# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 2 P 0.084 0.018 0.009 0.023 0.011 0.019 0.835 3 R 0.257 0.027 0.026 0.041 0.145 0.065 0.438 4 C 0.390 0.020 0.024 0.025 0.102 0.048 0.391 5 F 0.516 0.018 0.012 0.033 0.066 0.027 0.328 6 F 0.529 0.007 0.012 0.033 0.068 0.025 0.326 7 D 0.636 0.005 0.015 0.047 0.078 0.020 0.198 8 I 0.678 0.011 0.033 0.075 0.045 0.030 0.129 9 A 0.748 0.012 0.017 0.065 0.020 0.043 0.095 10 I 0.722 0.037 0.018 0.038 0.028 0.052 0.104 11 N 0.566 0.014 0.010 0.015 0.067 0.179 0.150 12 N 0.305 0.020 0.011 0.005 0.264 0.182 0.213 13 Q 0.167 0.029 0.007 0.001 0.253 0.015 0.528 14 P 0.101 0.009 0.035 0.002 0.152 0.291 0.412 15 A 0.045 0.009 0.061 0.002 0.159 0.592 0.132 16 G 0.182 0.004 0.036 0.003 0.278 0.308 0.189 17 R 0.448 0.005 0.006 0.002 0.120 0.042 0.377 18 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 19 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 E 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 22 L 0.802 0.008 0.002 0.006 0.024 0.004 0.154 23 F 0.207 0.005 0.021 0.019 0.133 0.038 0.578 24 S 0.045 0.006 0.208 0.082 0.214 0.252 0.192 25 D 0.016 0.003 0.205 0.110 0.169 0.390 0.106 26 V 0.013 0.010 0.160 0.290 0.235 0.203 0.089 27 C 0.019 0.007 0.006 0.141 0.561 0.019 0.247 28 P 0.019 0.008 0.021 0.545 0.053 0.092 0.261 29 K 0.030 0.007 0.031 0.784 0.037 0.071 0.039 30 T 0.041 0.005 0.036 0.834 0.018 0.027 0.040 31 C 0.032 0.002 0.027 0.889 0.011 0.014 0.024 32 E 0.014 0.001 0.020 0.909 0.009 0.038 0.009 33 N 0.013 0.001 0.014 0.868 0.008 0.081 0.015 34 F 0.011 0.002 0.017 0.899 0.005 0.036 0.029 35 R 0.015 0.001 0.029 0.894 0.016 0.026 0.019 36 C 0.015 0.001 0.021 0.917 0.005 0.030 0.011 37 L 0.013 0.002 0.017 0.895 0.009 0.039 0.024 38 C 0.031 0.013 0.016 0.688 0.045 0.109 0.097 39 T 0.029 0.010 0.012 0.283 0.098 0.386 0.181 40 G 0.029 0.009 0.015 0.067 0.237 0.239 0.404 41 E 0.035 0.012 0.049 0.062 0.225 0.293 0.323 42 K 0.040 0.014 0.066 0.038 0.201 0.377 0.263 43 G 0.050 0.030 0.073 0.026 0.224 0.240 0.356 44 T 0.077 0.065 0.041 0.030 0.193 0.171 0.424 45 G 0.081 0.054 0.040 0.025 0.210 0.145 0.444 46 K 0.054 0.017 0.098 0.038 0.170 0.274 0.349 47 S 0.044 0.012 0.121 0.023 0.147 0.408 0.245 48 T 0.049 0.019 0.092 0.017 0.208 0.395 0.219 49 Q 0.059 0.016 0.047 0.009 0.345 0.288 0.235 50 K 0.118 0.015 0.016 0.007 0.266 0.034 0.544 51 P 0.342 0.028 0.023 0.013 0.069 0.027 0.498 52 L 0.594 0.039 0.043 0.019 0.071 0.034 0.201 53 H 0.563 0.021 0.040 0.031 0.052 0.066 0.226 54 Y 0.565 0.030 0.053 0.038 0.064 0.081 0.169 55 K 0.147 0.006 0.024 0.033 0.093 0.608 0.089 56 S 0.074 0.001 0.012 0.006 0.169 0.657 0.080 57 C 0.389 0.026 0.006 0.012 0.099 0.027 0.440 58 L 0.743 0.039 0.005 0.015 0.034 0.018 0.145 59 F 0.785 0.012 0.014 0.023 0.026 0.016 0.123 60 H 0.754 0.006 0.024 0.037 0.042 0.018 0.119 61 R 0.700 0.009 0.046 0.050 0.067 0.033 0.094 62 V 0.746 0.030 0.020 0.031 0.034 0.025 0.114 63 V 0.579 0.015 0.027 0.030 0.052 0.019 0.280 64 K 0.218 0.004 0.084 0.056 0.134 0.365 0.138 65 D 0.269 0.005 0.071 0.040 0.119 0.420 0.075 66 F 0.670 0.023 0.044 0.029 0.043 0.071 0.120 67 M 0.848 0.025 0.009 0.013 0.025 0.019 0.061 68 V 0.853 0.011 0.008 0.009 0.022 0.017 0.079 69 Q 0.703 0.029 0.007 0.008 0.052 0.040 0.160 70 G 0.272 0.019 0.009 0.005 0.182 0.081 0.432 71 G 0.161 0.025 0.008 0.003 0.318 0.083 0.402 72 D 0.163 0.093 0.007 0.004 0.125 0.050 0.558 73 F 0.084 0.041 0.019 0.006 0.207 0.128 0.515 74 S 0.065 0.048 0.022 0.008 0.179 0.228 0.451 75 E 0.037 0.027 0.027 0.011 0.286 0.417 0.195 76 G 0.038 0.028 0.015 0.006 0.334 0.312 0.267 77 N 0.060 0.058 0.015 0.004 0.303 0.150 0.410 78 G 0.074 0.073 0.015 0.004 0.274 0.225 0.334 79 R 0.077 0.079 0.018 0.005 0.242 0.241 0.338 80 G 0.068 0.044 0.018 0.006 0.319 0.258 0.287 81 G 0.091 0.026 0.024 0.013 0.250 0.139 0.457 82 E 0.183 0.087 0.044 0.025 0.167 0.082 0.410 83 S 0.229 0.072 0.053 0.026 0.116 0.089 0.415 84 I 0.247 0.069 0.078 0.030 0.134 0.179 0.263 85 Y 0.159 0.042 0.049 0.025 0.134 0.401 0.190 86 G 0.073 0.014 0.034 0.014 0.279 0.353 0.233 87 G 0.073 0.019 0.015 0.008 0.283 0.076 0.527 88 F 0.138 0.104 0.016 0.011 0.142 0.070 0.520 89 F 0.117 0.057 0.048 0.038 0.118 0.068 0.553 90 E 0.104 0.030 0.091 0.074 0.131 0.170 0.400 91 D 0.078 0.018 0.159 0.084 0.153 0.192 0.316 92 E 0.104 0.021 0.155 0.109 0.117 0.218 0.276 93 S 0.109 0.016 0.122 0.096 0.150 0.234 0.272 94 F 0.160 0.017 0.057 0.077 0.208 0.110 0.372 95 A 0.184 0.031 0.053 0.098 0.106 0.101 0.427 96 V 0.211 0.046 0.055 0.105 0.120 0.075 0.389 97 K 0.153 0.024 0.087 0.114 0.077 0.192 0.354 98 H 0.083 0.017 0.072 0.092 0.112 0.353 0.271 99 N 0.063 0.009 0.044 0.070 0.264 0.202 0.347 100 A 0.075 0.006 0.016 0.062 0.516 0.063 0.262 101 A 0.170 0.017 0.022 0.114 0.173 0.209 0.295 102 F 0.553 0.020 0.014 0.058 0.080 0.086 0.189 103 L 0.814 0.016 0.003 0.040 0.027 0.006 0.094 104 L 0.867 0.007 0.004 0.052 0.011 0.006 0.052 105 S 0.694 0.007 0.012 0.150 0.029 0.021 0.087 106 M 0.557 0.006 0.032 0.214 0.030 0.034 0.128 107 A 0.556 0.012 0.031 0.176 0.055 0.044 0.126 108 N 0.288 0.027 0.046 0.123 0.077 0.141 0.298 109 R 0.091 0.029 0.024 0.078 0.334 0.216 0.228 110 G 0.032 0.010 0.003 0.004 0.467 0.029 0.455 111 K 0.013 0.011 0.023 0.004 0.222 0.550 0.177 112 D 0.018 0.019 0.025 0.002 0.248 0.436 0.252 113 T 0.054 0.060 0.025 0.002 0.329 0.167 0.364 114 N 0.070 0.047 0.019 0.002 0.285 0.233 0.344 115 G 0.078 0.020 0.041 0.003 0.323 0.307 0.229 116 S 0.243 0.020 0.029 0.002 0.163 0.062 0.482 117 Q 0.615 0.021 0.016 0.003 0.137 0.020 0.188 118 F 0.931 0.003 0.003 0.002 0.010 0.006 0.045 119 F 0.973 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 120 I 0.976 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 121 T 0.925 0.008 0.001 0.001 0.005 0.003 0.058 122 T 0.624 0.018 0.001 0.001 0.054 0.007 0.295 123 K 0.155 0.007 0.004 0.001 0.493 0.096 0.245 124 P 0.096 0.072 0.006 0.002 0.342 0.103 0.379 125 T 0.031 0.021 0.042 0.008 0.125 0.017 0.755 126 P 0.011 0.005 0.297 0.035 0.131 0.363 0.158 127 H 0.014 0.010 0.335 0.027 0.090 0.397 0.128 128 L 0.091 0.052 0.151 0.027 0.277 0.159 0.243 129 D 0.051 0.019 0.048 0.013 0.176 0.372 0.321 130 G 0.062 0.006 0.034 0.007 0.278 0.492 0.121 131 H 0.191 0.012 0.025 0.010 0.261 0.119 0.381 132 H 0.605 0.046 0.010 0.004 0.107 0.031 0.197 133 V 0.747 0.011 0.004 0.004 0.030 0.011 0.193 134 V 0.884 0.010 0.002 0.002 0.022 0.007 0.073 135 F 0.801 0.005 0.005 0.008 0.023 0.015 0.143 136 G 0.724 0.001 0.005 0.009 0.096 0.040 0.124 137 Q 0.880 0.006 0.004 0.012 0.023 0.013 0.062 138 V 0.885 0.020 0.002 0.013 0.013 0.010 0.057 139 I 0.611 0.021 0.005 0.034 0.068 0.046 0.214 140 S 0.250 0.019 0.006 0.042 0.228 0.199 0.255 141 G 0.031 0.004 0.040 0.291 0.124 0.304 0.206 142 Q 0.008 0.002 0.042 0.810 0.041 0.042 0.055 143 E 0.007 0.003 0.030 0.883 0.015 0.024 0.037 144 V 0.003 0.001 0.012 0.959 0.003 0.010 0.013 145 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.002 0.003 146 R 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.001 147 E 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.012 0.001 148 I 0.002 0.002 0.017 0.927 0.003 0.045 0.004 149 E 0.002 0.002 0.026 0.715 0.006 0.239 0.009 150 N 0.002 0.001 0.038 0.350 0.034 0.552 0.024 151 Q 0.010 0.004 0.011 0.046 0.517 0.103 0.309 152 K 0.032 0.019 0.013 0.011 0.179 0.091 0.655 153 T 0.087 0.110 0.022 0.009 0.178 0.038 0.556 154 D 0.085 0.041 0.032 0.008 0.127 0.079 0.626 155 A 0.037 0.012 0.128 0.018 0.154 0.511 0.141 156 A 0.019 0.006 0.054 0.008 0.135 0.669 0.110 157 S 0.029 0.008 0.037 0.005 0.420 0.271 0.230 158 K 0.101 0.040 0.003 0.002 0.285 0.009 0.559 159 P 0.224 0.077 0.003 0.001 0.052 0.018 0.626 160 F 0.396 0.031 0.007 0.003 0.106 0.029 0.428 161 A 0.585 0.007 0.008 0.004 0.146 0.025 0.225 162 E 0.654 0.003 0.006 0.003 0.037 0.012 0.285 163 V 0.832 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.152 164 R 0.950 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.041 165 I 0.966 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.024 166 L 0.888 0.002 0.003 0.006 0.021 0.013 0.068 167 S 0.858 0.003 0.005 0.006 0.027 0.031 0.069 168 C 0.719 0.005 0.015 0.011 0.032 0.048 0.170 169 G 0.695 0.003 0.016 0.010 0.099 0.059 0.119 170 E 0.768 0.008 0.013 0.008 0.075 0.020 0.109 171 L 0.734 0.032 0.006 0.007 0.044 0.016 0.160 172 I 0.153 0.011 0.002 0.003 0.013 0.006 0.812 173 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.990