# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.028 0.007 0.001 0.025 0.039 0.063 0.136 0.004 0.001 0.042 0.655 2 T 0.013 0.003 0.001 0.041 0.097 0.160 0.121 0.004 0.001 0.052 0.509 3 S 0.027 0.005 0.002 0.061 0.062 0.109 0.124 0.002 0.001 0.063 0.545 4 C 0.033 0.003 0.002 0.053 0.085 0.147 0.103 0.007 0.001 0.064 0.503 5 V 0.251 0.007 0.001 0.025 0.025 0.038 0.084 0.002 0.001 0.054 0.510 6 A 0.016 0.001 0.001 0.012 0.018 0.029 0.112 0.003 0.001 0.032 0.774 7 E 0.036 0.002 0.001 0.005 0.007 0.009 0.086 0.002 0.001 0.017 0.835 8 E 0.124 0.001 0.001 0.009 0.035 0.023 0.126 0.010 0.001 0.070 0.599 9 P 0.032 0.001 0.001 0.016 0.008 0.016 0.149 0.001 0.001 0.035 0.740 10 I 0.027 0.002 0.001 0.036 0.014 0.018 0.122 0.002 0.001 0.027 0.751 11 K 0.009 0.004 0.001 0.150 0.062 0.031 0.168 0.001 0.001 0.029 0.546 12 K 0.001 0.001 0.001 0.381 0.042 0.056 0.098 0.001 0.001 0.063 0.355 13 I 0.001 0.001 0.001 0.831 0.039 0.030 0.014 0.001 0.001 0.045 0.039 14 A 0.001 0.001 0.001 0.891 0.024 0.021 0.009 0.001 0.001 0.016 0.038 15 I 0.001 0.001 0.001 0.867 0.040 0.035 0.007 0.001 0.001 0.024 0.027 16 F 0.003 0.001 0.001 0.814 0.013 0.037 0.025 0.001 0.001 0.042 0.064 17 G 0.024 0.004 0.001 0.586 0.019 0.051 0.086 0.001 0.001 0.083 0.146 18 G 0.063 0.010 0.002 0.197 0.037 0.079 0.204 0.002 0.002 0.103 0.302 19 T 0.018 0.017 0.001 0.082 0.052 0.078 0.238 0.002 0.001 0.052 0.459 20 H 0.123 0.132 0.003 0.028 0.027 0.048 0.163 0.020 0.002 0.050 0.403 21 G 0.128 0.161 0.005 0.016 0.014 0.024 0.109 0.017 0.002 0.217 0.308 22 N 0.034 0.542 0.005 0.004 0.007 0.018 0.066 0.004 0.002 0.131 0.188 23 E 0.050 0.670 0.002 0.004 0.010 0.025 0.040 0.006 0.001 0.058 0.134 24 L 0.010 0.819 0.002 0.004 0.008 0.013 0.020 0.002 0.001 0.037 0.085 25 T 0.004 0.923 0.001 0.001 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.021 0.029 26 G 0.004 0.934 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.036 0.015 27 V 0.002 0.189 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.788 0.007 28 F 0.002 0.699 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.273 0.012 29 L 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 30 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 31 T 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.025 32 H 0.022 0.293 0.027 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.017 0.553 0.060 33 W 0.093 0.321 0.121 0.002 0.001 0.001 0.026 0.034 0.094 0.224 0.085 34 L 0.184 0.180 0.040 0.002 0.001 0.001 0.061 0.010 0.037 0.050 0.434 35 K 0.084 0.095 0.005 0.002 0.001 0.001 0.092 0.003 0.004 0.028 0.686 36 N 0.082 0.155 0.002 0.004 0.001 0.002 0.092 0.012 0.001 0.038 0.611 37 G 0.128 0.298 0.008 0.005 0.001 0.003 0.057 0.018 0.003 0.043 0.436 38 A 0.151 0.387 0.005 0.003 0.002 0.006 0.043 0.010 0.001 0.015 0.377 39 E 0.069 0.389 0.004 0.006 0.004 0.011 0.041 0.003 0.002 0.024 0.445 40 V 0.117 0.078 0.067 0.011 0.015 0.018 0.083 0.009 0.026 0.101 0.477 41 H 0.385 0.034 0.005 0.010 0.011 0.014 0.068 0.024 0.003 0.065 0.381 42 R 0.220 0.005 0.002 0.011 0.007 0.012 0.074 0.003 0.001 0.040 0.624 43 A 0.013 0.004 0.001 0.034 0.011 0.023 0.125 0.001 0.001 0.016 0.771 44 G 0.003 0.001 0.001 0.029 0.016 0.046 0.124 0.001 0.001 0.029 0.751 45 L 0.007 0.003 0.001 0.111 0.207 0.080 0.091 0.002 0.001 0.072 0.426 46 E 0.004 0.001 0.001 0.415 0.080 0.105 0.065 0.001 0.001 0.053 0.275 47 V 0.003 0.001 0.001 0.214 0.070 0.054 0.049 0.001 0.001 0.032 0.577 48 K 0.003 0.001 0.001 0.711 0.073 0.037 0.032 0.001 0.001 0.027 0.115 49 P 0.004 0.001 0.001 0.491 0.045 0.072 0.059 0.003 0.001 0.027 0.299 50 F 0.016 0.001 0.001 0.619 0.029 0.037 0.052 0.001 0.001 0.026 0.218 51 I 0.005 0.001 0.001 0.402 0.024 0.038 0.126 0.001 0.001 0.039 0.364 52 T 0.003 0.019 0.001 0.128 0.018 0.024 0.105 0.002 0.001 0.030 0.669 53 N 0.041 0.893 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.003 0.039 54 P 0.030 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.005 0.045 55 R 0.020 0.810 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.005 0.001 0.050 0.094 56 A 0.155 0.396 0.025 0.001 0.002 0.002 0.019 0.023 0.011 0.257 0.108 57 V 0.369 0.110 0.025 0.002 0.002 0.003 0.031 0.033 0.013 0.290 0.121 58 E 0.138 0.133 0.007 0.007 0.005 0.012 0.083 0.005 0.005 0.062 0.542 59 K 0.047 0.089 0.005 0.010 0.003 0.008 0.086 0.002 0.002 0.019 0.729 60 C 0.039 0.064 0.004 0.018 0.016 0.028 0.136 0.031 0.001 0.067 0.594 61 T 0.145 0.048 0.002 0.019 0.012 0.025 0.115 0.005 0.001 0.057 0.569 62 R 0.047 0.024 0.005 0.073 0.019 0.043 0.098 0.004 0.002 0.043 0.643 63 Y 0.058 0.033 0.002 0.051 0.009 0.026 0.116 0.005 0.001 0.034 0.665 64 I 0.143 0.027 0.001 0.075 0.027 0.024 0.096 0.009 0.001 0.053 0.544 65 D 0.052 0.020 0.003 0.065 0.015 0.019 0.107 0.001 0.001 0.033 0.684 66 C 0.003 0.007 0.001 0.051 0.018 0.038 0.102 0.004 0.001 0.016 0.759 67 D 0.467 0.152 0.004 0.031 0.020 0.023 0.060 0.014 0.003 0.053 0.172 68 L 0.290 0.115 0.011 0.047 0.014 0.017 0.077 0.016 0.003 0.086 0.325 69 N 0.069 0.039 0.001 0.030 0.021 0.046 0.125 0.005 0.001 0.034 0.630 70 R 0.048 0.019 0.001 0.069 0.056 0.096 0.143 0.003 0.001 0.043 0.522 71 V 0.016 0.016 0.002 0.059 0.046 0.065 0.168 0.002 0.001 0.036 0.588 72 F 0.041 0.022 0.003 0.051 0.084 0.125 0.121 0.008 0.002 0.052 0.493 73 D 0.145 0.074 0.005 0.034 0.025 0.042 0.106 0.008 0.003 0.094 0.464 74 L 0.212 0.058 0.008 0.023 0.014 0.023 0.103 0.007 0.004 0.089 0.458 75 E 0.071 0.031 0.003 0.019 0.012 0.026 0.117 0.006 0.001 0.055 0.658 76 N 0.145 0.037 0.001 0.011 0.013 0.022 0.102 0.004 0.001 0.047 0.616 77 L 0.053 0.037 0.002 0.017 0.018 0.028 0.126 0.007 0.001 0.058 0.653 78 S 0.072 0.045 0.003 0.009 0.013 0.023 0.122 0.005 0.001 0.043 0.664 79 K 0.158 0.046 0.003 0.011 0.022 0.028 0.112 0.009 0.001 0.074 0.535 80 E 0.106 0.044 0.002 0.014 0.011 0.021 0.130 0.007 0.001 0.052 0.614 81 M 0.111 0.063 0.001 0.016 0.007 0.016 0.103 0.006 0.001 0.047 0.628 82 S 0.119 0.046 0.001 0.013 0.013 0.014 0.126 0.002 0.001 0.084 0.582 83 E 0.004 0.034 0.001 0.009 0.012 0.016 0.130 0.003 0.001 0.043 0.748 84 D 0.022 0.770 0.001 0.002 0.002 0.003 0.027 0.005 0.001 0.017 0.151 85 L 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.030 0.035 86 P 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.014 87 Y 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.007 88 E 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 89 V 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.005 90 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 91 R 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 92 A 0.002 0.125 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.860 0.007 93 Q 0.010 0.776 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.156 0.038 94 E 0.028 0.836 0.018 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.004 0.029 0.059 95 I 0.068 0.567 0.039 0.003 0.001 0.001 0.027 0.015 0.028 0.075 0.177 96 N 0.223 0.217 0.011 0.003 0.001 0.001 0.063 0.014 0.012 0.075 0.381 97 H 0.251 0.049 0.008 0.008 0.001 0.003 0.086 0.025 0.006 0.121 0.443 98 L 0.071 0.011 0.005 0.020 0.001 0.004 0.153 0.002 0.003 0.053 0.675 99 F 0.008 0.003 0.001 0.023 0.001 0.004 0.146 0.001 0.001 0.017 0.794 100 G 0.040 0.005 0.001 0.019 0.006 0.008 0.215 0.007 0.001 0.085 0.614 101 P 0.162 0.004 0.001 0.016 0.002 0.003 0.161 0.006 0.001 0.103 0.542 102 K 0.066 0.003 0.001 0.013 0.002 0.006 0.140 0.004 0.001 0.049 0.716 103 N 0.045 0.010 0.001 0.010 0.002 0.005 0.131 0.002 0.001 0.028 0.766 104 S 0.077 0.011 0.002 0.012 0.009 0.015 0.146 0.009 0.001 0.056 0.661 105 D 0.161 0.038 0.002 0.013 0.009 0.014 0.120 0.007 0.001 0.065 0.569 106 D 0.136 0.042 0.002 0.022 0.019 0.032 0.140 0.004 0.001 0.055 0.546 107 A 0.032 0.063 0.002 0.045 0.028 0.059 0.158 0.004 0.001 0.046 0.563 108 Y 0.024 0.036 0.001 0.058 0.086 0.121 0.147 0.006 0.001 0.094 0.427 109 D 0.012 0.044 0.001 0.185 0.144 0.167 0.095 0.003 0.001 0.098 0.251 110 V 0.014 0.026 0.002 0.205 0.144 0.201 0.078 0.002 0.001 0.083 0.245 111 V 0.012 0.026 0.003 0.264 0.180 0.196 0.066 0.002 0.001 0.058 0.193 112 F 0.029 0.028 0.004 0.225 0.075 0.141 0.098 0.004 0.002 0.098 0.295 113 D 0.124 0.038 0.004 0.125 0.046 0.083 0.091 0.009 0.003 0.254 0.221 114 L 0.080 0.039 0.007 0.091 0.015 0.036 0.133 0.005 0.004 0.202 0.389 115 H 0.067 0.052 0.005 0.062 0.032 0.062 0.142 0.006 0.002 0.150 0.419 116 N 0.064 0.052 0.004 0.054 0.047 0.081 0.132 0.007 0.002 0.140 0.418 117 T 0.054 0.074 0.005 0.041 0.042 0.068 0.136 0.008 0.003 0.109 0.459 118 T 0.151 0.042 0.010 0.023 0.035 0.069 0.120 0.012 0.005 0.107 0.424 119 S 0.134 0.035 0.004 0.018 0.018 0.044 0.126 0.010 0.002 0.077 0.530 120 N 0.148 0.009 0.006 0.022 0.014 0.041 0.139 0.004 0.004 0.132 0.480 121 M 0.044 0.020 0.005 0.048 0.024 0.056 0.151 0.006 0.002 0.078 0.567 122 G 0.053 0.017 0.002 0.029 0.035 0.052 0.162 0.005 0.001 0.043 0.600 123 C 0.009 0.011 0.001 0.105 0.175 0.193 0.119 0.006 0.001 0.059 0.321 124 T 0.009 0.009 0.001 0.132 0.076 0.218 0.090 0.003 0.001 0.113 0.349 125 L 0.006 0.004 0.001 0.223 0.203 0.234 0.052 0.002 0.001 0.070 0.205 126 I 0.006 0.003 0.001 0.314 0.111 0.223 0.068 0.001 0.001 0.052 0.222 127 L 0.009 0.002 0.001 0.224 0.159 0.231 0.063 0.001 0.001 0.078 0.232 128 E 0.023 0.003 0.001 0.183 0.058 0.111 0.121 0.001 0.001 0.068 0.429 129 D 0.085 0.027 0.003 0.050 0.023 0.036 0.159 0.005 0.003 0.075 0.534 130 S 0.084 0.111 0.003 0.014 0.008 0.009 0.108 0.006 0.002 0.058 0.598 131 R 0.055 0.458 0.002 0.004 0.003 0.004 0.056 0.011 0.001 0.029 0.377 132 N 0.035 0.777 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.005 0.001 0.026 0.129 133 D 0.017 0.898 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.019 0.048 134 F 0.011 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.025 0.032 135 L 0.008 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.033 0.021 136 I 0.012 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 0.019 137 Q 0.004 0.917 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.036 0.025 138 M 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.013 139 F 0.013 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.014 0.031 140 H 0.026 0.115 0.006 0.002 0.001 0.002 0.020 0.002 0.002 0.749 0.075 141 Y 0.033 0.556 0.018 0.004 0.001 0.003 0.034 0.010 0.007 0.212 0.121 142 I 0.281 0.231 0.097 0.006 0.002 0.004 0.043 0.037 0.033 0.072 0.195 143 K 0.236 0.089 0.022 0.017 0.004 0.009 0.069 0.014 0.016 0.057 0.467 144 T 0.094 0.015 0.001 0.005 0.003 0.010 0.081 0.002 0.001 0.028 0.762 145 C 0.025 0.008 0.004 0.024 0.005 0.015 0.112 0.004 0.001 0.052 0.750 146 M 0.045 0.004 0.003 0.025 0.007 0.014 0.148 0.002 0.001 0.038 0.712 147 A 0.033 0.004 0.001 0.026 0.018 0.027 0.130 0.004 0.001 0.045 0.712 148 P 0.045 0.006 0.001 0.027 0.008 0.010 0.126 0.002 0.001 0.041 0.734 149 L 0.068 0.021 0.002 0.067 0.037 0.051 0.162 0.015 0.001 0.092 0.484 150 P 0.052 0.037 0.002 0.065 0.021 0.040 0.142 0.006 0.001 0.042 0.592 151 C 0.031 0.032 0.003 0.103 0.076 0.136 0.105 0.009 0.001 0.040 0.463 152 S 0.046 0.034 0.002 0.124 0.112 0.163 0.083 0.005 0.001 0.066 0.364 153 V 0.037 0.014 0.004 0.129 0.117 0.170 0.096 0.003 0.001 0.057 0.373 154 Y 0.019 0.011 0.002 0.144 0.108 0.227 0.094 0.004 0.001 0.037 0.354 155 L 0.104 0.009 0.002 0.060 0.062 0.100 0.099 0.003 0.001 0.048 0.512 156 I 0.037 0.006 0.002 0.046 0.108 0.111 0.105 0.002 0.001 0.050 0.533 157 E 0.008 0.015 0.001 0.014 0.022 0.040 0.116 0.002 0.001 0.015 0.766 158 H 0.187 0.041 0.005 0.011 0.049 0.041 0.111 0.034 0.003 0.045 0.474 159 P 0.191 0.080 0.004 0.017 0.019 0.021 0.093 0.014 0.002 0.076 0.482 160 S 0.091 0.050 0.003 0.018 0.013 0.039 0.092 0.006 0.001 0.053 0.634 161 L 0.103 0.037 0.004 0.053 0.024 0.039 0.100 0.004 0.001 0.088 0.547 162 K 0.038 0.028 0.002 0.045 0.056 0.076 0.130 0.004 0.001 0.094 0.527 163 Y 0.034 0.049 0.002 0.045 0.038 0.066 0.127 0.003 0.001 0.059 0.576 164 A 0.047 0.031 0.003 0.042 0.067 0.066 0.121 0.005 0.001 0.091 0.524 165 T 0.059 0.171 0.002 0.024 0.038 0.060 0.120 0.013 0.001 0.074 0.437 166 T 0.159 0.301 0.004 0.018 0.018 0.032 0.070 0.012 0.002 0.052 0.332 167 R 0.117 0.136 0.019 0.024 0.030 0.049 0.096 0.016 0.007 0.080 0.427 168 S 0.104 0.085 0.004 0.016 0.031 0.061 0.108 0.009 0.003 0.065 0.512 169 I 0.210 0.029 0.010 0.026 0.031 0.048 0.100 0.008 0.005 0.132 0.400 170 A 0.053 0.016 0.005 0.048 0.046 0.082 0.160 0.005 0.002 0.060 0.523 171 K 0.018 0.010 0.003 0.030 0.036 0.096 0.144 0.002 0.001 0.048 0.612 172 Y 0.006 0.007 0.001 0.086 0.197 0.246 0.101 0.003 0.001 0.080 0.273 173 P 0.003 0.006 0.001 0.124 0.097 0.233 0.085 0.001 0.001 0.118 0.332 174 V 0.001 0.002 0.001 0.181 0.266 0.332 0.024 0.001 0.001 0.106 0.086 175 G 0.002 0.002 0.001 0.304 0.157 0.221 0.037 0.001 0.001 0.094 0.181 176 I 0.003 0.001 0.001 0.300 0.277 0.204 0.025 0.001 0.001 0.082 0.108 177 E 0.005 0.001 0.001 0.367 0.111 0.254 0.049 0.001 0.001 0.081 0.130 178 V 0.025 0.002 0.001 0.241 0.095 0.160 0.094 0.001 0.001 0.083 0.297 179 G 0.024 0.003 0.002 0.146 0.117 0.212 0.135 0.002 0.002 0.088 0.269 180 P 0.035 0.007 0.004 0.062 0.018 0.040 0.168 0.001 0.004 0.048 0.612 181 Q 0.208 0.060 0.003 0.027 0.030 0.037 0.122 0.016 0.003 0.078 0.416 182 P 0.173 0.141 0.002 0.009 0.006 0.010 0.108 0.009 0.001 0.072 0.469 183 H 0.047 0.280 0.003 0.010 0.016 0.039 0.106 0.012 0.001 0.045 0.443 184 G 0.069 0.304 0.002 0.012 0.043 0.076 0.071 0.009 0.001 0.070 0.344 185 V 0.041 0.382 0.004 0.015 0.047 0.051 0.072 0.003 0.001 0.108 0.277 186 L 0.009 0.748 0.002 0.006 0.020 0.025 0.026 0.003 0.001 0.052 0.108 187 R 0.009 0.944 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.014 0.021 188 A 0.003 0.934 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.033 0.016 189 D 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.007 190 I 0.003 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.087 0.014 191 L 0.002 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 192 D 0.005 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.014 193 Q 0.003 0.946 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.014 0.016 194 M 0.046 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.011 0.023 195 R 0.028 0.515 0.026 0.005 0.001 0.002 0.021 0.007 0.015 0.252 0.128 196 R 0.185 0.315 0.012 0.004 0.002 0.003 0.085 0.008 0.006 0.142 0.238 197 M 0.117 0.074 0.045 0.025 0.002 0.006 0.105 0.016 0.024 0.152 0.435 198 L 0.220 0.026 0.005 0.021 0.006 0.008 0.128 0.005 0.002 0.068 0.511 199 K 0.030 0.015 0.001 0.024 0.004 0.009 0.108 0.001 0.001 0.027 0.780 200 H 0.027 0.005 0.002 0.008 0.005 0.010 0.138 0.009 0.001 0.025 0.772