# TARGET T0290 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.700 0.192 0.066 0.030 0.010 0.002 0.001 2 P 0.453 0.275 0.159 0.080 0.026 0.006 0.001 3 R 0.274 0.300 0.215 0.140 0.053 0.016 0.002 4 C 0.096 0.136 0.178 0.237 0.223 0.114 0.017 5 F 0.063 0.093 0.149 0.214 0.231 0.197 0.053 6 F 0.076 0.099 0.145 0.208 0.225 0.190 0.057 7 D 0.124 0.195 0.210 0.198 0.143 0.100 0.030 8 I 0.094 0.116 0.153 0.202 0.218 0.171 0.046 9 A 0.081 0.086 0.111 0.179 0.253 0.239 0.051 10 I 0.148 0.164 0.176 0.208 0.179 0.106 0.019 11 N 0.208 0.219 0.188 0.190 0.130 0.056 0.009 12 N 0.299 0.306 0.209 0.122 0.048 0.014 0.002 13 Q 0.342 0.292 0.187 0.117 0.048 0.013 0.002 14 P 0.417 0.306 0.151 0.084 0.032 0.008 0.001 15 A 0.236 0.315 0.231 0.144 0.060 0.012 0.002 16 G 0.060 0.200 0.274 0.261 0.145 0.053 0.007 17 R 0.023 0.171 0.332 0.303 0.133 0.033 0.005 18 V 0.002 0.006 0.020 0.088 0.289 0.511 0.084 19 V 0.002 0.036 0.156 0.350 0.311 0.127 0.017 20 F 0.002 0.005 0.012 0.052 0.202 0.573 0.154 21 E 0.005 0.056 0.182 0.345 0.265 0.127 0.021 22 L 0.005 0.022 0.061 0.174 0.320 0.358 0.060 23 F 0.028 0.140 0.267 0.293 0.187 0.077 0.009 24 S 0.208 0.337 0.254 0.142 0.048 0.010 0.001 25 D 0.416 0.320 0.170 0.066 0.021 0.006 0.001 26 V 0.137 0.253 0.256 0.206 0.110 0.036 0.003 27 C 0.053 0.092 0.144 0.260 0.283 0.152 0.017 28 P 0.110 0.236 0.249 0.230 0.129 0.043 0.004 29 K 0.050 0.135 0.227 0.277 0.201 0.096 0.014 30 T 0.008 0.020 0.035 0.088 0.225 0.467 0.156 31 C 0.005 0.023 0.064 0.187 0.317 0.316 0.088 32 E 0.029 0.205 0.301 0.268 0.131 0.053 0.013 33 N 0.003 0.010 0.048 0.179 0.352 0.340 0.068 34 F 0.001 0.003 0.004 0.012 0.074 0.525 0.382 35 R 0.003 0.024 0.095 0.239 0.341 0.242 0.055 36 C 0.005 0.048 0.145 0.281 0.297 0.188 0.036 37 L 0.001 0.003 0.013 0.062 0.238 0.538 0.147 38 C 0.001 0.007 0.025 0.122 0.325 0.444 0.076 39 T 0.032 0.211 0.320 0.258 0.139 0.036 0.004 40 G 0.091 0.245 0.299 0.237 0.101 0.024 0.003 41 E 0.379 0.316 0.162 0.093 0.036 0.013 0.002 42 K 0.427 0.282 0.173 0.083 0.028 0.006 0.001 43 G 0.512 0.232 0.136 0.081 0.032 0.007 0.001 44 T 0.552 0.213 0.113 0.079 0.034 0.009 0.001 45 G 0.619 0.222 0.090 0.047 0.017 0.005 0.001 46 K 0.582 0.241 0.102 0.053 0.017 0.004 0.001 47 S 0.571 0.229 0.106 0.065 0.023 0.006 0.001 48 T 0.592 0.225 0.104 0.053 0.020 0.005 0.001 49 Q 0.504 0.265 0.137 0.068 0.023 0.004 0.001 50 K 0.284 0.298 0.232 0.133 0.044 0.008 0.001 51 P 0.236 0.308 0.210 0.146 0.075 0.023 0.003 52 L 0.028 0.074 0.162 0.305 0.296 0.122 0.013 53 H 0.030 0.163 0.284 0.311 0.158 0.050 0.004 54 Y 0.008 0.017 0.052 0.190 0.392 0.302 0.040 55 K 0.104 0.308 0.290 0.196 0.075 0.023 0.004 56 S 0.035 0.149 0.271 0.269 0.163 0.093 0.020 57 C 0.003 0.011 0.036 0.114 0.288 0.445 0.102 58 L 0.004 0.023 0.085 0.197 0.306 0.293 0.093 59 F 0.002 0.005 0.010 0.033 0.127 0.497 0.326 60 H 0.003 0.016 0.037 0.104 0.234 0.406 0.200 61 R 0.003 0.022 0.074 0.161 0.252 0.345 0.144 62 V 0.003 0.012 0.039 0.126 0.275 0.398 0.148 63 V 0.006 0.018 0.046 0.127 0.294 0.399 0.109 64 K 0.063 0.194 0.251 0.233 0.136 0.085 0.039 65 D 0.126 0.207 0.214 0.199 0.118 0.093 0.043 66 F 0.012 0.028 0.053 0.120 0.248 0.400 0.140 67 M 0.009 0.017 0.037 0.099 0.201 0.388 0.249 68 V 0.008 0.014 0.018 0.036 0.099 0.394 0.430 69 Q 0.005 0.012 0.018 0.050 0.133 0.339 0.444 70 G 0.006 0.019 0.044 0.100 0.188 0.338 0.305 71 G 0.013 0.041 0.073 0.143 0.228 0.297 0.205 72 D 0.042 0.110 0.157 0.199 0.199 0.191 0.102 73 F 0.019 0.034 0.061 0.158 0.312 0.325 0.091 74 S 0.120 0.196 0.222 0.225 0.147 0.072 0.019 75 E 0.217 0.256 0.199 0.171 0.100 0.048 0.009 76 G 0.298 0.259 0.196 0.147 0.071 0.024 0.005 77 N 0.329 0.254 0.188 0.135 0.064 0.025 0.005 78 G 0.324 0.225 0.171 0.143 0.090 0.040 0.008 79 R 0.251 0.249 0.209 0.151 0.087 0.041 0.012 80 G 0.177 0.175 0.187 0.199 0.150 0.087 0.025 81 G 0.104 0.124 0.153 0.200 0.196 0.169 0.053 82 E 0.101 0.149 0.181 0.201 0.174 0.146 0.047 83 S 0.078 0.102 0.128 0.189 0.234 0.203 0.066 84 I 0.026 0.056 0.104 0.195 0.250 0.262 0.107 85 Y 0.044 0.080 0.133 0.210 0.248 0.223 0.062 86 G 0.130 0.224 0.231 0.200 0.129 0.069 0.016 87 G 0.169 0.273 0.248 0.184 0.088 0.032 0.006 88 F 0.045 0.140 0.216 0.259 0.217 0.110 0.013 89 F 0.015 0.028 0.075 0.214 0.376 0.266 0.026 90 E 0.274 0.368 0.221 0.098 0.030 0.008 0.001 91 D 0.401 0.318 0.161 0.079 0.028 0.011 0.002 92 E 0.082 0.134 0.213 0.299 0.204 0.065 0.004 93 S 0.205 0.212 0.208 0.179 0.123 0.064 0.010 94 F 0.197 0.209 0.211 0.206 0.124 0.045 0.008 95 A 0.329 0.308 0.178 0.098 0.052 0.029 0.007 96 V 0.075 0.123 0.195 0.270 0.212 0.110 0.015 97 K 0.167 0.282 0.225 0.169 0.100 0.050 0.007 98 H 0.067 0.095 0.156 0.244 0.290 0.133 0.015 99 N 0.154 0.223 0.220 0.202 0.132 0.057 0.012 100 A 0.092 0.207 0.224 0.238 0.148 0.073 0.017 101 A 0.034 0.093 0.150 0.247 0.261 0.174 0.042 102 F 0.004 0.009 0.032 0.108 0.255 0.416 0.177 103 L 0.002 0.003 0.008 0.027 0.097 0.426 0.437 104 L 0.001 0.002 0.004 0.013 0.055 0.311 0.613 105 S 0.002 0.005 0.008 0.025 0.089 0.297 0.574 106 M 0.002 0.007 0.019 0.057 0.161 0.398 0.356 107 A 0.005 0.014 0.030 0.092 0.240 0.423 0.197 108 N 0.018 0.077 0.182 0.324 0.273 0.111 0.016 109 R 0.166 0.297 0.232 0.169 0.095 0.035 0.006 110 G 0.412 0.261 0.159 0.105 0.043 0.016 0.003 111 K 0.494 0.237 0.119 0.082 0.044 0.020 0.003 112 D 0.367 0.229 0.169 0.130 0.068 0.030 0.007 113 T 0.233 0.239 0.196 0.157 0.109 0.053 0.013 114 N 0.125 0.194 0.206 0.199 0.151 0.089 0.036 115 G 0.059 0.135 0.189 0.239 0.195 0.125 0.057 116 S 0.010 0.035 0.077 0.149 0.264 0.342 0.124 117 Q 0.004 0.021 0.066 0.160 0.242 0.288 0.220 118 F 0.001 0.002 0.005 0.021 0.092 0.407 0.473 119 F 0.001 0.005 0.023 0.093 0.218 0.379 0.282 120 I 0.001 0.003 0.007 0.025 0.101 0.454 0.408 121 T 0.003 0.018 0.048 0.143 0.279 0.392 0.117 122 T 0.009 0.028 0.079 0.215 0.339 0.281 0.050 123 K 0.108 0.244 0.254 0.211 0.119 0.053 0.011 124 P 0.250 0.333 0.206 0.126 0.058 0.025 0.004 125 T 0.149 0.161 0.203 0.231 0.174 0.073 0.009 126 P 0.369 0.317 0.174 0.089 0.037 0.012 0.001 127 H 0.258 0.258 0.200 0.153 0.092 0.034 0.004 128 L 0.151 0.112 0.158 0.267 0.223 0.082 0.007 129 D 0.436 0.316 0.159 0.063 0.020 0.005 0.001 130 G 0.385 0.313 0.185 0.087 0.025 0.005 0.001 131 H 0.243 0.302 0.225 0.143 0.065 0.019 0.002 132 H 0.017 0.043 0.122 0.246 0.336 0.209 0.027 133 V 0.010 0.034 0.089 0.174 0.265 0.339 0.089 134 V 0.010 0.030 0.059 0.130 0.262 0.393 0.115 135 F 0.008 0.020 0.047 0.138 0.281 0.380 0.126 136 G 0.019 0.053 0.089 0.180 0.257 0.311 0.092 137 Q 0.038 0.161 0.245 0.278 0.174 0.090 0.013 138 V 0.028 0.077 0.147 0.273 0.309 0.155 0.011 139 I 0.117 0.169 0.222 0.225 0.171 0.084 0.012 140 S 0.277 0.326 0.200 0.115 0.051 0.025 0.005 141 G 0.224 0.202 0.188 0.189 0.121 0.063 0.014 142 Q 0.114 0.210 0.256 0.244 0.130 0.041 0.004 143 E 0.175 0.375 0.253 0.126 0.052 0.016 0.002 144 V 0.017 0.048 0.114 0.222 0.350 0.227 0.022 145 V 0.009 0.021 0.061 0.240 0.423 0.228 0.019 146 R 0.076 0.434 0.314 0.132 0.034 0.008 0.001 147 E 0.025 0.136 0.313 0.367 0.139 0.020 0.001 148 I 0.007 0.017 0.055 0.247 0.454 0.209 0.010 149 E 0.068 0.278 0.341 0.235 0.069 0.009 0.001 150 N 0.368 0.405 0.154 0.056 0.014 0.003 0.001 151 Q 0.171 0.253 0.293 0.202 0.069 0.011 0.001 152 K 0.547 0.296 0.106 0.040 0.010 0.002 0.001 153 T 0.345 0.244 0.197 0.143 0.061 0.010 0.001 154 D 0.525 0.300 0.118 0.043 0.013 0.003 0.001 155 A 0.429 0.272 0.168 0.099 0.029 0.004 0.001 156 A 0.624 0.229 0.091 0.040 0.013 0.002 0.001 157 S 0.582 0.261 0.106 0.040 0.010 0.002 0.001 158 K 0.230 0.294 0.254 0.164 0.050 0.008 0.001 159 P 0.155 0.245 0.242 0.226 0.108 0.023 0.001 160 F 0.097 0.217 0.308 0.252 0.109 0.014 0.001 161 A 0.236 0.342 0.243 0.130 0.041 0.007 0.001 162 E 0.176 0.414 0.269 0.113 0.025 0.004 0.001 163 V 0.011 0.034 0.110 0.303 0.380 0.156 0.006 164 R 0.019 0.145 0.332 0.328 0.140 0.034 0.002 165 I 0.016 0.025 0.050 0.171 0.354 0.354 0.030 166 L 0.083 0.182 0.239 0.265 0.165 0.060 0.007 167 S 0.176 0.331 0.243 0.152 0.066 0.029 0.003 168 C 0.139 0.157 0.209 0.251 0.167 0.071 0.006 169 G 0.305 0.280 0.205 0.131 0.061 0.016 0.001 170 E 0.433 0.291 0.154 0.080 0.031 0.009 0.001 171 L 0.312 0.232 0.204 0.155 0.076 0.021 0.001 172 I 0.493 0.235 0.147 0.083 0.032 0.008 0.001 173 P 0.690 0.195 0.068 0.032 0.011 0.003 0.001