# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.769 0.154 0.048 0.020 0.007 0.002 0.001 2 P 0.510 0.262 0.143 0.061 0.019 0.005 0.001 3 R 0.299 0.247 0.208 0.146 0.073 0.024 0.003 4 C 0.142 0.144 0.160 0.204 0.202 0.125 0.023 5 F 0.086 0.112 0.145 0.176 0.199 0.215 0.067 6 F 0.144 0.127 0.133 0.159 0.178 0.186 0.073 7 D 0.181 0.205 0.185 0.161 0.122 0.102 0.044 8 I 0.160 0.150 0.175 0.198 0.162 0.116 0.038 9 A 0.173 0.135 0.132 0.174 0.190 0.158 0.039 10 I 0.269 0.209 0.181 0.173 0.110 0.049 0.008 11 N 0.389 0.272 0.163 0.108 0.048 0.017 0.003 12 N 0.386 0.314 0.162 0.095 0.033 0.008 0.001 13 Q 0.301 0.296 0.195 0.135 0.055 0.016 0.002 14 P 0.371 0.304 0.159 0.106 0.045 0.012 0.002 15 A 0.201 0.336 0.242 0.147 0.058 0.016 0.001 16 G 0.027 0.121 0.225 0.313 0.231 0.080 0.005 17 R 0.019 0.138 0.322 0.324 0.152 0.039 0.004 18 V 0.001 0.006 0.016 0.060 0.233 0.575 0.108 19 V 0.002 0.028 0.155 0.368 0.285 0.141 0.022 20 F 0.001 0.006 0.013 0.039 0.160 0.542 0.238 21 E 0.006 0.060 0.172 0.345 0.251 0.137 0.029 22 L 0.003 0.015 0.048 0.153 0.325 0.396 0.060 23 F 0.021 0.108 0.224 0.308 0.223 0.106 0.010 24 S 0.134 0.310 0.259 0.191 0.080 0.022 0.003 25 D 0.231 0.332 0.242 0.122 0.050 0.018 0.004 26 V 0.077 0.177 0.236 0.260 0.169 0.074 0.007 27 C 0.022 0.053 0.096 0.201 0.300 0.278 0.050 28 P 0.068 0.173 0.231 0.261 0.179 0.078 0.010 29 K 0.069 0.178 0.230 0.248 0.168 0.089 0.019 30 T 0.012 0.027 0.040 0.093 0.238 0.447 0.143 31 C 0.003 0.010 0.039 0.153 0.345 0.372 0.078 32 E 0.018 0.150 0.332 0.285 0.153 0.055 0.007 33 N 0.003 0.013 0.068 0.261 0.394 0.230 0.030 34 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.539 0.413 35 R 0.001 0.009 0.069 0.290 0.387 0.224 0.020 36 C 0.006 0.117 0.313 0.307 0.170 0.081 0.006 37 L 0.001 0.003 0.022 0.146 0.393 0.386 0.049 38 C 0.001 0.003 0.014 0.092 0.351 0.470 0.070 39 T 0.031 0.237 0.344 0.249 0.112 0.024 0.003 40 G 0.085 0.300 0.304 0.219 0.076 0.014 0.002 41 E 0.116 0.266 0.265 0.217 0.097 0.034 0.005 42 K 0.171 0.269 0.286 0.183 0.069 0.019 0.002 43 G 0.370 0.212 0.141 0.130 0.101 0.041 0.005 44 T 0.492 0.223 0.132 0.087 0.046 0.018 0.002 45 G 0.552 0.225 0.119 0.065 0.029 0.009 0.001 46 K 0.671 0.201 0.078 0.035 0.012 0.003 0.001 47 S 0.628 0.213 0.092 0.046 0.017 0.004 0.001 48 T 0.561 0.223 0.122 0.062 0.023 0.007 0.001 49 Q 0.571 0.236 0.110 0.056 0.020 0.006 0.001 50 K 0.326 0.241 0.194 0.148 0.066 0.022 0.003 51 P 0.196 0.234 0.200 0.175 0.115 0.067 0.013 52 L 0.060 0.090 0.132 0.220 0.243 0.208 0.046 53 H 0.062 0.144 0.185 0.239 0.204 0.141 0.024 54 Y 0.018 0.040 0.074 0.182 0.305 0.306 0.075 55 K 0.067 0.190 0.217 0.235 0.165 0.096 0.030 56 S 0.038 0.111 0.190 0.241 0.200 0.164 0.055 57 C 0.009 0.020 0.041 0.113 0.236 0.427 0.153 58 L 0.007 0.024 0.066 0.151 0.240 0.349 0.164 59 F 0.003 0.006 0.009 0.025 0.091 0.423 0.443 60 H 0.004 0.016 0.040 0.108 0.198 0.366 0.268 61 R 0.004 0.021 0.048 0.100 0.191 0.360 0.276 62 V 0.004 0.012 0.032 0.105 0.250 0.417 0.180 63 V 0.005 0.019 0.048 0.135 0.285 0.384 0.125 64 K 0.076 0.206 0.244 0.210 0.131 0.082 0.051 65 D 0.072 0.176 0.206 0.215 0.165 0.124 0.042 66 F 0.012 0.023 0.046 0.116 0.248 0.391 0.164 67 M 0.010 0.017 0.037 0.091 0.193 0.403 0.249 68 V 0.012 0.015 0.019 0.030 0.079 0.330 0.516 69 Q 0.009 0.015 0.027 0.068 0.135 0.283 0.464 70 G 0.010 0.026 0.045 0.085 0.160 0.311 0.363 71 G 0.015 0.027 0.049 0.104 0.175 0.302 0.328 72 D 0.021 0.048 0.084 0.160 0.224 0.305 0.158 73 F 0.038 0.049 0.074 0.141 0.241 0.318 0.138 74 S 0.105 0.156 0.181 0.232 0.194 0.111 0.021 75 E 0.209 0.282 0.222 0.162 0.084 0.034 0.007 76 G 0.315 0.258 0.169 0.138 0.077 0.035 0.009 77 N 0.328 0.263 0.175 0.126 0.067 0.033 0.008 78 G 0.312 0.200 0.163 0.150 0.103 0.058 0.014 79 R 0.324 0.250 0.175 0.124 0.075 0.042 0.009 80 G 0.239 0.192 0.170 0.167 0.126 0.083 0.023 81 G 0.142 0.147 0.149 0.182 0.177 0.153 0.050 82 E 0.114 0.171 0.184 0.194 0.157 0.130 0.050 83 S 0.115 0.151 0.169 0.200 0.175 0.140 0.050 84 I 0.044 0.073 0.113 0.195 0.242 0.248 0.086 85 Y 0.083 0.134 0.165 0.210 0.195 0.162 0.051 86 G 0.175 0.245 0.210 0.184 0.111 0.060 0.016 87 G 0.192 0.261 0.235 0.186 0.089 0.032 0.006 88 F 0.078 0.161 0.211 0.242 0.193 0.105 0.011 89 F 0.039 0.056 0.102 0.230 0.329 0.220 0.024 90 E 0.245 0.376 0.219 0.109 0.038 0.012 0.002 91 D 0.233 0.303 0.224 0.150 0.065 0.022 0.003 92 E 0.107 0.147 0.179 0.250 0.210 0.097 0.009 93 S 0.219 0.245 0.213 0.179 0.096 0.042 0.007 94 F 0.191 0.214 0.226 0.210 0.112 0.043 0.005 95 A 0.272 0.282 0.188 0.139 0.077 0.036 0.005 96 V 0.066 0.089 0.148 0.261 0.259 0.158 0.019 97 K 0.193 0.288 0.225 0.153 0.086 0.046 0.009 98 H 0.090 0.115 0.153 0.250 0.244 0.130 0.018 99 N 0.149 0.235 0.207 0.188 0.129 0.074 0.017 100 A 0.071 0.165 0.223 0.262 0.178 0.081 0.020 101 A 0.036 0.108 0.169 0.226 0.226 0.184 0.052 102 F 0.005 0.015 0.037 0.114 0.248 0.408 0.173 103 L 0.001 0.004 0.016 0.047 0.128 0.404 0.400 104 L 0.001 0.002 0.004 0.008 0.037 0.279 0.669 105 S 0.003 0.006 0.013 0.037 0.104 0.307 0.531 106 M 0.004 0.010 0.022 0.052 0.129 0.360 0.422 107 A 0.011 0.024 0.046 0.122 0.258 0.373 0.167 108 N 0.038 0.118 0.204 0.297 0.227 0.101 0.014 109 R 0.171 0.289 0.233 0.180 0.092 0.031 0.005 110 G 0.361 0.279 0.168 0.116 0.050 0.021 0.004 111 K 0.490 0.265 0.122 0.073 0.032 0.014 0.003 112 D 0.322 0.264 0.181 0.132 0.068 0.028 0.004 113 T 0.219 0.263 0.209 0.157 0.098 0.046 0.008 114 N 0.084 0.159 0.201 0.227 0.192 0.111 0.025 115 G 0.021 0.077 0.142 0.225 0.250 0.222 0.063 116 S 0.005 0.019 0.049 0.125 0.248 0.384 0.169 117 Q 0.001 0.007 0.024 0.068 0.167 0.415 0.318 118 F 0.001 0.003 0.007 0.021 0.083 0.385 0.500 119 F 0.001 0.002 0.010 0.046 0.137 0.361 0.444 120 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.055 0.360 0.573 121 T 0.002 0.010 0.032 0.109 0.259 0.429 0.160 122 T 0.005 0.025 0.073 0.218 0.363 0.280 0.037 123 K 0.068 0.233 0.327 0.239 0.101 0.028 0.004 124 P 0.186 0.302 0.234 0.166 0.077 0.030 0.004 125 T 0.121 0.156 0.187 0.226 0.196 0.101 0.014 126 P 0.396 0.306 0.162 0.088 0.035 0.011 0.002 127 H 0.275 0.285 0.214 0.138 0.063 0.022 0.002 128 L 0.216 0.149 0.154 0.218 0.184 0.075 0.005 129 D 0.446 0.294 0.145 0.075 0.028 0.010 0.002 130 G 0.355 0.286 0.179 0.116 0.047 0.014 0.002 131 H 0.181 0.273 0.241 0.186 0.089 0.027 0.003 132 H 0.027 0.061 0.116 0.219 0.283 0.256 0.039 133 V 0.016 0.048 0.110 0.200 0.239 0.297 0.090 134 V 0.008 0.022 0.049 0.116 0.242 0.426 0.137 135 F 0.018 0.046 0.081 0.167 0.265 0.318 0.105 136 G 0.055 0.120 0.145 0.189 0.211 0.208 0.072 137 Q 0.054 0.207 0.318 0.266 0.110 0.039 0.005 138 V 0.022 0.050 0.084 0.237 0.374 0.216 0.017 139 I 0.099 0.228 0.288 0.240 0.110 0.033 0.003 140 S 0.281 0.368 0.197 0.104 0.036 0.011 0.002 141 G 0.195 0.295 0.245 0.171 0.070 0.022 0.002 142 Q 0.147 0.293 0.308 0.183 0.057 0.010 0.001 143 E 0.126 0.381 0.287 0.140 0.053 0.012 0.001 144 V 0.009 0.038 0.090 0.240 0.383 0.228 0.012 145 V 0.004 0.022 0.086 0.262 0.418 0.198 0.011 146 R 0.054 0.444 0.346 0.123 0.028 0.005 0.001 147 E 0.010 0.101 0.333 0.385 0.146 0.025 0.001 148 I 0.004 0.011 0.029 0.148 0.464 0.324 0.020 149 E 0.041 0.248 0.362 0.258 0.078 0.011 0.001 150 N 0.316 0.404 0.187 0.075 0.015 0.002 0.001 151 Q 0.081 0.228 0.331 0.262 0.084 0.013 0.001 152 K 0.463 0.333 0.142 0.050 0.011 0.002 0.001 153 T 0.246 0.249 0.213 0.187 0.089 0.015 0.001 154 D 0.484 0.307 0.132 0.057 0.017 0.003 0.001 155 A 0.548 0.241 0.126 0.062 0.019 0.004 0.001 156 A 0.612 0.226 0.100 0.045 0.014 0.003 0.001 157 S 0.514 0.286 0.127 0.055 0.015 0.003 0.001 158 K 0.243 0.316 0.244 0.140 0.046 0.010 0.001 159 P 0.096 0.156 0.197 0.277 0.206 0.064 0.003 160 F 0.111 0.238 0.261 0.246 0.115 0.028 0.002 161 A 0.192 0.319 0.247 0.166 0.060 0.014 0.002 162 E 0.111 0.351 0.308 0.170 0.050 0.010 0.001 163 V 0.012 0.041 0.097 0.243 0.351 0.240 0.016 164 R 0.010 0.099 0.303 0.370 0.171 0.045 0.003 165 I 0.007 0.020 0.043 0.137 0.337 0.401 0.055 166 L 0.054 0.231 0.280 0.257 0.127 0.045 0.005 167 S 0.078 0.267 0.324 0.218 0.084 0.025 0.003 168 C 0.052 0.086 0.136 0.270 0.297 0.148 0.011 169 G 0.186 0.285 0.248 0.187 0.074 0.019 0.001 170 E 0.362 0.317 0.182 0.096 0.033 0.009 0.001 171 L 0.251 0.242 0.237 0.185 0.069 0.016 0.001 172 I 0.491 0.247 0.153 0.077 0.025 0.007 0.001 173 P 0.768 0.152 0.047 0.021 0.009 0.003 0.001