# TARGET T0290 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.014 0.003 0.002 0.003 0.118 0.860 2 P 0.070 0.008 0.006 0.006 0.157 0.752 3 R 0.246 0.027 0.014 0.007 0.148 0.558 4 C 0.539 0.021 0.016 0.006 0.118 0.300 5 F 0.706 0.011 0.012 0.006 0.076 0.189 6 F 0.670 0.006 0.009 0.006 0.084 0.225 7 D 0.602 0.005 0.007 0.008 0.115 0.263 8 I 0.795 0.006 0.007 0.006 0.063 0.123 9 A 0.859 0.011 0.007 0.008 0.049 0.066 10 I 0.845 0.012 0.011 0.012 0.081 0.039 11 N 0.717 0.007 0.010 0.015 0.165 0.087 12 N 0.449 0.008 0.009 0.006 0.281 0.245 13 Q 0.383 0.022 0.012 0.003 0.411 0.168 14 P 0.331 0.028 0.014 0.003 0.394 0.229 15 A 0.157 0.008 0.015 0.004 0.624 0.192 16 G 0.261 0.006 0.004 0.001 0.443 0.286 17 R 0.808 0.006 0.001 0.001 0.055 0.129 18 V 0.966 0.002 0.001 0.001 0.008 0.024 19 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 21 E 0.988 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 22 L 0.890 0.003 0.001 0.008 0.022 0.075 23 F 0.389 0.009 0.010 0.018 0.251 0.324 24 S 0.041 0.004 0.140 0.042 0.596 0.178 25 D 0.010 0.004 0.223 0.068 0.573 0.121 26 V 0.017 0.017 0.221 0.138 0.468 0.139 27 C 0.021 0.014 0.027 0.071 0.368 0.499 28 P 0.010 0.004 0.022 0.449 0.152 0.364 29 K 0.006 0.003 0.014 0.937 0.018 0.022 30 T 0.003 0.001 0.007 0.976 0.006 0.006 31 C 0.002 0.001 0.004 0.986 0.003 0.004 32 E 0.002 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 33 N 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.002 34 F 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 35 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 36 C 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 37 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 38 C 0.001 0.001 0.004 0.979 0.008 0.007 39 T 0.002 0.004 0.013 0.827 0.066 0.088 40 G 0.006 0.005 0.053 0.246 0.316 0.374 41 E 0.014 0.009 0.131 0.106 0.520 0.221 42 K 0.029 0.008 0.105 0.061 0.599 0.198 43 G 0.045 0.009 0.059 0.041 0.598 0.249 44 T 0.117 0.042 0.026 0.035 0.438 0.343 45 G 0.207 0.052 0.017 0.018 0.393 0.314 46 K 0.196 0.068 0.034 0.022 0.522 0.159 47 S 0.163 0.023 0.043 0.008 0.593 0.170 48 T 0.112 0.011 0.044 0.008 0.640 0.185 49 Q 0.172 0.017 0.015 0.004 0.483 0.308 50 K 0.255 0.031 0.008 0.005 0.188 0.514 51 P 0.399 0.042 0.009 0.005 0.153 0.392 52 L 0.497 0.038 0.019 0.006 0.129 0.311 53 H 0.570 0.074 0.020 0.006 0.154 0.176 54 Y 0.460 0.026 0.041 0.008 0.417 0.048 55 K 0.258 0.007 0.023 0.010 0.635 0.068 56 S 0.165 0.004 0.020 0.014 0.724 0.073 57 C 0.554 0.014 0.006 0.007 0.311 0.109 58 L 0.808 0.021 0.005 0.015 0.050 0.101 59 F 0.866 0.010 0.008 0.022 0.043 0.052 60 H 0.878 0.004 0.010 0.024 0.035 0.050 61 R 0.878 0.002 0.009 0.022 0.039 0.049 62 V 0.807 0.011 0.012 0.033 0.058 0.080 63 V 0.639 0.026 0.014 0.031 0.177 0.113 64 K 0.297 0.012 0.031 0.033 0.477 0.151 65 D 0.196 0.003 0.038 0.020 0.576 0.167 66 F 0.670 0.009 0.025 0.013 0.210 0.072 67 M 0.874 0.010 0.007 0.009 0.052 0.048 68 V 0.904 0.017 0.004 0.005 0.027 0.043 69 Q 0.785 0.013 0.003 0.006 0.080 0.113 70 G 0.478 0.018 0.007 0.004 0.204 0.289 71 G 0.295 0.020 0.019 0.003 0.355 0.308 72 D 0.261 0.034 0.038 0.005 0.431 0.231 73 F 0.194 0.032 0.045 0.008 0.528 0.192 74 S 0.171 0.041 0.029 0.006 0.569 0.182 75 E 0.137 0.062 0.035 0.007 0.595 0.164 76 G 0.085 0.038 0.029 0.005 0.639 0.204 77 N 0.078 0.034 0.034 0.004 0.648 0.200 78 G 0.094 0.026 0.023 0.003 0.638 0.216 79 R 0.147 0.039 0.018 0.006 0.563 0.226 80 G 0.124 0.031 0.011 0.006 0.583 0.245 81 G 0.159 0.044 0.015 0.007 0.427 0.348 82 E 0.327 0.087 0.039 0.016 0.244 0.287 83 S 0.407 0.083 0.048 0.020 0.195 0.246 84 I 0.282 0.062 0.058 0.027 0.470 0.100 85 Y 0.167 0.026 0.024 0.023 0.613 0.147 86 G 0.067 0.011 0.015 0.026 0.701 0.180 87 G 0.137 0.026 0.013 0.023 0.562 0.239 88 F 0.185 0.065 0.018 0.045 0.208 0.478 89 F 0.138 0.098 0.079 0.076 0.317 0.291 90 E 0.095 0.028 0.104 0.090 0.403 0.280 91 D 0.046 0.012 0.135 0.069 0.525 0.214 92 E 0.044 0.008 0.199 0.132 0.486 0.131 93 S 0.061 0.012 0.155 0.169 0.432 0.171 94 F 0.080 0.023 0.106 0.158 0.394 0.238 95 A 0.117 0.020 0.059 0.086 0.305 0.413 96 V 0.215 0.071 0.041 0.047 0.241 0.386 97 K 0.208 0.036 0.041 0.049 0.477 0.189 98 H 0.169 0.025 0.044 0.048 0.466 0.247 99 N 0.094 0.011 0.021 0.024 0.533 0.317 100 A 0.200 0.013 0.017 0.026 0.500 0.244 101 A 0.392 0.012 0.007 0.024 0.258 0.306 102 F 0.714 0.012 0.004 0.015 0.103 0.152 103 L 0.921 0.004 0.002 0.012 0.022 0.039 104 L 0.938 0.003 0.002 0.021 0.011 0.025 105 S 0.923 0.002 0.003 0.029 0.012 0.031 106 M 0.831 0.004 0.006 0.043 0.036 0.080 107 A 0.660 0.009 0.016 0.037 0.087 0.192 108 N 0.356 0.019 0.020 0.019 0.280 0.306 109 R 0.104 0.033 0.013 0.015 0.407 0.429 110 G 0.021 0.014 0.006 0.003 0.662 0.294 111 K 0.011 0.009 0.015 0.007 0.660 0.298 112 D 0.013 0.014 0.019 0.008 0.614 0.332 113 T 0.026 0.018 0.023 0.018 0.641 0.275 114 N 0.032 0.026 0.116 0.087 0.409 0.330 115 G 0.097 0.030 0.080 0.061 0.447 0.286 116 S 0.186 0.016 0.072 0.035 0.417 0.274 117 Q 0.382 0.020 0.036 0.047 0.239 0.276 118 F 0.705 0.012 0.024 0.029 0.108 0.122 119 F 0.848 0.008 0.025 0.029 0.035 0.055 120 I 0.861 0.010 0.020 0.031 0.025 0.054 121 T 0.697 0.018 0.020 0.032 0.080 0.153 122 T 0.375 0.017 0.019 0.013 0.224 0.351 123 K 0.129 0.011 0.019 0.004 0.395 0.441 124 P 0.083 0.020 0.037 0.007 0.455 0.399 125 T 0.037 0.032 0.061 0.004 0.542 0.324 126 P 0.022 0.019 0.223 0.007 0.533 0.196 127 H 0.018 0.023 0.289 0.010 0.511 0.149 128 L 0.029 0.039 0.129 0.010 0.582 0.211 129 D 0.030 0.026 0.034 0.008 0.694 0.209 130 G 0.018 0.006 0.035 0.011 0.752 0.179 131 H 0.053 0.004 0.021 0.007 0.715 0.199 132 H 0.590 0.029 0.009 0.005 0.246 0.120 133 V 0.879 0.025 0.001 0.002 0.046 0.047 134 V 0.884 0.012 0.001 0.002 0.040 0.062 135 F 0.824 0.004 0.002 0.004 0.071 0.095 136 G 0.681 0.003 0.004 0.007 0.130 0.174 137 Q 0.798 0.008 0.006 0.010 0.079 0.099 138 V 0.779 0.021 0.010 0.016 0.078 0.096 139 I 0.536 0.023 0.030 0.075 0.233 0.103 140 S 0.184 0.017 0.027 0.185 0.319 0.269 141 G 0.021 0.003 0.031 0.642 0.149 0.154 142 Q 0.005 0.001 0.015 0.906 0.044 0.028 143 E 0.010 0.002 0.015 0.931 0.024 0.018 144 V 0.010 0.003 0.013 0.945 0.021 0.009 145 V 0.017 0.002 0.018 0.927 0.024 0.011 146 R 0.015 0.001 0.035 0.897 0.041 0.011 147 E 0.014 0.001 0.026 0.912 0.034 0.013 148 I 0.004 0.001 0.029 0.914 0.042 0.010 149 E 0.004 0.001 0.024 0.910 0.042 0.019 150 N 0.004 0.001 0.036 0.694 0.137 0.128 151 Q 0.024 0.016 0.026 0.214 0.279 0.440 152 K 0.038 0.015 0.010 0.043 0.158 0.736 153 T 0.083 0.050 0.015 0.018 0.176 0.658 154 D 0.069 0.022 0.024 0.012 0.546 0.327 155 A 0.018 0.005 0.199 0.021 0.690 0.068 156 A 0.016 0.003 0.142 0.019 0.743 0.078 157 S 0.042 0.012 0.073 0.008 0.715 0.150 158 K 0.145 0.030 0.009 0.002 0.260 0.553 159 P 0.230 0.035 0.007 0.002 0.120 0.607 160 F 0.355 0.025 0.031 0.003 0.176 0.410 161 A 0.556 0.004 0.015 0.002 0.128 0.296 162 E 0.768 0.003 0.006 0.001 0.071 0.151 163 V 0.924 0.002 0.001 0.001 0.019 0.052 164 R 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 165 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 166 L 0.952 0.002 0.001 0.001 0.018 0.025 167 S 0.833 0.003 0.003 0.002 0.074 0.084 168 C 0.664 0.008 0.008 0.009 0.167 0.144 169 G 0.496 0.006 0.022 0.010 0.174 0.292 170 E 0.579 0.030 0.020 0.010 0.103 0.258 171 L 0.272 0.048 0.012 0.019 0.099 0.551 172 I 0.087 0.013 0.002 0.005 0.059 0.835 173 P 0.014 0.002 0.001 0.001 0.025 0.958