# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.637 0.226 0.090 0.036 0.009 0.002 0.001 2 T 0.421 0.263 0.152 0.106 0.047 0.011 0.001 3 S 0.218 0.230 0.204 0.196 0.113 0.037 0.003 4 C 0.233 0.187 0.166 0.187 0.153 0.065 0.009 5 V 0.328 0.294 0.184 0.118 0.053 0.019 0.004 6 A 0.251 0.205 0.182 0.205 0.114 0.038 0.006 7 E 0.461 0.307 0.131 0.072 0.024 0.005 0.001 8 E 0.427 0.313 0.149 0.078 0.027 0.005 0.001 9 P 0.320 0.366 0.185 0.099 0.026 0.003 0.001 10 I 0.040 0.214 0.322 0.303 0.108 0.011 0.001 11 K 0.010 0.076 0.182 0.379 0.284 0.067 0.001 12 K 0.001 0.008 0.053 0.240 0.444 0.242 0.012 13 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.094 0.542 0.352 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.211 0.774 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.938 16 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.925 17 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.112 0.873 18 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.184 0.782 19 T 0.001 0.001 0.003 0.014 0.063 0.276 0.643 20 H 0.001 0.006 0.015 0.046 0.123 0.322 0.487 21 G 0.001 0.004 0.012 0.039 0.097 0.301 0.546 22 N 0.001 0.004 0.009 0.031 0.106 0.311 0.538 23 E 0.001 0.003 0.010 0.031 0.110 0.307 0.539 24 L 0.002 0.010 0.020 0.056 0.155 0.380 0.377 25 T 0.001 0.004 0.015 0.061 0.124 0.332 0.464 26 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.244 0.712 27 V 0.001 0.003 0.014 0.059 0.172 0.400 0.352 28 F 0.001 0.008 0.038 0.159 0.319 0.378 0.097 29 L 0.001 0.001 0.002 0.013 0.094 0.471 0.419 30 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.465 0.478 31 T 0.001 0.021 0.107 0.293 0.332 0.224 0.021 32 H 0.001 0.014 0.089 0.321 0.402 0.163 0.009 33 W 0.001 0.003 0.007 0.037 0.230 0.627 0.096 34 L 0.004 0.034 0.130 0.322 0.335 0.162 0.012 35 K 0.143 0.477 0.240 0.100 0.031 0.008 0.001 36 N 0.109 0.247 0.302 0.245 0.082 0.015 0.001 37 G 0.070 0.127 0.225 0.305 0.214 0.057 0.003 38 A 0.386 0.300 0.158 0.096 0.046 0.013 0.001 39 E 0.393 0.322 0.151 0.091 0.033 0.009 0.002 40 V 0.268 0.278 0.209 0.151 0.069 0.022 0.003 41 H 0.185 0.193 0.189 0.205 0.159 0.062 0.007 42 R 0.275 0.210 0.169 0.178 0.119 0.044 0.005 43 A 0.273 0.255 0.192 0.163 0.087 0.028 0.003 44 G 0.177 0.276 0.235 0.181 0.094 0.032 0.004 45 L 0.031 0.073 0.120 0.251 0.315 0.186 0.023 46 E 0.012 0.062 0.136 0.265 0.298 0.193 0.033 47 V 0.004 0.007 0.017 0.059 0.186 0.472 0.255 48 K 0.003 0.011 0.028 0.085 0.203 0.393 0.277 49 P 0.002 0.004 0.010 0.028 0.081 0.356 0.519 50 F 0.002 0.005 0.010 0.029 0.080 0.303 0.570 51 I 0.003 0.008 0.020 0.056 0.129 0.343 0.441 52 T 0.003 0.009 0.020 0.062 0.160 0.398 0.348 53 N 0.012 0.034 0.048 0.100 0.213 0.368 0.226 54 P 0.082 0.123 0.133 0.193 0.205 0.187 0.077 55 R 0.091 0.193 0.231 0.235 0.151 0.078 0.021 56 A 0.074 0.092 0.132 0.226 0.265 0.182 0.029 57 V 0.088 0.155 0.192 0.254 0.206 0.091 0.014 58 E 0.318 0.324 0.186 0.108 0.045 0.016 0.003 59 K 0.326 0.322 0.195 0.105 0.039 0.010 0.002 60 C 0.325 0.244 0.167 0.136 0.081 0.039 0.009 61 T 0.263 0.279 0.213 0.152 0.070 0.021 0.003 62 R 0.297 0.238 0.168 0.140 0.107 0.045 0.006 63 Y 0.192 0.166 0.151 0.184 0.175 0.108 0.024 64 I 0.177 0.153 0.168 0.207 0.165 0.104 0.026 65 D 0.176 0.186 0.169 0.183 0.150 0.101 0.036 66 C 0.168 0.199 0.178 0.190 0.154 0.086 0.026 67 D 0.064 0.084 0.106 0.152 0.213 0.261 0.119 68 L 0.020 0.016 0.024 0.069 0.137 0.430 0.303 69 N 0.018 0.027 0.059 0.139 0.253 0.356 0.148 70 R 0.028 0.037 0.068 0.126 0.233 0.378 0.131 71 V 0.020 0.040 0.094 0.219 0.292 0.270 0.066 72 F 0.021 0.031 0.058 0.148 0.304 0.341 0.098 73 D 0.088 0.198 0.228 0.235 0.162 0.074 0.015 74 L 0.199 0.247 0.211 0.176 0.109 0.050 0.007 75 E 0.413 0.278 0.160 0.092 0.038 0.016 0.002 76 N 0.333 0.237 0.181 0.140 0.079 0.028 0.002 77 L 0.379 0.196 0.171 0.144 0.084 0.025 0.002 78 S 0.684 0.192 0.073 0.035 0.012 0.003 0.001 79 K 0.629 0.211 0.093 0.045 0.017 0.005 0.001 80 E 0.527 0.231 0.124 0.076 0.032 0.010 0.001 81 M 0.401 0.242 0.145 0.120 0.064 0.023 0.004 82 S 0.301 0.232 0.183 0.147 0.091 0.039 0.007 83 E 0.379 0.261 0.147 0.119 0.063 0.027 0.005 84 D 0.237 0.248 0.196 0.147 0.103 0.055 0.014 85 L 0.239 0.212 0.177 0.178 0.118 0.062 0.013 86 P 0.230 0.322 0.201 0.131 0.074 0.033 0.008 87 Y 0.078 0.168 0.258 0.270 0.164 0.055 0.006 88 E 0.094 0.215 0.200 0.198 0.176 0.106 0.011 89 V 0.030 0.120 0.245 0.326 0.201 0.072 0.006 90 R 0.046 0.147 0.214 0.257 0.224 0.106 0.006 91 R 0.025 0.124 0.280 0.350 0.175 0.043 0.003 92 A 0.022 0.056 0.087 0.179 0.300 0.304 0.051 93 Q 0.015 0.061 0.139 0.270 0.325 0.171 0.019 94 E 0.086 0.251 0.268 0.205 0.120 0.062 0.007 95 I 0.022 0.074 0.156 0.282 0.305 0.146 0.015 96 N 0.018 0.030 0.061 0.153 0.320 0.373 0.046 97 H 0.045 0.078 0.125 0.225 0.262 0.224 0.041 98 L 0.162 0.201 0.162 0.171 0.155 0.121 0.029 99 F 0.086 0.125 0.160 0.218 0.211 0.159 0.042 100 G 0.099 0.103 0.131 0.208 0.237 0.178 0.045 101 P 0.171 0.202 0.177 0.194 0.160 0.079 0.016 102 K 0.264 0.272 0.203 0.164 0.071 0.021 0.004 103 N 0.429 0.267 0.139 0.099 0.047 0.017 0.003 104 S 0.294 0.240 0.172 0.152 0.097 0.038 0.007 105 D 0.220 0.240 0.202 0.186 0.110 0.038 0.005 106 D 0.213 0.311 0.224 0.157 0.071 0.022 0.002 107 A 0.040 0.168 0.259 0.291 0.178 0.059 0.005 108 Y 0.003 0.018 0.052 0.173 0.392 0.322 0.040 109 D 0.001 0.009 0.037 0.133 0.326 0.387 0.107 110 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.058 0.394 0.535 111 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.198 0.775 112 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.165 0.805 113 D 0.001 0.001 0.002 0.009 0.030 0.177 0.782 114 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.192 0.763 115 H 0.001 0.002 0.005 0.018 0.070 0.292 0.612 116 N 0.003 0.014 0.033 0.075 0.185 0.328 0.362 117 T 0.005 0.014 0.033 0.086 0.166 0.342 0.353 118 T 0.022 0.053 0.072 0.140 0.232 0.286 0.196 119 S 0.060 0.120 0.166 0.210 0.187 0.161 0.095 120 N 0.099 0.154 0.155 0.172 0.171 0.170 0.079 121 M 0.030 0.055 0.086 0.165 0.270 0.266 0.129 122 G 0.052 0.123 0.178 0.217 0.188 0.173 0.070 123 C 0.016 0.028 0.050 0.104 0.192 0.358 0.251 124 T 0.010 0.022 0.046 0.108 0.192 0.349 0.273 125 L 0.006 0.012 0.026 0.061 0.143 0.375 0.377 126 I 0.002 0.002 0.006 0.018 0.064 0.342 0.567 127 L 0.005 0.008 0.016 0.049 0.136 0.411 0.374 128 E 0.017 0.042 0.081 0.154 0.253 0.310 0.144 129 D 0.036 0.080 0.128 0.212 0.265 0.209 0.070 130 S 0.135 0.197 0.214 0.207 0.136 0.083 0.028 131 R 0.310 0.258 0.167 0.127 0.079 0.045 0.014 132 N 0.224 0.227 0.185 0.155 0.115 0.074 0.020 133 D 0.104 0.124 0.154 0.207 0.216 0.156 0.039 134 F 0.098 0.123 0.143 0.182 0.197 0.188 0.070 135 L 0.072 0.089 0.117 0.174 0.220 0.238 0.089 136 I 0.065 0.082 0.115 0.177 0.229 0.246 0.087 137 Q 0.053 0.067 0.094 0.158 0.217 0.284 0.127 138 M 0.056 0.066 0.085 0.138 0.211 0.304 0.139 139 F 0.048 0.067 0.094 0.160 0.223 0.290 0.119 140 H 0.058 0.079 0.109 0.183 0.227 0.244 0.100 141 Y 0.066 0.079 0.100 0.159 0.224 0.259 0.113 142 I 0.053 0.055 0.073 0.143 0.232 0.305 0.139 143 K 0.105 0.108 0.115 0.165 0.200 0.211 0.096 144 T 0.112 0.127 0.136 0.183 0.195 0.181 0.066 145 C 0.096 0.100 0.112 0.163 0.214 0.224 0.090 146 M 0.132 0.115 0.117 0.159 0.195 0.199 0.083 147 A 0.142 0.143 0.140 0.162 0.163 0.176 0.075 148 P 0.098 0.083 0.104 0.176 0.236 0.217 0.086 149 L 0.140 0.173 0.180 0.180 0.150 0.120 0.057 150 P 0.118 0.101 0.108 0.153 0.196 0.219 0.104 151 C 0.065 0.067 0.084 0.138 0.194 0.291 0.160 152 S 0.048 0.064 0.087 0.145 0.202 0.296 0.157 153 V 0.049 0.055 0.073 0.122 0.199 0.304 0.198 154 Y 0.065 0.092 0.118 0.180 0.219 0.223 0.104 155 L 0.109 0.148 0.168 0.196 0.179 0.147 0.054 156 I 0.137 0.191 0.193 0.215 0.159 0.083 0.023 157 E 0.302 0.264 0.180 0.131 0.074 0.038 0.010 158 H 0.192 0.200 0.187 0.189 0.137 0.074 0.022 159 P 0.339 0.248 0.163 0.120 0.076 0.042 0.012 160 S 0.154 0.196 0.194 0.195 0.147 0.088 0.024 161 L 0.116 0.126 0.157 0.221 0.208 0.137 0.035 162 K 0.222 0.226 0.170 0.150 0.116 0.086 0.030 163 Y 0.109 0.114 0.147 0.200 0.201 0.171 0.058 164 A 0.044 0.054 0.072 0.149 0.243 0.292 0.146 165 T 0.051 0.081 0.108 0.164 0.207 0.233 0.156 166 T 0.028 0.038 0.052 0.114 0.202 0.309 0.256 167 R 0.062 0.135 0.150 0.204 0.199 0.159 0.091 168 S 0.078 0.121 0.138 0.179 0.199 0.183 0.103 169 I 0.088 0.107 0.116 0.167 0.214 0.237 0.071 170 A 0.059 0.109 0.141 0.215 0.233 0.202 0.042 171 K 0.041 0.091 0.136 0.203 0.235 0.236 0.058 172 Y 0.012 0.044 0.093 0.199 0.286 0.287 0.078 173 P 0.002 0.005 0.015 0.050 0.140 0.422 0.365 174 V 0.001 0.002 0.005 0.020 0.070 0.303 0.600 175 G 0.001 0.002 0.006 0.018 0.062 0.278 0.632 176 I 0.001 0.003 0.007 0.020 0.062 0.301 0.604 177 E 0.003 0.009 0.025 0.072 0.163 0.372 0.357 178 V 0.004 0.013 0.028 0.075 0.194 0.433 0.254 179 G 0.009 0.035 0.091 0.211 0.301 0.265 0.089 180 P 0.046 0.147 0.208 0.237 0.196 0.125 0.041 181 Q 0.058 0.130 0.201 0.263 0.204 0.116 0.028 182 P 0.073 0.111 0.117 0.197 0.254 0.204 0.045 183 H 0.129 0.225 0.242 0.210 0.117 0.064 0.012 184 G 0.108 0.200 0.200 0.225 0.168 0.089 0.011 185 V 0.072 0.137 0.189 0.236 0.226 0.127 0.013 186 L 0.046 0.083 0.104 0.226 0.303 0.214 0.025 187 R 0.063 0.219 0.291 0.257 0.123 0.043 0.004 188 A 0.148 0.308 0.253 0.182 0.087 0.020 0.001 189 D 0.104 0.324 0.332 0.177 0.052 0.010 0.001 190 I 0.020 0.043 0.074 0.212 0.391 0.246 0.014 191 L 0.047 0.153 0.256 0.290 0.201 0.051 0.002 192 D 0.189 0.466 0.243 0.082 0.018 0.003 0.001 193 Q 0.040 0.090 0.241 0.376 0.204 0.047 0.002 194 M 0.046 0.044 0.047 0.132 0.363 0.335 0.032 195 R 0.111 0.224 0.325 0.237 0.084 0.017 0.002 196 R 0.300 0.392 0.209 0.079 0.017 0.003 0.001 197 M 0.106 0.161 0.198 0.248 0.209 0.074 0.002 198 L 0.089 0.127 0.253 0.336 0.159 0.033 0.002 199 K 0.588 0.307 0.080 0.021 0.004 0.001 0.001 200 H 0.606 0.250 0.092 0.040 0.011 0.001 0.001