# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.421 0.182 0.053 0.107 0.087 0.055 0.036 0.025 0.020 0.010 0.005 2 T 0.258 0.114 0.034 0.111 0.108 0.095 0.102 0.063 0.058 0.034 0.023 3 S 0.229 0.143 0.071 0.165 0.126 0.083 0.072 0.043 0.036 0.020 0.012 4 C 0.042 0.036 0.033 0.071 0.073 0.093 0.175 0.136 0.129 0.115 0.097 5 V 0.114 0.155 0.098 0.185 0.130 0.095 0.091 0.057 0.037 0.022 0.016 6 A 0.098 0.083 0.054 0.106 0.095 0.101 0.146 0.106 0.094 0.070 0.047 7 E 0.450 0.192 0.061 0.119 0.084 0.044 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 8 E 0.458 0.164 0.051 0.100 0.069 0.053 0.044 0.026 0.021 0.010 0.005 9 P 0.236 0.263 0.047 0.137 0.109 0.075 0.061 0.036 0.020 0.010 0.006 10 I 0.111 0.111 0.047 0.114 0.113 0.119 0.136 0.093 0.075 0.048 0.034 11 K 0.177 0.141 0.114 0.207 0.148 0.098 0.059 0.026 0.017 0.009 0.004 12 K 0.057 0.068 0.078 0.216 0.201 0.163 0.113 0.055 0.030 0.014 0.005 13 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.075 0.120 0.215 0.277 0.278 14 A 0.002 0.005 0.015 0.042 0.058 0.078 0.156 0.190 0.177 0.149 0.129 15 I 0.001 0.001 0.008 0.008 0.014 0.024 0.071 0.131 0.218 0.277 0.247 16 F 0.001 0.004 0.013 0.034 0.065 0.096 0.168 0.192 0.169 0.133 0.123 17 G 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.051 0.093 0.244 0.291 0.292 18 G 0.011 0.015 0.018 0.061 0.088 0.106 0.173 0.151 0.155 0.122 0.101 19 T 0.003 0.007 0.008 0.021 0.027 0.045 0.125 0.135 0.203 0.208 0.218 20 H 0.012 0.021 0.014 0.052 0.066 0.089 0.174 0.160 0.151 0.134 0.127 21 G 0.033 0.033 0.024 0.062 0.064 0.077 0.137 0.122 0.163 0.149 0.136 22 N 0.100 0.086 0.055 0.147 0.136 0.125 0.132 0.069 0.070 0.047 0.034 23 E 0.041 0.043 0.025 0.093 0.095 0.106 0.178 0.110 0.123 0.104 0.081 24 L 0.032 0.034 0.022 0.075 0.070 0.090 0.181 0.136 0.134 0.123 0.104 25 T 0.020 0.051 0.037 0.103 0.107 0.110 0.161 0.127 0.113 0.097 0.073 26 G 0.010 0.022 0.022 0.054 0.075 0.114 0.163 0.138 0.168 0.134 0.102 27 V 0.018 0.019 0.023 0.092 0.116 0.144 0.202 0.121 0.127 0.081 0.055 28 F 0.008 0.010 0.015 0.084 0.102 0.119 0.254 0.172 0.108 0.079 0.049 29 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.009 0.039 0.089 0.208 0.303 0.335 30 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.047 0.116 0.261 0.286 0.271 31 T 0.002 0.006 0.053 0.086 0.167 0.191 0.218 0.122 0.085 0.047 0.022 32 H 0.003 0.007 0.038 0.090 0.115 0.170 0.283 0.160 0.076 0.040 0.018 33 W 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.040 0.087 0.233 0.318 0.307 34 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.036 0.141 0.183 0.228 0.227 0.159 35 K 0.009 0.032 0.246 0.188 0.190 0.142 0.107 0.037 0.024 0.016 0.007 36 N 0.028 0.050 0.127 0.172 0.147 0.179 0.183 0.068 0.028 0.012 0.004 37 G 0.018 0.017 0.020 0.033 0.030 0.045 0.145 0.171 0.210 0.186 0.126 38 A 0.048 0.041 0.033 0.063 0.078 0.125 0.239 0.148 0.108 0.071 0.046 39 E 0.119 0.122 0.252 0.234 0.137 0.065 0.039 0.014 0.010 0.005 0.002 40 V 0.106 0.079 0.141 0.142 0.112 0.113 0.150 0.060 0.046 0.032 0.019 41 H 0.124 0.155 0.061 0.170 0.113 0.094 0.133 0.072 0.043 0.024 0.012 42 R 0.101 0.078 0.057 0.089 0.090 0.107 0.159 0.117 0.087 0.069 0.047 43 A 0.287 0.235 0.118 0.175 0.094 0.047 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 44 G 0.370 0.187 0.095 0.135 0.098 0.055 0.028 0.016 0.010 0.004 0.001 45 L 0.032 0.020 0.008 0.023 0.041 0.075 0.149 0.169 0.186 0.162 0.137 46 E 0.110 0.198 0.068 0.231 0.173 0.106 0.053 0.032 0.018 0.007 0.004 47 V 0.002 0.003 0.006 0.011 0.016 0.033 0.089 0.115 0.193 0.263 0.269 48 K 0.021 0.045 0.036 0.148 0.177 0.164 0.157 0.113 0.067 0.041 0.031 49 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.018 0.063 0.096 0.221 0.287 0.295 50 F 0.003 0.007 0.011 0.032 0.050 0.063 0.127 0.160 0.187 0.188 0.174 51 I 0.002 0.003 0.007 0.020 0.026 0.041 0.113 0.138 0.220 0.220 0.210 52 T 0.004 0.009 0.016 0.035 0.048 0.062 0.132 0.145 0.186 0.188 0.174 53 N 0.003 0.008 0.007 0.031 0.047 0.072 0.165 0.173 0.194 0.164 0.136 54 P 0.006 0.007 0.009 0.021 0.030 0.052 0.123 0.138 0.215 0.207 0.193 55 R 0.045 0.063 0.042 0.184 0.205 0.166 0.150 0.076 0.040 0.019 0.010 56 A 0.004 0.006 0.008 0.019 0.023 0.032 0.091 0.126 0.223 0.246 0.223 57 V 0.007 0.007 0.010 0.022 0.034 0.048 0.122 0.143 0.205 0.199 0.203 58 E 0.019 0.035 0.076 0.127 0.129 0.125 0.176 0.101 0.096 0.072 0.045 59 K 0.016 0.036 0.078 0.133 0.137 0.150 0.187 0.101 0.074 0.055 0.034 60 C 0.013 0.013 0.016 0.038 0.045 0.077 0.191 0.156 0.182 0.158 0.110 61 T 0.095 0.069 0.081 0.129 0.103 0.102 0.132 0.091 0.088 0.068 0.043 62 R 0.034 0.048 0.042 0.088 0.097 0.125 0.189 0.130 0.105 0.082 0.061 63 Y 0.062 0.078 0.043 0.084 0.082 0.094 0.140 0.123 0.116 0.093 0.085 64 I 0.087 0.091 0.032 0.111 0.106 0.111 0.143 0.097 0.091 0.071 0.059 65 D 0.264 0.181 0.075 0.161 0.120 0.078 0.048 0.026 0.025 0.014 0.008 66 C 0.042 0.031 0.015 0.070 0.083 0.112 0.186 0.120 0.139 0.112 0.090 67 D 0.032 0.044 0.028 0.104 0.103 0.107 0.169 0.122 0.120 0.095 0.076 68 L 0.004 0.007 0.014 0.031 0.033 0.044 0.118 0.128 0.190 0.225 0.207 69 N 0.010 0.014 0.039 0.054 0.071 0.091 0.154 0.139 0.154 0.146 0.128 70 R 0.011 0.019 0.038 0.078 0.082 0.099 0.179 0.131 0.148 0.124 0.090 71 V 0.019 0.027 0.031 0.074 0.089 0.103 0.176 0.145 0.138 0.117 0.081 72 F 0.015 0.015 0.013 0.029 0.037 0.054 0.126 0.145 0.197 0.196 0.175 73 D 0.105 0.119 0.063 0.167 0.147 0.118 0.113 0.069 0.051 0.030 0.018 74 L 0.058 0.044 0.036 0.078 0.085 0.097 0.151 0.108 0.129 0.118 0.096 75 E 0.165 0.115 0.056 0.155 0.130 0.105 0.117 0.057 0.049 0.031 0.021 76 N 0.094 0.084 0.046 0.122 0.095 0.090 0.137 0.100 0.095 0.081 0.056 77 L 0.050 0.055 0.023 0.067 0.085 0.106 0.170 0.143 0.117 0.100 0.085 78 S 0.233 0.185 0.072 0.158 0.107 0.074 0.062 0.041 0.035 0.021 0.013 79 K 0.240 0.108 0.051 0.136 0.125 0.099 0.094 0.050 0.046 0.031 0.020 80 E 0.361 0.159 0.059 0.119 0.087 0.060 0.057 0.033 0.032 0.020 0.013 81 M 0.076 0.086 0.022 0.110 0.103 0.110 0.178 0.118 0.090 0.062 0.046 82 S 0.187 0.131 0.067 0.103 0.092 0.080 0.095 0.082 0.071 0.053 0.041 83 E 0.303 0.170 0.075 0.178 0.109 0.068 0.047 0.022 0.015 0.008 0.005 84 D 0.391 0.196 0.088 0.111 0.085 0.053 0.033 0.018 0.015 0.007 0.003 85 L 0.090 0.065 0.021 0.092 0.093 0.111 0.197 0.119 0.098 0.066 0.050 86 P 0.346 0.186 0.099 0.138 0.087 0.056 0.040 0.023 0.015 0.007 0.003 87 Y 0.110 0.123 0.115 0.156 0.117 0.110 0.111 0.069 0.046 0.027 0.015 88 E 0.095 0.187 0.103 0.154 0.134 0.118 0.098 0.058 0.032 0.014 0.007 89 V 0.082 0.050 0.060 0.124 0.123 0.138 0.174 0.093 0.082 0.049 0.025 90 R 0.254 0.128 0.274 0.195 0.081 0.039 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 91 R 0.009 0.040 0.059 0.114 0.110 0.154 0.238 0.140 0.078 0.042 0.015 92 A 0.002 0.005 0.017 0.015 0.025 0.066 0.184 0.186 0.203 0.176 0.122 93 Q 0.055 0.064 0.354 0.237 0.139 0.082 0.044 0.014 0.006 0.003 0.001 94 E 0.025 0.055 0.280 0.215 0.151 0.123 0.089 0.039 0.015 0.007 0.002 95 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.014 0.077 0.117 0.236 0.273 0.269 96 N 0.022 0.037 0.087 0.138 0.175 0.194 0.203 0.069 0.041 0.023 0.009 97 H 0.029 0.042 0.571 0.184 0.077 0.043 0.028 0.011 0.008 0.005 0.002 98 L 0.014 0.018 0.046 0.067 0.080 0.142 0.317 0.159 0.081 0.050 0.027 99 F 0.017 0.017 0.016 0.022 0.024 0.045 0.136 0.193 0.210 0.183 0.135 100 G 0.095 0.118 0.133 0.168 0.139 0.112 0.103 0.055 0.038 0.023 0.015 101 P 0.284 0.182 0.180 0.158 0.094 0.048 0.028 0.011 0.008 0.004 0.002 102 K 0.311 0.128 0.037 0.119 0.097 0.087 0.104 0.050 0.036 0.019 0.011 103 N 0.383 0.208 0.055 0.117 0.072 0.051 0.049 0.028 0.021 0.011 0.007 104 S 0.141 0.149 0.056 0.136 0.114 0.106 0.122 0.075 0.050 0.031 0.019 105 D 0.282 0.202 0.134 0.160 0.102 0.058 0.030 0.015 0.010 0.005 0.002 106 D 0.142 0.109 0.075 0.155 0.131 0.122 0.118 0.063 0.046 0.027 0.014 107 A 0.080 0.115 0.068 0.189 0.179 0.140 0.102 0.061 0.037 0.019 0.009 108 Y 0.002 0.002 0.004 0.010 0.017 0.041 0.116 0.145 0.227 0.233 0.205 109 D 0.011 0.028 0.049 0.179 0.194 0.178 0.162 0.097 0.054 0.030 0.019 110 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.018 0.070 0.117 0.210 0.295 0.272 111 V 0.001 0.001 0.005 0.013 0.024 0.033 0.090 0.165 0.216 0.221 0.232 112 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.039 0.092 0.251 0.297 0.302 113 D 0.002 0.007 0.022 0.056 0.104 0.125 0.200 0.176 0.137 0.095 0.077 114 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.018 0.068 0.106 0.232 0.264 0.288 115 H 0.014 0.016 0.016 0.046 0.065 0.094 0.192 0.169 0.161 0.125 0.103 116 N 0.047 0.063 0.049 0.120 0.101 0.104 0.160 0.108 0.104 0.080 0.065 117 T 0.083 0.072 0.034 0.099 0.112 0.129 0.173 0.105 0.090 0.059 0.043 118 T 0.168 0.111 0.045 0.119 0.096 0.087 0.114 0.075 0.080 0.059 0.048 119 S 0.140 0.123 0.049 0.149 0.127 0.113 0.129 0.062 0.052 0.034 0.022 120 N 0.126 0.101 0.062 0.137 0.116 0.103 0.120 0.078 0.068 0.052 0.036 121 M 0.063 0.064 0.035 0.098 0.103 0.119 0.168 0.119 0.101 0.075 0.055 122 G 0.091 0.116 0.073 0.153 0.133 0.111 0.105 0.079 0.067 0.045 0.028 123 C 0.015 0.016 0.015 0.043 0.058 0.085 0.159 0.134 0.165 0.163 0.148 124 T 0.076 0.075 0.064 0.154 0.146 0.123 0.128 0.083 0.076 0.048 0.029 125 L 0.011 0.013 0.018 0.053 0.060 0.077 0.166 0.140 0.165 0.164 0.133 126 I 0.019 0.022 0.027 0.048 0.055 0.068 0.135 0.143 0.174 0.165 0.144 127 L 0.018 0.025 0.027 0.067 0.071 0.085 0.164 0.143 0.156 0.134 0.109 128 E 0.080 0.080 0.073 0.123 0.120 0.114 0.143 0.089 0.080 0.058 0.041 129 D 0.200 0.127 0.066 0.168 0.122 0.093 0.098 0.048 0.040 0.024 0.015 130 S 0.286 0.153 0.055 0.118 0.089 0.076 0.090 0.050 0.042 0.026 0.015 131 R 0.198 0.181 0.052 0.142 0.112 0.092 0.098 0.054 0.037 0.021 0.013 132 N 0.283 0.157 0.078 0.131 0.104 0.083 0.077 0.040 0.027 0.014 0.008 133 D 0.411 0.161 0.118 0.145 0.076 0.042 0.024 0.011 0.007 0.003 0.002 134 F 0.117 0.149 0.081 0.122 0.124 0.128 0.122 0.073 0.050 0.023 0.011 135 L 0.042 0.068 0.055 0.108 0.104 0.131 0.172 0.121 0.101 0.060 0.039 136 I 0.071 0.058 0.115 0.152 0.143 0.146 0.147 0.074 0.050 0.030 0.014 137 Q 0.059 0.083 0.210 0.257 0.156 0.106 0.074 0.032 0.015 0.007 0.002 138 M 0.002 0.005 0.017 0.018 0.021 0.042 0.132 0.149 0.224 0.226 0.163 139 F 0.005 0.010 0.037 0.044 0.073 0.128 0.231 0.154 0.147 0.113 0.060 140 H 0.020 0.045 0.316 0.228 0.136 0.104 0.083 0.033 0.020 0.012 0.004 141 Y 0.009 0.020 0.072 0.093 0.102 0.160 0.257 0.144 0.075 0.048 0.021 142 I 0.005 0.006 0.014 0.014 0.016 0.030 0.108 0.144 0.223 0.243 0.198 143 K 0.041 0.049 0.091 0.149 0.160 0.161 0.173 0.076 0.052 0.033 0.015 144 T 0.068 0.071 0.286 0.172 0.115 0.088 0.079 0.038 0.038 0.028 0.016 145 C 0.028 0.038 0.035 0.102 0.106 0.144 0.271 0.119 0.078 0.050 0.030 146 M 0.043 0.039 0.037 0.057 0.048 0.060 0.133 0.146 0.156 0.158 0.123 147 A 0.064 0.077 0.055 0.113 0.116 0.128 0.157 0.111 0.080 0.057 0.042 148 P 0.220 0.218 0.126 0.159 0.113 0.069 0.038 0.025 0.019 0.010 0.005 149 L 0.043 0.028 0.012 0.049 0.068 0.100 0.176 0.130 0.149 0.130 0.115 150 P 0.224 0.190 0.055 0.169 0.126 0.082 0.062 0.038 0.030 0.015 0.009 151 C 0.007 0.011 0.009 0.034 0.041 0.063 0.145 0.140 0.180 0.190 0.180 152 S 0.030 0.041 0.042 0.082 0.092 0.104 0.148 0.131 0.131 0.107 0.090 153 V 0.015 0.021 0.033 0.091 0.089 0.098 0.166 0.125 0.144 0.125 0.092 154 Y 0.022 0.028 0.043 0.074 0.083 0.095 0.161 0.131 0.139 0.127 0.098 155 L 0.019 0.026 0.023 0.072 0.072 0.083 0.167 0.142 0.159 0.134 0.101 156 I 0.044 0.044 0.045 0.078 0.084 0.098 0.156 0.120 0.131 0.115 0.086 157 E 0.101 0.124 0.079 0.183 0.142 0.113 0.109 0.059 0.045 0.028 0.017 158 H 0.094 0.078 0.042 0.097 0.104 0.120 0.157 0.108 0.094 0.066 0.041 159 P 0.157 0.101 0.045 0.117 0.106 0.102 0.125 0.086 0.074 0.051 0.036 160 S 0.203 0.145 0.067 0.149 0.116 0.093 0.086 0.056 0.043 0.025 0.015 161 L 0.059 0.059 0.036 0.081 0.083 0.095 0.144 0.115 0.123 0.107 0.096 162 K 0.073 0.119 0.052 0.142 0.129 0.119 0.134 0.080 0.069 0.048 0.035 163 Y 0.067 0.068 0.050 0.156 0.136 0.132 0.146 0.083 0.076 0.053 0.032 164 A 0.107 0.068 0.064 0.123 0.118 0.119 0.139 0.094 0.081 0.055 0.032 165 T 0.027 0.039 0.027 0.111 0.111 0.120 0.190 0.138 0.112 0.075 0.049 166 T 0.008 0.008 0.018 0.018 0.021 0.030 0.078 0.108 0.211 0.251 0.248 167 R 0.031 0.046 0.071 0.136 0.149 0.143 0.176 0.094 0.070 0.050 0.034 168 S 0.061 0.100 0.141 0.182 0.134 0.111 0.110 0.063 0.049 0.032 0.016 169 I 0.032 0.033 0.025 0.066 0.077 0.109 0.191 0.147 0.131 0.109 0.079 170 A 0.142 0.118 0.058 0.130 0.112 0.109 0.114 0.078 0.071 0.043 0.024 171 K 0.050 0.057 0.052 0.130 0.129 0.140 0.155 0.093 0.087 0.064 0.043 172 Y 0.015 0.026 0.022 0.064 0.090 0.125 0.201 0.143 0.129 0.103 0.082 173 P 0.007 0.012 0.013 0.050 0.054 0.070 0.146 0.152 0.175 0.167 0.153 174 V 0.002 0.004 0.007 0.017 0.028 0.043 0.108 0.147 0.199 0.225 0.220 175 G 0.005 0.009 0.017 0.047 0.063 0.070 0.130 0.143 0.193 0.169 0.154 176 I 0.002 0.003 0.009 0.017 0.025 0.034 0.093 0.107 0.210 0.246 0.253 177 E 0.007 0.012 0.016 0.053 0.072 0.085 0.185 0.162 0.164 0.139 0.105 178 V 0.004 0.007 0.011 0.023 0.029 0.042 0.117 0.145 0.199 0.216 0.207 179 G 0.047 0.046 0.036 0.086 0.103 0.119 0.176 0.135 0.115 0.080 0.056 180 P 0.212 0.136 0.080 0.153 0.117 0.085 0.078 0.050 0.046 0.028 0.017 181 Q 0.112 0.085 0.027 0.090 0.099 0.114 0.174 0.099 0.087 0.061 0.050 182 P 0.208 0.218 0.039 0.147 0.102 0.074 0.083 0.053 0.038 0.023 0.015 183 H 0.145 0.102 0.038 0.109 0.113 0.113 0.131 0.089 0.074 0.050 0.036 184 G 0.416 0.183 0.085 0.139 0.084 0.044 0.025 0.012 0.008 0.003 0.002 185 V 0.163 0.092 0.054 0.161 0.129 0.110 0.121 0.067 0.053 0.033 0.019 186 L 0.038 0.059 0.035 0.054 0.065 0.089 0.156 0.151 0.158 0.115 0.082 187 R 0.041 0.099 0.075 0.213 0.168 0.139 0.134 0.067 0.037 0.019 0.010 188 A 0.155 0.069 0.179 0.127 0.104 0.097 0.097 0.065 0.051 0.038 0.019 189 D 0.191 0.161 0.130 0.255 0.126 0.074 0.041 0.013 0.006 0.002 0.001 190 I 0.009 0.030 0.027 0.032 0.038 0.070 0.165 0.173 0.209 0.159 0.087 191 L 0.013 0.024 0.029 0.086 0.128 0.191 0.255 0.122 0.076 0.048 0.028 192 D 0.163 0.100 0.422 0.187 0.071 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 193 Q 0.007 0.021 0.042 0.109 0.146 0.190 0.255 0.139 0.055 0.027 0.010 194 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.033 0.073 0.241 0.298 0.341 195 R 0.006 0.012 0.087 0.121 0.202 0.212 0.217 0.067 0.041 0.026 0.009 196 R 0.008 0.028 0.477 0.221 0.111 0.073 0.051 0.019 0.008 0.004 0.001 197 M 0.001 0.001 0.008 0.009 0.011 0.032 0.168 0.179 0.222 0.210 0.160 198 L 0.007 0.008 0.019 0.018 0.026 0.052 0.163 0.205 0.205 0.182 0.115 199 K 0.039 0.082 0.308 0.200 0.137 0.093 0.070 0.031 0.021 0.013 0.006 200 H 0.097 0.105 0.154 0.153 0.136 0.134 0.123 0.049 0.027 0.014 0.007