# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.038 0.006 0.004 0.006 0.126 0.820 2 T 0.126 0.015 0.003 0.003 0.083 0.771 3 S 0.282 0.028 0.005 0.003 0.097 0.585 4 C 0.304 0.053 0.016 0.005 0.134 0.488 5 V 0.241 0.038 0.022 0.006 0.286 0.407 6 A 0.106 0.013 0.043 0.011 0.426 0.402 7 E 0.078 0.017 0.041 0.010 0.571 0.283 8 E 0.047 0.010 0.031 0.007 0.635 0.270 9 P 0.039 0.012 0.037 0.008 0.459 0.445 10 I 0.097 0.019 0.011 0.001 0.308 0.564 11 K 0.294 0.007 0.004 0.001 0.194 0.500 12 K 0.864 0.004 0.001 0.001 0.027 0.104 13 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 17 G 0.732 0.002 0.001 0.001 0.053 0.210 18 G 0.446 0.010 0.012 0.002 0.170 0.359 19 T 0.305 0.030 0.036 0.013 0.328 0.289 20 H 0.127 0.051 0.034 0.017 0.543 0.228 21 G 0.052 0.016 0.050 0.022 0.604 0.256 22 N 0.047 0.019 0.057 0.067 0.537 0.274 23 E 0.047 0.030 0.083 0.258 0.405 0.177 24 L 0.027 0.028 0.056 0.537 0.207 0.145 25 T 0.018 0.017 0.017 0.675 0.107 0.166 26 G 0.004 0.002 0.006 0.949 0.015 0.024 27 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 28 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 35 K 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.001 36 N 0.001 0.001 0.010 0.942 0.020 0.027 37 G 0.003 0.005 0.039 0.470 0.121 0.363 38 A 0.013 0.007 0.195 0.252 0.256 0.278 39 E 0.035 0.006 0.272 0.240 0.298 0.150 40 V 0.052 0.011 0.234 0.333 0.234 0.136 41 H 0.047 0.020 0.139 0.344 0.264 0.186 42 R 0.035 0.012 0.131 0.160 0.609 0.053 43 A 0.029 0.004 0.071 0.079 0.746 0.071 44 G 0.035 0.004 0.025 0.013 0.755 0.168 45 L 0.407 0.014 0.003 0.001 0.302 0.274 46 E 0.891 0.003 0.001 0.001 0.012 0.094 47 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 48 K 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 P 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 50 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 51 I 0.925 0.001 0.001 0.004 0.016 0.052 52 T 0.719 0.009 0.002 0.014 0.044 0.212 53 N 0.202 0.008 0.004 0.025 0.106 0.656 54 P 0.025 0.002 0.041 0.715 0.094 0.123 55 R 0.014 0.002 0.055 0.832 0.072 0.025 56 A 0.008 0.001 0.074 0.857 0.055 0.006 57 V 0.008 0.002 0.060 0.868 0.054 0.008 58 E 0.016 0.002 0.056 0.847 0.073 0.007 59 K 0.019 0.003 0.039 0.766 0.146 0.028 60 C 0.027 0.007 0.026 0.341 0.341 0.257 61 T 0.053 0.017 0.016 0.056 0.283 0.575 62 R 0.143 0.038 0.027 0.029 0.247 0.516 63 Y 0.148 0.037 0.035 0.021 0.385 0.375 64 I 0.114 0.016 0.021 0.028 0.396 0.427 65 D 0.089 0.011 0.020 0.035 0.419 0.426 66 C 0.159 0.052 0.018 0.061 0.356 0.354 67 D 0.146 0.066 0.031 0.050 0.347 0.360 68 L 0.059 0.029 0.263 0.228 0.258 0.163 69 N 0.050 0.014 0.389 0.184 0.261 0.103 70 R 0.062 0.012 0.418 0.154 0.255 0.098 71 V 0.065 0.017 0.099 0.112 0.285 0.422 72 F 0.070 0.082 0.033 0.077 0.226 0.513 73 D 0.038 0.022 0.016 0.031 0.280 0.612 74 L 0.011 0.006 0.420 0.199 0.244 0.120 75 E 0.010 0.003 0.557 0.166 0.218 0.045 76 N 0.010 0.005 0.635 0.151 0.175 0.025 77 L 0.029 0.023 0.192 0.306 0.291 0.159 78 S 0.049 0.029 0.115 0.217 0.321 0.269 79 K 0.042 0.016 0.159 0.235 0.342 0.206 80 E 0.062 0.026 0.142 0.130 0.389 0.251 81 M 0.043 0.032 0.128 0.104 0.405 0.289 82 S 0.027 0.025 0.055 0.080 0.453 0.359 83 E 0.017 0.012 0.043 0.060 0.422 0.447 84 D 0.018 0.024 0.026 0.064 0.351 0.517 85 L 0.018 0.025 0.028 0.075 0.401 0.453 86 P 0.005 0.007 0.156 0.385 0.268 0.179 87 Y 0.006 0.006 0.110 0.593 0.156 0.128 88 E 0.008 0.005 0.076 0.766 0.075 0.069 89 V 0.008 0.003 0.018 0.858 0.042 0.070 90 R 0.008 0.003 0.021 0.885 0.032 0.052 91 R 0.006 0.001 0.012 0.949 0.014 0.017 92 A 0.006 0.001 0.005 0.971 0.007 0.010 93 Q 0.003 0.001 0.006 0.977 0.008 0.006 94 E 0.002 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 95 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 96 N 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 97 H 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 98 L 0.001 0.001 0.005 0.969 0.011 0.014 99 F 0.001 0.004 0.007 0.857 0.047 0.084 100 G 0.003 0.006 0.028 0.232 0.413 0.319 101 P 0.002 0.002 0.089 0.049 0.671 0.186 102 K 0.003 0.006 0.201 0.034 0.655 0.102 103 N 0.006 0.009 0.168 0.029 0.671 0.118 104 S 0.009 0.010 0.142 0.038 0.591 0.210 105 D 0.023 0.015 0.126 0.027 0.496 0.314 106 D 0.038 0.009 0.096 0.013 0.518 0.325 107 A 0.089 0.010 0.037 0.004 0.377 0.483 108 Y 0.360 0.016 0.006 0.001 0.195 0.422 109 D 0.712 0.004 0.001 0.001 0.066 0.216 110 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 111 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 113 D 0.952 0.002 0.001 0.001 0.009 0.037 114 L 0.489 0.008 0.005 0.001 0.151 0.345 115 H 0.161 0.007 0.031 0.003 0.443 0.354 116 N 0.052 0.008 0.102 0.009 0.627 0.203 117 T 0.040 0.020 0.138 0.029 0.590 0.183 118 T 0.060 0.061 0.111 0.046 0.520 0.202 119 S 0.060 0.027 0.202 0.072 0.477 0.162 120 N 0.055 0.019 0.197 0.096 0.484 0.149 121 M 0.069 0.018 0.160 0.073 0.495 0.185 122 G 0.097 0.014 0.038 0.020 0.436 0.396 123 C 0.218 0.021 0.015 0.013 0.252 0.483 124 T 0.451 0.019 0.017 0.013 0.156 0.345 125 L 0.673 0.015 0.019 0.014 0.105 0.174 126 I 0.716 0.024 0.014 0.016 0.083 0.146 127 L 0.634 0.026 0.011 0.022 0.116 0.191 128 E 0.457 0.020 0.015 0.023 0.206 0.278 129 D 0.131 0.011 0.030 0.031 0.438 0.359 130 S 0.043 0.016 0.056 0.064 0.479 0.341 131 R 0.025 0.019 0.025 0.064 0.360 0.508 132 N 0.011 0.008 0.009 0.101 0.235 0.637 133 D 0.004 0.003 0.011 0.757 0.084 0.141 134 F 0.003 0.002 0.006 0.935 0.027 0.028 135 L 0.003 0.001 0.004 0.964 0.015 0.014 136 I 0.004 0.001 0.004 0.978 0.008 0.006 137 Q 0.005 0.001 0.005 0.974 0.008 0.007 138 M 0.003 0.001 0.004 0.977 0.006 0.009 139 F 0.002 0.001 0.004 0.981 0.005 0.008 140 H 0.002 0.001 0.005 0.979 0.006 0.008 141 Y 0.002 0.001 0.007 0.967 0.011 0.013 142 I 0.002 0.001 0.009 0.954 0.016 0.018 143 K 0.003 0.001 0.026 0.900 0.036 0.033 144 T 0.004 0.002 0.039 0.852 0.054 0.048 145 C 0.008 0.002 0.069 0.671 0.119 0.131 146 M 0.025 0.014 0.086 0.394 0.226 0.254 147 A 0.030 0.011 0.049 0.258 0.272 0.380 148 P 0.030 0.009 0.027 0.089 0.251 0.594 149 L 0.016 0.004 0.004 0.005 0.157 0.814 150 P 0.052 0.011 0.011 0.009 0.213 0.704 151 C 0.130 0.024 0.065 0.030 0.246 0.505 152 S 0.279 0.024 0.111 0.042 0.214 0.330 153 V 0.430 0.016 0.131 0.071 0.158 0.194 154 Y 0.471 0.025 0.066 0.070 0.138 0.230 155 L 0.427 0.030 0.036 0.059 0.187 0.262 156 I 0.335 0.032 0.027 0.035 0.252 0.320 157 E 0.181 0.031 0.030 0.031 0.347 0.380 158 H 0.062 0.020 0.030 0.024 0.668 0.198 159 P 0.027 0.012 0.036 0.039 0.685 0.202 160 S 0.019 0.011 0.030 0.046 0.623 0.271 161 L 0.067 0.042 0.026 0.129 0.484 0.253 162 K 0.095 0.049 0.019 0.304 0.155 0.378 163 Y 0.073 0.012 0.035 0.640 0.108 0.134 164 A 0.033 0.003 0.043 0.792 0.074 0.055 165 T 0.033 0.005 0.066 0.795 0.067 0.034 166 T 0.031 0.008 0.060 0.788 0.072 0.041 167 R 0.023 0.003 0.073 0.788 0.076 0.038 168 S 0.029 0.007 0.071 0.638 0.143 0.111 169 I 0.025 0.007 0.071 0.402 0.233 0.263 170 A 0.032 0.007 0.017 0.030 0.292 0.622 171 K 0.066 0.008 0.013 0.007 0.268 0.638 172 Y 0.174 0.007 0.006 0.002 0.282 0.528 173 P 0.562 0.005 0.004 0.001 0.117 0.311 174 V 0.932 0.004 0.001 0.001 0.017 0.046 175 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 176 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 177 E 0.927 0.002 0.001 0.001 0.013 0.057 178 V 0.601 0.010 0.002 0.001 0.063 0.323 179 G 0.205 0.010 0.004 0.001 0.259 0.521 180 P 0.125 0.011 0.013 0.002 0.331 0.519 181 Q 0.086 0.022 0.015 0.004 0.333 0.541 182 P 0.063 0.026 0.020 0.009 0.727 0.156 183 H 0.022 0.009 0.042 0.041 0.705 0.181 184 G 0.014 0.005 0.040 0.100 0.643 0.198 185 V 0.046 0.029 0.081 0.331 0.422 0.092 186 L 0.057 0.025 0.018 0.304 0.157 0.438 187 R 0.041 0.014 0.017 0.614 0.087 0.227 188 A 0.004 0.001 0.011 0.953 0.014 0.017 189 D 0.006 0.001 0.016 0.937 0.018 0.021 190 I 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.006 191 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.005 192 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 194 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 195 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 196 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 197 M 0.001 0.001 0.007 0.935 0.019 0.037 198 L 0.003 0.002 0.009 0.854 0.035 0.098 199 K 0.005 0.004 0.006 0.610 0.063 0.313 200 H 0.004 0.002 0.002 0.074 0.061 0.858