# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.168 0.266 0.268 0.110 0.102 0.028 0.023 0.011 0.016 0.006 0.001 2 T 0.084 0.467 0.206 0.067 0.107 0.021 0.008 0.001 0.037 0.003 0.001 3 S 0.129 0.259 0.455 0.047 0.049 0.036 0.004 0.002 0.013 0.003 0.002 4 C 0.068 0.550 0.207 0.026 0.085 0.024 0.004 0.001 0.033 0.002 0.001 5 V 0.133 0.354 0.368 0.048 0.014 0.049 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 6 A 0.142 0.262 0.250 0.114 0.119 0.028 0.042 0.010 0.018 0.013 0.001 7 E 0.135 0.105 0.146 0.211 0.084 0.052 0.143 0.070 0.030 0.023 0.002 8 E 0.038 0.294 0.453 0.006 0.061 0.019 0.009 0.001 0.117 0.003 0.001 9 P 0.346 0.009 0.450 0.054 0.001 0.050 0.004 0.001 0.002 0.001 0.084 10 I 0.087 0.330 0.349 0.057 0.085 0.030 0.022 0.006 0.032 0.002 0.001 11 K 0.191 0.157 0.527 0.051 0.017 0.038 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 12 K 0.052 0.616 0.201 0.032 0.056 0.019 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 13 I 0.004 0.839 0.102 0.002 0.023 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 14 A 0.002 0.758 0.187 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 15 I 0.006 0.735 0.153 0.002 0.009 0.061 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 16 F 0.012 0.685 0.099 0.009 0.039 0.062 0.002 0.001 0.092 0.001 0.001 17 G 0.040 0.336 0.267 0.034 0.123 0.088 0.040 0.004 0.057 0.008 0.002 18 G 0.050 0.115 0.249 0.058 0.205 0.094 0.109 0.044 0.025 0.042 0.009 19 T 0.151 0.274 0.246 0.149 0.069 0.045 0.020 0.009 0.024 0.011 0.002 20 H 0.147 0.182 0.313 0.102 0.092 0.035 0.056 0.020 0.018 0.033 0.001 21 G 0.231 0.028 0.071 0.056 0.111 0.015 0.055 0.198 0.008 0.228 0.001 22 N 0.507 0.041 0.090 0.178 0.018 0.083 0.029 0.006 0.040 0.005 0.003 23 E 0.879 0.018 0.033 0.037 0.005 0.013 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 24 L 0.953 0.004 0.008 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.976 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 27 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 H 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 W 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.973 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.230 0.001 0.005 0.754 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 37 G 0.101 0.002 0.052 0.019 0.008 0.003 0.142 0.595 0.004 0.075 0.001 38 A 0.470 0.052 0.257 0.157 0.020 0.019 0.009 0.005 0.003 0.009 0.001 39 E 0.404 0.076 0.230 0.134 0.064 0.027 0.026 0.015 0.014 0.009 0.001 40 V 0.515 0.154 0.169 0.104 0.016 0.025 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 41 H 0.352 0.174 0.196 0.138 0.020 0.073 0.015 0.002 0.029 0.001 0.001 42 R 0.292 0.292 0.201 0.093 0.027 0.031 0.012 0.002 0.048 0.001 0.001 43 A 0.235 0.054 0.488 0.151 0.016 0.014 0.026 0.003 0.006 0.005 0.001 44 G 0.036 0.012 0.045 0.054 0.048 0.003 0.100 0.643 0.003 0.056 0.001 45 L 0.019 0.352 0.541 0.014 0.030 0.019 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 46 E 0.020 0.315 0.584 0.012 0.008 0.048 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 47 V 0.009 0.716 0.205 0.006 0.035 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 48 K 0.003 0.586 0.251 0.001 0.012 0.022 0.002 0.001 0.125 0.001 0.001 49 P 0.017 0.027 0.888 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 50 F 0.112 0.430 0.274 0.015 0.023 0.109 0.002 0.001 0.031 0.001 0.002 51 I 0.074 0.599 0.134 0.037 0.039 0.063 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 52 T 0.047 0.423 0.161 0.074 0.207 0.044 0.011 0.002 0.025 0.006 0.001 53 N 0.021 0.135 0.340 0.005 0.055 0.188 0.012 0.001 0.235 0.007 0.001 54 P 0.931 0.002 0.028 0.011 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 55 R 0.980 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.982 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.986 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.529 0.002 0.004 0.460 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 60 C 0.149 0.015 0.078 0.107 0.006 0.017 0.534 0.072 0.018 0.005 0.001 61 T 0.400 0.275 0.166 0.078 0.025 0.027 0.013 0.002 0.011 0.003 0.001 62 R 0.275 0.315 0.208 0.085 0.037 0.043 0.013 0.003 0.018 0.003 0.001 63 Y 0.256 0.298 0.173 0.054 0.074 0.062 0.014 0.004 0.060 0.004 0.001 64 I 0.317 0.304 0.101 0.100 0.038 0.071 0.009 0.002 0.056 0.001 0.001 65 D 0.398 0.118 0.129 0.144 0.043 0.086 0.032 0.008 0.029 0.009 0.002 66 C 0.388 0.222 0.114 0.133 0.074 0.028 0.011 0.006 0.019 0.004 0.001 67 D 0.169 0.068 0.156 0.124 0.018 0.170 0.126 0.004 0.159 0.002 0.002 68 L 0.613 0.048 0.068 0.191 0.008 0.032 0.021 0.005 0.010 0.001 0.002 69 N 0.351 0.042 0.078 0.267 0.020 0.034 0.175 0.014 0.014 0.004 0.001 70 R 0.425 0.105 0.122 0.172 0.054 0.024 0.055 0.028 0.011 0.004 0.001 71 V 0.299 0.192 0.116 0.328 0.016 0.019 0.013 0.003 0.012 0.001 0.001 72 F 0.031 0.405 0.335 0.052 0.088 0.040 0.011 0.001 0.035 0.002 0.001 73 D 0.006 0.080 0.731 0.003 0.023 0.120 0.002 0.001 0.032 0.002 0.001 74 L 0.950 0.002 0.005 0.036 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.941 0.002 0.007 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 N 0.577 0.003 0.014 0.368 0.001 0.008 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 77 L 0.581 0.019 0.094 0.262 0.003 0.013 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 78 S 0.463 0.042 0.137 0.225 0.023 0.025 0.043 0.020 0.010 0.011 0.001 79 K 0.411 0.104 0.282 0.106 0.033 0.017 0.019 0.006 0.017 0.006 0.001 80 E 0.652 0.051 0.186 0.075 0.010 0.012 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 81 M 0.601 0.062 0.111 0.167 0.016 0.016 0.010 0.005 0.009 0.003 0.001 82 S 0.533 0.086 0.137 0.154 0.035 0.019 0.010 0.005 0.012 0.008 0.001 83 E 0.726 0.029 0.087 0.124 0.013 0.007 0.005 0.002 0.003 0.004 0.001 84 D 0.351 0.036 0.176 0.308 0.014 0.051 0.027 0.010 0.022 0.003 0.001 85 L 0.529 0.089 0.241 0.010 0.007 0.019 0.008 0.001 0.093 0.002 0.001 86 P 0.886 0.001 0.096 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 87 Y 0.985 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 88 E 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.978 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.970 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.944 0.006 0.006 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 N 0.884 0.011 0.013 0.066 0.002 0.007 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 97 H 0.808 0.048 0.030 0.082 0.009 0.009 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 98 L 0.774 0.044 0.057 0.096 0.005 0.011 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 99 F 0.366 0.076 0.072 0.435 0.013 0.013 0.008 0.002 0.013 0.001 0.001 100 G 0.120 0.050 0.178 0.015 0.139 0.006 0.113 0.047 0.061 0.270 0.001 101 P 0.187 0.014 0.641 0.024 0.003 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.106 102 K 0.313 0.093 0.459 0.066 0.013 0.032 0.005 0.004 0.010 0.003 0.002 103 N 0.187 0.096 0.289 0.206 0.039 0.065 0.058 0.019 0.032 0.008 0.002 104 S 0.305 0.144 0.186 0.175 0.080 0.029 0.027 0.018 0.022 0.014 0.001 105 D 0.220 0.095 0.201 0.270 0.052 0.066 0.040 0.010 0.040 0.005 0.001 106 D 0.325 0.091 0.243 0.187 0.061 0.028 0.029 0.010 0.018 0.005 0.002 107 A 0.307 0.138 0.194 0.235 0.051 0.021 0.018 0.017 0.012 0.005 0.002 108 Y 0.073 0.415 0.304 0.050 0.081 0.029 0.012 0.003 0.031 0.002 0.001 109 D 0.140 0.334 0.247 0.120 0.047 0.062 0.014 0.001 0.033 0.001 0.002 110 V 0.006 0.846 0.089 0.002 0.041 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 111 V 0.005 0.881 0.060 0.002 0.009 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 112 F 0.011 0.762 0.125 0.002 0.020 0.037 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 113 D 0.016 0.345 0.139 0.004 0.020 0.191 0.016 0.001 0.266 0.001 0.002 114 L 0.241 0.115 0.342 0.098 0.011 0.126 0.008 0.002 0.029 0.002 0.027 115 H 0.176 0.162 0.260 0.133 0.086 0.086 0.052 0.010 0.024 0.007 0.004 116 N 0.215 0.114 0.111 0.222 0.098 0.051 0.108 0.040 0.025 0.016 0.002 117 T 0.204 0.223 0.195 0.153 0.113 0.044 0.027 0.010 0.023 0.007 0.001 118 T 0.268 0.214 0.222 0.146 0.048 0.045 0.009 0.004 0.039 0.005 0.001 119 S 0.717 0.040 0.102 0.072 0.020 0.010 0.017 0.006 0.004 0.011 0.001 120 N 0.255 0.017 0.035 0.459 0.008 0.029 0.155 0.020 0.020 0.001 0.001 121 M 0.152 0.106 0.387 0.234 0.048 0.011 0.029 0.018 0.010 0.005 0.001 122 G 0.125 0.041 0.157 0.040 0.087 0.006 0.087 0.241 0.005 0.211 0.001 123 C 0.160 0.215 0.435 0.068 0.056 0.034 0.010 0.004 0.010 0.005 0.003 124 T 0.203 0.417 0.190 0.069 0.061 0.026 0.010 0.002 0.022 0.002 0.001 125 L 0.117 0.464 0.314 0.013 0.038 0.031 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 126 I 0.152 0.545 0.189 0.024 0.022 0.040 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 127 L 0.160 0.467 0.176 0.063 0.053 0.049 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 128 E 0.163 0.395 0.108 0.101 0.143 0.032 0.012 0.003 0.036 0.005 0.001 129 D 0.189 0.167 0.215 0.118 0.126 0.067 0.034 0.005 0.065 0.013 0.001 130 S 0.467 0.049 0.133 0.219 0.031 0.041 0.020 0.009 0.016 0.010 0.004 131 R 0.559 0.052 0.085 0.198 0.016 0.030 0.022 0.006 0.021 0.010 0.001 132 N 0.601 0.023 0.067 0.170 0.009 0.030 0.067 0.015 0.009 0.006 0.001 133 D 0.763 0.012 0.024 0.089 0.006 0.018 0.066 0.014 0.006 0.002 0.001 134 F 0.922 0.008 0.012 0.044 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 135 L 0.977 0.003 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.988 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.983 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 M 0.972 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.950 0.005 0.007 0.031 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 H 0.923 0.008 0.010 0.047 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Y 0.897 0.012 0.014 0.056 0.003 0.006 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 142 I 0.879 0.029 0.028 0.045 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 143 K 0.929 0.006 0.027 0.022 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 144 T 0.719 0.029 0.022 0.208 0.007 0.005 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 145 C 0.581 0.076 0.121 0.151 0.019 0.016 0.016 0.004 0.013 0.002 0.001 146 M 0.385 0.098 0.161 0.283 0.021 0.018 0.012 0.004 0.014 0.003 0.001 147 A 0.118 0.164 0.456 0.016 0.083 0.020 0.044 0.004 0.075 0.020 0.001 148 P 0.264 0.012 0.601 0.035 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 149 L 0.089 0.232 0.442 0.008 0.066 0.022 0.014 0.003 0.116 0.007 0.001 150 P 0.245 0.015 0.630 0.019 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 151 C 0.336 0.158 0.282 0.064 0.072 0.023 0.018 0.014 0.024 0.007 0.001 152 S 0.306 0.171 0.356 0.063 0.037 0.042 0.004 0.003 0.012 0.003 0.004 153 V 0.373 0.306 0.149 0.092 0.026 0.026 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 154 Y 0.256 0.272 0.170 0.134 0.052 0.040 0.035 0.005 0.033 0.003 0.001 155 L 0.172 0.204 0.242 0.115 0.048 0.089 0.074 0.011 0.042 0.003 0.001 156 I 0.094 0.514 0.266 0.013 0.048 0.023 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 157 E 0.229 0.058 0.547 0.066 0.002 0.082 0.003 0.001 0.006 0.001 0.006 158 H 0.032 0.321 0.296 0.004 0.091 0.017 0.015 0.001 0.218 0.004 0.001 159 P 0.708 0.004 0.198 0.031 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 160 S 0.396 0.140 0.107 0.228 0.070 0.018 0.011 0.013 0.013 0.004 0.001 161 L 0.348 0.190 0.174 0.167 0.042 0.035 0.016 0.004 0.019 0.003 0.001 162 K 0.469 0.175 0.144 0.118 0.027 0.024 0.019 0.005 0.018 0.002 0.001 163 Y 0.286 0.189 0.121 0.197 0.093 0.026 0.046 0.012 0.023 0.007 0.001 164 A 0.239 0.176 0.263 0.109 0.100 0.034 0.037 0.015 0.013 0.012 0.001 165 T 0.162 0.304 0.238 0.055 0.147 0.042 0.008 0.003 0.033 0.009 0.001 166 T 0.809 0.044 0.045 0.063 0.011 0.014 0.003 0.002 0.006 0.002 0.001 167 R 0.837 0.025 0.024 0.092 0.005 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 168 S 0.791 0.043 0.036 0.074 0.022 0.009 0.013 0.004 0.008 0.001 0.001 169 I 0.685 0.057 0.042 0.172 0.013 0.011 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 170 A 0.666 0.075 0.122 0.060 0.041 0.013 0.009 0.003 0.007 0.005 0.001 171 K 0.442 0.048 0.069 0.402 0.013 0.011 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 172 Y 0.036 0.357 0.259 0.016 0.070 0.015 0.046 0.001 0.198 0.002 0.001 173 P 0.065 0.059 0.815 0.006 0.003 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 174 V 0.079 0.672 0.107 0.035 0.069 0.019 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 175 G 0.023 0.647 0.103 0.009 0.197 0.008 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 176 I 0.011 0.878 0.059 0.003 0.028 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 177 E 0.021 0.397 0.455 0.003 0.013 0.089 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 178 V 0.095 0.480 0.147 0.192 0.021 0.026 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 179 G 0.013 0.101 0.213 0.001 0.523 0.005 0.021 0.005 0.023 0.093 0.001 180 P 0.241 0.013 0.457 0.108 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.128 181 Q 0.062 0.399 0.341 0.005 0.049 0.014 0.010 0.001 0.116 0.003 0.001 182 P 0.334 0.013 0.512 0.011 0.001 0.081 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 183 H 0.487 0.024 0.147 0.141 0.012 0.012 0.132 0.019 0.015 0.010 0.001 184 G 0.164 0.004 0.021 0.050 0.045 0.005 0.142 0.514 0.001 0.052 0.001 185 V 0.563 0.201 0.074 0.101 0.016 0.026 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 186 L 0.231 0.327 0.224 0.092 0.017 0.073 0.004 0.001 0.026 0.003 0.001 187 R 0.575 0.105 0.150 0.026 0.019 0.069 0.013 0.002 0.038 0.003 0.001 188 A 0.978 0.002 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 D 0.987 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 I 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 Q 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 M 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 R 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 M 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 L 0.887 0.005 0.012 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 199 K 0.625 0.014 0.034 0.266 0.002 0.012 0.037 0.005 0.004 0.001 0.001 200 H 0.214 0.121 0.297 0.198 0.026 0.039 0.051 0.010 0.037 0.008 0.001