# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.056 0.014 0.006 0.028 0.038 0.058 0.055 0.002 0.001 0.005 0.739 2 T 0.078 0.011 0.005 0.037 0.068 0.086 0.095 0.002 0.001 0.006 0.612 3 S 0.075 0.011 0.006 0.043 0.059 0.087 0.087 0.001 0.001 0.006 0.623 4 C 0.038 0.017 0.004 0.085 0.104 0.146 0.122 0.001 0.001 0.004 0.479 5 V 0.038 0.014 0.002 0.054 0.090 0.157 0.103 0.001 0.001 0.004 0.538 6 A 0.036 0.012 0.001 0.041 0.051 0.110 0.067 0.001 0.001 0.003 0.677 7 E 0.079 0.009 0.002 0.044 0.050 0.084 0.096 0.004 0.001 0.011 0.622 8 E 0.236 0.007 0.006 0.019 0.040 0.051 0.178 0.002 0.001 0.012 0.448 9 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977 10 I 0.026 0.001 0.001 0.043 0.042 0.103 0.185 0.001 0.001 0.011 0.587 11 K 0.240 0.001 0.003 0.044 0.057 0.054 0.105 0.001 0.001 0.016 0.478 12 K 0.034 0.001 0.006 0.287 0.106 0.118 0.047 0.001 0.001 0.003 0.398 13 I 0.002 0.001 0.001 0.502 0.199 0.234 0.029 0.001 0.001 0.001 0.033 14 A 0.001 0.001 0.001 0.763 0.096 0.106 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 15 I 0.001 0.001 0.001 0.708 0.101 0.174 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 16 F 0.001 0.001 0.001 0.694 0.117 0.160 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 17 G 0.001 0.001 0.001 0.600 0.073 0.130 0.015 0.001 0.001 0.001 0.180 18 G 0.001 0.001 0.001 0.320 0.109 0.267 0.064 0.001 0.001 0.004 0.234 19 T 0.017 0.001 0.001 0.166 0.116 0.207 0.102 0.001 0.001 0.014 0.375 20 H 0.010 0.004 0.001 0.059 0.088 0.137 0.112 0.001 0.001 0.005 0.584 21 G 0.016 0.005 0.001 0.035 0.056 0.095 0.104 0.001 0.001 0.007 0.681 22 N 0.094 0.018 0.002 0.014 0.028 0.039 0.202 0.001 0.001 0.015 0.587 23 E 0.173 0.069 0.004 0.007 0.014 0.018 0.204 0.002 0.001 0.013 0.497 24 L 0.188 0.185 0.010 0.018 0.022 0.032 0.157 0.004 0.001 0.019 0.365 25 T 0.151 0.191 0.014 0.012 0.015 0.028 0.227 0.003 0.001 0.013 0.346 26 G 0.057 0.167 0.011 0.009 0.011 0.021 0.090 0.004 0.001 0.005 0.626 27 V 0.081 0.419 0.011 0.006 0.005 0.015 0.085 0.002 0.001 0.005 0.371 28 F 0.010 0.484 0.001 0.006 0.008 0.012 0.119 0.002 0.001 0.001 0.356 29 L 0.013 0.794 0.001 0.002 0.003 0.004 0.020 0.002 0.001 0.001 0.161 30 V 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 31 T 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 32 H 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 33 W 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 34 L 0.017 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 35 K 0.016 0.959 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 36 N 0.098 0.786 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.042 37 G 0.308 0.469 0.041 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.001 0.001 0.120 38 A 0.027 0.089 0.110 0.003 0.001 0.001 0.027 0.010 0.001 0.002 0.731 39 E 0.028 0.042 0.023 0.008 0.003 0.004 0.179 0.008 0.001 0.002 0.703 40 V 0.402 0.105 0.005 0.012 0.005 0.005 0.064 0.004 0.001 0.006 0.391 41 H 0.194 0.330 0.005 0.033 0.017 0.022 0.099 0.007 0.001 0.006 0.287 42 R 0.142 0.227 0.009 0.026 0.023 0.035 0.046 0.005 0.001 0.004 0.482 43 A 0.098 0.160 0.003 0.035 0.045 0.055 0.042 0.011 0.001 0.003 0.548 44 G 0.199 0.045 0.005 0.027 0.031 0.037 0.060 0.022 0.001 0.009 0.566 45 L 0.243 0.021 0.096 0.081 0.046 0.052 0.058 0.007 0.001 0.010 0.386 46 E 0.020 0.006 0.014 0.181 0.092 0.115 0.107 0.002 0.001 0.002 0.461 47 V 0.018 0.003 0.008 0.178 0.086 0.189 0.042 0.001 0.001 0.003 0.473 48 K 0.007 0.003 0.001 0.312 0.170 0.313 0.048 0.001 0.001 0.002 0.145 49 P 0.003 0.001 0.001 0.052 0.021 0.026 0.013 0.001 0.001 0.001 0.883 50 F 0.012 0.004 0.001 0.238 0.067 0.146 0.060 0.001 0.001 0.003 0.470 51 I 0.039 0.009 0.001 0.166 0.047 0.148 0.096 0.001 0.001 0.008 0.486 52 T 0.057 0.029 0.002 0.128 0.059 0.125 0.121 0.002 0.001 0.007 0.470 53 N 0.063 0.027 0.003 0.050 0.041 0.079 0.185 0.002 0.001 0.003 0.547 54 P 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.974 55 R 0.017 0.022 0.001 0.003 0.004 0.009 0.270 0.001 0.001 0.004 0.669 56 A 0.168 0.181 0.001 0.005 0.010 0.018 0.203 0.002 0.001 0.008 0.404 57 V 0.050 0.825 0.001 0.006 0.006 0.009 0.009 0.002 0.001 0.001 0.092 58 E 0.048 0.814 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.116 59 K 0.096 0.800 0.002 0.001 0.003 0.007 0.005 0.010 0.001 0.001 0.075 60 C 0.162 0.697 0.008 0.002 0.005 0.006 0.003 0.038 0.001 0.001 0.078 61 T 0.073 0.654 0.042 0.015 0.023 0.023 0.008 0.027 0.001 0.001 0.134 62 R 0.058 0.330 0.025 0.043 0.060 0.090 0.035 0.046 0.001 0.003 0.311 63 Y 0.197 0.178 0.051 0.067 0.060 0.086 0.038 0.019 0.001 0.004 0.300 64 I 0.085 0.117 0.022 0.163 0.100 0.140 0.082 0.014 0.001 0.004 0.272 65 D 0.058 0.039 0.016 0.091 0.081 0.111 0.113 0.008 0.001 0.006 0.476 66 C 0.053 0.026 0.013 0.140 0.075 0.116 0.128 0.005 0.001 0.010 0.433 67 D 0.045 0.008 0.002 0.027 0.033 0.038 0.478 0.004 0.001 0.016 0.349 68 L 0.077 0.006 0.016 0.024 0.008 0.010 0.097 0.001 0.001 0.020 0.740 69 N 0.028 0.008 0.002 0.026 0.018 0.024 0.541 0.001 0.001 0.022 0.329 70 R 0.259 0.012 0.007 0.020 0.015 0.018 0.300 0.002 0.001 0.054 0.312 71 V 0.137 0.080 0.011 0.045 0.030 0.063 0.182 0.002 0.001 0.012 0.436 72 F 0.051 0.049 0.006 0.104 0.120 0.210 0.147 0.003 0.001 0.009 0.300 73 D 0.059 0.030 0.002 0.021 0.039 0.058 0.067 0.002 0.001 0.003 0.718 74 L 0.052 0.033 0.007 0.035 0.059 0.098 0.043 0.002 0.001 0.004 0.667 75 E 0.037 0.026 0.002 0.023 0.035 0.063 0.256 0.003 0.001 0.006 0.548 76 N 0.187 0.036 0.003 0.026 0.024 0.033 0.180 0.008 0.001 0.023 0.481 77 L 0.237 0.111 0.014 0.030 0.018 0.030 0.197 0.007 0.001 0.021 0.335 78 S 0.154 0.061 0.008 0.020 0.016 0.021 0.272 0.009 0.001 0.020 0.419 79 K 0.126 0.042 0.014 0.012 0.008 0.011 0.099 0.004 0.001 0.008 0.675 80 E 0.057 0.031 0.008 0.011 0.016 0.017 0.170 0.003 0.001 0.008 0.681 81 M 0.107 0.045 0.006 0.017 0.023 0.035 0.310 0.003 0.001 0.014 0.439 82 S 0.110 0.096 0.004 0.023 0.020 0.030 0.167 0.006 0.001 0.009 0.537 83 E 0.144 0.127 0.007 0.010 0.005 0.010 0.138 0.003 0.001 0.010 0.547 84 D 0.300 0.107 0.007 0.013 0.007 0.012 0.218 0.013 0.001 0.022 0.301 85 L 0.396 0.114 0.023 0.010 0.003 0.004 0.143 0.006 0.001 0.010 0.292 86 P 0.009 0.062 0.007 0.003 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.866 87 Y 0.017 0.130 0.001 0.004 0.002 0.005 0.216 0.001 0.001 0.004 0.620 88 E 0.035 0.427 0.001 0.002 0.001 0.003 0.226 0.002 0.001 0.003 0.301 89 V 0.012 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.064 90 R 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 91 R 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 92 A 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 93 Q 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 94 E 0.009 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 95 I 0.008 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 96 N 0.015 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 97 H 0.037 0.903 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.025 98 L 0.093 0.769 0.025 0.002 0.001 0.002 0.005 0.065 0.001 0.001 0.036 99 F 0.175 0.418 0.060 0.011 0.004 0.004 0.008 0.243 0.001 0.001 0.076 100 G 0.279 0.143 0.148 0.036 0.011 0.012 0.014 0.074 0.001 0.002 0.280 101 P 0.003 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.972 102 K 0.016 0.001 0.005 0.028 0.003 0.008 0.049 0.001 0.001 0.001 0.887 103 N 0.194 0.002 0.002 0.024 0.004 0.006 0.072 0.002 0.001 0.006 0.689 104 S 0.246 0.009 0.002 0.039 0.005 0.008 0.117 0.001 0.001 0.008 0.565 105 D 0.100 0.005 0.002 0.042 0.008 0.011 0.181 0.001 0.001 0.008 0.642 106 D 0.108 0.007 0.002 0.036 0.009 0.011 0.238 0.001 0.001 0.012 0.578 107 A 0.085 0.016 0.003 0.029 0.017 0.034 0.332 0.002 0.001 0.027 0.456 108 Y 0.154 0.061 0.007 0.119 0.072 0.115 0.199 0.004 0.001 0.031 0.238 109 D 0.094 0.082 0.006 0.084 0.077 0.103 0.157 0.003 0.001 0.012 0.380 110 V 0.036 0.076 0.007 0.159 0.192 0.238 0.047 0.003 0.001 0.005 0.236 111 V 0.032 0.100 0.004 0.132 0.141 0.345 0.065 0.003 0.001 0.004 0.173 112 F 0.022 0.086 0.004 0.179 0.221 0.317 0.035 0.003 0.001 0.003 0.130 113 D 0.031 0.130 0.003 0.110 0.115 0.232 0.096 0.005 0.001 0.005 0.273 114 L 0.063 0.112 0.014 0.102 0.107 0.163 0.067 0.006 0.001 0.008 0.357 115 H 0.035 0.137 0.006 0.092 0.085 0.197 0.227 0.007 0.001 0.016 0.198 116 N 0.146 0.083 0.012 0.028 0.056 0.083 0.233 0.016 0.001 0.034 0.309 117 T 0.214 0.207 0.032 0.023 0.037 0.046 0.147 0.008 0.001 0.014 0.274 118 T 0.077 0.143 0.011 0.030 0.087 0.090 0.229 0.010 0.001 0.015 0.309 119 S 0.071 0.156 0.018 0.020 0.049 0.049 0.139 0.006 0.001 0.011 0.481 120 N 0.133 0.189 0.005 0.012 0.037 0.052 0.177 0.015 0.001 0.021 0.361 121 M 0.361 0.113 0.013 0.011 0.021 0.030 0.125 0.020 0.001 0.033 0.274 122 G 0.276 0.058 0.035 0.025 0.052 0.049 0.155 0.019 0.001 0.031 0.299 123 C 0.075 0.016 0.114 0.057 0.048 0.068 0.082 0.003 0.001 0.011 0.525 124 T 0.013 0.006 0.010 0.130 0.120 0.184 0.064 0.001 0.001 0.003 0.468 125 L 0.018 0.004 0.003 0.216 0.195 0.277 0.053 0.001 0.001 0.003 0.231 126 I 0.015 0.008 0.001 0.188 0.202 0.332 0.047 0.001 0.001 0.002 0.204 127 L 0.008 0.006 0.001 0.241 0.219 0.334 0.028 0.001 0.001 0.002 0.161 128 E 0.011 0.005 0.001 0.190 0.142 0.288 0.074 0.001 0.001 0.003 0.285 129 D 0.037 0.006 0.003 0.106 0.079 0.138 0.135 0.002 0.001 0.008 0.486 130 S 0.018 0.003 0.005 0.035 0.013 0.028 0.153 0.001 0.001 0.007 0.738 131 R 0.030 0.002 0.002 0.012 0.004 0.009 0.391 0.001 0.001 0.015 0.534 132 N 0.185 0.006 0.004 0.006 0.002 0.002 0.329 0.001 0.001 0.025 0.440 133 D 0.051 0.029 0.002 0.002 0.001 0.001 0.299 0.001 0.001 0.006 0.610 134 F 0.014 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.001 0.001 0.005 0.610 135 L 0.017 0.236 0.001 0.001 0.001 0.003 0.479 0.001 0.001 0.010 0.249 136 I 0.020 0.724 0.001 0.001 0.001 0.003 0.126 0.004 0.001 0.005 0.116 137 Q 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 138 M 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 139 F 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 140 H 0.016 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.005 141 Y 0.037 0.929 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.010 142 I 0.025 0.907 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.030 143 K 0.026 0.714 0.008 0.004 0.002 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 0.211 144 T 0.108 0.639 0.008 0.004 0.003 0.003 0.013 0.035 0.001 0.001 0.185 145 C 0.268 0.514 0.012 0.007 0.003 0.006 0.017 0.042 0.001 0.002 0.129 146 M 0.252 0.388 0.031 0.020 0.008 0.010 0.021 0.054 0.001 0.003 0.214 147 A 0.215 0.104 0.044 0.021 0.011 0.015 0.033 0.016 0.001 0.003 0.538 148 P 0.016 0.004 0.014 0.013 0.003 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.936 149 L 0.040 0.003 0.006 0.055 0.015 0.030 0.080 0.002 0.001 0.002 0.767 150 P 0.017 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.963 151 C 0.040 0.006 0.001 0.132 0.041 0.100 0.113 0.001 0.001 0.003 0.563 152 S 0.117 0.007 0.001 0.093 0.032 0.049 0.058 0.001 0.001 0.003 0.639 153 V 0.060 0.031 0.001 0.186 0.076 0.119 0.062 0.001 0.001 0.003 0.461 154 Y 0.052 0.027 0.002 0.154 0.116 0.167 0.106 0.001 0.001 0.004 0.372 155 L 0.072 0.031 0.003 0.099 0.069 0.113 0.086 0.002 0.001 0.005 0.520 156 I 0.049 0.028 0.006 0.099 0.099 0.207 0.082 0.002 0.001 0.004 0.423 157 E 0.033 0.010 0.004 0.031 0.029 0.064 0.051 0.002 0.001 0.004 0.773 158 H 0.084 0.012 0.007 0.054 0.053 0.137 0.099 0.002 0.001 0.007 0.545 159 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.970 160 S 0.037 0.007 0.001 0.018 0.021 0.036 0.122 0.001 0.001 0.004 0.754 161 L 0.235 0.028 0.002 0.022 0.026 0.048 0.111 0.001 0.001 0.013 0.513 162 K 0.130 0.127 0.002 0.036 0.042 0.063 0.189 0.003 0.001 0.007 0.402 163 Y 0.160 0.121 0.006 0.030 0.021 0.049 0.093 0.003 0.001 0.007 0.511 164 A 0.122 0.149 0.009 0.062 0.051 0.076 0.092 0.004 0.001 0.006 0.428 165 T 0.069 0.090 0.009 0.027 0.038 0.061 0.226 0.005 0.001 0.007 0.468 166 T 0.043 0.081 0.009 0.026 0.024 0.038 0.083 0.003 0.001 0.003 0.690 167 R 0.026 0.114 0.002 0.023 0.030 0.038 0.181 0.002 0.001 0.005 0.579 168 S 0.119 0.139 0.003 0.007 0.014 0.017 0.272 0.003 0.001 0.012 0.415 169 I 0.131 0.471 0.003 0.011 0.017 0.020 0.092 0.006 0.001 0.005 0.244 170 A 0.123 0.532 0.005 0.011 0.013 0.026 0.049 0.009 0.001 0.009 0.224 171 K 0.196 0.352 0.012 0.004 0.010 0.024 0.033 0.014 0.001 0.006 0.348 172 Y 0.273 0.307 0.013 0.021 0.025 0.050 0.012 0.030 0.001 0.002 0.268 173 P 0.041 0.030 0.008 0.009 0.007 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 0.889 174 V 0.049 0.028 0.010 0.142 0.268 0.210 0.030 0.005 0.001 0.002 0.256 175 G 0.046 0.021 0.006 0.247 0.134 0.255 0.045 0.002 0.001 0.001 0.243 176 I 0.006 0.012 0.002 0.350 0.219 0.319 0.018 0.001 0.001 0.001 0.074 177 E 0.003 0.006 0.001 0.440 0.173 0.278 0.022 0.001 0.001 0.001 0.077 178 V 0.008 0.006 0.002 0.304 0.101 0.174 0.044 0.001 0.001 0.002 0.357 179 G 0.013 0.004 0.004 0.377 0.139 0.208 0.054 0.001 0.001 0.003 0.199 180 P 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.923 181 Q 0.006 0.001 0.001 0.101 0.058 0.164 0.121 0.001 0.001 0.003 0.545 182 P 0.008 0.001 0.001 0.007 0.005 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.959 183 H 0.048 0.013 0.001 0.040 0.027 0.065 0.106 0.001 0.001 0.004 0.694 184 G 0.197 0.018 0.001 0.016 0.010 0.016 0.085 0.001 0.001 0.006 0.650 185 V 0.230 0.142 0.005 0.027 0.012 0.017 0.074 0.001 0.001 0.003 0.491 186 L 0.047 0.227 0.005 0.046 0.039 0.099 0.128 0.001 0.001 0.002 0.405 187 R 0.041 0.359 0.002 0.040 0.016 0.060 0.071 0.002 0.001 0.002 0.407 188 A 0.027 0.517 0.002 0.010 0.005 0.009 0.029 0.001 0.001 0.001 0.401 189 D 0.021 0.547 0.001 0.002 0.002 0.003 0.092 0.002 0.001 0.001 0.329 190 I 0.022 0.799 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.003 0.001 0.001 0.135 191 L 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 192 D 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 193 Q 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 194 M 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 195 R 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 196 R 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 197 M 0.021 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 198 L 0.017 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 199 K 0.039 0.876 0.013 0.002 0.002 0.003 0.002 0.025 0.001 0.001 0.038 200 H 0.111 0.634 0.019 0.005 0.004 0.006 0.006 0.049 0.001 0.001 0.165