# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.020 0.002 0.003 0.004 0.092 0.879 2 T 0.174 0.045 0.008 0.013 0.096 0.664 3 S 0.271 0.038 0.008 0.013 0.102 0.567 4 C 0.238 0.028 0.015 0.020 0.178 0.522 5 V 0.206 0.043 0.016 0.015 0.323 0.397 6 A 0.091 0.020 0.024 0.015 0.496 0.354 7 E 0.041 0.013 0.024 0.008 0.597 0.317 8 E 0.037 0.014 0.016 0.006 0.555 0.371 9 P 0.054 0.036 0.016 0.006 0.327 0.560 10 I 0.084 0.020 0.005 0.002 0.256 0.633 11 K 0.182 0.006 0.003 0.001 0.157 0.651 12 K 0.842 0.006 0.001 0.001 0.031 0.120 13 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 14 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 F 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 17 G 0.724 0.002 0.002 0.001 0.052 0.219 18 G 0.409 0.011 0.009 0.002 0.290 0.280 19 T 0.165 0.018 0.027 0.005 0.427 0.358 20 H 0.118 0.037 0.030 0.008 0.430 0.379 21 G 0.061 0.034 0.023 0.008 0.429 0.445 22 N 0.025 0.019 0.011 0.021 0.264 0.661 23 E 0.005 0.003 0.035 0.684 0.174 0.098 24 L 0.001 0.001 0.014 0.882 0.072 0.030 25 T 0.001 0.002 0.004 0.965 0.020 0.008 26 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 27 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 33 W 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.004 34 L 0.001 0.001 0.012 0.953 0.022 0.011 35 K 0.001 0.001 0.020 0.833 0.080 0.065 36 N 0.001 0.001 0.019 0.611 0.137 0.231 37 G 0.003 0.004 0.055 0.413 0.253 0.272 38 A 0.006 0.006 0.103 0.389 0.337 0.159 39 E 0.009 0.003 0.131 0.356 0.364 0.137 40 V 0.014 0.004 0.144 0.265 0.409 0.163 41 H 0.034 0.009 0.087 0.236 0.368 0.266 42 R 0.061 0.018 0.071 0.164 0.462 0.224 43 A 0.063 0.015 0.054 0.114 0.472 0.281 44 G 0.097 0.009 0.031 0.031 0.443 0.388 45 L 0.337 0.009 0.018 0.023 0.256 0.356 46 E 0.645 0.006 0.006 0.015 0.071 0.257 47 V 0.882 0.010 0.002 0.010 0.018 0.079 48 K 0.920 0.004 0.002 0.007 0.016 0.051 49 P 0.899 0.007 0.003 0.007 0.022 0.062 50 F 0.738 0.004 0.008 0.007 0.073 0.170 51 I 0.462 0.012 0.010 0.012 0.159 0.344 52 T 0.206 0.034 0.009 0.012 0.181 0.558 53 N 0.024 0.014 0.002 0.011 0.129 0.822 54 P 0.001 0.001 0.036 0.910 0.037 0.016 55 R 0.001 0.001 0.032 0.920 0.044 0.003 56 A 0.001 0.001 0.031 0.908 0.057 0.002 57 V 0.004 0.001 0.022 0.889 0.074 0.010 58 E 0.009 0.001 0.016 0.906 0.056 0.013 59 K 0.022 0.004 0.023 0.830 0.086 0.035 60 C 0.038 0.002 0.018 0.712 0.103 0.128 61 T 0.109 0.013 0.021 0.589 0.095 0.173 62 R 0.166 0.011 0.018 0.540 0.085 0.180 63 Y 0.218 0.028 0.020 0.327 0.178 0.229 64 I 0.285 0.020 0.010 0.127 0.238 0.319 65 D 0.118 0.011 0.026 0.118 0.506 0.221 66 C 0.078 0.016 0.057 0.139 0.516 0.195 67 D 0.082 0.018 0.070 0.119 0.518 0.193 68 L 0.027 0.009 0.189 0.166 0.474 0.136 69 N 0.045 0.010 0.125 0.169 0.407 0.244 70 R 0.099 0.024 0.167 0.191 0.326 0.193 71 V 0.188 0.041 0.055 0.134 0.274 0.308 72 F 0.208 0.098 0.040 0.115 0.258 0.281 73 D 0.084 0.021 0.022 0.044 0.336 0.494 74 L 0.019 0.007 0.321 0.076 0.370 0.207 75 E 0.009 0.010 0.557 0.073 0.267 0.084 76 N 0.008 0.007 0.522 0.090 0.316 0.058 77 L 0.009 0.019 0.205 0.108 0.502 0.155 78 S 0.007 0.013 0.064 0.132 0.464 0.321 79 K 0.006 0.016 0.050 0.123 0.491 0.314 80 E 0.004 0.014 0.075 0.244 0.468 0.196 81 M 0.006 0.014 0.071 0.198 0.510 0.202 82 S 0.010 0.009 0.069 0.273 0.437 0.202 83 E 0.011 0.011 0.042 0.343 0.290 0.302 84 D 0.009 0.010 0.022 0.381 0.192 0.386 85 L 0.004 0.004 0.018 0.805 0.074 0.095 86 P 0.002 0.001 0.010 0.919 0.038 0.030 87 Y 0.002 0.001 0.008 0.925 0.040 0.025 88 E 0.001 0.001 0.006 0.925 0.038 0.030 89 V 0.001 0.001 0.003 0.933 0.029 0.033 90 R 0.001 0.001 0.003 0.951 0.023 0.021 91 R 0.001 0.001 0.003 0.949 0.017 0.029 92 A 0.001 0.001 0.003 0.938 0.017 0.040 93 Q 0.001 0.001 0.002 0.947 0.016 0.034 94 E 0.001 0.001 0.002 0.948 0.022 0.027 95 I 0.002 0.001 0.002 0.946 0.025 0.024 96 N 0.002 0.001 0.004 0.924 0.032 0.037 97 H 0.002 0.001 0.013 0.893 0.046 0.046 98 L 0.002 0.001 0.016 0.848 0.064 0.069 99 F 0.004 0.003 0.018 0.713 0.097 0.166 100 G 0.008 0.009 0.019 0.192 0.208 0.565 101 P 0.011 0.006 0.040 0.114 0.361 0.468 102 K 0.010 0.006 0.098 0.093 0.494 0.299 103 N 0.008 0.005 0.106 0.072 0.557 0.252 104 S 0.017 0.012 0.086 0.070 0.520 0.294 105 D 0.029 0.011 0.036 0.048 0.444 0.432 106 D 0.046 0.016 0.025 0.048 0.351 0.514 107 A 0.124 0.026 0.050 0.060 0.342 0.397 108 Y 0.312 0.009 0.041 0.052 0.262 0.325 109 D 0.609 0.006 0.039 0.044 0.119 0.183 110 V 0.898 0.009 0.009 0.021 0.021 0.043 111 V 0.939 0.003 0.004 0.018 0.013 0.023 112 F 0.927 0.003 0.002 0.020 0.014 0.033 113 D 0.816 0.011 0.005 0.028 0.049 0.090 114 L 0.427 0.012 0.022 0.076 0.234 0.229 115 H 0.133 0.007 0.055 0.093 0.505 0.207 116 N 0.109 0.034 0.053 0.078 0.554 0.172 117 T 0.099 0.045 0.062 0.118 0.443 0.232 118 T 0.062 0.022 0.099 0.123 0.512 0.182 119 S 0.027 0.005 0.168 0.113 0.560 0.127 120 N 0.021 0.010 0.126 0.111 0.596 0.137 121 M 0.046 0.019 0.073 0.089 0.568 0.205 122 G 0.083 0.011 0.026 0.031 0.407 0.442 123 C 0.287 0.020 0.033 0.025 0.297 0.339 124 T 0.635 0.017 0.022 0.023 0.138 0.164 125 L 0.812 0.012 0.017 0.020 0.054 0.085 126 I 0.838 0.007 0.014 0.018 0.044 0.079 127 L 0.829 0.007 0.010 0.019 0.049 0.085 128 E 0.652 0.012 0.007 0.018 0.089 0.222 129 D 0.214 0.014 0.010 0.020 0.269 0.473 130 S 0.038 0.008 0.039 0.044 0.426 0.445 131 R 0.008 0.005 0.063 0.074 0.493 0.357 132 N 0.005 0.006 0.104 0.173 0.502 0.210 133 D 0.005 0.005 0.081 0.306 0.383 0.220 134 F 0.007 0.006 0.085 0.482 0.263 0.157 135 L 0.011 0.006 0.086 0.600 0.204 0.092 136 I 0.014 0.004 0.082 0.680 0.153 0.068 137 Q 0.015 0.004 0.070 0.745 0.110 0.055 138 M 0.017 0.005 0.053 0.786 0.079 0.061 139 F 0.016 0.003 0.032 0.821 0.061 0.068 140 H 0.017 0.002 0.018 0.795 0.065 0.103 141 Y 0.020 0.003 0.015 0.811 0.058 0.093 142 I 0.025 0.004 0.021 0.790 0.069 0.091 143 K 0.026 0.003 0.041 0.772 0.078 0.080 144 T 0.022 0.002 0.052 0.760 0.076 0.087 145 C 0.024 0.003 0.035 0.751 0.083 0.104 146 M 0.019 0.004 0.025 0.713 0.082 0.158 147 A 0.027 0.006 0.023 0.420 0.140 0.384 148 P 0.032 0.004 0.077 0.451 0.189 0.247 149 L 0.047 0.008 0.095 0.421 0.193 0.235 150 P 0.089 0.010 0.106 0.412 0.199 0.184 151 C 0.134 0.012 0.075 0.388 0.169 0.222 152 S 0.169 0.012 0.125 0.350 0.181 0.164 153 V 0.179 0.008 0.142 0.384 0.160 0.127 154 Y 0.195 0.010 0.096 0.358 0.172 0.170 155 L 0.218 0.018 0.035 0.168 0.245 0.316 156 I 0.193 0.018 0.020 0.119 0.291 0.360 157 E 0.115 0.017 0.027 0.124 0.311 0.407 158 H 0.057 0.012 0.032 0.116 0.406 0.378 159 P 0.054 0.009 0.045 0.099 0.411 0.383 160 S 0.071 0.016 0.074 0.195 0.327 0.317 161 L 0.104 0.020 0.104 0.217 0.306 0.249 162 K 0.131 0.011 0.103 0.239 0.265 0.250 163 Y 0.163 0.015 0.073 0.296 0.223 0.230 164 A 0.221 0.031 0.041 0.304 0.172 0.231 165 T 0.182 0.018 0.025 0.260 0.160 0.356 166 T 0.078 0.005 0.066 0.629 0.119 0.104 167 R 0.060 0.004 0.083 0.688 0.114 0.051 168 S 0.070 0.004 0.090 0.656 0.135 0.047 169 I 0.071 0.009 0.127 0.578 0.163 0.052 170 A 0.066 0.010 0.078 0.473 0.254 0.119 171 K 0.079 0.003 0.122 0.314 0.328 0.153 172 Y 0.168 0.012 0.042 0.103 0.359 0.316 173 P 0.303 0.008 0.011 0.015 0.232 0.430 174 V 0.806 0.004 0.001 0.005 0.032 0.152 175 G 0.964 0.003 0.001 0.001 0.005 0.026 176 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 177 E 0.965 0.002 0.001 0.002 0.008 0.023 178 V 0.799 0.004 0.002 0.002 0.041 0.153 179 G 0.376 0.007 0.004 0.004 0.176 0.433 180 P 0.149 0.015 0.045 0.016 0.306 0.469 181 Q 0.106 0.044 0.069 0.035 0.400 0.347 182 P 0.047 0.021 0.117 0.041 0.606 0.169 183 H 0.023 0.006 0.075 0.051 0.636 0.209 184 G 0.019 0.006 0.072 0.080 0.643 0.180 185 V 0.053 0.033 0.072 0.155 0.522 0.165 186 L 0.070 0.055 0.075 0.202 0.297 0.301 187 R 0.053 0.017 0.043 0.224 0.216 0.447 188 A 0.003 0.001 0.043 0.809 0.063 0.081 189 D 0.003 0.002 0.029 0.896 0.038 0.032 190 I 0.001 0.001 0.015 0.950 0.017 0.015 191 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 192 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 193 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 194 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 195 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.003 196 R 0.001 0.001 0.005 0.973 0.013 0.008 197 M 0.001 0.001 0.007 0.918 0.028 0.045 198 L 0.004 0.013 0.013 0.816 0.052 0.102 199 K 0.005 0.008 0.015 0.630 0.059 0.283 200 H 0.001 0.001 0.004 0.039 0.032 0.924