# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.026 0.323 0.336 0.002 0.062 0.019 0.027 0.001 0.200 0.003 0.001 2 P 0.267 0.005 0.497 0.026 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 3 R 0.181 0.363 0.258 0.067 0.050 0.041 0.008 0.005 0.025 0.001 0.001 4 C 0.097 0.490 0.250 0.047 0.043 0.037 0.005 0.002 0.026 0.002 0.001 5 F 0.093 0.558 0.150 0.046 0.061 0.040 0.011 0.003 0.036 0.002 0.001 6 F 0.143 0.441 0.182 0.028 0.096 0.040 0.021 0.003 0.041 0.004 0.001 7 D 0.223 0.174 0.316 0.049 0.034 0.141 0.023 0.003 0.031 0.001 0.006 8 I 0.188 0.601 0.098 0.035 0.045 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 A 0.146 0.560 0.176 0.029 0.048 0.021 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 10 I 0.130 0.655 0.061 0.053 0.034 0.022 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 11 N 0.150 0.133 0.100 0.180 0.077 0.037 0.267 0.011 0.036 0.009 0.001 12 N 0.117 0.069 0.111 0.218 0.059 0.065 0.225 0.090 0.028 0.016 0.002 13 Q 0.033 0.436 0.329 0.002 0.040 0.012 0.007 0.001 0.137 0.003 0.001 14 P 0.369 0.003 0.418 0.021 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 15 A 0.131 0.122 0.230 0.386 0.031 0.033 0.037 0.008 0.017 0.002 0.003 16 G 0.005 0.011 0.037 0.006 0.168 0.001 0.023 0.296 0.001 0.454 0.001 17 R 0.017 0.348 0.482 0.023 0.071 0.037 0.004 0.001 0.011 0.001 0.006 18 V 0.001 0.736 0.215 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 V 0.004 0.850 0.094 0.003 0.010 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 20 F 0.002 0.744 0.196 0.001 0.016 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 21 E 0.007 0.754 0.110 0.001 0.018 0.035 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 22 L 0.053 0.390 0.468 0.011 0.007 0.057 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 F 0.064 0.267 0.394 0.014 0.079 0.080 0.021 0.003 0.071 0.006 0.001 24 S 0.840 0.015 0.059 0.038 0.013 0.008 0.008 0.005 0.001 0.011 0.001 25 D 0.844 0.010 0.013 0.115 0.003 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 26 V 0.587 0.051 0.044 0.301 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 27 C 0.300 0.112 0.264 0.006 0.033 0.013 0.030 0.003 0.223 0.016 0.001 28 P 0.778 0.001 0.133 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 29 K 0.939 0.005 0.018 0.022 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 30 T 0.841 0.021 0.032 0.082 0.005 0.010 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 31 C 0.964 0.005 0.004 0.020 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.963 0.004 0.006 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.923 0.003 0.004 0.049 0.002 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 34 F 0.974 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.987 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 C 0.984 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.947 0.002 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 C 0.776 0.035 0.042 0.117 0.004 0.012 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 39 T 0.391 0.069 0.082 0.431 0.008 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 40 G 0.098 0.010 0.057 0.060 0.045 0.003 0.127 0.399 0.005 0.195 0.001 41 E 0.239 0.082 0.294 0.135 0.042 0.056 0.095 0.024 0.016 0.013 0.003 42 K 0.201 0.202 0.250 0.177 0.061 0.029 0.036 0.006 0.030 0.006 0.001 43 G 0.073 0.033 0.150 0.030 0.183 0.010 0.047 0.144 0.007 0.323 0.001 44 T 0.187 0.234 0.231 0.265 0.051 0.014 0.003 0.002 0.009 0.003 0.002 45 G 0.075 0.068 0.170 0.031 0.207 0.008 0.037 0.105 0.009 0.290 0.001 46 K 0.304 0.192 0.314 0.101 0.042 0.018 0.007 0.004 0.011 0.004 0.002 47 S 0.259 0.216 0.248 0.108 0.043 0.038 0.024 0.010 0.041 0.013 0.001 48 T 0.299 0.153 0.170 0.244 0.052 0.022 0.027 0.006 0.016 0.008 0.002 49 Q 0.163 0.068 0.153 0.246 0.042 0.059 0.188 0.031 0.038 0.009 0.002 50 K 0.037 0.294 0.518 0.002 0.021 0.017 0.009 0.001 0.100 0.001 0.001 51 P 0.068 0.005 0.817 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.071 52 L 0.159 0.104 0.594 0.045 0.009 0.063 0.006 0.003 0.013 0.001 0.003 53 H 0.150 0.308 0.242 0.092 0.068 0.062 0.027 0.007 0.039 0.006 0.001 54 Y 0.174 0.285 0.192 0.155 0.071 0.044 0.025 0.008 0.037 0.008 0.001 55 K 0.192 0.143 0.284 0.221 0.022 0.047 0.056 0.003 0.026 0.004 0.001 56 S 0.083 0.051 0.094 0.169 0.085 0.035 0.233 0.210 0.019 0.020 0.001 57 C 0.036 0.299 0.525 0.019 0.052 0.028 0.009 0.002 0.028 0.002 0.001 58 L 0.190 0.310 0.396 0.031 0.012 0.040 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 59 F 0.175 0.434 0.205 0.037 0.049 0.051 0.008 0.002 0.036 0.002 0.001 60 H 0.277 0.397 0.131 0.069 0.057 0.028 0.007 0.002 0.030 0.002 0.001 61 R 0.182 0.354 0.223 0.028 0.068 0.080 0.022 0.003 0.037 0.001 0.001 62 V 0.146 0.487 0.254 0.029 0.018 0.038 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 63 V 0.118 0.428 0.276 0.028 0.017 0.056 0.006 0.001 0.069 0.001 0.001 64 K 0.412 0.078 0.389 0.045 0.017 0.023 0.013 0.003 0.006 0.014 0.001 65 D 0.162 0.040 0.029 0.304 0.049 0.027 0.309 0.055 0.021 0.003 0.001 66 F 0.055 0.407 0.229 0.119 0.112 0.024 0.025 0.004 0.021 0.002 0.001 67 M 0.033 0.707 0.148 0.013 0.059 0.017 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 68 V 0.040 0.556 0.256 0.017 0.035 0.059 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 69 Q 0.051 0.506 0.235 0.043 0.025 0.072 0.006 0.001 0.059 0.001 0.001 70 G 0.066 0.182 0.126 0.093 0.366 0.019 0.038 0.037 0.019 0.053 0.002 71 G 0.052 0.108 0.156 0.041 0.317 0.012 0.034 0.092 0.008 0.177 0.001 72 D 0.050 0.194 0.429 0.050 0.097 0.091 0.023 0.004 0.046 0.010 0.005 73 F 0.438 0.117 0.160 0.148 0.040 0.037 0.026 0.011 0.016 0.005 0.002 74 S 0.431 0.144 0.117 0.212 0.036 0.021 0.009 0.008 0.013 0.008 0.001 75 E 0.196 0.118 0.138 0.390 0.035 0.022 0.049 0.008 0.039 0.004 0.001 76 G 0.060 0.019 0.059 0.034 0.066 0.006 0.118 0.406 0.007 0.226 0.001 77 N 0.168 0.075 0.231 0.363 0.036 0.020 0.065 0.009 0.018 0.013 0.001 78 G 0.036 0.016 0.115 0.030 0.071 0.008 0.097 0.432 0.004 0.192 0.001 79 R 0.194 0.256 0.229 0.255 0.036 0.012 0.004 0.002 0.009 0.003 0.001 80 G 0.042 0.029 0.114 0.061 0.111 0.008 0.123 0.204 0.010 0.296 0.001 81 G 0.066 0.068 0.320 0.030 0.197 0.009 0.018 0.116 0.006 0.166 0.003 82 E 0.218 0.193 0.395 0.082 0.058 0.021 0.005 0.004 0.017 0.005 0.002 83 S 0.184 0.148 0.455 0.041 0.089 0.028 0.009 0.011 0.012 0.021 0.002 84 I 0.351 0.245 0.149 0.173 0.030 0.026 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 85 Y 0.171 0.128 0.286 0.253 0.028 0.034 0.050 0.004 0.038 0.009 0.001 86 G 0.053 0.011 0.060 0.041 0.064 0.005 0.151 0.496 0.004 0.114 0.001 87 G 0.158 0.145 0.364 0.065 0.119 0.015 0.020 0.053 0.008 0.052 0.001 88 F 0.145 0.375 0.345 0.041 0.044 0.019 0.007 0.004 0.014 0.005 0.001 89 F 0.135 0.307 0.338 0.041 0.049 0.062 0.013 0.002 0.049 0.004 0.001 90 E 0.479 0.094 0.283 0.064 0.014 0.036 0.009 0.002 0.012 0.006 0.001 91 D 0.280 0.088 0.114 0.227 0.049 0.081 0.077 0.012 0.066 0.003 0.003 92 E 0.424 0.142 0.175 0.168 0.035 0.022 0.012 0.005 0.012 0.003 0.001 93 S 0.344 0.159 0.167 0.185 0.040 0.034 0.031 0.008 0.028 0.003 0.001 94 F 0.282 0.164 0.192 0.151 0.070 0.045 0.051 0.009 0.029 0.008 0.001 95 A 0.267 0.207 0.226 0.166 0.024 0.048 0.025 0.004 0.031 0.002 0.001 96 V 0.175 0.352 0.309 0.025 0.045 0.032 0.009 0.001 0.050 0.002 0.001 97 K 0.297 0.059 0.518 0.041 0.002 0.063 0.005 0.001 0.008 0.001 0.004 98 H 0.210 0.174 0.187 0.159 0.061 0.073 0.057 0.011 0.058 0.009 0.001 99 N 0.246 0.108 0.147 0.257 0.041 0.066 0.067 0.010 0.048 0.007 0.001 100 A 0.277 0.260 0.246 0.054 0.083 0.020 0.025 0.005 0.023 0.007 0.001 101 A 0.200 0.095 0.575 0.072 0.009 0.025 0.007 0.002 0.005 0.002 0.007 102 F 0.087 0.191 0.207 0.044 0.307 0.011 0.051 0.060 0.015 0.027 0.001 103 L 0.123 0.508 0.252 0.009 0.034 0.048 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 104 L 0.104 0.571 0.196 0.014 0.013 0.057 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 105 S 0.143 0.473 0.186 0.015 0.116 0.033 0.004 0.002 0.023 0.004 0.001 106 M 0.197 0.302 0.189 0.076 0.080 0.060 0.029 0.003 0.061 0.002 0.002 107 A 0.342 0.160 0.281 0.093 0.047 0.035 0.015 0.004 0.011 0.011 0.001 108 N 0.230 0.145 0.123 0.218 0.052 0.108 0.069 0.008 0.039 0.006 0.001 109 R 0.127 0.231 0.177 0.311 0.073 0.018 0.032 0.006 0.021 0.003 0.001 110 G 0.044 0.049 0.153 0.037 0.172 0.010 0.079 0.253 0.016 0.186 0.001 111 K 0.364 0.095 0.281 0.141 0.033 0.028 0.020 0.008 0.010 0.020 0.003 112 D 0.076 0.058 0.129 0.217 0.018 0.175 0.232 0.014 0.077 0.003 0.001 113 T 0.243 0.183 0.173 0.257 0.078 0.017 0.010 0.012 0.015 0.011 0.001 114 N 0.132 0.054 0.107 0.290 0.032 0.036 0.277 0.035 0.031 0.007 0.001 115 G 0.116 0.067 0.188 0.099 0.151 0.007 0.044 0.197 0.006 0.124 0.001 116 S 0.122 0.287 0.277 0.074 0.159 0.024 0.017 0.015 0.015 0.009 0.001 117 Q 0.049 0.601 0.206 0.034 0.067 0.019 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 118 F 0.024 0.728 0.112 0.011 0.092 0.014 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 119 F 0.020 0.760 0.113 0.005 0.061 0.016 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 120 I 0.025 0.736 0.144 0.005 0.035 0.030 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 121 T 0.024 0.586 0.234 0.018 0.062 0.050 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 122 T 0.101 0.400 0.157 0.238 0.039 0.028 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 123 K 0.009 0.505 0.255 0.001 0.122 0.012 0.020 0.001 0.074 0.003 0.001 124 P 0.087 0.007 0.685 0.020 0.001 0.141 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 125 T 0.014 0.349 0.387 0.002 0.069 0.026 0.006 0.001 0.145 0.001 0.001 126 P 0.475 0.006 0.450 0.013 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 127 H 0.265 0.061 0.176 0.379 0.019 0.031 0.021 0.013 0.032 0.002 0.001 128 L 0.201 0.182 0.306 0.186 0.015 0.067 0.009 0.002 0.031 0.001 0.001 129 D 0.067 0.063 0.238 0.257 0.019 0.064 0.225 0.005 0.052 0.009 0.001 130 G 0.042 0.004 0.017 0.033 0.016 0.003 0.122 0.723 0.002 0.039 0.001 131 H 0.152 0.290 0.291 0.156 0.052 0.023 0.013 0.005 0.015 0.003 0.001 132 H 0.029 0.378 0.427 0.040 0.033 0.047 0.016 0.002 0.027 0.002 0.001 133 V 0.033 0.539 0.324 0.012 0.017 0.050 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 134 V 0.043 0.678 0.184 0.010 0.024 0.040 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 135 F 0.033 0.557 0.109 0.070 0.073 0.048 0.031 0.002 0.076 0.001 0.001 136 G 0.018 0.098 0.110 0.003 0.667 0.002 0.006 0.034 0.003 0.059 0.001 137 Q 0.036 0.579 0.281 0.007 0.029 0.042 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 138 V 0.007 0.072 0.780 0.001 0.001 0.135 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 139 I 0.826 0.003 0.001 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.021 0.288 0.049 0.053 0.558 0.001 0.016 0.001 0.006 0.006 0.001 141 G 0.116 0.017 0.043 0.005 0.117 0.001 0.024 0.399 0.003 0.273 0.001 142 Q 0.833 0.024 0.092 0.016 0.010 0.010 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 143 E 0.984 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.951 0.002 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.938 0.005 0.024 0.025 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.352 0.003 0.010 0.603 0.002 0.009 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 151 Q 0.114 0.114 0.523 0.163 0.012 0.037 0.013 0.005 0.018 0.001 0.001 152 K 0.077 0.075 0.222 0.097 0.034 0.122 0.305 0.014 0.044 0.010 0.001 153 T 0.117 0.391 0.250 0.118 0.067 0.033 0.003 0.002 0.016 0.003 0.001 154 D 0.038 0.155 0.426 0.048 0.070 0.158 0.026 0.002 0.073 0.004 0.001 155 A 0.666 0.033 0.071 0.177 0.006 0.019 0.010 0.007 0.009 0.002 0.001 156 A 0.394 0.021 0.053 0.462 0.008 0.009 0.031 0.012 0.007 0.003 0.001 157 S 0.127 0.038 0.140 0.307 0.035 0.040 0.191 0.091 0.025 0.007 0.001 158 K 0.029 0.354 0.439 0.003 0.017 0.014 0.020 0.001 0.123 0.001 0.001 159 P 0.059 0.006 0.868 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 160 F 0.192 0.309 0.211 0.174 0.042 0.038 0.007 0.004 0.020 0.002 0.001 161 A 0.024 0.596 0.186 0.009 0.141 0.009 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 162 E 0.025 0.202 0.664 0.013 0.005 0.072 0.002 0.001 0.013 0.001 0.003 163 V 0.006 0.713 0.181 0.004 0.041 0.022 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 164 R 0.005 0.648 0.260 0.002 0.009 0.052 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 165 I 0.003 0.246 0.592 0.001 0.002 0.145 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 166 L 0.657 0.052 0.015 0.264 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 167 S 0.004 0.516 0.050 0.008 0.392 0.008 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 168 C 0.032 0.598 0.113 0.031 0.151 0.010 0.012 0.003 0.049 0.002 0.001 169 G 0.042 0.082 0.067 0.020 0.423 0.005 0.020 0.067 0.007 0.268 0.001 170 E 0.066 0.485 0.303 0.045 0.062 0.023 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 171 L 0.079 0.352 0.383 0.057 0.016 0.061 0.008 0.001 0.041 0.001 0.001 172 I 0.017 0.345 0.421 0.001 0.028 0.018 0.020 0.001 0.148 0.003 0.001 173 P 0.180 0.002 0.625 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164