# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.202 0.124 0.066 0.132 0.118 0.100 0.090 0.061 0.055 0.033 0.019 2 T 0.066 0.054 0.030 0.095 0.099 0.110 0.166 0.117 0.116 0.084 0.063 3 S 0.068 0.056 0.057 0.108 0.099 0.095 0.139 0.104 0.114 0.089 0.070 4 C 0.043 0.045 0.054 0.111 0.099 0.104 0.172 0.113 0.103 0.086 0.070 5 V 0.084 0.107 0.083 0.155 0.121 0.102 0.126 0.081 0.064 0.045 0.032 6 A 0.096 0.085 0.043 0.101 0.095 0.099 0.151 0.107 0.099 0.073 0.050 7 E 0.430 0.188 0.065 0.122 0.088 0.049 0.028 0.014 0.010 0.004 0.002 8 E 0.433 0.153 0.063 0.109 0.076 0.058 0.047 0.026 0.020 0.010 0.005 9 P 0.197 0.233 0.053 0.150 0.121 0.088 0.077 0.043 0.022 0.011 0.006 10 I 0.049 0.067 0.036 0.083 0.092 0.111 0.161 0.127 0.118 0.089 0.067 11 K 0.094 0.099 0.102 0.226 0.177 0.137 0.087 0.034 0.024 0.012 0.007 12 K 0.021 0.039 0.057 0.191 0.213 0.191 0.155 0.069 0.039 0.019 0.007 13 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.020 0.093 0.133 0.203 0.256 0.280 14 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.014 0.058 0.133 0.232 0.267 0.281 15 I 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.020 0.069 0.165 0.230 0.260 0.238 16 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.019 0.060 0.136 0.242 0.236 0.291 17 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.067 0.139 0.274 0.250 0.241 18 G 0.001 0.002 0.006 0.014 0.024 0.037 0.109 0.156 0.223 0.209 0.220 19 T 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.029 0.103 0.135 0.221 0.219 0.265 20 H 0.006 0.010 0.012 0.033 0.045 0.070 0.163 0.164 0.177 0.161 0.161 21 G 0.023 0.031 0.027 0.077 0.084 0.108 0.182 0.125 0.138 0.108 0.097 22 N 0.062 0.053 0.040 0.100 0.097 0.114 0.165 0.096 0.113 0.087 0.073 23 E 0.036 0.044 0.022 0.097 0.097 0.111 0.198 0.110 0.112 0.095 0.078 24 L 0.048 0.047 0.036 0.119 0.082 0.095 0.179 0.109 0.104 0.098 0.084 25 T 0.012 0.037 0.026 0.082 0.108 0.119 0.188 0.133 0.114 0.106 0.076 26 G 0.006 0.024 0.019 0.065 0.089 0.138 0.179 0.142 0.159 0.106 0.073 27 V 0.005 0.005 0.008 0.040 0.062 0.101 0.206 0.151 0.186 0.136 0.101 28 F 0.003 0.005 0.009 0.079 0.123 0.131 0.288 0.208 0.078 0.049 0.026 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.187 0.336 0.425 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.108 0.275 0.299 0.282 31 T 0.001 0.005 0.108 0.100 0.214 0.195 0.183 0.100 0.057 0.028 0.009 32 H 0.001 0.004 0.032 0.088 0.115 0.220 0.337 0.140 0.042 0.016 0.006 33 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.044 0.211 0.357 0.367 34 L 0.002 0.003 0.015 0.022 0.054 0.126 0.367 0.175 0.105 0.092 0.041 35 K 0.012 0.050 0.546 0.191 0.093 0.055 0.034 0.009 0.006 0.004 0.002 36 N 0.062 0.101 0.140 0.158 0.131 0.168 0.166 0.051 0.015 0.005 0.002 37 G 0.189 0.092 0.039 0.056 0.045 0.061 0.139 0.145 0.116 0.075 0.042 38 A 0.430 0.166 0.083 0.113 0.083 0.058 0.039 0.015 0.008 0.003 0.002 39 E 0.318 0.168 0.188 0.163 0.090 0.039 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 40 V 0.107 0.075 0.103 0.125 0.111 0.110 0.156 0.078 0.064 0.043 0.029 41 H 0.061 0.085 0.075 0.147 0.114 0.124 0.185 0.091 0.060 0.036 0.021 42 R 0.071 0.102 0.203 0.201 0.131 0.096 0.087 0.049 0.029 0.021 0.010 43 A 0.078 0.087 0.088 0.120 0.113 0.131 0.152 0.106 0.063 0.041 0.021 44 G 0.301 0.210 0.097 0.151 0.107 0.064 0.031 0.020 0.012 0.005 0.002 45 L 0.055 0.032 0.018 0.041 0.057 0.090 0.151 0.151 0.164 0.138 0.102 46 E 0.129 0.222 0.068 0.208 0.169 0.096 0.051 0.030 0.017 0.007 0.004 47 V 0.004 0.006 0.007 0.019 0.023 0.044 0.114 0.122 0.198 0.231 0.233 48 K 0.043 0.070 0.055 0.176 0.178 0.149 0.132 0.084 0.054 0.036 0.024 49 P 0.002 0.006 0.008 0.030 0.040 0.066 0.146 0.154 0.208 0.194 0.148 50 F 0.003 0.004 0.008 0.019 0.027 0.040 0.100 0.135 0.212 0.226 0.224 51 I 0.008 0.008 0.015 0.048 0.058 0.074 0.162 0.165 0.181 0.156 0.124 52 T 0.005 0.013 0.022 0.038 0.044 0.055 0.123 0.148 0.192 0.185 0.174 53 N 0.004 0.015 0.011 0.034 0.051 0.079 0.170 0.182 0.192 0.142 0.120 54 P 0.035 0.030 0.030 0.078 0.095 0.116 0.183 0.133 0.140 0.099 0.062 55 R 0.220 0.130 0.124 0.245 0.148 0.074 0.037 0.013 0.006 0.002 0.001 56 A 0.009 0.017 0.016 0.040 0.049 0.080 0.202 0.183 0.193 0.134 0.076 57 V 0.004 0.008 0.017 0.021 0.030 0.049 0.141 0.143 0.199 0.204 0.185 58 E 0.025 0.050 0.235 0.200 0.165 0.129 0.112 0.039 0.023 0.015 0.005 59 K 0.029 0.068 0.303 0.222 0.159 0.116 0.064 0.025 0.010 0.005 0.001 60 C 0.004 0.004 0.010 0.012 0.016 0.047 0.181 0.167 0.220 0.196 0.143 61 T 0.081 0.075 0.114 0.164 0.139 0.127 0.134 0.071 0.050 0.031 0.015 62 R 0.021 0.030 0.104 0.086 0.083 0.114 0.179 0.130 0.108 0.090 0.054 63 Y 0.042 0.080 0.088 0.124 0.111 0.122 0.155 0.112 0.075 0.050 0.042 64 I 0.019 0.023 0.014 0.034 0.040 0.069 0.151 0.149 0.184 0.169 0.148 65 D 0.202 0.173 0.101 0.194 0.133 0.079 0.050 0.026 0.022 0.013 0.008 66 C 0.060 0.051 0.031 0.118 0.113 0.134 0.187 0.095 0.096 0.068 0.047 67 D 0.033 0.045 0.029 0.099 0.096 0.098 0.163 0.119 0.128 0.108 0.082 68 L 0.006 0.009 0.012 0.037 0.040 0.059 0.155 0.146 0.187 0.191 0.157 69 N 0.012 0.016 0.048 0.067 0.083 0.101 0.157 0.130 0.145 0.132 0.109 70 R 0.011 0.021 0.047 0.098 0.100 0.112 0.204 0.129 0.119 0.095 0.065 71 V 0.011 0.014 0.023 0.048 0.057 0.067 0.148 0.154 0.175 0.174 0.128 72 F 0.012 0.012 0.013 0.023 0.033 0.052 0.127 0.161 0.206 0.194 0.168 73 D 0.098 0.161 0.087 0.201 0.162 0.108 0.082 0.048 0.030 0.015 0.008 74 L 0.055 0.036 0.030 0.069 0.086 0.108 0.173 0.120 0.133 0.109 0.082 75 E 0.340 0.140 0.076 0.163 0.105 0.064 0.057 0.022 0.018 0.009 0.005 76 N 0.131 0.113 0.069 0.173 0.112 0.094 0.131 0.069 0.052 0.036 0.020 77 L 0.032 0.045 0.023 0.046 0.064 0.095 0.188 0.178 0.134 0.108 0.087 78 S 0.225 0.209 0.100 0.180 0.111 0.069 0.050 0.027 0.017 0.008 0.005 79 K 0.445 0.142 0.110 0.129 0.085 0.044 0.023 0.010 0.007 0.003 0.001 80 E 0.408 0.146 0.069 0.111 0.088 0.062 0.052 0.027 0.021 0.010 0.005 81 M 0.084 0.088 0.029 0.104 0.093 0.113 0.203 0.121 0.088 0.046 0.029 82 S 0.165 0.125 0.171 0.160 0.117 0.083 0.077 0.043 0.030 0.018 0.010 83 E 0.209 0.137 0.222 0.186 0.099 0.066 0.047 0.018 0.010 0.005 0.002 84 D 0.244 0.224 0.151 0.157 0.096 0.061 0.037 0.017 0.008 0.003 0.001 85 L 0.045 0.043 0.022 0.045 0.059 0.107 0.214 0.184 0.138 0.086 0.056 86 P 0.340 0.245 0.161 0.140 0.069 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 87 Y 0.156 0.098 0.211 0.172 0.115 0.101 0.076 0.037 0.022 0.010 0.003 88 E 0.075 0.094 0.148 0.127 0.121 0.139 0.143 0.078 0.046 0.021 0.009 89 V 0.014 0.032 0.095 0.113 0.095 0.148 0.225 0.116 0.090 0.051 0.022 90 R 0.021 0.047 0.444 0.142 0.103 0.098 0.077 0.033 0.018 0.012 0.004 91 R 0.010 0.038 0.191 0.175 0.130 0.172 0.173 0.064 0.028 0.015 0.004 92 A 0.016 0.030 0.172 0.085 0.077 0.136 0.193 0.114 0.094 0.061 0.022 93 Q 0.018 0.030 0.170 0.145 0.122 0.158 0.200 0.068 0.044 0.031 0.011 94 E 0.019 0.040 0.271 0.167 0.114 0.121 0.141 0.060 0.036 0.024 0.008 95 I 0.003 0.007 0.044 0.040 0.044 0.083 0.229 0.169 0.148 0.145 0.088 96 N 0.014 0.026 0.101 0.084 0.080 0.110 0.188 0.127 0.115 0.097 0.060 97 H 0.021 0.030 0.127 0.123 0.110 0.119 0.166 0.095 0.092 0.077 0.042 98 L 0.031 0.034 0.068 0.099 0.100 0.115 0.191 0.119 0.104 0.085 0.054 99 F 0.028 0.030 0.025 0.059 0.061 0.083 0.175 0.155 0.157 0.129 0.097 100 G 0.064 0.073 0.046 0.097 0.090 0.091 0.139 0.122 0.116 0.092 0.071 101 P 0.152 0.105 0.060 0.123 0.112 0.097 0.116 0.075 0.071 0.051 0.039 102 K 0.327 0.171 0.060 0.150 0.101 0.066 0.056 0.026 0.022 0.012 0.008 103 N 0.289 0.194 0.049 0.136 0.095 0.069 0.072 0.038 0.030 0.018 0.011 104 S 0.196 0.160 0.033 0.110 0.098 0.090 0.113 0.080 0.058 0.037 0.025 105 D 0.368 0.198 0.071 0.129 0.088 0.059 0.038 0.022 0.016 0.008 0.004 106 D 0.267 0.189 0.094 0.168 0.117 0.074 0.045 0.022 0.014 0.007 0.003 107 A 0.090 0.093 0.054 0.135 0.139 0.133 0.133 0.085 0.070 0.043 0.025 108 Y 0.012 0.014 0.014 0.041 0.055 0.094 0.182 0.153 0.178 0.144 0.114 109 D 0.017 0.037 0.070 0.182 0.169 0.160 0.158 0.091 0.058 0.036 0.021 110 V 0.001 0.002 0.008 0.013 0.021 0.036 0.107 0.141 0.201 0.251 0.220 111 V 0.001 0.002 0.007 0.015 0.024 0.038 0.101 0.156 0.218 0.221 0.216 112 F 0.001 0.002 0.007 0.012 0.019 0.032 0.095 0.139 0.233 0.241 0.219 113 D 0.002 0.008 0.020 0.049 0.082 0.102 0.183 0.169 0.156 0.125 0.103 114 L 0.001 0.002 0.004 0.008 0.012 0.022 0.075 0.110 0.231 0.264 0.272 115 H 0.013 0.014 0.018 0.053 0.077 0.100 0.194 0.160 0.159 0.123 0.090 116 N 0.020 0.029 0.040 0.091 0.090 0.099 0.175 0.130 0.130 0.108 0.088 117 T 0.020 0.026 0.019 0.056 0.069 0.089 0.185 0.154 0.159 0.124 0.099 118 T 0.073 0.050 0.039 0.076 0.075 0.080 0.137 0.115 0.134 0.117 0.104 119 S 0.130 0.145 0.075 0.185 0.143 0.108 0.104 0.044 0.033 0.020 0.013 120 N 0.187 0.156 0.069 0.147 0.127 0.098 0.089 0.056 0.039 0.022 0.011 121 M 0.082 0.050 0.018 0.060 0.068 0.094 0.159 0.145 0.133 0.104 0.086 122 G 0.193 0.239 0.082 0.178 0.138 0.081 0.042 0.024 0.015 0.006 0.003 123 C 0.009 0.013 0.014 0.041 0.052 0.080 0.155 0.127 0.169 0.175 0.163 124 T 0.035 0.038 0.038 0.112 0.134 0.144 0.181 0.111 0.098 0.064 0.046 125 L 0.005 0.010 0.019 0.071 0.078 0.095 0.205 0.161 0.148 0.126 0.082 126 I 0.002 0.003 0.013 0.017 0.021 0.028 0.077 0.124 0.199 0.254 0.262 127 L 0.003 0.003 0.009 0.013 0.022 0.036 0.105 0.152 0.236 0.225 0.196 128 E 0.032 0.051 0.101 0.131 0.131 0.118 0.148 0.097 0.087 0.061 0.043 129 D 0.049 0.064 0.051 0.116 0.116 0.133 0.190 0.106 0.084 0.053 0.036 130 S 0.225 0.154 0.050 0.115 0.089 0.081 0.102 0.070 0.058 0.035 0.021 131 R 0.267 0.177 0.047 0.138 0.106 0.088 0.081 0.041 0.029 0.015 0.009 132 N 0.331 0.172 0.081 0.127 0.099 0.074 0.054 0.027 0.020 0.010 0.005 133 D 0.176 0.121 0.077 0.167 0.130 0.109 0.104 0.050 0.036 0.019 0.011 134 F 0.061 0.073 0.074 0.107 0.105 0.122 0.161 0.110 0.094 0.059 0.036 135 L 0.019 0.035 0.060 0.104 0.100 0.124 0.185 0.128 0.110 0.080 0.057 136 I 0.025 0.033 0.092 0.110 0.107 0.131 0.180 0.114 0.097 0.070 0.041 137 Q 0.022 0.039 0.098 0.151 0.128 0.133 0.169 0.099 0.078 0.054 0.028 138 M 0.006 0.015 0.035 0.049 0.057 0.092 0.187 0.156 0.175 0.142 0.085 139 F 0.010 0.016 0.042 0.066 0.079 0.116 0.206 0.144 0.144 0.113 0.065 140 H 0.023 0.036 0.118 0.138 0.125 0.138 0.179 0.100 0.070 0.049 0.024 141 Y 0.011 0.027 0.062 0.101 0.102 0.127 0.209 0.142 0.106 0.074 0.039 142 I 0.005 0.007 0.019 0.022 0.028 0.049 0.137 0.141 0.205 0.217 0.170 143 K 0.035 0.041 0.106 0.157 0.156 0.148 0.172 0.069 0.056 0.039 0.020 144 T 0.041 0.062 0.191 0.195 0.132 0.113 0.122 0.056 0.043 0.030 0.014 145 C 0.009 0.011 0.017 0.033 0.045 0.084 0.231 0.176 0.160 0.138 0.096 146 M 0.066 0.064 0.068 0.093 0.074 0.086 0.145 0.126 0.111 0.094 0.072 147 A 0.075 0.122 0.090 0.166 0.143 0.124 0.117 0.070 0.046 0.029 0.018 148 P 0.144 0.123 0.070 0.111 0.108 0.103 0.104 0.076 0.076 0.050 0.036 149 L 0.110 0.075 0.023 0.116 0.115 0.124 0.161 0.090 0.086 0.058 0.043 150 P 0.148 0.135 0.065 0.186 0.150 0.103 0.083 0.051 0.042 0.023 0.012 151 C 0.003 0.005 0.006 0.016 0.023 0.039 0.112 0.132 0.197 0.226 0.243 152 S 0.016 0.027 0.033 0.081 0.094 0.107 0.168 0.152 0.140 0.103 0.079 153 V 0.006 0.009 0.031 0.050 0.055 0.066 0.138 0.128 0.178 0.185 0.156 154 Y 0.019 0.027 0.052 0.091 0.104 0.114 0.191 0.132 0.117 0.089 0.064 155 L 0.014 0.018 0.022 0.058 0.057 0.069 0.161 0.150 0.181 0.160 0.111 156 I 0.046 0.044 0.048 0.075 0.089 0.108 0.171 0.123 0.124 0.100 0.073 157 E 0.141 0.171 0.103 0.210 0.137 0.092 0.075 0.034 0.022 0.011 0.005 158 H 0.130 0.087 0.051 0.099 0.107 0.117 0.150 0.101 0.075 0.052 0.031 159 P 0.249 0.165 0.054 0.129 0.100 0.084 0.090 0.056 0.038 0.021 0.014 160 S 0.209 0.201 0.080 0.175 0.120 0.079 0.060 0.035 0.023 0.012 0.006 161 L 0.061 0.052 0.035 0.070 0.093 0.119 0.157 0.119 0.122 0.099 0.073 162 K 0.133 0.143 0.088 0.223 0.159 0.110 0.074 0.031 0.022 0.011 0.005 163 Y 0.024 0.025 0.034 0.089 0.094 0.117 0.196 0.146 0.120 0.099 0.056 164 A 0.016 0.019 0.025 0.046 0.053 0.070 0.139 0.174 0.171 0.155 0.131 165 T 0.010 0.021 0.027 0.048 0.054 0.075 0.139 0.160 0.189 0.152 0.126 166 T 0.028 0.045 0.071 0.105 0.117 0.120 0.146 0.106 0.110 0.088 0.062 167 R 0.074 0.066 0.066 0.147 0.135 0.132 0.151 0.077 0.072 0.049 0.031 168 S 0.093 0.098 0.054 0.169 0.128 0.120 0.148 0.079 0.058 0.034 0.017 169 I 0.024 0.031 0.026 0.058 0.054 0.069 0.151 0.140 0.157 0.160 0.131 170 A 0.038 0.047 0.043 0.088 0.103 0.130 0.179 0.123 0.109 0.083 0.057 171 K 0.074 0.107 0.147 0.220 0.164 0.117 0.078 0.038 0.030 0.017 0.008 172 Y 0.009 0.013 0.015 0.047 0.071 0.121 0.231 0.156 0.137 0.117 0.083 173 P 0.011 0.015 0.015 0.054 0.057 0.072 0.148 0.159 0.178 0.155 0.134 174 V 0.001 0.002 0.005 0.012 0.021 0.037 0.106 0.155 0.215 0.233 0.213 175 G 0.004 0.009 0.023 0.054 0.075 0.083 0.139 0.148 0.174 0.148 0.143 176 I 0.001 0.002 0.007 0.011 0.017 0.026 0.080 0.100 0.219 0.261 0.276 177 E 0.005 0.011 0.016 0.060 0.088 0.099 0.207 0.171 0.147 0.114 0.082 178 V 0.002 0.003 0.006 0.010 0.012 0.020 0.074 0.117 0.217 0.263 0.275 179 G 0.031 0.029 0.031 0.069 0.101 0.128 0.192 0.149 0.123 0.085 0.061 180 P 0.174 0.155 0.122 0.185 0.113 0.077 0.066 0.040 0.035 0.021 0.012 181 Q 0.040 0.055 0.017 0.072 0.097 0.133 0.225 0.132 0.099 0.073 0.058 182 P 0.125 0.148 0.031 0.116 0.097 0.094 0.123 0.091 0.082 0.054 0.038 183 H 0.147 0.104 0.056 0.179 0.155 0.128 0.105 0.051 0.040 0.022 0.013 184 G 0.160 0.087 0.077 0.162 0.155 0.118 0.110 0.061 0.040 0.021 0.009 185 V 0.020 0.016 0.022 0.064 0.052 0.060 0.144 0.136 0.169 0.161 0.155 186 L 0.003 0.012 0.016 0.018 0.030 0.048 0.121 0.172 0.221 0.203 0.156 187 R 0.009 0.045 0.071 0.161 0.169 0.168 0.169 0.098 0.058 0.034 0.019 188 A 0.099 0.053 0.127 0.140 0.130 0.139 0.131 0.077 0.056 0.033 0.015 189 D 0.198 0.130 0.090 0.259 0.151 0.090 0.052 0.019 0.008 0.002 0.001 190 I 0.001 0.004 0.005 0.005 0.007 0.016 0.066 0.123 0.267 0.283 0.224 191 L 0.003 0.007 0.017 0.036 0.086 0.172 0.290 0.169 0.109 0.069 0.041 192 D 0.042 0.055 0.587 0.205 0.063 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 193 Q 0.003 0.018 0.049 0.101 0.156 0.238 0.269 0.114 0.035 0.014 0.004 194 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.032 0.071 0.257 0.312 0.317 195 R 0.005 0.011 0.079 0.118 0.220 0.243 0.225 0.051 0.027 0.016 0.005 196 R 0.004 0.019 0.407 0.260 0.122 0.084 0.069 0.024 0.007 0.004 0.001 197 M 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.012 0.087 0.122 0.239 0.277 0.247 198 L 0.002 0.002 0.010 0.005 0.013 0.038 0.150 0.212 0.227 0.221 0.122 199 K 0.014 0.059 0.478 0.211 0.120 0.062 0.032 0.012 0.007 0.004 0.002 200 H 0.022 0.034 0.083 0.077 0.094 0.170 0.267 0.125 0.067 0.039 0.022