# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 717 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.034 0.007 0.004 0.007 0.136 0.813 2 T 0.113 0.019 0.004 0.005 0.103 0.757 3 S 0.227 0.038 0.009 0.006 0.124 0.596 4 C 0.263 0.061 0.023 0.009 0.170 0.474 5 V 0.228 0.044 0.030 0.011 0.316 0.371 6 A 0.098 0.012 0.040 0.016 0.463 0.371 7 E 0.074 0.017 0.039 0.015 0.558 0.296 8 E 0.049 0.012 0.027 0.009 0.613 0.290 9 P 0.037 0.013 0.034 0.009 0.442 0.465 10 I 0.075 0.017 0.009 0.001 0.282 0.616 11 K 0.289 0.007 0.004 0.001 0.200 0.499 12 K 0.854 0.004 0.001 0.001 0.029 0.112 13 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 17 G 0.816 0.002 0.001 0.002 0.034 0.146 18 G 0.560 0.008 0.009 0.003 0.128 0.291 19 T 0.353 0.026 0.035 0.013 0.300 0.273 20 H 0.124 0.045 0.037 0.016 0.554 0.223 21 G 0.045 0.015 0.052 0.020 0.618 0.250 22 N 0.038 0.016 0.046 0.053 0.541 0.306 23 E 0.046 0.026 0.070 0.265 0.414 0.180 24 L 0.029 0.027 0.040 0.539 0.216 0.150 25 T 0.018 0.016 0.010 0.696 0.097 0.163 26 G 0.004 0.001 0.003 0.967 0.010 0.015 27 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 35 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.008 0.002 36 N 0.001 0.001 0.009 0.915 0.029 0.045 37 G 0.002 0.004 0.032 0.283 0.176 0.503 38 A 0.010 0.006 0.182 0.148 0.317 0.337 39 E 0.030 0.008 0.302 0.172 0.339 0.150 40 V 0.042 0.010 0.314 0.265 0.250 0.120 41 H 0.045 0.015 0.215 0.319 0.220 0.186 42 R 0.048 0.016 0.216 0.180 0.466 0.073 43 A 0.043 0.006 0.110 0.086 0.639 0.116 44 G 0.060 0.004 0.026 0.009 0.566 0.335 45 L 0.545 0.016 0.003 0.001 0.184 0.251 46 E 0.869 0.003 0.001 0.001 0.014 0.114 47 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 48 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 49 P 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 50 F 0.981 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 51 I 0.931 0.001 0.001 0.005 0.015 0.047 52 T 0.719 0.009 0.002 0.019 0.042 0.210 53 N 0.191 0.007 0.004 0.029 0.095 0.674 54 P 0.018 0.001 0.038 0.779 0.069 0.095 55 R 0.008 0.001 0.042 0.890 0.045 0.014 56 A 0.004 0.001 0.052 0.901 0.037 0.004 57 V 0.005 0.001 0.042 0.910 0.037 0.005 58 E 0.008 0.001 0.039 0.900 0.046 0.005 59 K 0.010 0.001 0.032 0.841 0.094 0.022 60 C 0.023 0.005 0.032 0.432 0.262 0.246 61 T 0.069 0.018 0.024 0.104 0.256 0.530 62 R 0.181 0.029 0.040 0.062 0.255 0.433 63 Y 0.179 0.030 0.039 0.040 0.325 0.388 64 I 0.107 0.016 0.017 0.041 0.311 0.507 65 D 0.064 0.008 0.017 0.050 0.348 0.513 66 C 0.112 0.035 0.016 0.081 0.347 0.410 67 D 0.112 0.061 0.029 0.073 0.335 0.390 68 L 0.040 0.024 0.271 0.321 0.216 0.128 69 N 0.039 0.013 0.422 0.229 0.213 0.084 70 R 0.040 0.012 0.468 0.176 0.227 0.076 71 V 0.047 0.026 0.130 0.136 0.285 0.376 72 F 0.040 0.047 0.044 0.057 0.295 0.518 73 D 0.018 0.017 0.021 0.027 0.368 0.549 74 L 0.006 0.008 0.229 0.123 0.448 0.186 75 E 0.004 0.006 0.375 0.130 0.384 0.101 76 N 0.004 0.009 0.483 0.132 0.308 0.065 77 L 0.005 0.014 0.348 0.218 0.294 0.121 78 S 0.009 0.014 0.287 0.194 0.310 0.186 79 K 0.013 0.014 0.321 0.160 0.315 0.177 80 E 0.028 0.034 0.174 0.136 0.303 0.324 81 M 0.027 0.049 0.090 0.094 0.325 0.415 82 S 0.011 0.020 0.036 0.051 0.561 0.320 83 E 0.005 0.011 0.077 0.092 0.582 0.234 84 D 0.005 0.015 0.043 0.084 0.581 0.272 85 L 0.007 0.022 0.042 0.196 0.483 0.251 86 P 0.003 0.006 0.041 0.633 0.153 0.164 87 Y 0.003 0.005 0.041 0.849 0.053 0.048 88 E 0.004 0.003 0.026 0.917 0.025 0.026 89 V 0.003 0.002 0.011 0.950 0.015 0.019 90 R 0.002 0.001 0.009 0.968 0.011 0.010 91 R 0.002 0.001 0.006 0.979 0.007 0.006 92 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 93 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 94 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 96 N 0.001 0.001 0.008 0.985 0.004 0.003 97 H 0.001 0.001 0.009 0.976 0.008 0.005 98 L 0.001 0.001 0.006 0.949 0.017 0.026 99 F 0.002 0.006 0.008 0.724 0.080 0.181 100 G 0.002 0.005 0.022 0.122 0.477 0.372 101 P 0.002 0.002 0.120 0.038 0.711 0.128 102 K 0.003 0.006 0.205 0.039 0.676 0.072 103 N 0.006 0.008 0.172 0.039 0.671 0.105 104 S 0.014 0.015 0.074 0.032 0.567 0.299 105 D 0.036 0.021 0.091 0.021 0.447 0.384 106 D 0.057 0.013 0.091 0.013 0.470 0.357 107 A 0.139 0.015 0.041 0.004 0.354 0.448 108 Y 0.377 0.012 0.006 0.001 0.192 0.412 109 D 0.703 0.004 0.001 0.001 0.066 0.226 110 V 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 111 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 D 0.943 0.003 0.001 0.001 0.011 0.043 114 L 0.456 0.010 0.006 0.001 0.201 0.326 115 H 0.142 0.008 0.029 0.001 0.519 0.301 116 N 0.040 0.009 0.077 0.004 0.673 0.197 117 T 0.029 0.022 0.081 0.012 0.626 0.229 118 T 0.034 0.046 0.061 0.015 0.559 0.285 119 S 0.029 0.021 0.181 0.040 0.556 0.174 120 N 0.033 0.016 0.169 0.066 0.547 0.168 121 M 0.049 0.024 0.138 0.077 0.521 0.191 122 G 0.072 0.021 0.040 0.036 0.425 0.406 123 C 0.184 0.043 0.040 0.046 0.288 0.399 124 T 0.302 0.048 0.058 0.058 0.226 0.309 125 L 0.373 0.032 0.071 0.059 0.201 0.265 126 I 0.274 0.031 0.048 0.062 0.225 0.362 127 L 0.192 0.033 0.040 0.089 0.241 0.406 128 E 0.163 0.025 0.068 0.105 0.302 0.338 129 D 0.113 0.019 0.099 0.130 0.375 0.264 130 S 0.057 0.023 0.105 0.153 0.413 0.248 131 R 0.041 0.028 0.032 0.112 0.334 0.453 132 N 0.013 0.006 0.004 0.068 0.213 0.696 133 D 0.002 0.001 0.010 0.899 0.047 0.041 134 F 0.003 0.001 0.007 0.944 0.028 0.018 135 L 0.004 0.001 0.006 0.965 0.016 0.008 136 I 0.005 0.001 0.007 0.971 0.010 0.007 137 Q 0.008 0.001 0.008 0.963 0.010 0.010 138 M 0.005 0.001 0.006 0.968 0.007 0.013 139 F 0.003 0.001 0.004 0.973 0.006 0.014 140 H 0.001 0.001 0.005 0.980 0.005 0.008 141 Y 0.001 0.001 0.006 0.978 0.006 0.008 142 I 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.007 143 K 0.001 0.001 0.019 0.953 0.015 0.011 144 T 0.001 0.001 0.024 0.926 0.027 0.020 145 C 0.003 0.002 0.043 0.779 0.091 0.084 146 M 0.008 0.010 0.063 0.450 0.253 0.216 147 A 0.008 0.005 0.045 0.224 0.343 0.375 148 P 0.009 0.005 0.030 0.049 0.320 0.586 149 L 0.011 0.003 0.009 0.005 0.301 0.671 150 P 0.055 0.005 0.017 0.007 0.292 0.624 151 C 0.414 0.033 0.022 0.013 0.159 0.359 152 S 0.698 0.029 0.014 0.014 0.080 0.164 153 V 0.768 0.015 0.015 0.021 0.057 0.124 154 Y 0.640 0.014 0.019 0.027 0.112 0.189 155 L 0.411 0.016 0.024 0.029 0.230 0.290 156 I 0.279 0.020 0.032 0.024 0.294 0.350 157 E 0.126 0.028 0.035 0.028 0.364 0.418 158 H 0.036 0.016 0.033 0.029 0.712 0.174 159 P 0.015 0.009 0.061 0.050 0.703 0.162 160 S 0.011 0.007 0.058 0.059 0.692 0.174 161 L 0.038 0.037 0.058 0.130 0.571 0.167 162 K 0.077 0.034 0.047 0.239 0.213 0.390 163 Y 0.092 0.015 0.091 0.452 0.181 0.170 164 A 0.073 0.008 0.100 0.559 0.150 0.111 165 T 0.110 0.014 0.107 0.546 0.129 0.094 166 T 0.081 0.012 0.092 0.601 0.116 0.098 167 R 0.051 0.004 0.116 0.635 0.116 0.078 168 S 0.064 0.012 0.109 0.514 0.178 0.122 169 I 0.044 0.009 0.094 0.408 0.235 0.209 170 A 0.051 0.012 0.032 0.088 0.344 0.474 171 K 0.060 0.007 0.015 0.015 0.327 0.577 172 Y 0.141 0.007 0.007 0.004 0.311 0.530 173 P 0.561 0.007 0.004 0.002 0.133 0.293 174 V 0.929 0.004 0.001 0.001 0.019 0.046 175 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 176 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 177 E 0.897 0.002 0.001 0.002 0.018 0.080 178 V 0.548 0.012 0.002 0.002 0.070 0.367 179 G 0.182 0.012 0.005 0.001 0.256 0.544 180 P 0.101 0.014 0.025 0.006 0.426 0.428 181 Q 0.056 0.018 0.054 0.013 0.555 0.304 182 P 0.047 0.021 0.075 0.029 0.619 0.209 183 H 0.031 0.015 0.064 0.035 0.590 0.265 184 G 0.035 0.019 0.044 0.051 0.542 0.310 185 V 0.057 0.056 0.063 0.117 0.369 0.338 186 L 0.043 0.044 0.014 0.076 0.260 0.564 187 R 0.017 0.008 0.006 0.137 0.184 0.647 188 A 0.001 0.001 0.010 0.970 0.011 0.009 189 D 0.001 0.001 0.013 0.974 0.008 0.004 190 I 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 191 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 192 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 198 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 199 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 200 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 202 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 203 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 204 F 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 205 I 0.001 0.001 0.006 0.979 0.006 0.007 206 Q 0.002 0.001 0.013 0.963 0.012 0.009 207 R 0.003 0.001 0.014 0.939 0.020 0.023 208 F 0.005 0.003 0.018 0.845 0.059 0.070 209 N 0.007 0.005 0.031 0.625 0.210 0.122 210 E 0.005 0.002 0.040 0.484 0.320 0.149 211 G 0.011 0.004 0.038 0.100 0.513 0.333 212 K 0.042 0.022 0.024 0.033 0.317 0.563 213 E 0.069 0.028 0.010 0.024 0.163 0.707 214 F 0.042 0.017 0.003 0.009 0.116 0.813 215 P 0.014 0.005 0.001 0.003 0.081 0.896 216 P 0.025 0.009 0.027 0.035 0.186 0.719 217 C 0.064 0.012 0.041 0.045 0.277 0.561 218 A 0.123 0.020 0.092 0.065 0.307 0.392 219 I 0.194 0.009 0.082 0.072 0.258 0.385 220 D 0.331 0.007 0.088 0.089 0.218 0.268 221 V 0.612 0.009 0.048 0.120 0.090 0.121 222 Y 0.778 0.008 0.012 0.075 0.038 0.089 223 K 0.807 0.008 0.010 0.053 0.037 0.085 224 I 0.704 0.018 0.011 0.041 0.066 0.160 225 M 0.482 0.014 0.020 0.037 0.160 0.287 226 E 0.370 0.007 0.031 0.027 0.225 0.340 227 K 0.426 0.014 0.036 0.029 0.225 0.270 228 V 0.493 0.027 0.016 0.025 0.170 0.269 229 D 0.334 0.017 0.011 0.017 0.185 0.435 230 Y 0.197 0.012 0.010 0.017 0.226 0.538 231 P 0.256 0.021 0.018 0.015 0.210 0.479 232 R 0.302 0.061 0.027 0.019 0.230 0.361 233 N 0.230 0.061 0.043 0.015 0.421 0.231 234 E 0.193 0.019 0.043 0.017 0.590 0.138 235 S 0.117 0.006 0.031 0.030 0.681 0.135 236 G 0.142 0.007 0.014 0.019 0.646 0.172 237 D 0.451 0.015 0.007 0.014 0.239 0.274 238 V 0.769 0.020 0.008 0.027 0.054 0.123 239 A 0.858 0.005 0.010 0.033 0.032 0.063 240 A 0.909 0.002 0.012 0.031 0.016 0.030 241 V 0.907 0.003 0.008 0.030 0.020 0.031 242 I 0.856 0.010 0.006 0.026 0.034 0.067 243 H 0.588 0.011 0.007 0.020 0.134 0.239 244 P 0.220 0.014 0.037 0.024 0.292 0.413 245 N 0.069 0.026 0.045 0.017 0.456 0.388 246 L 0.023 0.024 0.117 0.021 0.697 0.119 247 Q 0.021 0.008 0.107 0.019 0.687 0.159 248 D 0.027 0.014 0.117 0.027 0.669 0.146 249 Q 0.051 0.018 0.067 0.014 0.620 0.231 250 D 0.083 0.016 0.024 0.006 0.284 0.588 251 W 0.249 0.099 0.031 0.007 0.248 0.365 252 K 0.346 0.033 0.013 0.003 0.192 0.412 253 P 0.464 0.031 0.017 0.002 0.166 0.320 254 L 0.337 0.095 0.008 0.001 0.148 0.411 255 H 0.157 0.022 0.007 0.001 0.759 0.054 256 P 0.060 0.005 0.010 0.001 0.882 0.042 257 G 0.019 0.002 0.009 0.001 0.927 0.042 258 D 0.264 0.029 0.004 0.001 0.639 0.064 259 P 0.606 0.010 0.002 0.001 0.091 0.290 260 V 0.880 0.011 0.002 0.002 0.036 0.069 261 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 262 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 263 S 0.965 0.003 0.001 0.001 0.025 0.006 264 L 0.634 0.003 0.001 0.001 0.342 0.018 265 D 0.102 0.001 0.002 0.001 0.866 0.027 266 G 0.168 0.005 0.002 0.001 0.796 0.027 267 K 0.723 0.018 0.001 0.002 0.149 0.107 268 V 0.907 0.012 0.001 0.001 0.023 0.057 269 I 0.890 0.012 0.001 0.002 0.026 0.070 270 P 0.782 0.012 0.002 0.002 0.097 0.105 271 L 0.416 0.011 0.010 0.003 0.424 0.137 272 G 0.125 0.007 0.012 0.002 0.715 0.140 273 G 0.111 0.007 0.009 0.001 0.734 0.137 274 D 0.290 0.008 0.005 0.001 0.388 0.308 275 C 0.845 0.013 0.002 0.001 0.043 0.098 276 T 0.961 0.008 0.001 0.001 0.009 0.021 277 V 0.954 0.007 0.001 0.001 0.008 0.031 278 Y 0.833 0.004 0.002 0.002 0.038 0.122 279 P 0.454 0.002 0.009 0.007 0.140 0.388 280 V 0.279 0.011 0.021 0.018 0.178 0.494 281 F 0.254 0.032 0.030 0.038 0.234 0.413 282 V 0.143 0.019 0.049 0.209 0.242 0.338 283 N 0.076 0.011 0.054 0.293 0.273 0.292 284 E 0.034 0.004 0.097 0.671 0.133 0.061 285 A 0.043 0.003 0.063 0.747 0.088 0.056 286 A 0.037 0.003 0.058 0.810 0.065 0.028 287 Y 0.047 0.003 0.040 0.813 0.059 0.039 288 Y 0.072 0.004 0.037 0.751 0.076 0.060 289 E 0.063 0.003 0.030 0.756 0.079 0.069 290 K 0.041 0.003 0.018 0.777 0.061 0.099 291 K 0.038 0.003 0.016 0.774 0.051 0.117 292 E 0.049 0.004 0.018 0.734 0.070 0.124 293 A 0.054 0.003 0.028 0.758 0.073 0.084 294 F 0.108 0.006 0.033 0.656 0.089 0.107 295 A 0.147 0.006 0.033 0.529 0.120 0.165 296 K 0.184 0.005 0.025 0.443 0.129 0.214 297 T 0.291 0.007 0.021 0.340 0.138 0.203 298 T 0.372 0.007 0.013 0.280 0.131 0.197 299 K 0.399 0.004 0.011 0.199 0.133 0.253 300 L 0.585 0.006 0.006 0.128 0.081 0.194 301 T 0.637 0.006 0.003 0.098 0.055 0.201 302 L 0.505 0.021 0.004 0.078 0.056 0.336 303 N 0.274 0.014 0.004 0.052 0.113 0.543 304 A 0.099 0.006 0.057 0.473 0.148 0.217 305 K 0.084 0.003 0.140 0.451 0.201 0.121 306 S 0.066 0.005 0.194 0.459 0.219 0.057 307 I 0.071 0.010 0.086 0.619 0.137 0.076 308 R 0.077 0.009 0.083 0.615 0.129 0.087 309 S 0.085 0.007 0.082 0.495 0.152 0.179 310 T 0.056 0.008 0.045 0.419 0.134 0.337 311 L 0.046 0.020 0.019 0.261 0.105 0.549 312 H 0.014 0.005 0.002 0.018 0.066 0.895