171 0.071 0.045 0.024 0.176 0.075 0.439 83 S 0.189 0.059 0.055 0.026 0.119 0.089 0.463 84 I 0.209 0.068 0.086 0.032 0.141 0.182 0.282 85 Y 0.144 0.044 0.053 0.029 0.142 0.378 0.209 86 G 0.074 0.016 0.038 0.017 0.285 0.326 0.244 87 G 0.076 0.019 0.016 0.010 0.267 0.079 0.533 88 F 0.143 0.099 0.018 0.013 0.133 0.073 0.521 89 F 0.131 0.057 0.055 0.042 0.110 0.064 0.542 90 E 0.113 0.032 0.102 0.081 0.130 0.184 0.358 91 D 0.079 0.018 0.159 0.077 0.152 0.202 0.313 92 E 0.113 0.025 0.153 0.110 0.126 0.191 0.283 93 S 0.105 0.015 0.140 0.094 0.150 0.197 0.299 94 F 0.131 0.012 0.086 0.088 0.179 0.146 0.359 95 A 0.161 0.029 0.091 0.128 0.102 0.138 0.351 96 V 0.207 0.045 0.071 0.128 0.127 0.082 0.342 97 K 0.159 0.023 0.097 0.136 0.072 0.192 0.321 98 H 0.096 0.018 0.070 0.110 0.106 0.328 0.273 99 N 0.071 0.010 0.043 0.076 0.257 0.183 0.361 100 A 0.079 0.006 0.016 0.069 0.510 0.064 0.256 101 A 0.166 0.015 0.022 0.120 0.173 0.214 0.289 102 F 0.546 0.019 0.015 0.060 0.079 0.089 0.193 103 L 0.816 0.015 0.003 0.039 0.027 0.006 0.094 104 L 0.875 0.007 0.004 0.047 0.011 0.006 0.051 105 S 0.715 0.006 0.012 0.136 0.028 0.020 0.083 106 M 0.586 0.006 0.030 0.196 0.029 0.032 0.122 107 A 0.575 0.013 0.029 0.162 0.053 0.043 0.126 108 N 0.292 0.027 0.045 0.115 0.077 0.138 0.307 109 R 0.090 0.026 0.024 0.072 0.336 0.218 0.234 110 G 0.032 0.010 0.004 0.004 0.476 0.033 0.441 111 K 0.014 0.012 0.025 0.004 0.231 0.545 0.170 112 D 0.020 0.019 0.026 0.002 0.249 0.420 0.264 113 T 0.060 0.064 0.025 0.002 0.315 0.163 0.370 114 N 0.077 0.050 0.019 0.002 0.276 0.233 0.342 115 G 0.078 0.018 0.039 0.003 0.330 0.309 0.223 116 S 0.233 0.019 0.028 0.002 0.166 0.062 0.490 117 Q 0.597 0.022 0.017 0.003 0.142 0.021 0.198 118 F 0.923 0.004 0.004 0.002 0.011 0.007 0.050 119 F 0.971 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.018 120 I 0.974 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 121 T 0.923 0.008 0.001 0.001 0.005 0.003 0.059 122 T 0.624 0.019 0.001 0.001 0.055 0.008 0.293 123 K 0.153 0.007 0.004 0.001 0.489 0.097 0.248 124 P 0.096 0.072 0.006 0.002 0.337 0.103 0.383 125 T 0.032 0.021 0.043 0.009 0.122 0.018 0.757 126 P 0.011 0.006 0.313 0.039 0.126 0.353 0.153 127 H 0.013 0.010 0.362 0.030 0.083 0.378 0.125 128 L 0.090 0.047 0.172 0.028 0.269 0.165 0.229 129 D 0.043 0.015 0.052 0.012 0.177 0.455 0.245 130 G 0.068 0.005 0.030 0.006 0.272 0.503 0.117 131 H 0.232 0.014 0.020 0.008 0.223 0.077 0.426 132 H 0.670 0.043 0.007 0.003 0.085 0.023 0.170 133 V 0.774 0.008 0.003 0.003 0.027 0.009 0.176 134 V 0.895 0.008 0.002 0.002 0.019 0.005 0.069 135 F 0.808 0.004 0.004 0.005 0.022 0.012 0.144 136 G 0.740 0.001 0.005 0.007 0.087 0.036 0.124 137 Q 0.890 0.006 0.003 0.010 0.021 0.011 0.059 138 V 0.889 0.019 0.001 0.011 0.012 0.010 0.057 139 I 0.607 0.020 0.005 0.031 0.067 0.048 0.222 140 S 0.241 0.018 0.006 0.039 0.233 0.216 0.247 141 G 0.031 0.004 0.039 0.254 0.137 0.327 0.209 142 Q 0.009 0.003 0.043 0.787 0.048 0.047 0.062 143 E 0.008 0.003 0.030 0.871 0.018 0.027 0.043 144 V 0.003 0.001 0.012 0.956 0.003 0.010 0.014 145 V 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.002 0.004 146 R 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.001 147 E 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.012 0.001 148 I 0.003 0.002 0.018 0.919 0.003 0.050 0.004 149 E 0.003 0.002 0.028 0.691 0.007 0.259 0.011 150 N 0.002 0.001 0.042 0.348 0.040 0.538 0.028 151 Q 0.011 0.004 0.010 0.039 0.560 0.080 0.297 152 K 0.039 0.019 0.011 0.010 0.171 0.079 0.670 153 T 0.114 0.150 0.015 0.008 0.169 0.032 0.513 154 D 0.094 0.040 0.018 0.005 0.105 0.052 0.686 155 A 0.031 0.009 0.114 0.017 0.147 0.576 0.107 156 A 0.013 0.005 0.048 0.007 0.105 0.750 0.072 157 S 0.025 0.008 0.040 0.005 0.432 0.289 0.202 158 K 0.091 0.052 0.003 0.002 0.281 0.010 0.561 159 P 0.208 0.094 0.004 0.001 0.057 0.021 0.616 160 F 0.357 0.035 0.009 0.003 0.118 0.039 0.440 161 A 0.531 0.008 0.011 0.004 0.172 0.035 0.239 162 E 0.608 0.004 0.007 0.004 0.044 0.015 0.319 163 V 0.812 0.005 0.001 0.002 0.010 0.001 0.169 164 R 0.946 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.045 165 I 0.968 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.023 166 L 0.905 0.002 0.002 0.004 0.018 0.009 0.060 167 S 0.870 0.003 0.004 0.005 0.027 0.027 0.064 168 C 0.731 0.005 0.012 0.008 0.032 0.040 0.172 169 G 0.721 0.003 0.011 0.008 0.087 0.047 0.124 170 E 0.768 0.008 0.009 0.006 0.068 0.017 0.123 171 L 0.693 0.029 0.005 0.006 0.047 0.016 0.204 172 I 0.116 0.007 0.001 0.002 0.015 0.004 0.855 173 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.987