# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.080 0.009 0.001 0.012 0.050 0.030 0.145 0.018 0.001 0.045 0.609 2 P 0.021 0.007 0.001 0.048 0.053 0.081 0.137 0.005 0.001 0.032 0.615 3 R 0.028 0.006 0.002 0.095 0.044 0.105 0.101 0.002 0.001 0.054 0.563 4 C 0.025 0.005 0.002 0.167 0.130 0.110 0.097 0.003 0.001 0.050 0.410 5 F 0.072 0.019 0.002 0.116 0.049 0.072 0.111 0.006 0.001 0.038 0.515 6 F 0.047 0.009 0.001 0.079 0.070 0.074 0.105 0.010 0.001 0.035 0.571 7 D 0.014 0.006 0.001 0.115 0.071 0.142 0.106 0.004 0.001 0.033 0.507 8 I 0.016 0.007 0.004 0.145 0.110 0.205 0.106 0.003 0.002 0.051 0.351 9 A 0.035 0.006 0.003 0.150 0.162 0.196 0.066 0.005 0.001 0.048 0.327 10 I 0.106 0.004 0.001 0.056 0.091 0.096 0.070 0.002 0.001 0.050 0.523 11 N 0.004 0.001 0.001 0.043 0.066 0.112 0.107 0.001 0.001 0.021 0.644 12 N 0.010 0.001 0.003 0.028 0.021 0.047 0.095 0.001 0.002 0.022 0.771 13 Q 0.131 0.002 0.002 0.019 0.105 0.079 0.117 0.017 0.002 0.112 0.415 14 P 0.136 0.001 0.001 0.015 0.010 0.020 0.107 0.002 0.001 0.064 0.643 15 A 0.009 0.002 0.001 0.032 0.018 0.045 0.121 0.001 0.001 0.033 0.738 16 G 0.003 0.001 0.001 0.055 0.088 0.161 0.132 0.001 0.001 0.061 0.498 17 R 0.001 0.003 0.001 0.103 0.180 0.241 0.068 0.001 0.001 0.070 0.334 18 V 0.001 0.001 0.001 0.163 0.284 0.349 0.022 0.001 0.001 0.058 0.122 19 V 0.002 0.002 0.001 0.263 0.248 0.307 0.020 0.001 0.001 0.044 0.112 20 F 0.004 0.001 0.001 0.215 0.294 0.325 0.018 0.001 0.001 0.060 0.083 21 E 0.003 0.004 0.001 0.212 0.228 0.336 0.046 0.001 0.001 0.039 0.128 22 L 0.090 0.018 0.008 0.112 0.093 0.153 0.084 0.007 0.009 0.035 0.392 23 F 0.536 0.079 0.002 0.019 0.019 0.023 0.044 0.047 0.003 0.063 0.165 24 S 0.241 0.017 0.002 0.011 0.008 0.015 0.080 0.003 0.002 0.059 0.561 25 D 0.031 0.049 0.006 0.036 0.018 0.041 0.117 0.002 0.001 0.035 0.664 26 V 0.029 0.057 0.002 0.011 0.049 0.029 0.102 0.005 0.001 0.117 0.598 27 C 0.050 0.559 0.003 0.005 0.016 0.011 0.046 0.025 0.001 0.039 0.245 28 P 0.066 0.715 0.002 0.004 0.003 0.005 0.022 0.009 0.001 0.014 0.160 29 K 0.042 0.488 0.008 0.010 0.008 0.014 0.037 0.007 0.003 0.184 0.199 30 T 0.049 0.578 0.005 0.006 0.005 0.009 0.041 0.008 0.002 0.163 0.134 31 C 0.070 0.635 0.015 0.013 0.008 0.011 0.027 0.014 0.004 0.077 0.126 32 E 0.044 0.589 0.007 0.024 0.011 0.014 0.050 0.006 0.002 0.041 0.213 33 N 0.044 0.498 0.005 0.023 0.010 0.020 0.074 0.009 0.002 0.046 0.267 34 F 0.078 0.358 0.010 0.044 0.015 0.026 0.085 0.023 0.003 0.142 0.216 35 R 0.082 0.107 0.011 0.052 0.020 0.041 0.102 0.007 0.004 0.310 0.263 36 C 0.061 0.111 0.012 0.084 0.028 0.058 0.118 0.006 0.005 0.136 0.381 37 L 0.076 0.076 0.009 0.060 0.032 0.058 0.122 0.008 0.004 0.093 0.464 38 C 0.101 0.050 0.009 0.077 0.062 0.100 0.124 0.008 0.005 0.121 0.342 39 T 0.059 0.020 0.007 0.050 0.023 0.079 0.139 0.007 0.005 0.086 0.525 40 G 0.234 0.009 0.004 0.029 0.016 0.038 0.090 0.007 0.002 0.093 0.479 41 E 0.082 0.005 0.002 0.027 0.012 0.025 0.127 0.003 0.001 0.066 0.650 42 K 0.016 0.002 0.001 0.015 0.005 0.012 0.097 0.001 0.001 0.021 0.829 43 G 0.067 0.004 0.001 0.015 0.019 0.022 0.121 0.004 0.001 0.061 0.685 44 T 0.015 0.002 0.001 0.010 0.017 0.025 0.130 0.004 0.001 0.052 0.744 45 G 0.072 0.011 0.003 0.022 0.010 0.020 0.157 0.003 0.001 0.056 0.645 46 K 0.110 0.006 0.002 0.019 0.020 0.034 0.131 0.012 0.001 0.084 0.582 47 S 0.176 0.006 0.001 0.009 0.008 0.013 0.107 0.002 0.001 0.041 0.638 48 T 0.013 0.003 0.001 0.019 0.025 0.049 0.154 0.003 0.001 0.025 0.708 49 Q 0.033 0.016 0.001 0.015 0.014 0.018 0.127 0.003 0.001 0.023 0.750 50 K 0.085 0.019 0.001 0.016 0.103 0.075 0.146 0.037 0.001 0.061 0.457 51 P 0.064 0.028 0.002 0.034 0.027 0.053 0.119 0.004 0.001 0.036 0.634 52 L 0.062 0.014 0.011 0.070 0.071 0.126 0.108 0.003 0.003 0.064 0.467 53 H 0.080 0.017 0.003 0.076 0.050 0.084 0.120 0.007 0.001 0.061 0.501 54 Y 0.240 0.024 0.002 0.042 0.031 0.040 0.101 0.006 0.001 0.044 0.470 55 K 0.020 0.015 0.001 0.108 0.056 0.082 0.133 0.004 0.001 0.025 0.556 56 S 0.008 0.008 0.001 0.052 0.059 0.138 0.114 0.004 0.001 0.036 0.581 57 C 0.014 0.018 0.003 0.149 0.243 0.165 0.084 0.003 0.001 0.047 0.272 58 L 0.025 0.017 0.003 0.188 0.148 0.215 0.068 0.005 0.001 0.054 0.275 59 F 0.040 0.023 0.002 0.121 0.143 0.224 0.059 0.006 0.001 0.075 0.306 60 H 0.037 0.005 0.002 0.171 0.088 0.160 0.090 0.002 0.001 0.053 0.392 61 R 0.010 0.003 0.003 0.118 0.126 0.195 0.108 0.001 0.002 0.046 0.388 62 V 0.023 0.002 0.003 0.097 0.067 0.097 0.126 0.002 0.002 0.034 0.547 63 V 0.290 0.015 0.002 0.045 0.054 0.043 0.106 0.014 0.002 0.074 0.355 64 K 0.049 0.010 0.001 0.046 0.018 0.026 0.149 0.005 0.001 0.057 0.639 65 D 0.008 0.006 0.001 0.099 0.036 0.092 0.142 0.004 0.001 0.075 0.536 66 F 0.011 0.004 0.001 0.246 0.108 0.157 0.090 0.002 0.001 0.118 0.261 67 M 0.012 0.002 0.002 0.330 0.102 0.125 0.074 0.001 0.001 0.095 0.257 68 V 0.016 0.002 0.001 0.352 0.081 0.118 0.082 0.001 0.001 0.078 0.268 69 Q 0.042 0.003 0.001 0.203 0.042 0.103 0.136 0.003 0.001 0.099 0.368 70 G 0.072 0.005 0.001 0.097 0.022 0.043 0.184 0.003 0.001 0.077 0.495 71 G 0.014 0.002 0.001 0.054 0.039 0.093 0.214 0.006 0.001 0.061 0.515 72 D 0.044 0.005 0.001 0.074 0.021 0.046 0.195 0.002 0.001 0.088 0.523 73 F 0.065 0.004 0.003 0.074 0.050 0.067 0.159 0.005 0.001 0.144 0.428 74 S 0.052 0.004 0.001 0.036 0.014 0.028 0.184 0.003 0.001 0.080 0.596 75 E 0.114 0.005 0.001 0.026 0.016 0.027 0.154 0.005 0.001 0.074 0.577 76 G 0.050 0.003 0.001 0.023 0.008 0.015 0.192 0.004 0.001 0.074 0.630 77 N 0.018 0.001 0.001 0.021 0.011 0.026 0.211 0.004 0.001 0.051 0.655 78 G 0.113 0.006 0.001 0.039 0.019 0.038 0.176 0.004 0.001 0.092 0.511 79 R 0.057 0.004 0.001 0.033 0.018 0.029 0.176 0.002 0.001 0.057 0.623 80 G 0.020 0.009 0.001 0.033 0.020 0.053 0.194 0.004 0.001 0.050 0.616 81 G 0.053 0.020 0.001 0.047 0.035 0.062 0.186 0.005 0.001 0.089 0.502 82 E 0.032 0.011 0.003 0.058 0.071 0.115 0.203 0.005 0.001 0.100 0.400 83 S 0.068 0.013 0.004 0.065 0.061 0.121 0.135 0.004 0.002 0.084 0.443 84 I 0.179 0.013 0.003 0.052 0.040 0.071 0.124 0.006 0.001 0.096 0.414 85 Y 0.090 0.020 0.001 0.035 0.025 0.055 0.149 0.008 0.001 0.054 0.562 86 G 0.049 0.010 0.001 0.021 0.022 0.050 0.140 0.005 0.001 0.034 0.667 87 G 0.017 0.004 0.001 0.023 0.097 0.130 0.144 0.003 0.001 0.033 0.549 88 F 0.009 0.012 0.001 0.034 0.045 0.079 0.133 0.001 0.001 0.026 0.659 89 F 0.106 0.027 0.008 0.032 0.059 0.054 0.113 0.008 0.004 0.060 0.529 90 E 0.193 0.076 0.004 0.017 0.016 0.021 0.099 0.018 0.002 0.078 0.477 91 D 0.266 0.066 0.003 0.009 0.006 0.012 0.073 0.005 0.002 0.039 0.520 92 E 0.070 0.058 0.003 0.022 0.022 0.044 0.091 0.007 0.001 0.040 0.641 93 S 0.058 0.058 0.002 0.008 0.030 0.049 0.098 0.004 0.001 0.028 0.664 94 F 0.070 0.056 0.003 0.015 0.083 0.072 0.104 0.013 0.002 0.040 0.542 95 A 0.122 0.060 0.003 0.011 0.030 0.035 0.098 0.007 0.002 0.029 0.604 96 V 0.089 0.037 0.002 0.012 0.030 0.041 0.097 0.012 0.001 0.039 0.641 97 K 0.121 0.044 0.003 0.019 0.026 0.046 0.102 0.003 0.001 0.035 0.599 98 H 0.028 0.025 0.007 0.035 0.022 0.039 0.102 0.002 0.002 0.025 0.711 99 N 0.075 0.064 0.002 0.019 0.049 0.055 0.111 0.009 0.001 0.053 0.560 100 A 0.218 0.176 0.002 0.020 0.020 0.020 0.089 0.010 0.001 0.040 0.404 101 A 0.017 0.060 0.002 0.068 0.057 0.091 0.142 0.004 0.001 0.062 0.497 102 F 0.005 0.183 0.002 0.075 0.090 0.217 0.068 0.003 0.001 0.060 0.297 103 L 0.034 0.160 0.003 0.070 0.216 0.178 0.048 0.009 0.001 0.063 0.218 104 L 0.015 0.116 0.008 0.115 0.187 0.175 0.046 0.003 0.003 0.069 0.262 105 S 0.044 0.069 0.008 0.078 0.105 0.171 0.058 0.009 0.005 0.233 0.219 106 M 0.172 0.040 0.016 0.078 0.040 0.077 0.071 0.021 0.010 0.238 0.237 107 A 0.133 0.014 0.005 0.077 0.056 0.092 0.109 0.006 0.003 0.098 0.408 108 N 0.029 0.005 0.001 0.060 0.032 0.077 0.127 0.001 0.001 0.042 0.626 109 R 0.007 0.001 0.001 0.073 0.022 0.043 0.144 0.002 0.001 0.041 0.666 110 G 0.130 0.007 0.001 0.042 0.035 0.037 0.159 0.005 0.001 0.108 0.475 111 K 0.017 0.002 0.001 0.022 0.007 0.015 0.181 0.003 0.001 0.048 0.703 112 D 0.088 0.003 0.001 0.019 0.005 0.014 0.149 0.003 0.001 0.052 0.664 113 T 0.125 0.003 0.003 0.027 0.009 0.022 0.158 0.004 0.001 0.138 0.510 114 N 0.051 0.002 0.001 0.017 0.007 0.025 0.178 0.002 0.001 0.066 0.649 115 G 0.027 0.002 0.001 0.028 0.037 0.099 0.179 0.003 0.001 0.083 0.539 116 S 0.007 0.002 0.001 0.046 0.082 0.186 0.170 0.001 0.001 0.083 0.423 117 Q 0.002 0.001 0.001 0.059 0.132 0.336 0.078 0.001 0.001 0.104 0.287 118 F 0.001 0.001 0.001 0.088 0.252 0.404 0.035 0.001 0.001 0.071 0.148 119 F 0.001 0.001 0.001 0.100 0.260 0.413 0.024 0.001 0.001 0.064 0.137 120 I 0.004 0.001 0.001 0.133 0.294 0.313 0.028 0.001 0.001 0.076 0.151 121 T 0.005 0.001 0.001 0.121 0.178 0.314 0.059 0.001 0.001 0.065 0.257 122 T 0.033 0.001 0.001 0.070 0.075 0.090 0.104 0.001 0.001 0.043 0.585 123 K 0.012 0.001 0.001 0.029 0.051 0.075 0.171 0.008 0.001 0.042 0.612 124 P 0.074 0.004 0.001 0.024 0.009 0.011 0.130 0.004 0.001 0.042 0.702 125 T 0.125 0.006 0.002 0.029 0.027 0.037 0.147 0.009 0.001 0.093 0.525 126 P 0.037 0.002 0.002 0.015 0.013 0.026 0.146 0.003 0.001 0.063 0.691 127 H 0.117 0.003 0.003 0.023 0.018 0.041 0.137 0.003 0.001 0.061 0.593 128 L 0.257 0.002 0.001 0.022 0.016 0.033 0.121 0.004 0.001 0.103 0.440 129 D 0.061 0.003 0.001 0.014 0.006 0.015 0.174 0.002 0.001 0.027 0.697 130 G 0.006 0.001 0.001 0.015 0.017 0.030 0.191 0.004 0.001 0.019 0.717 131 H 0.003 0.004 0.001 0.134 0.097 0.104 0.157 0.001 0.001 0.061 0.437 132 H 0.001 0.002 0.001 0.256 0.154 0.273 0.046 0.001 0.001 0.086 0.181 133 V 0.002 0.004 0.001 0.307 0.204 0.171 0.030 0.001 0.001 0.036 0.244 134 V 0.005 0.012 0.001 0.284 0.274 0.223 0.027 0.001 0.001 0.032 0.141 135 F 0.022 0.033 0.001 0.223 0.122 0.202 0.051 0.007 0.001 0.069 0.269 136 G 0.033 0.022 0.001 0.198 0.083 0.127 0.065 0.005 0.001 0.156 0.308 137 Q 0.034 0.051 0.009 0.084 0.098 0.124 0.108 0.004 0.006 0.211 0.271 138 V 0.115 0.057 0.008 0.052 0.065 0.076 0.103 0.007 0.003 0.113 0.400 139 I 0.104 0.171 0.006 0.043 0.043 0.044 0.070 0.009 0.003 0.182 0.327 140 S 0.033 0.511 0.001 0.006 0.006 0.011 0.054 0.004 0.001 0.086 0.287 141 G 0.006 0.885 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.013 0.076 142 Q 0.005 0.931 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.019 0.031 143 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 144 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 145 V 0.010 0.895 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.069 0.013 146 R 0.014 0.532 0.017 0.005 0.001 0.002 0.015 0.003 0.006 0.356 0.048 147 E 0.093 0.265 0.148 0.010 0.002 0.003 0.041 0.027 0.045 0.250 0.116 148 I 0.307 0.063 0.068 0.015 0.003 0.006 0.069 0.026 0.046 0.118 0.279 149 E 0.121 0.013 0.002 0.007 0.003 0.008 0.066 0.002 0.002 0.025 0.751 150 N 0.015 0.006 0.001 0.003 0.001 0.004 0.056 0.001 0.001 0.010 0.903 151 Q 0.033 0.003 0.001 0.003 0.007 0.014 0.103 0.007 0.001 0.029 0.800 152 K 0.033 0.018 0.002 0.006 0.006 0.013 0.089 0.001 0.001 0.022 0.810 153 T 0.020 0.006 0.004 0.006 0.006 0.013 0.079 0.004 0.002 0.015 0.845 154 D 0.579 0.026 0.002 0.004 0.005 0.009 0.033 0.022 0.001 0.055 0.263 155 A 0.462 0.010 0.001 0.004 0.002 0.004 0.038 0.002 0.001 0.033 0.443 156 A 0.007 0.004 0.001 0.009 0.007 0.017 0.080 0.001 0.001 0.011 0.864 157 S 0.014 0.005 0.001 0.004 0.013 0.013 0.065 0.001 0.001 0.011 0.871 158 K 0.087 0.001 0.001 0.004 0.120 0.040 0.118 0.022 0.001 0.066 0.542 159 P 0.036 0.001 0.001 0.012 0.013 0.023 0.122 0.002 0.001 0.023 0.768 160 F 0.033 0.002 0.001 0.036 0.014 0.034 0.102 0.001 0.001 0.027 0.750 161 A 0.005 0.002 0.001 0.080 0.111 0.090 0.132 0.001 0.001 0.035 0.541 162 E 0.001 0.001 0.001 0.107 0.128 0.271 0.082 0.002 0.001 0.041 0.367 163 V 0.001 0.001 0.001 0.338 0.163 0.168 0.034 0.001 0.001 0.049 0.245 164 R 0.001 0.001 0.001 0.402 0.225 0.249 0.013 0.001 0.001 0.038 0.070 165 I 0.009 0.001 0.002 0.282 0.163 0.185 0.032 0.001 0.001 0.054 0.273 166 L 0.010 0.001 0.001 0.271 0.201 0.199 0.039 0.002 0.001 0.026 0.250 167 S 0.082 0.005 0.001 0.093 0.080 0.132 0.094 0.005 0.001 0.043 0.465 168 C 0.017 0.002 0.001 0.065 0.135 0.254 0.092 0.014 0.001 0.023 0.398 169 G 0.044 0.003 0.001 0.075 0.096 0.163 0.092 0.002 0.001 0.028 0.496 170 E 0.005 0.001 0.001 0.080 0.225 0.216 0.075 0.001 0.001 0.019 0.377 171 L 0.006 0.003 0.001 0.074 0.062 0.070 0.097 0.001 0.001 0.017 0.668 172 I 0.120 0.010 0.003 0.035 0.126 0.081 0.106 0.022 0.002 0.083 0.413 173 P 0.121 0.020 0.003 0.022 0.007 0.011 0.103 0.004 0.002 0.053 0.652