# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.030 0.004 0.004 0.021 0.026 0.043 0.028 0.002 0.001 0.002 0.839 2 T 0.051 0.002 0.004 0.040 0.059 0.079 0.064 0.002 0.001 0.004 0.694 3 S 0.045 0.002 0.005 0.038 0.046 0.061 0.065 0.001 0.001 0.004 0.735 4 C 0.018 0.002 0.002 0.079 0.071 0.102 0.081 0.001 0.001 0.003 0.642 5 V 0.022 0.002 0.001 0.082 0.094 0.152 0.118 0.001 0.001 0.003 0.526 6 A 0.017 0.002 0.001 0.044 0.031 0.058 0.053 0.001 0.001 0.002 0.792 7 E 0.034 0.002 0.001 0.069 0.051 0.098 0.119 0.001 0.001 0.009 0.617 8 E 0.117 0.002 0.001 0.019 0.032 0.040 0.209 0.001 0.001 0.014 0.564 9 P 0.009 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.961 10 I 0.042 0.001 0.002 0.042 0.037 0.073 0.188 0.001 0.001 0.016 0.599 11 K 0.163 0.001 0.004 0.070 0.075 0.062 0.113 0.001 0.001 0.015 0.496 12 K 0.016 0.001 0.005 0.281 0.120 0.151 0.046 0.001 0.001 0.002 0.379 13 I 0.001 0.001 0.001 0.525 0.207 0.232 0.016 0.001 0.001 0.001 0.018 14 A 0.001 0.001 0.001 0.747 0.088 0.110 0.009 0.001 0.001 0.001 0.045 15 I 0.001 0.001 0.001 0.720 0.094 0.166 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 16 F 0.001 0.001 0.001 0.710 0.101 0.148 0.011 0.001 0.001 0.001 0.028 17 G 0.001 0.001 0.001 0.472 0.081 0.151 0.025 0.001 0.001 0.002 0.267 18 G 0.003 0.001 0.001 0.245 0.113 0.268 0.093 0.001 0.001 0.006 0.271 19 T 0.049 0.002 0.002 0.116 0.078 0.131 0.112 0.001 0.001 0.017 0.491 20 H 0.024 0.006 0.002 0.065 0.093 0.127 0.145 0.001 0.001 0.007 0.530 21 G 0.011 0.002 0.001 0.016 0.017 0.035 0.053 0.001 0.001 0.003 0.860 22 N 0.046 0.009 0.001 0.014 0.017 0.028 0.189 0.001 0.001 0.006 0.689 23 E 0.178 0.030 0.002 0.007 0.005 0.009 0.189 0.001 0.001 0.010 0.570 24 L 0.151 0.123 0.007 0.015 0.010 0.016 0.218 0.002 0.001 0.009 0.449 25 T 0.111 0.144 0.007 0.012 0.007 0.017 0.244 0.002 0.001 0.007 0.448 26 G 0.066 0.228 0.004 0.006 0.005 0.009 0.095 0.002 0.001 0.004 0.582 27 V 0.026 0.418 0.002 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.491 28 F 0.006 0.505 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.002 0.001 0.001 0.403 29 L 0.010 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.086 30 V 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 31 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 H 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 W 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.005 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 35 K 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 36 N 0.025 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.018 37 G 0.055 0.888 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.032 38 A 0.035 0.771 0.026 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.144 39 E 0.043 0.566 0.042 0.003 0.003 0.005 0.035 0.037 0.001 0.001 0.267 40 V 0.239 0.570 0.005 0.003 0.003 0.003 0.009 0.016 0.001 0.001 0.152 41 H 0.222 0.547 0.007 0.007 0.007 0.005 0.017 0.030 0.001 0.002 0.156 42 R 0.135 0.283 0.045 0.012 0.013 0.014 0.033 0.017 0.001 0.004 0.443 43 A 0.056 0.067 0.007 0.018 0.024 0.027 0.091 0.023 0.001 0.004 0.683 44 G 0.337 0.009 0.009 0.024 0.009 0.013 0.068 0.028 0.001 0.018 0.484 45 L 0.360 0.003 0.230 0.102 0.031 0.023 0.050 0.004 0.001 0.015 0.183 46 E 0.007 0.001 0.020 0.343 0.112 0.080 0.123 0.001 0.001 0.002 0.312 47 V 0.001 0.001 0.003 0.348 0.085 0.179 0.022 0.001 0.001 0.001 0.360 48 K 0.001 0.001 0.001 0.572 0.166 0.227 0.016 0.001 0.001 0.001 0.019 49 P 0.001 0.001 0.001 0.180 0.034 0.044 0.015 0.001 0.001 0.001 0.725 50 F 0.001 0.001 0.001 0.580 0.104 0.177 0.025 0.001 0.001 0.002 0.111 51 I 0.005 0.001 0.001 0.254 0.089 0.199 0.060 0.001 0.001 0.005 0.388 52 T 0.006 0.001 0.001 0.206 0.096 0.217 0.072 0.001 0.001 0.006 0.395 53 N 0.011 0.001 0.001 0.069 0.115 0.200 0.133 0.001 0.001 0.005 0.464 54 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.955 55 R 0.026 0.003 0.001 0.013 0.034 0.054 0.186 0.001 0.001 0.008 0.675 56 A 0.330 0.021 0.002 0.015 0.026 0.040 0.107 0.001 0.001 0.017 0.441 57 V 0.090 0.161 0.002 0.031 0.079 0.097 0.082 0.002 0.001 0.004 0.453 58 E 0.055 0.140 0.003 0.038 0.105 0.230 0.071 0.002 0.001 0.005 0.351 59 K 0.102 0.211 0.004 0.027 0.087 0.178 0.045 0.005 0.001 0.005 0.337 60 C 0.139 0.184 0.010 0.026 0.107 0.161 0.044 0.011 0.001 0.005 0.311 61 T 0.049 0.067 0.014 0.033 0.153 0.217 0.050 0.008 0.001 0.005 0.404 62 R 0.050 0.029 0.011 0.044 0.086 0.130 0.083 0.008 0.001 0.007 0.552 63 Y 0.092 0.026 0.031 0.073 0.094 0.148 0.092 0.005 0.001 0.009 0.428 64 I 0.051 0.019 0.006 0.098 0.088 0.123 0.145 0.005 0.001 0.007 0.458 65 D 0.071 0.007 0.005 0.032 0.035 0.048 0.114 0.003 0.001 0.009 0.677 66 C 0.103 0.010 0.012 0.081 0.043 0.071 0.161 0.002 0.001 0.016 0.502 67 D 0.040 0.003 0.002 0.023 0.025 0.028 0.445 0.001 0.001 0.011 0.421 68 L 0.031 0.002 0.007 0.016 0.006 0.008 0.062 0.001 0.001 0.008 0.860 69 N 0.019 0.004 0.001 0.023 0.015 0.026 0.522 0.001 0.001 0.013 0.376 70 R 0.269 0.011 0.005 0.017 0.010 0.015 0.239 0.001 0.001 0.046 0.386 71 V 0.142 0.083 0.005 0.037 0.025 0.049 0.225 0.002 0.001 0.014 0.418 72 F 0.098 0.068 0.007 0.063 0.062 0.113 0.158 0.003 0.001 0.012 0.416 73 D 0.069 0.054 0.003 0.022 0.026 0.039 0.061 0.003 0.001 0.004 0.720 74 L 0.082 0.069 0.009 0.023 0.042 0.077 0.071 0.004 0.001 0.007 0.616 75 E 0.084 0.073 0.003 0.020 0.035 0.053 0.212 0.009 0.001 0.007 0.502 76 N 0.169 0.095 0.007 0.025 0.023 0.031 0.121 0.011 0.001 0.014 0.505 77 L 0.124 0.171 0.012 0.021 0.019 0.029 0.194 0.008 0.001 0.014 0.407 78 S 0.178 0.102 0.008 0.015 0.017 0.023 0.261 0.011 0.001 0.022 0.362 79 K 0.133 0.102 0.016 0.013 0.011 0.013 0.096 0.006 0.001 0.007 0.602 80 E 0.076 0.078 0.007 0.014 0.022 0.021 0.219 0.008 0.001 0.014 0.541 81 M 0.234 0.126 0.022 0.017 0.019 0.034 0.192 0.004 0.001 0.019 0.332 82 S 0.097 0.125 0.004 0.025 0.026 0.033 0.122 0.012 0.001 0.005 0.551 83 E 0.191 0.064 0.009 0.013 0.008 0.010 0.070 0.005 0.001 0.009 0.622 84 D 0.221 0.051 0.021 0.013 0.008 0.018 0.131 0.005 0.001 0.013 0.519 85 L 0.136 0.042 0.013 0.030 0.011 0.019 0.162 0.005 0.001 0.005 0.577 86 P 0.012 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.966 87 Y 0.055 0.037 0.004 0.018 0.006 0.019 0.156 0.001 0.001 0.005 0.700 88 E 0.139 0.093 0.001 0.010 0.004 0.008 0.113 0.002 0.001 0.002 0.629 89 V 0.107 0.490 0.001 0.010 0.002 0.005 0.030 0.002 0.001 0.001 0.351 90 R 0.024 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.392 91 R 0.041 0.742 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.005 0.001 0.001 0.171 92 A 0.020 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.035 93 Q 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 94 E 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 95 I 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 96 N 0.009 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 97 H 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 98 L 0.107 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.023 99 F 0.131 0.742 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.030 100 G 0.134 0.413 0.135 0.007 0.005 0.010 0.012 0.076 0.001 0.001 0.207 101 P 0.004 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.972 102 K 0.045 0.007 0.003 0.018 0.005 0.009 0.083 0.004 0.001 0.001 0.825 103 N 0.604 0.011 0.005 0.018 0.005 0.007 0.065 0.005 0.001 0.013 0.268 104 S 0.214 0.038 0.006 0.030 0.006 0.006 0.116 0.004 0.001 0.004 0.576 105 D 0.084 0.009 0.002 0.029 0.007 0.009 0.119 0.002 0.001 0.007 0.732 106 D 0.248 0.007 0.003 0.032 0.011 0.013 0.233 0.002 0.001 0.022 0.431 107 A 0.120 0.004 0.009 0.024 0.016 0.019 0.284 0.002 0.001 0.024 0.499 108 Y 0.074 0.005 0.033 0.167 0.055 0.078 0.149 0.001 0.001 0.017 0.422 109 D 0.020 0.002 0.004 0.267 0.140 0.169 0.145 0.001 0.001 0.006 0.247 110 V 0.007 0.001 0.002 0.431 0.181 0.214 0.030 0.001 0.001 0.002 0.131 111 V 0.002 0.002 0.001 0.395 0.150 0.330 0.038 0.001 0.001 0.001 0.081 112 F 0.003 0.002 0.001 0.521 0.171 0.243 0.016 0.001 0.001 0.001 0.042 113 D 0.006 0.008 0.001 0.364 0.140 0.234 0.074 0.001 0.001 0.003 0.171 114 L 0.018 0.009 0.002 0.283 0.152 0.236 0.062 0.001 0.001 0.009 0.228 115 H 0.021 0.015 0.002 0.147 0.113 0.226 0.282 0.002 0.001 0.017 0.175 116 N 0.098 0.013 0.005 0.036 0.053 0.076 0.258 0.005 0.001 0.040 0.415 117 T 0.148 0.035 0.019 0.029 0.041 0.052 0.268 0.004 0.001 0.025 0.379 118 T 0.071 0.021 0.008 0.021 0.045 0.046 0.281 0.003 0.001 0.023 0.479 119 S 0.078 0.033 0.010 0.023 0.049 0.050 0.257 0.002 0.001 0.016 0.481 120 N 0.119 0.047 0.004 0.021 0.052 0.074 0.208 0.005 0.001 0.022 0.448 121 M 0.202 0.054 0.008 0.030 0.062 0.101 0.165 0.006 0.001 0.026 0.345 122 G 0.131 0.024 0.010 0.045 0.101 0.131 0.166 0.009 0.001 0.020 0.362 123 C 0.061 0.007 0.042 0.081 0.084 0.112 0.066 0.002 0.001 0.008 0.537 124 T 0.006 0.001 0.004 0.094 0.080 0.112 0.060 0.001 0.001 0.002 0.641 125 L 0.014 0.001 0.002 0.135 0.111 0.204 0.068 0.001 0.001 0.004 0.460 126 I 0.025 0.004 0.001 0.190 0.136 0.263 0.083 0.001 0.001 0.005 0.292 127 L 0.021 0.006 0.001 0.177 0.131 0.212 0.067 0.001 0.001 0.005 0.380 128 E 0.022 0.005 0.001 0.138 0.098 0.184 0.093 0.001 0.001 0.005 0.453 129 D 0.030 0.005 0.002 0.059 0.040 0.078 0.114 0.001 0.001 0.007 0.665 130 S 0.066 0.009 0.004 0.042 0.027 0.052 0.205 0.002 0.001 0.014 0.579 131 R 0.124 0.010 0.006 0.019 0.013 0.022 0.307 0.002 0.001 0.020 0.477 132 N 0.137 0.015 0.005 0.011 0.004 0.007 0.236 0.002 0.001 0.013 0.568 133 D 0.046 0.019 0.003 0.003 0.001 0.001 0.210 0.001 0.001 0.006 0.709 134 F 0.018 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.327 0.001 0.001 0.006 0.615 135 L 0.029 0.109 0.001 0.002 0.002 0.005 0.590 0.002 0.001 0.011 0.249 136 I 0.045 0.571 0.001 0.002 0.003 0.004 0.171 0.006 0.001 0.007 0.191 137 Q 0.016 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.067 138 M 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 139 F 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 140 H 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 141 Y 0.018 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.012 142 I 0.025 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.013 143 K 0.039 0.886 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.001 0.001 0.033 144 T 0.085 0.675 0.025 0.004 0.004 0.005 0.007 0.049 0.001 0.001 0.144 145 C 0.197 0.535 0.015 0.020 0.008 0.008 0.013 0.046 0.001 0.001 0.158 146 M 0.280 0.220 0.056 0.022 0.012 0.021 0.041 0.038 0.001 0.006 0.304 147 A 0.105 0.090 0.081 0.107 0.044 0.060 0.067 0.020 0.001 0.003 0.422 148 P 0.009 0.002 0.004 0.012 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.958 149 L 0.082 0.003 0.016 0.104 0.026 0.059 0.087 0.001 0.001 0.006 0.615 150 P 0.010 0.001 0.001 0.014 0.004 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.949 151 C 0.022 0.002 0.001 0.097 0.028 0.061 0.079 0.001 0.001 0.003 0.706 152 S 0.073 0.007 0.001 0.134 0.059 0.117 0.128 0.001 0.001 0.006 0.474 153 V 0.071 0.025 0.001 0.127 0.058 0.082 0.088 0.001 0.001 0.004 0.543 154 Y 0.065 0.040 0.002 0.117 0.085 0.129 0.105 0.001 0.001 0.005 0.451 155 L 0.079 0.043 0.003 0.095 0.082 0.141 0.098 0.002 0.001 0.006 0.451 156 I 0.054 0.049 0.004 0.075 0.069 0.157 0.081 0.003 0.001 0.005 0.503 157 E 0.074 0.031 0.005 0.038 0.046 0.088 0.063 0.006 0.001 0.005 0.642 158 H 0.138 0.027 0.010 0.031 0.045 0.089 0.098 0.004 0.001 0.006 0.552 159 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.975 160 S 0.040 0.005 0.002 0.015 0.013 0.026 0.124 0.001 0.001 0.004 0.770 161 L 0.288 0.016 0.005 0.014 0.011 0.018 0.086 0.001 0.001 0.009 0.554 162 K 0.078 0.080 0.003 0.037 0.027 0.052 0.150 0.002 0.001 0.005 0.566 163 Y 0.076 0.083 0.004 0.039 0.028 0.066 0.113 0.001 0.001 0.006 0.582 164 A 0.053 0.146 0.002 0.025 0.022 0.035 0.093 0.001 0.001 0.004 0.619 165 T 0.058 0.229 0.002 0.016 0.036 0.049 0.152 0.004 0.001 0.006 0.446 166 T 0.096 0.411 0.004 0.026 0.065 0.096 0.088 0.006 0.001 0.006 0.203 167 R 0.041 0.602 0.002 0.021 0.056 0.069 0.049 0.008 0.001 0.004 0.148 168 S 0.175 0.504 0.005 0.007 0.018 0.028 0.038 0.017 0.001 0.005 0.203 169 I 0.266 0.379 0.015 0.007 0.024 0.022 0.045 0.035 0.001 0.006 0.200 170 A 0.262 0.126 0.036 0.018 0.023 0.027 0.090 0.058 0.001 0.018 0.342 171 K 0.121 0.034 0.280 0.023 0.023 0.041 0.078 0.011 0.001 0.012 0.376 172 Y 0.047 0.012 0.020 0.148 0.114 0.115 0.084 0.004 0.001 0.004 0.453 173 P 0.003 0.001 0.003 0.012 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.963 174 V 0.008 0.001 0.001 0.308 0.222 0.258 0.055 0.001 0.001 0.002 0.144 175 G 0.033 0.003 0.001 0.239 0.069 0.119 0.073 0.001 0.001 0.004 0.459 176 I 0.008 0.005 0.001 0.421 0.183 0.258 0.027 0.001 0.001 0.001 0.097 177 E 0.006 0.004 0.001 0.384 0.131 0.249 0.053 0.001 0.001 0.002 0.171 178 V 0.015 0.005 0.001 0.236 0.099 0.205 0.055 0.001 0.001 0.004 0.378 179 G 0.026 0.004 0.003 0.150 0.124 0.205 0.074 0.001 0.001 0.004 0.408 180 P 0.004 0.001 0.002 0.018 0.009 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.935 181 Q 0.013 0.001 0.001 0.060 0.042 0.111 0.124 0.001 0.001 0.003 0.645 182 P 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.974 183 H 0.040 0.007 0.001 0.028 0.014 0.041 0.119 0.001 0.001 0.004 0.747 184 G 0.181 0.008 0.001 0.010 0.005 0.009 0.109 0.001 0.001 0.005 0.671 185 V 0.173 0.051 0.002 0.014 0.004 0.006 0.087 0.001 0.001 0.003 0.659 186 L 0.052 0.087 0.004 0.013 0.008 0.018 0.196 0.001 0.001 0.003 0.618 187 R 0.080 0.224 0.002 0.015 0.007 0.017 0.146 0.002 0.001 0.004 0.502 188 A 0.045 0.500 0.002 0.007 0.003 0.007 0.065 0.002 0.001 0.002 0.367 189 D 0.027 0.510 0.001 0.001 0.001 0.002 0.099 0.003 0.001 0.001 0.356 190 I 0.029 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.111 191 L 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 192 D 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.031 193 Q 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 194 M 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 195 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 196 R 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 197 M 0.014 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 198 L 0.021 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 199 K 0.035 0.904 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.026 200 H 0.075 0.731 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.001 0.001 0.134