# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.095 0.012 0.012 0.050 0.056 0.093 0.056 0.625 2 P 0.026 0.013 0.019 0.034 0.074 0.107 0.035 0.693 3 R 0.014 0.011 0.053 0.071 0.144 0.115 0.047 0.546 4 C 0.020 0.017 0.068 0.108 0.125 0.108 0.056 0.499 5 F 0.045 0.045 0.101 0.080 0.099 0.091 0.099 0.438 6 F 0.042 0.041 0.098 0.088 0.123 0.101 0.114 0.393 7 D 0.019 0.018 0.109 0.094 0.178 0.064 0.236 0.282 8 I 0.009 0.008 0.165 0.140 0.271 0.053 0.175 0.179 9 A 0.026 0.005 0.126 0.186 0.338 0.053 0.056 0.210 10 I 0.036 0.002 0.076 0.249 0.237 0.062 0.048 0.288 11 N 0.008 0.001 0.049 0.083 0.189 0.109 0.038 0.523 12 N 0.013 0.001 0.030 0.041 0.126 0.150 0.038 0.602 13 Q 0.128 0.002 0.026 0.046 0.039 0.132 0.065 0.563 14 P 0.209 0.008 0.026 0.032 0.048 0.119 0.061 0.496 15 A 0.019 0.005 0.030 0.015 0.059 0.105 0.021 0.746 16 G 0.012 0.007 0.105 0.106 0.348 0.095 0.032 0.295 17 R 0.002 0.003 0.117 0.177 0.318 0.044 0.046 0.292 18 V 0.001 0.003 0.160 0.387 0.351 0.017 0.022 0.059 19 V 0.004 0.006 0.245 0.244 0.382 0.013 0.045 0.062 20 F 0.007 0.008 0.215 0.378 0.251 0.017 0.044 0.081 21 E 0.004 0.008 0.296 0.223 0.318 0.019 0.064 0.069 22 L 0.033 0.023 0.189 0.140 0.195 0.061 0.097 0.262 23 F 0.476 0.051 0.048 0.075 0.071 0.036 0.088 0.155 24 S 0.098 0.022 0.017 0.017 0.028 0.068 0.073 0.677 25 D 0.017 0.021 0.016 0.012 0.035 0.131 0.027 0.742 26 V 0.023 0.025 0.017 0.019 0.024 0.105 0.069 0.718 27 C 0.090 0.249 0.014 0.030 0.020 0.094 0.101 0.401 28 P 0.074 0.347 0.017 0.006 0.013 0.061 0.051 0.430 29 K 0.022 0.228 0.039 0.033 0.024 0.063 0.308 0.283 30 T 0.042 0.814 0.016 0.004 0.007 0.012 0.062 0.043 31 C 0.069 0.808 0.013 0.004 0.005 0.017 0.032 0.053 32 E 0.015 0.719 0.033 0.016 0.016 0.025 0.036 0.140 33 N 0.021 0.813 0.018 0.004 0.014 0.015 0.044 0.070 34 F 0.094 0.619 0.031 0.016 0.023 0.033 0.085 0.099 35 R 0.057 0.052 0.059 0.088 0.068 0.041 0.486 0.149 36 C 0.012 0.051 0.030 0.045 0.078 0.102 0.249 0.434 37 L 0.058 0.045 0.064 0.065 0.147 0.126 0.076 0.420 38 C 0.085 0.013 0.046 0.179 0.193 0.103 0.059 0.323 39 T 0.029 0.006 0.015 0.027 0.079 0.082 0.048 0.713 40 G 0.128 0.006 0.021 0.063 0.120 0.129 0.067 0.467 41 E 0.032 0.002 0.017 0.076 0.081 0.140 0.048 0.604 42 K 0.014 0.001 0.011 0.015 0.030 0.100 0.012 0.816 43 G 0.050 0.003 0.022 0.052 0.074 0.104 0.049 0.646 44 T 0.018 0.003 0.019 0.060 0.064 0.096 0.055 0.685 45 G 0.035 0.005 0.034 0.050 0.075 0.091 0.059 0.652 46 K 0.149 0.008 0.019 0.071 0.074 0.083 0.038 0.560 47 S 0.086 0.008 0.014 0.036 0.042 0.070 0.035 0.711 48 T 0.014 0.008 0.023 0.035 0.106 0.120 0.023 0.672 49 Q 0.012 0.007 0.026 0.047 0.103 0.104 0.032 0.669 50 K 0.070 0.032 0.033 0.170 0.111 0.086 0.066 0.433 51 P 0.061 0.035 0.047 0.061 0.101 0.090 0.067 0.538 52 L 0.015 0.018 0.085 0.119 0.222 0.090 0.093 0.358 53 H 0.036 0.022 0.100 0.078 0.170 0.079 0.103 0.413 54 Y 0.134 0.044 0.061 0.110 0.106 0.084 0.111 0.351 55 K 0.030 0.042 0.054 0.060 0.132 0.103 0.041 0.538 56 S 0.019 0.051 0.069 0.041 0.158 0.105 0.066 0.490 57 C 0.020 0.047 0.090 0.146 0.226 0.077 0.098 0.297 58 L 0.023 0.036 0.108 0.251 0.266 0.047 0.075 0.194 59 F 0.021 0.036 0.066 0.191 0.292 0.045 0.088 0.259 60 H 0.030 0.030 0.076 0.191 0.240 0.047 0.090 0.296 61 R 0.006 0.010 0.093 0.296 0.252 0.060 0.052 0.231 62 V 0.017 0.010 0.076 0.055 0.096 0.102 0.072 0.573 63 V 0.341 0.030 0.054 0.071 0.049 0.079 0.160 0.216 64 K 0.056 0.018 0.034 0.022 0.039 0.147 0.054 0.631 65 D 0.007 0.009 0.066 0.018 0.076 0.097 0.091 0.636 66 F 0.003 0.004 0.361 0.114 0.184 0.061 0.151 0.122 67 M 0.009 0.004 0.363 0.120 0.155 0.049 0.114 0.186 68 V 0.045 0.002 0.411 0.167 0.103 0.048 0.059 0.164 69 Q 0.043 0.003 0.220 0.043 0.098 0.130 0.061 0.403 70 G 0.023 0.002 0.064 0.026 0.075 0.150 0.037 0.623 71 G 0.015 0.002 0.061 0.032 0.060 0.182 0.041 0.608 72 D 0.032 0.004 0.058 0.060 0.080 0.186 0.087 0.492 73 F 0.075 0.004 0.039 0.053 0.060 0.158 0.083 0.529 74 S 0.070 0.004 0.030 0.037 0.049 0.149 0.075 0.586 75 E 0.063 0.003 0.024 0.020 0.039 0.158 0.039 0.654 76 G 0.059 0.003 0.024 0.027 0.045 0.153 0.050 0.639 77 N 0.034 0.004 0.029 0.030 0.061 0.167 0.032 0.643 78 G 0.079 0.005 0.026 0.024 0.051 0.147 0.036 0.632 79 R 0.075 0.010 0.024 0.054 0.070 0.170 0.049 0.547 80 G 0.037 0.011 0.022 0.020 0.044 0.139 0.032 0.697 81 G 0.095 0.032 0.025 0.059 0.091 0.148 0.069 0.481 82 E 0.033 0.025 0.037 0.058 0.100 0.130 0.058 0.559 83 S 0.106 0.034 0.031 0.061 0.115 0.112 0.068 0.474 84 I 0.235 0.031 0.029 0.101 0.099 0.093 0.066 0.347 85 Y 0.047 0.023 0.016 0.044 0.115 0.098 0.032 0.624 86 G 0.069 0.030 0.017 0.034 0.094 0.089 0.022 0.645 87 G 0.017 0.025 0.028 0.163 0.157 0.122 0.027 0.460 88 F 0.034 0.045 0.015 0.025 0.036 0.113 0.019 0.713 89 F 0.211 0.116 0.034 0.063 0.051 0.075 0.180 0.270 90 E 0.110 0.118 0.014 0.018 0.021 0.089 0.078 0.552 91 D 0.319 0.257 0.010 0.009 0.013 0.035 0.081 0.276 92 E 0.067 0.202 0.014 0.028 0.036 0.098 0.035 0.519 93 S 0.058 0.095 0.017 0.019 0.046 0.083 0.052 0.628 94 F 0.124 0.090 0.014 0.042 0.051 0.106 0.095 0.478 95 A 0.047 0.033 0.027 0.039 0.059 0.125 0.178 0.491 96 V 0.107 0.038 0.020 0.030 0.042 0.113 0.095 0.554 97 K 0.094 0.041 0.021 0.027 0.042 0.103 0.052 0.620 98 H 0.022 0.024 0.016 0.013 0.025 0.103 0.021 0.775 99 N 0.093 0.132 0.028 0.022 0.039 0.116 0.060 0.509 100 A 0.059 0.241 0.025 0.035 0.043 0.090 0.071 0.436 101 A 0.010 0.111 0.075 0.036 0.093 0.115 0.189 0.371 102 F 0.006 0.205 0.136 0.097 0.181 0.033 0.251 0.090 103 L 0.040 0.315 0.138 0.117 0.169 0.043 0.076 0.102 104 L 0.017 0.047 0.396 0.151 0.142 0.029 0.144 0.074 105 S 0.034 0.086 0.212 0.101 0.203 0.054 0.141 0.169 106 M 0.139 0.037 0.158 0.086 0.139 0.080 0.130 0.230 107 A 0.086 0.016 0.039 0.041 0.065 0.190 0.059 0.504 108 N 0.051 0.008 0.018 0.025 0.054 0.120 0.048 0.676 109 R 0.019 0.003 0.008 0.011 0.018 0.136 0.026 0.779 110 G 0.089 0.010 0.021 0.036 0.046 0.184 0.192 0.422 111 K 0.037 0.005 0.013 0.019 0.030 0.161 0.037 0.699 112 D 0.204 0.004 0.013 0.009 0.018 0.111 0.040 0.599 113 T 0.298 0.013 0.014 0.011 0.012 0.107 0.085 0.460 114 N 0.054 0.012 0.017 0.007 0.029 0.193 0.018 0.669 115 G 0.028 0.010 0.029 0.013 0.070 0.138 0.031 0.680 116 S 0.014 0.014 0.086 0.154 0.262 0.125 0.071 0.274 117 Q 0.004 0.004 0.129 0.153 0.334 0.054 0.107 0.216 118 F 0.001 0.002 0.141 0.301 0.379 0.020 0.096 0.061 119 F 0.003 0.001 0.194 0.250 0.441 0.016 0.042 0.052 120 I 0.011 0.001 0.131 0.360 0.379 0.020 0.025 0.073 121 T 0.007 0.001 0.114 0.208 0.458 0.031 0.045 0.137 122 T 0.023 0.003 0.053 0.086 0.222 0.130 0.046 0.437 123 K 0.017 0.002 0.035 0.108 0.134 0.205 0.037 0.462 124 P 0.025 0.003 0.007 0.012 0.016 0.099 0.022 0.816 125 T 0.368 0.021 0.011 0.025 0.026 0.106 0.108 0.335 126 P 0.050 0.007 0.016 0.019 0.028 0.157 0.048 0.674 127 H 0.093 0.004 0.016 0.012 0.028 0.125 0.045 0.677 128 L 0.271 0.006 0.016 0.018 0.021 0.117 0.069 0.482 129 D 0.102 0.010 0.011 0.012 0.036 0.144 0.033 0.653 130 G 0.021 0.007 0.023 0.017 0.085 0.127 0.023 0.697 131 H 0.007 0.003 0.066 0.173 0.319 0.115 0.034 0.283 132 H 0.003 0.003 0.149 0.212 0.392 0.039 0.038 0.164 133 V 0.005 0.003 0.147 0.295 0.349 0.029 0.031 0.141 134 V 0.011 0.005 0.181 0.349 0.304 0.025 0.030 0.094 135 F 0.013 0.012 0.109 0.176 0.348 0.045 0.045 0.251 136 G 0.013 0.014 0.117 0.182 0.347 0.040 0.082 0.205 137 Q 0.010 0.022 0.135 0.301 0.290 0.042 0.068 0.132 138 V 0.048 0.051 0.103 0.104 0.169 0.069 0.063 0.392 139 I 0.115 0.054 0.095 0.192 0.140 0.061 0.083 0.260 140 S 0.038 0.164 0.022 0.036 0.073 0.077 0.052 0.537 141 G 0.026 0.634 0.007 0.006 0.017 0.029 0.045 0.236 142 Q 0.013 0.754 0.015 0.033 0.018 0.021 0.052 0.093 143 E 0.009 0.903 0.011 0.015 0.009 0.007 0.012 0.034 144 V 0.034 0.930 0.007 0.002 0.004 0.002 0.009 0.011 145 V 0.108 0.772 0.032 0.006 0.006 0.007 0.047 0.023 146 R 0.053 0.383 0.049 0.024 0.015 0.022 0.213 0.241 147 E 0.090 0.302 0.037 0.008 0.009 0.046 0.134 0.375 148 I 0.365 0.120 0.044 0.013 0.012 0.058 0.135 0.253 149 E 0.106 0.023 0.010 0.008 0.009 0.070 0.045 0.729 150 N 0.017 0.010 0.004 0.002 0.004 0.061 0.028 0.875 151 Q 0.039 0.027 0.012 0.012 0.011 0.172 0.028 0.698 152 K 0.104 0.021 0.016 0.013 0.016 0.154 0.041 0.636 153 T 0.066 0.012 0.018 0.008 0.009 0.105 0.073 0.710 154 D 0.381 0.023 0.017 0.010 0.013 0.078 0.068 0.411 155 A 0.275 0.007 0.010 0.008 0.008 0.078 0.042 0.572 156 A 0.015 0.002 0.010 0.009 0.020 0.104 0.016 0.823 157 S 0.016 0.002 0.011 0.007 0.028 0.096 0.021 0.819 158 K 0.030 0.002 0.029 0.069 0.050 0.188 0.046 0.585 159 P 0.029 0.004 0.036 0.022 0.041 0.100 0.035 0.733 160 F 0.080 0.010 0.044 0.032 0.054 0.132 0.076 0.574 161 A 0.017 0.010 0.118 0.084 0.142 0.103 0.053 0.471 162 E 0.006 0.007 0.169 0.070 0.202 0.071 0.055 0.418 163 V 0.003 0.004 0.284 0.202 0.250 0.042 0.052 0.163 164 R 0.006 0.006 0.361 0.211 0.260 0.024 0.052 0.080 165 I 0.012 0.008 0.353 0.165 0.186 0.041 0.068 0.166 166 L 0.036 0.006 0.312 0.145 0.169 0.064 0.050 0.218 167 S 0.137 0.010 0.083 0.082 0.146 0.076 0.103 0.364 168 C 0.037 0.005 0.047 0.039 0.100 0.114 0.041 0.616 169 G 0.028 0.002 0.047 0.123 0.243 0.101 0.036 0.419 170 E 0.007 0.001 0.023 0.096 0.175 0.092 0.039 0.566 171 L 0.012 0.001 0.034 0.094 0.132 0.101 0.034 0.591 172 I 0.081 0.004 0.025 0.123 0.124 0.118 0.060 0.465 173 P 0.035 0.003 0.010 0.020 0.029 0.074 0.026 0.802