# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.149 0.142 0.082 0.038 0.243 0.024 0.038 0.060 0.072 0.090 0.062 2 T 0.147 0.218 0.098 0.026 0.316 0.013 0.014 0.033 0.035 0.050 0.050 3 S 0.159 0.193 0.077 0.016 0.333 0.012 0.022 0.041 0.034 0.054 0.059 4 C 0.125 0.244 0.145 0.030 0.243 0.017 0.024 0.044 0.033 0.050 0.043 5 V 0.120 0.150 0.092 0.048 0.173 0.054 0.066 0.087 0.067 0.081 0.063 6 A 0.059 0.146 0.080 0.077 0.123 0.055 0.073 0.120 0.108 0.113 0.045 7 E 0.050 0.085 0.074 0.095 0.064 0.042 0.036 0.053 0.100 0.333 0.068 8 E 0.055 0.253 0.158 0.068 0.154 0.029 0.026 0.093 0.084 0.052 0.027 9 P 0.074 0.071 0.033 0.023 0.094 0.032 0.076 0.093 0.177 0.255 0.072 10 I 0.122 0.236 0.142 0.048 0.219 0.010 0.014 0.022 0.049 0.083 0.054 11 K 0.048 0.123 0.059 0.036 0.106 0.075 0.218 0.144 0.112 0.050 0.028 12 K 0.154 0.201 0.028 0.004 0.556 0.001 0.003 0.008 0.007 0.014 0.025 13 I 0.237 0.032 0.001 0.001 0.714 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 14 A 0.152 0.037 0.002 0.001 0.792 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 15 I 0.476 0.019 0.002 0.001 0.373 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.117 16 F 0.216 0.052 0.012 0.025 0.214 0.031 0.034 0.041 0.048 0.196 0.132 17 G 0.082 0.248 0.083 0.070 0.157 0.017 0.031 0.033 0.057 0.152 0.070 18 G 0.068 0.144 0.157 0.082 0.152 0.030 0.032 0.042 0.072 0.143 0.079 19 T 0.092 0.085 0.087 0.091 0.102 0.093 0.147 0.131 0.086 0.045 0.042 20 H 0.031 0.144 0.176 0.090 0.070 0.060 0.097 0.134 0.089 0.085 0.023 21 G 0.025 0.049 0.044 0.103 0.040 0.099 0.082 0.190 0.185 0.150 0.034 22 N 0.038 0.038 0.082 0.063 0.049 0.029 0.042 0.144 0.185 0.291 0.038 23 E 0.032 0.131 0.075 0.022 0.059 0.031 0.101 0.348 0.106 0.073 0.022 24 L 0.019 0.022 0.014 0.011 0.027 0.031 0.061 0.311 0.179 0.296 0.029 25 T 0.010 0.093 0.066 0.015 0.023 0.005 0.033 0.536 0.163 0.047 0.009 26 G 0.001 0.012 0.044 0.046 0.002 0.005 0.003 0.726 0.120 0.037 0.003 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.912 0.079 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.037 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.039 0.005 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.060 0.003 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.035 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.954 0.029 0.005 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.840 0.135 0.012 0.001 34 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.822 0.139 0.009 0.001 35 K 0.001 0.044 0.010 0.004 0.009 0.017 0.151 0.587 0.118 0.059 0.002 36 N 0.071 0.078 0.039 0.006 0.060 0.009 0.044 0.132 0.060 0.362 0.138 37 G 0.121 0.102 0.033 0.012 0.107 0.014 0.031 0.197 0.112 0.143 0.128 38 A 0.018 0.105 0.040 0.033 0.053 0.050 0.078 0.340 0.200 0.070 0.014 39 E 0.049 0.058 0.044 0.024 0.068 0.014 0.025 0.217 0.168 0.281 0.053 40 V 0.073 0.187 0.042 0.008 0.159 0.012 0.045 0.229 0.130 0.085 0.029 41 H 0.123 0.120 0.048 0.014 0.202 0.013 0.043 0.192 0.100 0.090 0.056 42 R 0.095 0.139 0.098 0.044 0.162 0.038 0.059 0.151 0.083 0.093 0.038 43 A 0.041 0.166 0.106 0.078 0.125 0.060 0.089 0.159 0.090 0.070 0.016 44 G 0.103 0.070 0.045 0.030 0.106 0.018 0.034 0.071 0.092 0.323 0.108 45 L 0.100 0.329 0.080 0.011 0.373 0.005 0.006 0.018 0.016 0.032 0.030 46 E 0.240 0.125 0.015 0.004 0.509 0.006 0.011 0.023 0.012 0.016 0.040 47 V 0.318 0.076 0.006 0.003 0.524 0.002 0.004 0.008 0.004 0.012 0.043 48 K 0.165 0.147 0.018 0.004 0.615 0.004 0.008 0.011 0.003 0.005 0.019 49 P 0.202 0.166 0.036 0.003 0.548 0.002 0.003 0.009 0.003 0.003 0.025 50 F 0.312 0.073 0.017 0.012 0.365 0.017 0.024 0.040 0.016 0.020 0.104 51 I 0.117 0.104 0.041 0.031 0.225 0.045 0.098 0.121 0.059 0.097 0.062 52 T 0.073 0.198 0.130 0.097 0.151 0.053 0.042 0.075 0.040 0.092 0.050 53 N 0.185 0.186 0.106 0.023 0.309 0.008 0.007 0.048 0.022 0.039 0.068 54 P 0.013 0.054 0.029 0.009 0.028 0.010 0.014 0.496 0.291 0.047 0.009 55 R 0.006 0.015 0.011 0.004 0.009 0.004 0.014 0.730 0.164 0.037 0.006 56 A 0.006 0.012 0.006 0.006 0.009 0.004 0.012 0.748 0.145 0.047 0.006 57 V 0.010 0.017 0.007 0.002 0.017 0.004 0.026 0.720 0.167 0.026 0.005 58 E 0.015 0.012 0.005 0.004 0.021 0.005 0.045 0.734 0.127 0.024 0.005 59 K 0.018 0.083 0.032 0.036 0.042 0.049 0.144 0.423 0.090 0.072 0.011 60 C 0.082 0.051 0.020 0.021 0.089 0.016 0.030 0.220 0.095 0.262 0.113 61 T 0.099 0.062 0.036 0.017 0.120 0.033 0.064 0.312 0.141 0.078 0.038 62 R 0.082 0.147 0.043 0.018 0.231 0.019 0.056 0.233 0.083 0.053 0.035 63 Y 0.159 0.113 0.060 0.026 0.206 0.027 0.043 0.174 0.080 0.063 0.049 64 I 0.062 0.153 0.049 0.028 0.146 0.030 0.064 0.238 0.105 0.092 0.034 65 D 0.120 0.082 0.042 0.020 0.216 0.014 0.031 0.241 0.101 0.085 0.048 66 C 0.032 0.090 0.037 0.028 0.071 0.043 0.085 0.262 0.169 0.154 0.030 67 D 0.207 0.052 0.018 0.005 0.388 0.004 0.013 0.133 0.076 0.052 0.053 68 L 0.014 0.035 0.010 0.005 0.031 0.006 0.019 0.405 0.403 0.063 0.008 69 N 0.031 0.035 0.013 0.007 0.055 0.012 0.076 0.329 0.231 0.191 0.019 70 R 0.065 0.099 0.023 0.008 0.100 0.015 0.044 0.308 0.223 0.080 0.035 71 V 0.065 0.056 0.023 0.009 0.101 0.016 0.092 0.222 0.162 0.201 0.053 72 F 0.098 0.243 0.188 0.039 0.188 0.016 0.016 0.060 0.038 0.075 0.039 73 D 0.044 0.374 0.162 0.041 0.133 0.017 0.025 0.081 0.046 0.053 0.021 74 L 0.039 0.076 0.051 0.029 0.080 0.015 0.023 0.278 0.287 0.095 0.027 75 E 0.025 0.053 0.045 0.015 0.046 0.017 0.073 0.408 0.210 0.090 0.019 76 N 0.046 0.064 0.025 0.018 0.074 0.024 0.066 0.261 0.159 0.221 0.044 77 L 0.039 0.122 0.049 0.032 0.102 0.034 0.075 0.245 0.131 0.142 0.028 78 S 0.031 0.088 0.068 0.064 0.057 0.041 0.052 0.141 0.116 0.283 0.058 79 K 0.066 0.204 0.133 0.025 0.149 0.011 0.021 0.110 0.083 0.135 0.063 80 E 0.044 0.162 0.067 0.018 0.085 0.016 0.041 0.234 0.187 0.110 0.038 81 M 0.052 0.128 0.057 0.018 0.106 0.017 0.042 0.184 0.148 0.205 0.043 82 S 0.059 0.194 0.057 0.014 0.149 0.017 0.039 0.223 0.106 0.112 0.030 83 E 0.048 0.114 0.042 0.015 0.091 0.025 0.054 0.324 0.107 0.138 0.043 84 D 0.061 0.204 0.075 0.009 0.106 0.006 0.012 0.319 0.077 0.097 0.032 85 L 0.015 0.068 0.028 0.004 0.029 0.003 0.004 0.724 0.086 0.029 0.009 86 P 0.007 0.020 0.006 0.002 0.010 0.002 0.003 0.892 0.046 0.007 0.004 87 Y 0.002 0.006 0.003 0.002 0.005 0.003 0.003 0.926 0.041 0.007 0.002 88 E 0.003 0.007 0.003 0.002 0.006 0.002 0.004 0.923 0.037 0.011 0.002 89 V 0.003 0.010 0.004 0.002 0.005 0.003 0.003 0.895 0.044 0.028 0.004 90 R 0.002 0.012 0.003 0.003 0.006 0.007 0.006 0.901 0.040 0.016 0.004 91 R 0.004 0.019 0.006 0.003 0.011 0.003 0.005 0.897 0.032 0.012 0.008 92 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.918 0.043 0.019 0.003 93 Q 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.917 0.046 0.013 0.003 94 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.924 0.053 0.009 0.001 95 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.934 0.046 0.005 0.001 96 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.892 0.078 0.014 0.001 97 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.764 0.169 0.023 0.002 98 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.098 0.723 0.128 0.030 0.002 99 F 0.008 0.078 0.029 0.008 0.037 0.025 0.264 0.323 0.100 0.122 0.006 100 G 0.111 0.149 0.078 0.020 0.132 0.013 0.044 0.097 0.057 0.204 0.095 101 P 0.093 0.174 0.143 0.047 0.123 0.024 0.029 0.098 0.084 0.118 0.067 102 K 0.038 0.207 0.087 0.034 0.125 0.031 0.069 0.189 0.126 0.072 0.022 103 N 0.052 0.078 0.050 0.025 0.080 0.034 0.098 0.209 0.177 0.150 0.047 104 S 0.075 0.131 0.072 0.029 0.133 0.027 0.054 0.124 0.123 0.183 0.050 105 D 0.087 0.141 0.084 0.036 0.182 0.030 0.049 0.128 0.124 0.101 0.037 106 D 0.051 0.158 0.138 0.046 0.108 0.030 0.058 0.152 0.137 0.099 0.025 107 A 0.130 0.141 0.044 0.012 0.182 0.013 0.043 0.098 0.124 0.142 0.072 108 Y 0.229 0.160 0.032 0.010 0.319 0.008 0.013 0.031 0.036 0.067 0.095 109 D 0.151 0.102 0.029 0.031 0.300 0.069 0.118 0.088 0.044 0.039 0.031 110 V 0.306 0.073 0.009 0.009 0.496 0.005 0.005 0.022 0.009 0.020 0.046 111 V 0.270 0.067 0.008 0.007 0.567 0.007 0.009 0.021 0.004 0.006 0.035 112 F 0.169 0.169 0.019 0.007 0.507 0.013 0.009 0.020 0.008 0.021 0.058 113 D 0.403 0.056 0.018 0.002 0.384 0.001 0.002 0.010 0.004 0.007 0.113 114 L 0.081 0.030 0.010 0.014 0.070 0.021 0.028 0.286 0.281 0.126 0.053 115 H 0.051 0.136 0.049 0.059 0.125 0.037 0.084 0.210 0.126 0.096 0.026 116 N 0.094 0.108 0.046 0.026 0.152 0.018 0.039 0.189 0.116 0.156 0.057 117 T 0.065 0.091 0.031 0.016 0.104 0.025 0.067 0.237 0.134 0.177 0.053 118 T 0.112 0.169 0.100 0.044 0.137 0.025 0.043 0.178 0.084 0.064 0.045 119 S 0.027 0.088 0.069 0.049 0.063 0.088 0.152 0.283 0.125 0.041 0.014 120 N 0.061 0.046 0.041 0.063 0.064 0.044 0.080 0.164 0.115 0.257 0.067 121 M 0.059 0.195 0.177 0.073 0.131 0.023 0.023 0.049 0.035 0.182 0.052 122 G 0.045 0.164 0.118 0.115 0.095 0.059 0.069 0.116 0.065 0.115 0.039 123 C 0.211 0.183 0.041 0.007 0.318 0.006 0.014 0.061 0.046 0.057 0.057 124 T 0.098 0.268 0.060 0.020 0.335 0.023 0.036 0.074 0.040 0.026 0.020 125 L 0.314 0.074 0.012 0.003 0.464 0.006 0.013 0.045 0.018 0.011 0.039 126 I 0.219 0.109 0.021 0.014 0.443 0.015 0.018 0.051 0.022 0.025 0.064 127 L 0.214 0.102 0.019 0.006 0.413 0.009 0.022 0.055 0.028 0.063 0.070 128 E 0.118 0.205 0.081 0.022 0.301 0.015 0.024 0.043 0.037 0.099 0.056 129 D 0.099 0.302 0.160 0.044 0.211 0.012 0.019 0.041 0.028 0.040 0.044 130 S 0.047 0.179 0.102 0.041 0.095 0.037 0.062 0.148 0.128 0.124 0.037 131 R 0.046 0.206 0.112 0.039 0.119 0.040 0.071 0.155 0.099 0.080 0.031 132 N 0.058 0.131 0.060 0.020 0.102 0.023 0.031 0.192 0.144 0.182 0.058 133 D 0.046 0.189 0.082 0.010 0.110 0.010 0.020 0.292 0.119 0.093 0.029 134 F 0.036 0.086 0.023 0.003 0.058 0.004 0.010 0.591 0.124 0.048 0.016 135 L 0.007 0.018 0.008 0.003 0.013 0.005 0.008 0.799 0.109 0.023 0.006 136 I 0.010 0.021 0.010 0.002 0.014 0.002 0.004 0.832 0.080 0.017 0.007 137 Q 0.002 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.846 0.109 0.019 0.002 138 M 0.004 0.013 0.003 0.001 0.009 0.002 0.007 0.868 0.081 0.010 0.002 139 F 0.003 0.007 0.002 0.002 0.006 0.006 0.018 0.792 0.106 0.055 0.003 140 H 0.013 0.018 0.005 0.002 0.027 0.005 0.020 0.752 0.094 0.051 0.012 141 Y 0.013 0.014 0.006 0.004 0.014 0.004 0.016 0.704 0.134 0.075 0.016 142 I 0.005 0.024 0.011 0.003 0.019 0.005 0.015 0.734 0.146 0.032 0.004 143 K 0.008 0.008 0.003 0.003 0.012 0.004 0.025 0.748 0.160 0.023 0.005 144 T 0.006 0.012 0.007 0.005 0.013 0.011 0.075 0.647 0.172 0.047 0.004 145 C 0.040 0.038 0.010 0.006 0.062 0.007 0.046 0.469 0.145 0.153 0.023 146 M 0.033 0.214 0.098 0.024 0.105 0.025 0.056 0.243 0.124 0.065 0.013 147 A 0.098 0.144 0.073 0.018 0.156 0.009 0.026 0.177 0.093 0.148 0.057 148 P 0.139 0.147 0.043 0.011 0.200 0.016 0.034 0.202 0.104 0.062 0.044 149 L 0.055 0.095 0.071 0.054 0.117 0.041 0.085 0.232 0.101 0.117 0.031 150 P 0.107 0.175 0.118 0.045 0.175 0.017 0.025 0.148 0.074 0.069 0.046 151 C 0.072 0.319 0.101 0.017 0.289 0.012 0.017 0.092 0.034 0.028 0.019 152 S 0.167 0.160 0.038 0.006 0.381 0.007 0.019 0.107 0.047 0.029 0.039 153 V 0.216 0.075 0.018 0.010 0.254 0.020 0.044 0.161 0.079 0.059 0.062 154 Y 0.097 0.136 0.035 0.027 0.229 0.031 0.077 0.156 0.083 0.085 0.044 155 L 0.162 0.119 0.052 0.024 0.202 0.015 0.021 0.058 0.068 0.191 0.088 156 I 0.071 0.296 0.174 0.040 0.228 0.015 0.022 0.063 0.041 0.028 0.022 157 E 0.105 0.144 0.057 0.029 0.135 0.034 0.066 0.118 0.111 0.131 0.071 158 H 0.080 0.243 0.143 0.046 0.191 0.019 0.030 0.079 0.073 0.062 0.035 159 P 0.079 0.092 0.047 0.024 0.114 0.031 0.056 0.219 0.177 0.107 0.053 160 S 0.081 0.082 0.035 0.021 0.115 0.030 0.061 0.200 0.178 0.153 0.045 161 L 0.099 0.087 0.033 0.030 0.135 0.022 0.029 0.181 0.150 0.172 0.062 162 K 0.059 0.077 0.045 0.048 0.090 0.060 0.099 0.257 0.129 0.101 0.034 163 Y 0.097 0.098 0.058 0.042 0.138 0.025 0.036 0.184 0.109 0.150 0.065 164 A 0.110 0.132 0.069 0.035 0.179 0.019 0.028 0.150 0.082 0.119 0.077 165 T 0.083 0.256 0.121 0.028 0.161 0.011 0.014 0.135 0.063 0.087 0.041 166 T 0.095 0.072 0.018 0.006 0.164 0.005 0.015 0.360 0.187 0.051 0.027 167 R 0.026 0.030 0.011 0.010 0.033 0.021 0.070 0.574 0.182 0.031 0.011 168 S 0.064 0.038 0.015 0.011 0.085 0.018 0.080 0.421 0.114 0.122 0.031 169 I 0.059 0.115 0.027 0.021 0.078 0.020 0.053 0.343 0.151 0.105 0.029 170 A 0.051 0.095 0.092 0.048 0.079 0.028 0.034 0.265 0.136 0.135 0.036 171 K 0.036 0.074 0.032 0.019 0.051 0.047 0.111 0.392 0.179 0.045 0.015 172 Y 0.097 0.111 0.082 0.033 0.174 0.012 0.034 0.140 0.107 0.143 0.067 173 P 0.159 0.159 0.041 0.021 0.344 0.015 0.023 0.095 0.048 0.055 0.040 174 V 0.150 0.123 0.010 0.003 0.625 0.004 0.006 0.027 0.012 0.023 0.018 175 G 0.282 0.084 0.014 0.008 0.519 0.006 0.011 0.025 0.007 0.011 0.034 176 I 0.183 0.198 0.033 0.004 0.525 0.003 0.003 0.010 0.005 0.010 0.028 177 E 0.323 0.094 0.025 0.003 0.464 0.003 0.005 0.015 0.004 0.006 0.058 178 V 0.095 0.109 0.069 0.079 0.148 0.049 0.056 0.056 0.049 0.201 0.088 179 G 0.010 0.183 0.304 0.294 0.054 0.054 0.031 0.029 0.017 0.016 0.006 180 P 0.132 0.174 0.089 0.013 0.201 0.018 0.049 0.122 0.084 0.077 0.041 181 Q 0.091 0.337 0.211 0.020 0.181 0.009 0.019 0.043 0.026 0.028 0.035 182 P 0.058 0.183 0.130 0.101 0.125 0.090 0.065 0.107 0.053 0.057 0.030 183 H 0.038 0.129 0.080 0.070 0.079 0.059 0.099 0.189 0.128 0.102 0.028 184 G 0.027 0.087 0.158 0.085 0.046 0.030 0.020 0.170 0.105 0.193 0.077 185 V 0.101 0.117 0.026 0.005 0.149 0.009 0.026 0.346 0.115 0.066 0.040 186 L 0.037 0.140 0.058 0.011 0.067 0.012 0.030 0.434 0.113 0.078 0.020 187 R 0.050 0.110 0.047 0.014 0.073 0.007 0.007 0.483 0.105 0.070 0.034 188 A 0.002 0.013 0.005 0.005 0.006 0.007 0.007 0.810 0.137 0.007 0.002 189 D 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.009 0.902 0.060 0.012 0.003 190 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.093 0.012 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.055 0.001 0.001 192 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.952 0.034 0.002 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.055 0.014 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.077 0.003 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.908 0.082 0.002 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.889 0.072 0.006 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.836 0.109 0.016 0.001 198 L 0.004 0.019 0.002 0.001 0.018 0.003 0.040 0.736 0.147 0.027 0.003 199 K 0.010 0.013 0.005 0.007 0.017 0.022 0.070 0.576 0.146 0.123 0.011 200 H 0.043 0.074 0.051 0.019 0.095 0.027 0.092 0.348 0.096 0.125 0.029