# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.003 0.006 0.005 0.013 0.011 0.933 2 T 0.296 0.040 0.017 0.025 0.024 0.036 0.562 3 S 0.431 0.062 0.014 0.021 0.097 0.036 0.338 4 C 0.457 0.062 0.014 0.028 0.064 0.029 0.345 5 V 0.223 0.026 0.019 0.031 0.073 0.077 0.551 6 A 0.091 0.032 0.030 0.032 0.172 0.305 0.338 7 E 0.026 0.020 0.029 0.011 0.343 0.268 0.302 8 E 0.024 0.014 0.012 0.007 0.557 0.103 0.282 9 P 0.033 0.056 0.010 0.006 0.312 0.131 0.453 10 I 0.048 0.021 0.003 0.001 0.281 0.020 0.627 11 K 0.077 0.003 0.003 0.001 0.423 0.025 0.468 12 K 0.773 0.010 0.002 0.001 0.111 0.009 0.094 13 I 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 14 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 17 G 0.768 0.002 0.001 0.001 0.034 0.003 0.192 18 G 0.539 0.015 0.006 0.002 0.084 0.016 0.337 19 T 0.367 0.049 0.020 0.004 0.141 0.067 0.351 20 H 0.194 0.016 0.022 0.008 0.264 0.157 0.339 21 G 0.057 0.017 0.020 0.011 0.494 0.161 0.241 22 N 0.033 0.018 0.023 0.018 0.443 0.110 0.356 23 E 0.022 0.009 0.073 0.138 0.244 0.279 0.234 24 L 0.018 0.023 0.054 0.173 0.198 0.301 0.233 25 T 0.020 0.026 0.018 0.238 0.301 0.143 0.255 26 G 0.011 0.004 0.004 0.570 0.119 0.024 0.268 27 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.003 0.003 28 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 29 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.002 33 W 0.001 0.001 0.003 0.975 0.003 0.015 0.004 34 L 0.001 0.001 0.008 0.933 0.007 0.042 0.007 35 K 0.001 0.001 0.009 0.774 0.013 0.190 0.013 36 N 0.001 0.002 0.012 0.537 0.048 0.295 0.106 37 G 0.003 0.008 0.035 0.292 0.111 0.185 0.367 38 A 0.008 0.006 0.157 0.260 0.083 0.198 0.288 39 E 0.015 0.005 0.196 0.235 0.104 0.181 0.264 40 V 0.037 0.011 0.153 0.271 0.122 0.166 0.242 41 H 0.099 0.019 0.086 0.242 0.151 0.132 0.270 42 R 0.119 0.014 0.082 0.136 0.155 0.128 0.366 43 A 0.105 0.011 0.067 0.079 0.191 0.324 0.223 44 G 0.144 0.005 0.030 0.024 0.178 0.333 0.286 45 L 0.357 0.007 0.006 0.010 0.146 0.021 0.453 46 E 0.745 0.010 0.002 0.006 0.036 0.005 0.196 47 V 0.902 0.008 0.002 0.006 0.007 0.003 0.072 48 K 0.899 0.004 0.003 0.010 0.010 0.003 0.071 49 P 0.872 0.007 0.005 0.012 0.018 0.004 0.081 50 F 0.767 0.008 0.011 0.016 0.027 0.014 0.158 51 I 0.511 0.009 0.018 0.021 0.088 0.053 0.300 52 T 0.180 0.033 0.015 0.026 0.248 0.070 0.427 53 N 0.049 0.009 0.004 0.031 0.365 0.020 0.522 54 P 0.008 0.004 0.037 0.559 0.126 0.067 0.198 55 R 0.002 0.001 0.032 0.908 0.015 0.031 0.012 56 A 0.001 0.001 0.034 0.922 0.008 0.024 0.011 57 V 0.002 0.001 0.017 0.952 0.007 0.013 0.008 58 E 0.006 0.001 0.016 0.923 0.008 0.035 0.012 59 K 0.007 0.001 0.026 0.791 0.014 0.145 0.017 60 C 0.013 0.003 0.031 0.674 0.045 0.181 0.052 61 T 0.054 0.008 0.054 0.543 0.081 0.126 0.133 62 R 0.099 0.014 0.053 0.476 0.089 0.120 0.149 63 Y 0.078 0.013 0.037 0.375 0.103 0.132 0.262 64 I 0.110 0.024 0.030 0.202 0.151 0.106 0.376 65 D 0.116 0.015 0.043 0.121 0.188 0.117 0.400 66 C 0.110 0.019 0.070 0.136 0.248 0.115 0.304 67 D 0.094 0.016 0.062 0.102 0.134 0.099 0.493 68 L 0.055 0.009 0.200 0.273 0.082 0.243 0.139 69 N 0.054 0.011 0.233 0.245 0.107 0.235 0.116 70 R 0.068 0.015 0.218 0.220 0.160 0.157 0.161 71 V 0.081 0.022 0.102 0.208 0.170 0.160 0.258 72 F 0.072 0.045 0.027 0.093 0.291 0.082 0.390 73 D 0.042 0.019 0.011 0.030 0.126 0.051 0.720 74 L 0.012 0.008 0.275 0.292 0.089 0.195 0.130 75 E 0.007 0.007 0.394 0.278 0.077 0.156 0.082 76 N 0.005 0.007 0.427 0.254 0.063 0.153 0.092 77 L 0.006 0.009 0.155 0.256 0.116 0.295 0.162 78 S 0.006 0.014 0.073 0.137 0.166 0.360 0.245 79 K 0.005 0.016 0.050 0.095 0.315 0.121 0.398 80 E 0.005 0.010 0.095 0.173 0.187 0.209 0.321 81 M 0.005 0.008 0.118 0.173 0.151 0.244 0.300 82 S 0.004 0.007 0.116 0.175 0.153 0.170 0.375 83 E 0.005 0.008 0.068 0.282 0.157 0.169 0.311 84 D 0.003 0.006 0.039 0.429 0.127 0.107 0.289 85 L 0.002 0.004 0.018 0.705 0.072 0.045 0.155 86 P 0.001 0.001 0.007 0.912 0.016 0.019 0.045 87 Y 0.001 0.001 0.003 0.960 0.009 0.009 0.018 88 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.005 0.008 89 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.004 90 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.003 91 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.003 92 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.004 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.009 0.005 94 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.009 0.005 95 I 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.010 0.007 96 N 0.001 0.001 0.002 0.973 0.004 0.015 0.006 97 H 0.001 0.001 0.005 0.945 0.005 0.037 0.007 98 L 0.002 0.001 0.011 0.882 0.010 0.082 0.013 99 F 0.002 0.002 0.017 0.753 0.023 0.176 0.027 100 G 0.006 0.005 0.025 0.466 0.118 0.255 0.125 101 P 0.009 0.010 0.053 0.186 0.167 0.181 0.395 102 K 0.009 0.012 0.123 0.144 0.182 0.204 0.325 103 N 0.010 0.006 0.118 0.132 0.173 0.322 0.239 104 S 0.010 0.008 0.106 0.098 0.171 0.290 0.317 105 D 0.018 0.015 0.070 0.053 0.234 0.126 0.485 106 D 0.048 0.019 0.063 0.057 0.235 0.177 0.400 107 A 0.139 0.032 0.088 0.051 0.197 0.166 0.326 108 Y 0.292 0.015 0.014 0.010 0.064 0.016 0.589 109 D 0.598 0.003 0.003 0.007 0.117 0.005 0.268 110 V 0.965 0.003 0.001 0.004 0.014 0.001 0.012 111 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 112 F 0.983 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 113 D 0.899 0.004 0.001 0.010 0.007 0.004 0.075 114 L 0.337 0.004 0.029 0.031 0.069 0.087 0.443 115 H 0.131 0.006 0.084 0.056 0.300 0.164 0.259 116 N 0.108 0.022 0.185 0.089 0.213 0.174 0.209 117 T 0.102 0.040 0.149 0.127 0.176 0.142 0.264 118 T 0.096 0.039 0.119 0.108 0.167 0.116 0.355 119 S 0.022 0.008 0.155 0.101 0.115 0.516 0.083 120 N 0.012 0.003 0.090 0.061 0.103 0.680 0.051 121 M 0.052 0.025 0.067 0.060 0.198 0.266 0.333 122 G 0.076 0.015 0.028 0.030 0.218 0.222 0.411 123 C 0.213 0.014 0.052 0.037 0.167 0.131 0.387 124 T 0.451 0.023 0.052 0.034 0.090 0.051 0.298 125 L 0.686 0.015 0.031 0.033 0.039 0.032 0.163 126 I 0.799 0.018 0.021 0.026 0.025 0.023 0.087 127 L 0.678 0.022 0.015 0.028 0.043 0.025 0.189 128 E 0.415 0.020 0.012 0.023 0.148 0.039 0.344 129 D 0.155 0.021 0.008 0.021 0.215 0.040 0.540 130 S 0.032 0.010 0.026 0.041 0.183 0.111 0.597 131 R 0.012 0.007 0.055 0.091 0.221 0.198 0.415 132 N 0.006 0.006 0.135 0.250 0.166 0.238 0.198 133 D 0.006 0.006 0.094 0.409 0.141 0.125 0.219 134 F 0.005 0.006 0.072 0.635 0.072 0.066 0.143 135 L 0.006 0.003 0.037 0.797 0.042 0.041 0.074 136 I 0.007 0.002 0.021 0.862 0.028 0.031 0.049 137 Q 0.006 0.002 0.016 0.895 0.019 0.028 0.033 138 M 0.005 0.002 0.011 0.910 0.012 0.036 0.024 139 F 0.005 0.001 0.009 0.895 0.012 0.052 0.026 140 H 0.005 0.002 0.010 0.863 0.015 0.073 0.032 141 Y 0.007 0.002 0.015 0.806 0.031 0.079 0.060 142 I 0.007 0.003 0.029 0.778 0.045 0.062 0.075 143 K 0.009 0.002 0.052 0.744 0.045 0.080 0.067 144 T 0.007 0.003 0.085 0.693 0.028 0.133 0.051 145 C 0.009 0.004 0.087 0.569 0.056 0.189 0.087 146 M 0.018 0.004 0.071 0.432 0.081 0.285 0.110 147 A 0.031 0.008 0.075 0.301 0.094 0.265 0.226 148 P 0.053 0.013 0.061 0.220 0.112 0.090 0.452 149 L 0.113 0.009 0.067 0.232 0.134 0.112 0.333 150 P 0.228 0.013 0.065 0.229 0.106 0.115 0.243 151 C 0.375 0.017 0.040 0.198 0.054 0.058 0.257 152 S 0.497 0.018 0.034 0.164 0.054 0.038 0.194 153 V 0.583 0.018 0.037 0.119 0.035 0.045 0.162 154 Y 0.470 0.013 0.053 0.111 0.072 0.082 0.199 155 L 0.388 0.017 0.038 0.099 0.144 0.081 0.233 156 I 0.240 0.022 0.020 0.056 0.194 0.065 0.404 157 E 0.163 0.024 0.021 0.036 0.202 0.102 0.452 158 H 0.110 0.017 0.054 0.081 0.214 0.144 0.380 159 P 0.084 0.017 0.075 0.101 0.185 0.209 0.328 160 S 0.083 0.014 0.131 0.183 0.156 0.175 0.257 161 L 0.086 0.023 0.146 0.213 0.143 0.161 0.228 162 K 0.098 0.014 0.118 0.216 0.149 0.183 0.223 163 Y 0.143 0.017 0.083 0.216 0.130 0.210 0.201 164 A 0.184 0.028 0.045 0.197 0.130 0.152 0.264 165 T 0.231 0.042 0.037 0.184 0.094 0.077 0.335 166 T 0.120 0.011 0.114 0.483 0.069 0.073 0.131 167 R 0.109 0.006 0.180 0.487 0.047 0.094 0.078 168 S 0.115 0.006 0.183 0.412 0.047 0.153 0.083 169 I 0.192 0.012 0.111 0.301 0.092 0.154 0.139 170 A 0.185 0.015 0.137 0.154 0.087 0.149 0.273 171 K 0.118 0.008 0.146 0.104 0.205 0.300 0.119 172 Y 0.147 0.004 0.085 0.080 0.188 0.384 0.112 173 P 0.516 0.012 0.013 0.041 0.069 0.057 0.292 174 V 0.789 0.005 0.003 0.018 0.031 0.010 0.144 175 G 0.934 0.004 0.002 0.012 0.008 0.004 0.037 176 I 0.933 0.003 0.003 0.010 0.005 0.003 0.042 177 E 0.872 0.006 0.005 0.012 0.015 0.006 0.086 178 V 0.623 0.008 0.006 0.012 0.051 0.015 0.285 179 G 0.307 0.008 0.014 0.012 0.248 0.061 0.350 180 P 0.253 0.011 0.023 0.018 0.233 0.094 0.369 181 Q 0.217 0.048 0.026 0.034 0.210 0.075 0.389 182 P 0.103 0.022 0.043 0.063 0.153 0.077 0.540 183 H 0.037 0.005 0.213 0.180 0.179 0.248 0.137 184 G 0.036 0.004 0.233 0.267 0.115 0.252 0.092 185 V 0.083 0.027 0.223 0.260 0.084 0.170 0.151 186 L 0.125 0.036 0.062 0.305 0.117 0.096 0.260 187 R 0.093 0.009 0.015 0.395 0.105 0.040 0.343 188 A 0.002 0.001 0.014 0.951 0.009 0.011 0.012 189 D 0.001 0.001 0.005 0.976 0.004 0.009 0.005 190 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.006 0.002 191 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 192 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.001 196 R 0.003 0.001 0.002 0.968 0.003 0.020 0.003 197 M 0.002 0.001 0.005 0.935 0.008 0.041 0.009 198 L 0.013 0.004 0.009 0.793 0.036 0.101 0.044 199 K 0.010 0.006 0.023 0.431 0.003 0.345 0.182 200 H 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.987