# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.001 0.001 0.007 0.011 0.017 0.108 0.002 0.001 0.013 0.828 2 T 0.013 0.001 0.001 0.018 0.093 0.094 0.110 0.005 0.001 0.024 0.642 3 S 0.013 0.002 0.001 0.031 0.039 0.047 0.116 0.001 0.001 0.027 0.722 4 C 0.020 0.001 0.001 0.029 0.063 0.103 0.085 0.011 0.001 0.033 0.655 5 V 0.431 0.004 0.001 0.025 0.013 0.017 0.061 0.004 0.001 0.051 0.393 6 A 0.028 0.001 0.001 0.017 0.006 0.012 0.079 0.002 0.001 0.023 0.830 7 E 0.013 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.069 0.001 0.001 0.008 0.893 8 E 0.022 0.001 0.001 0.017 0.062 0.028 0.128 0.003 0.001 0.023 0.716 9 P 0.014 0.001 0.001 0.020 0.013 0.016 0.128 0.001 0.001 0.020 0.787 10 I 0.009 0.001 0.001 0.053 0.047 0.033 0.138 0.003 0.001 0.023 0.694 11 K 0.004 0.002 0.001 0.340 0.044 0.035 0.115 0.001 0.001 0.022 0.436 12 K 0.001 0.001 0.001 0.632 0.052 0.078 0.037 0.001 0.001 0.040 0.159 13 I 0.001 0.001 0.001 0.863 0.039 0.035 0.008 0.001 0.001 0.023 0.032 14 A 0.001 0.001 0.001 0.876 0.042 0.032 0.006 0.001 0.001 0.011 0.033 15 I 0.001 0.001 0.001 0.797 0.070 0.060 0.007 0.001 0.001 0.030 0.034 16 F 0.009 0.002 0.001 0.679 0.031 0.073 0.036 0.001 0.001 0.067 0.102 17 G 0.034 0.005 0.001 0.453 0.038 0.085 0.100 0.002 0.002 0.080 0.200 18 G 0.053 0.007 0.002 0.140 0.066 0.118 0.169 0.002 0.002 0.091 0.349 19 T 0.023 0.017 0.001 0.094 0.080 0.105 0.188 0.003 0.001 0.051 0.437 20 H 0.148 0.111 0.004 0.038 0.035 0.063 0.140 0.016 0.002 0.059 0.385 21 G 0.090 0.135 0.006 0.024 0.020 0.033 0.113 0.012 0.002 0.197 0.369 22 N 0.026 0.596 0.003 0.004 0.008 0.019 0.058 0.004 0.001 0.089 0.192 23 E 0.036 0.757 0.002 0.004 0.006 0.013 0.027 0.004 0.001 0.046 0.105 24 L 0.007 0.846 0.002 0.004 0.005 0.008 0.017 0.001 0.001 0.046 0.064 25 T 0.003 0.952 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.018 0.015 26 G 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.009 27 V 0.002 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.823 0.005 28 F 0.002 0.589 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.385 0.013 29 L 0.001 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.013 30 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 31 T 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.025 32 H 0.011 0.241 0.014 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.007 0.658 0.050 33 W 0.053 0.606 0.041 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 0.019 0.176 0.058 34 L 0.086 0.523 0.029 0.001 0.001 0.001 0.030 0.019 0.014 0.051 0.246 35 K 0.084 0.338 0.009 0.002 0.001 0.001 0.075 0.006 0.005 0.052 0.428 36 N 0.080 0.378 0.005 0.004 0.001 0.001 0.077 0.013 0.003 0.072 0.366 37 G 0.097 0.406 0.020 0.005 0.001 0.002 0.054 0.030 0.009 0.068 0.309 38 A 0.241 0.381 0.006 0.002 0.001 0.003 0.047 0.019 0.003 0.020 0.276 39 E 0.069 0.244 0.006 0.007 0.002 0.007 0.062 0.003 0.003 0.031 0.568 40 V 0.071 0.032 0.094 0.011 0.006 0.010 0.101 0.006 0.030 0.149 0.489 41 H 0.437 0.014 0.005 0.008 0.005 0.008 0.075 0.024 0.003 0.099 0.322 42 R 0.172 0.001 0.002 0.009 0.003 0.006 0.068 0.002 0.002 0.040 0.696 43 A 0.008 0.002 0.001 0.027 0.008 0.014 0.114 0.001 0.001 0.015 0.811 44 G 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.049 0.135 0.001 0.001 0.028 0.744 45 L 0.003 0.002 0.001 0.146 0.138 0.063 0.087 0.001 0.001 0.092 0.468 46 E 0.001 0.001 0.001 0.625 0.090 0.110 0.024 0.001 0.001 0.055 0.093 47 V 0.001 0.001 0.001 0.283 0.053 0.047 0.031 0.001 0.001 0.028 0.555 48 K 0.001 0.001 0.001 0.794 0.082 0.039 0.015 0.001 0.001 0.020 0.048 49 P 0.004 0.001 0.001 0.448 0.039 0.065 0.061 0.002 0.001 0.038 0.343 50 F 0.021 0.001 0.001 0.547 0.043 0.045 0.060 0.001 0.001 0.029 0.253 51 I 0.011 0.001 0.001 0.242 0.022 0.039 0.165 0.001 0.001 0.023 0.494 52 T 0.003 0.006 0.001 0.099 0.021 0.036 0.130 0.001 0.001 0.012 0.689 53 N 0.271 0.467 0.003 0.019 0.009 0.009 0.043 0.017 0.002 0.013 0.147 54 P 0.164 0.587 0.003 0.004 0.002 0.003 0.024 0.014 0.001 0.021 0.176 55 R 0.042 0.538 0.007 0.005 0.007 0.015 0.048 0.007 0.003 0.052 0.278 56 A 0.179 0.227 0.044 0.007 0.024 0.039 0.052 0.019 0.012 0.157 0.240 57 V 0.474 0.043 0.010 0.005 0.022 0.026 0.058 0.020 0.005 0.094 0.242 58 E 0.144 0.014 0.004 0.013 0.028 0.055 0.077 0.004 0.002 0.032 0.626 59 K 0.033 0.008 0.001 0.010 0.008 0.017 0.071 0.001 0.001 0.011 0.839 60 C 0.016 0.003 0.001 0.008 0.046 0.062 0.137 0.011 0.001 0.028 0.687 61 T 0.031 0.003 0.002 0.016 0.022 0.033 0.136 0.004 0.001 0.036 0.716 62 R 0.072 0.005 0.002 0.044 0.032 0.046 0.086 0.007 0.001 0.045 0.661 63 Y 0.062 0.005 0.001 0.033 0.016 0.026 0.108 0.004 0.001 0.035 0.711 64 I 0.011 0.003 0.001 0.122 0.041 0.059 0.121 0.003 0.001 0.033 0.607 65 D 0.014 0.003 0.001 0.145 0.029 0.043 0.115 0.001 0.001 0.040 0.608 66 C 0.005 0.002 0.001 0.123 0.106 0.086 0.116 0.004 0.001 0.030 0.527 67 D 0.264 0.032 0.002 0.116 0.022 0.034 0.109 0.004 0.002 0.058 0.358 68 L 0.072 0.018 0.003 0.087 0.026 0.041 0.132 0.012 0.001 0.087 0.522 69 N 0.066 0.021 0.001 0.029 0.014 0.030 0.142 0.003 0.001 0.035 0.659 70 R 0.030 0.013 0.001 0.049 0.060 0.107 0.167 0.007 0.001 0.051 0.515 71 V 0.042 0.020 0.002 0.037 0.028 0.042 0.148 0.002 0.001 0.046 0.631 72 F 0.070 0.018 0.003 0.030 0.059 0.080 0.118 0.007 0.002 0.072 0.543 73 D 0.069 0.037 0.003 0.017 0.013 0.025 0.128 0.004 0.002 0.064 0.639 74 L 0.154 0.033 0.007 0.017 0.011 0.018 0.112 0.007 0.003 0.072 0.566 75 E 0.119 0.016 0.002 0.012 0.010 0.016 0.104 0.008 0.001 0.100 0.612 76 N 0.088 0.009 0.001 0.009 0.007 0.012 0.106 0.002 0.001 0.048 0.718 77 L 0.025 0.006 0.001 0.019 0.016 0.029 0.142 0.004 0.001 0.060 0.698 78 S 0.062 0.012 0.001 0.015 0.014 0.020 0.151 0.002 0.001 0.056 0.666 79 K 0.036 0.004 0.001 0.019 0.024 0.036 0.178 0.009 0.001 0.077 0.616 80 E 0.138 0.010 0.001 0.022 0.010 0.015 0.150 0.003 0.001 0.065 0.585 81 M 0.052 0.007 0.001 0.030 0.013 0.030 0.181 0.006 0.001 0.071 0.609 82 S 0.053 0.007 0.001 0.019 0.009 0.017 0.158 0.002 0.001 0.039 0.695 83 E 0.019 0.006 0.001 0.022 0.028 0.052 0.186 0.005 0.001 0.050 0.632 84 D 0.058 0.028 0.001 0.017 0.012 0.016 0.148 0.003 0.001 0.042 0.673 85 L 0.112 0.077 0.001 0.017 0.027 0.034 0.157 0.021 0.001 0.071 0.484 86 P 0.121 0.155 0.002 0.010 0.005 0.008 0.113 0.004 0.001 0.042 0.538 87 Y 0.031 0.233 0.002 0.009 0.010 0.016 0.097 0.008 0.001 0.083 0.510 88 E 0.030 0.738 0.001 0.002 0.002 0.003 0.024 0.003 0.001 0.046 0.149 89 V 0.019 0.833 0.002 0.003 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.063 0.059 90 R 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.024 91 R 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.012 0.020 92 A 0.006 0.223 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.741 0.020 93 Q 0.007 0.803 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.140 0.033 94 E 0.031 0.842 0.019 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.004 0.027 0.050 95 I 0.082 0.615 0.054 0.004 0.001 0.002 0.019 0.033 0.028 0.051 0.110 96 N 0.268 0.296 0.003 0.002 0.001 0.002 0.053 0.014 0.003 0.040 0.317 97 H 0.116 0.050 0.006 0.010 0.002 0.006 0.095 0.008 0.004 0.090 0.613 98 L 0.030 0.032 0.010 0.022 0.004 0.010 0.201 0.002 0.004 0.047 0.638 99 F 0.015 0.011 0.005 0.022 0.004 0.008 0.141 0.002 0.003 0.023 0.767 100 G 0.301 0.022 0.003 0.011 0.009 0.010 0.118 0.015 0.002 0.125 0.384 101 P 0.170 0.007 0.002 0.008 0.001 0.003 0.105 0.004 0.001 0.086 0.613 102 K 0.058 0.003 0.002 0.008 0.002 0.008 0.104 0.004 0.001 0.037 0.772 103 N 0.104 0.006 0.001 0.007 0.003 0.006 0.092 0.002 0.001 0.037 0.740 104 S 0.063 0.001 0.001 0.007 0.015 0.021 0.120 0.007 0.001 0.047 0.717 105 D 0.031 0.001 0.001 0.014 0.011 0.019 0.110 0.001 0.001 0.027 0.785 106 D 0.015 0.002 0.001 0.031 0.047 0.068 0.158 0.002 0.001 0.037 0.640 107 A 0.005 0.003 0.001 0.079 0.062 0.101 0.164 0.001 0.001 0.050 0.535 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.142 0.167 0.251 0.082 0.001 0.001 0.067 0.286 109 D 0.001 0.002 0.001 0.349 0.171 0.223 0.035 0.001 0.001 0.066 0.151 110 V 0.001 0.001 0.001 0.370 0.223 0.222 0.021 0.001 0.001 0.053 0.107 111 V 0.002 0.001 0.001 0.437 0.196 0.194 0.025 0.001 0.001 0.056 0.087 112 F 0.006 0.001 0.001 0.477 0.117 0.142 0.045 0.001 0.001 0.085 0.125 113 D 0.048 0.003 0.001 0.347 0.078 0.135 0.084 0.002 0.001 0.145 0.157 114 L 0.054 0.005 0.002 0.205 0.025 0.063 0.157 0.002 0.002 0.082 0.401 115 H 0.065 0.008 0.002 0.083 0.030 0.059 0.169 0.003 0.002 0.075 0.505 116 N 0.059 0.020 0.002 0.050 0.022 0.047 0.184 0.006 0.001 0.102 0.508 117 T 0.127 0.090 0.004 0.023 0.021 0.035 0.155 0.008 0.002 0.099 0.436 118 T 0.155 0.038 0.008 0.017 0.028 0.046 0.159 0.014 0.004 0.082 0.448 119 S 0.115 0.039 0.002 0.015 0.025 0.053 0.146 0.014 0.001 0.061 0.529 120 N 0.270 0.016 0.003 0.017 0.027 0.053 0.119 0.005 0.001 0.082 0.406 121 M 0.029 0.018 0.003 0.040 0.040 0.089 0.150 0.004 0.001 0.034 0.592 122 G 0.056 0.038 0.003 0.024 0.041 0.073 0.146 0.005 0.001 0.033 0.579 123 C 0.041 0.017 0.002 0.054 0.162 0.131 0.137 0.022 0.001 0.071 0.362 124 T 0.042 0.026 0.001 0.086 0.059 0.136 0.128 0.005 0.001 0.064 0.453 125 L 0.022 0.008 0.002 0.132 0.127 0.207 0.089 0.002 0.001 0.061 0.350 126 I 0.008 0.006 0.002 0.174 0.079 0.140 0.120 0.001 0.001 0.048 0.421 127 L 0.051 0.014 0.003 0.125 0.072 0.104 0.118 0.006 0.002 0.083 0.421 128 E 0.202 0.016 0.001 0.070 0.024 0.036 0.119 0.007 0.001 0.093 0.431 129 D 0.040 0.011 0.001 0.023 0.008 0.019 0.145 0.002 0.001 0.040 0.710 130 S 0.022 0.028 0.001 0.017 0.011 0.017 0.147 0.002 0.001 0.032 0.723 131 R 0.036 0.191 0.002 0.008 0.011 0.010 0.103 0.010 0.001 0.037 0.592 132 N 0.064 0.772 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.010 0.001 0.013 0.118 133 D 0.039 0.858 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.018 0.067 134 F 0.010 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.024 0.053 135 L 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.017 0.024 136 I 0.022 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.050 0.031 137 Q 0.007 0.877 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.048 0.048 138 M 0.010 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.007 0.023 139 F 0.029 0.860 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.036 0.051 140 H 0.032 0.090 0.004 0.002 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.756 0.087 141 Y 0.024 0.593 0.012 0.004 0.001 0.002 0.035 0.006 0.004 0.142 0.177 142 I 0.228 0.269 0.095 0.005 0.002 0.003 0.050 0.036 0.026 0.070 0.217 143 K 0.245 0.132 0.019 0.017 0.004 0.009 0.065 0.020 0.013 0.071 0.407 144 T 0.132 0.019 0.001 0.004 0.002 0.008 0.079 0.003 0.001 0.035 0.716 145 C 0.040 0.009 0.007 0.026 0.006 0.017 0.108 0.008 0.002 0.065 0.712 146 M 0.056 0.004 0.002 0.019 0.004 0.008 0.117 0.001 0.001 0.030 0.758 147 A 0.021 0.002 0.001 0.021 0.021 0.024 0.121 0.003 0.001 0.039 0.748 148 P 0.032 0.004 0.001 0.017 0.006 0.007 0.114 0.001 0.001 0.026 0.793 149 L 0.042 0.008 0.001 0.036 0.035 0.041 0.183 0.029 0.001 0.067 0.558 150 P 0.104 0.052 0.002 0.043 0.012 0.020 0.134 0.006 0.001 0.038 0.589 151 C 0.038 0.039 0.003 0.077 0.055 0.111 0.120 0.014 0.001 0.040 0.502 152 S 0.070 0.047 0.003 0.087 0.071 0.113 0.099 0.005 0.001 0.055 0.448 153 V 0.051 0.026 0.003 0.120 0.096 0.144 0.101 0.006 0.001 0.060 0.391 154 Y 0.035 0.018 0.002 0.129 0.075 0.152 0.113 0.004 0.001 0.055 0.416 155 L 0.054 0.008 0.002 0.082 0.069 0.117 0.106 0.002 0.001 0.051 0.508 156 I 0.010 0.004 0.002 0.064 0.080 0.116 0.127 0.001 0.001 0.040 0.555 157 E 0.050 0.012 0.003 0.025 0.034 0.047 0.122 0.005 0.002 0.043 0.657 158 H 0.293 0.023 0.003 0.014 0.019 0.016 0.105 0.017 0.002 0.088 0.421 159 P 0.071 0.018 0.001 0.011 0.007 0.014 0.126 0.006 0.001 0.045 0.701 160 S 0.051 0.032 0.001 0.021 0.012 0.037 0.129 0.005 0.001 0.039 0.671 161 L 0.051 0.021 0.002 0.038 0.040 0.054 0.128 0.004 0.001 0.139 0.522 162 K 0.021 0.046 0.002 0.044 0.053 0.080 0.124 0.004 0.001 0.136 0.490 163 Y 0.066 0.152 0.004 0.037 0.049 0.080 0.098 0.009 0.001 0.098 0.406 164 A 0.090 0.100 0.005 0.031 0.063 0.087 0.080 0.009 0.002 0.139 0.394 165 T 0.040 0.164 0.006 0.026 0.054 0.129 0.102 0.008 0.004 0.115 0.351 166 T 0.187 0.049 0.030 0.017 0.038 0.081 0.076 0.010 0.017 0.083 0.410 167 R 0.248 0.014 0.009 0.015 0.043 0.052 0.076 0.017 0.006 0.076 0.443 168 S 0.120 0.003 0.001 0.007 0.013 0.035 0.100 0.003 0.001 0.038 0.680 169 I 0.028 0.001 0.002 0.022 0.011 0.023 0.120 0.001 0.001 0.030 0.761 170 A 0.005 0.001 0.001 0.025 0.047 0.071 0.168 0.002 0.001 0.029 0.652 171 K 0.003 0.001 0.001 0.043 0.074 0.095 0.124 0.001 0.001 0.047 0.611 172 Y 0.001 0.001 0.001 0.220 0.245 0.259 0.048 0.001 0.001 0.072 0.151 173 P 0.001 0.002 0.001 0.235 0.125 0.218 0.044 0.001 0.001 0.073 0.301 174 V 0.001 0.001 0.001 0.299 0.280 0.308 0.012 0.001 0.001 0.043 0.056 175 G 0.002 0.001 0.001 0.427 0.161 0.184 0.023 0.001 0.001 0.069 0.133 176 I 0.003 0.001 0.001 0.402 0.235 0.193 0.023 0.001 0.001 0.052 0.092 177 E 0.012 0.001 0.001 0.314 0.106 0.280 0.058 0.001 0.001 0.069 0.158 178 V 0.040 0.001 0.001 0.139 0.083 0.131 0.105 0.001 0.001 0.045 0.454 179 G 0.011 0.001 0.001 0.062 0.119 0.222 0.136 0.003 0.001 0.053 0.392 180 P 0.024 0.007 0.002 0.027 0.016 0.026 0.143 0.001 0.002 0.028 0.725 181 Q 0.155 0.024 0.003 0.015 0.047 0.043 0.129 0.022 0.002 0.056 0.503 182 P 0.225 0.071 0.002 0.005 0.005 0.005 0.081 0.007 0.001 0.043 0.555 183 H 0.072 0.121 0.002 0.005 0.007 0.014 0.096 0.013 0.001 0.032 0.637 184 G 0.144 0.245 0.002 0.006 0.012 0.020 0.067 0.009 0.001 0.044 0.451 185 V 0.048 0.346 0.004 0.011 0.021 0.024 0.077 0.004 0.001 0.058 0.405 186 L 0.019 0.756 0.002 0.003 0.010 0.011 0.028 0.005 0.001 0.022 0.143 187 R 0.018 0.911 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.010 0.047 188 A 0.008 0.920 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.019 0.037 189 D 0.009 0.908 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.047 0.021 190 I 0.005 0.892 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.066 0.023 191 L 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.011 192 D 0.006 0.916 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.043 0.024 193 Q 0.006 0.938 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.018 0.022 194 M 0.032 0.909 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.012 0.022 195 R 0.079 0.628 0.021 0.006 0.002 0.004 0.023 0.012 0.010 0.106 0.110 196 R 0.165 0.303 0.013 0.008 0.004 0.007 0.078 0.010 0.008 0.094 0.311 197 M 0.130 0.074 0.025 0.022 0.005 0.011 0.123 0.013 0.012 0.105 0.481 198 L 0.154 0.037 0.010 0.032 0.010 0.017 0.137 0.006 0.004 0.068 0.525 199 K 0.037 0.017 0.002 0.019 0.007 0.015 0.113 0.002 0.002 0.026 0.761 200 H 0.035 0.008 0.002 0.011 0.010 0.017 0.121 0.008 0.001 0.029 0.758