# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.054 0.003 0.004 0.011 0.024 0.024 0.880 2 T 0.300 0.047 0.009 0.020 0.035 0.020 0.568 3 S 0.479 0.035 0.010 0.020 0.045 0.020 0.391 4 C 0.490 0.030 0.014 0.015 0.060 0.031 0.360 5 V 0.422 0.057 0.017 0.015 0.067 0.058 0.365 6 A 0.262 0.023 0.027 0.012 0.184 0.145 0.347 7 E 0.111 0.013 0.071 0.013 0.289 0.177 0.326 8 E 0.075 0.009 0.046 0.008 0.415 0.063 0.384 9 P 0.095 0.020 0.064 0.009 0.152 0.154 0.506 10 I 0.145 0.029 0.019 0.002 0.143 0.042 0.620 11 K 0.219 0.005 0.007 0.001 0.160 0.029 0.579 12 K 0.790 0.002 0.004 0.001 0.064 0.010 0.129 13 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 17 G 0.646 0.002 0.002 0.001 0.057 0.024 0.267 18 G 0.239 0.006 0.009 0.002 0.297 0.072 0.376 19 T 0.212 0.037 0.014 0.007 0.264 0.068 0.396 20 H 0.101 0.035 0.013 0.014 0.223 0.057 0.557 21 G 0.021 0.012 0.090 0.098 0.195 0.393 0.192 22 N 0.014 0.011 0.106 0.155 0.147 0.404 0.164 23 E 0.011 0.010 0.069 0.360 0.164 0.148 0.237 24 L 0.009 0.012 0.018 0.682 0.086 0.067 0.125 25 T 0.005 0.006 0.011 0.878 0.022 0.032 0.045 26 G 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.006 0.005 27 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 34 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.016 0.001 35 K 0.001 0.001 0.010 0.871 0.002 0.114 0.003 36 N 0.001 0.001 0.014 0.588 0.007 0.378 0.012 37 G 0.001 0.001 0.023 0.348 0.045 0.482 0.101 38 A 0.004 0.005 0.096 0.175 0.104 0.172 0.443 39 E 0.015 0.005 0.292 0.208 0.115 0.161 0.204 40 V 0.059 0.017 0.272 0.141 0.134 0.220 0.157 41 H 0.063 0.011 0.149 0.096 0.116 0.168 0.398 42 R 0.121 0.009 0.160 0.106 0.127 0.148 0.329 43 A 0.034 0.004 0.054 0.024 0.155 0.651 0.078 44 G 0.088 0.001 0.018 0.001 0.102 0.659 0.132 45 L 0.413 0.006 0.001 0.001 0.037 0.006 0.536 46 E 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 47 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 48 K 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 49 P 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 F 0.933 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.058 51 I 0.773 0.002 0.001 0.001 0.029 0.003 0.192 52 T 0.286 0.016 0.001 0.001 0.180 0.014 0.502 53 N 0.167 0.009 0.001 0.004 0.176 0.013 0.630 54 P 0.051 0.005 0.041 0.306 0.137 0.244 0.216 55 R 0.031 0.005 0.067 0.598 0.086 0.142 0.072 56 A 0.066 0.005 0.100 0.642 0.052 0.070 0.066 57 V 0.161 0.021 0.062 0.624 0.022 0.052 0.059 58 E 0.159 0.009 0.045 0.568 0.037 0.130 0.053 59 K 0.136 0.006 0.045 0.393 0.048 0.297 0.076 60 C 0.196 0.012 0.020 0.246 0.080 0.247 0.200 61 T 0.259 0.016 0.021 0.114 0.151 0.139 0.300 62 R 0.346 0.022 0.024 0.172 0.111 0.130 0.195 63 Y 0.331 0.032 0.023 0.119 0.088 0.107 0.300 64 I 0.220 0.025 0.020 0.140 0.126 0.266 0.204 65 D 0.203 0.008 0.010 0.070 0.150 0.288 0.270 66 C 0.273 0.044 0.008 0.098 0.163 0.032 0.382 67 D 0.286 0.053 0.018 0.104 0.070 0.044 0.426 68 L 0.166 0.024 0.066 0.145 0.095 0.362 0.142 69 N 0.151 0.027 0.089 0.087 0.076 0.246 0.324 70 R 0.135 0.021 0.106 0.130 0.120 0.186 0.302 71 V 0.131 0.042 0.077 0.116 0.114 0.218 0.302 72 F 0.089 0.041 0.041 0.059 0.315 0.067 0.388 73 D 0.071 0.018 0.066 0.074 0.095 0.079 0.596 74 L 0.018 0.012 0.317 0.276 0.054 0.214 0.109 75 E 0.015 0.008 0.309 0.282 0.046 0.244 0.096 76 N 0.017 0.012 0.278 0.243 0.060 0.242 0.148 77 L 0.023 0.018 0.111 0.189 0.097 0.345 0.218 78 S 0.026 0.013 0.099 0.106 0.124 0.249 0.384 79 K 0.031 0.016 0.119 0.091 0.192 0.221 0.329 80 E 0.035 0.031 0.100 0.061 0.149 0.306 0.318 81 M 0.037 0.049 0.064 0.032 0.205 0.189 0.425 82 S 0.030 0.041 0.028 0.013 0.172 0.105 0.611 83 E 0.014 0.017 0.032 0.016 0.295 0.405 0.221 84 D 0.011 0.017 0.043 0.020 0.261 0.339 0.308 85 L 0.013 0.024 0.033 0.024 0.307 0.038 0.562 86 P 0.009 0.019 0.153 0.141 0.085 0.328 0.265 87 Y 0.005 0.022 0.109 0.252 0.089 0.334 0.188 88 E 0.003 0.009 0.029 0.579 0.067 0.072 0.240 89 V 0.002 0.002 0.003 0.859 0.047 0.005 0.081 90 R 0.002 0.001 0.004 0.962 0.003 0.005 0.023 91 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.005 0.004 92 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 95 I 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.008 0.002 96 N 0.001 0.001 0.011 0.976 0.001 0.009 0.001 97 H 0.001 0.001 0.023 0.912 0.001 0.063 0.001 98 L 0.001 0.001 0.022 0.869 0.005 0.087 0.015 99 F 0.002 0.005 0.025 0.630 0.102 0.144 0.092 100 G 0.005 0.007 0.015 0.051 0.274 0.071 0.576 101 P 0.004 0.003 0.181 0.099 0.111 0.403 0.200 102 K 0.005 0.004 0.212 0.067 0.093 0.526 0.093 103 N 0.011 0.008 0.311 0.048 0.081 0.376 0.165 104 S 0.027 0.015 0.119 0.043 0.238 0.213 0.345 105 D 0.035 0.009 0.105 0.040 0.156 0.289 0.366 106 D 0.060 0.011 0.105 0.032 0.292 0.256 0.244 107 A 0.170 0.021 0.038 0.007 0.194 0.116 0.454 108 Y 0.367 0.010 0.006 0.001 0.047 0.014 0.555 109 D 0.551 0.003 0.002 0.001 0.212 0.008 0.223 110 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 111 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 114 L 0.773 0.002 0.002 0.001 0.012 0.011 0.200 115 H 0.370 0.011 0.014 0.006 0.198 0.087 0.314 116 N 0.180 0.017 0.041 0.016 0.258 0.184 0.304 117 T 0.129 0.012 0.038 0.027 0.336 0.218 0.239 118 T 0.106 0.031 0.079 0.054 0.234 0.176 0.319 119 S 0.086 0.013 0.105 0.073 0.210 0.329 0.186 120 N 0.112 0.024 0.113 0.087 0.144 0.237 0.282 121 M 0.092 0.027 0.075 0.069 0.131 0.484 0.123 122 G 0.079 0.009 0.036 0.032 0.145 0.527 0.172 123 C 0.230 0.020 0.016 0.031 0.189 0.027 0.486 124 T 0.450 0.034 0.028 0.046 0.056 0.035 0.351 125 L 0.607 0.029 0.035 0.055 0.055 0.044 0.175 126 I 0.610 0.035 0.033 0.056 0.043 0.040 0.184 127 L 0.520 0.036 0.039 0.076 0.060 0.039 0.230 128 E 0.353 0.022 0.052 0.072 0.118 0.101 0.281 129 D 0.113 0.014 0.108 0.079 0.172 0.257 0.257 130 S 0.047 0.020 0.114 0.091 0.172 0.284 0.272 131 R 0.026 0.015 0.085 0.130 0.200 0.160 0.383 132 N 0.016 0.009 0.070 0.366 0.151 0.100 0.288 133 D 0.005 0.003 0.067 0.675 0.051 0.112 0.087 134 F 0.004 0.006 0.034 0.767 0.033 0.075 0.082 135 L 0.002 0.002 0.011 0.916 0.006 0.022 0.040 136 I 0.001 0.001 0.006 0.977 0.003 0.006 0.007 137 Q 0.001 0.001 0.007 0.977 0.002 0.007 0.007 138 M 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.012 0.004 139 F 0.001 0.001 0.007 0.968 0.002 0.019 0.002 140 H 0.001 0.001 0.010 0.937 0.002 0.042 0.006 141 Y 0.003 0.001 0.014 0.899 0.008 0.050 0.026 142 I 0.005 0.003 0.017 0.877 0.013 0.061 0.024 143 K 0.010 0.004 0.043 0.769 0.030 0.092 0.052 144 T 0.020 0.003 0.073 0.642 0.065 0.115 0.081 145 C 0.025 0.009 0.061 0.483 0.079 0.223 0.120 146 M 0.034 0.024 0.087 0.222 0.109 0.258 0.266 147 A 0.055 0.018 0.034 0.058 0.236 0.199 0.401 148 P 0.053 0.010 0.025 0.036 0.298 0.167 0.411 149 L 0.068 0.013 0.011 0.026 0.311 0.029 0.543 150 P 0.111 0.019 0.025 0.031 0.095 0.058 0.662 151 C 0.331 0.031 0.060 0.058 0.111 0.058 0.351 152 S 0.556 0.024 0.047 0.061 0.052 0.037 0.222 153 V 0.607 0.017 0.063 0.096 0.045 0.038 0.134 154 Y 0.609 0.017 0.055 0.089 0.037 0.057 0.136 155 L 0.483 0.024 0.058 0.068 0.081 0.084 0.202 156 I 0.323 0.024 0.044 0.035 0.165 0.090 0.318 157 E 0.155 0.027 0.040 0.024 0.277 0.120 0.356 158 H 0.048 0.014 0.040 0.020 0.295 0.081 0.502 159 P 0.032 0.010 0.087 0.045 0.166 0.299 0.361 160 S 0.038 0.016 0.114 0.087 0.155 0.328 0.263 161 L 0.067 0.024 0.090 0.164 0.153 0.145 0.356 162 K 0.092 0.017 0.045 0.283 0.120 0.112 0.330 163 Y 0.070 0.009 0.036 0.572 0.088 0.074 0.150 164 A 0.062 0.009 0.028 0.649 0.051 0.054 0.147 165 T 0.067 0.008 0.024 0.738 0.031 0.038 0.094 166 T 0.073 0.007 0.045 0.753 0.027 0.037 0.059 167 R 0.050 0.004 0.078 0.726 0.022 0.075 0.044 168 S 0.029 0.005 0.095 0.559 0.036 0.221 0.055 169 I 0.015 0.003 0.095 0.202 0.055 0.553 0.076 170 A 0.030 0.007 0.045 0.031 0.164 0.467 0.255 171 K 0.072 0.010 0.017 0.003 0.281 0.064 0.554 172 Y 0.150 0.005 0.002 0.001 0.406 0.009 0.428 173 P 0.682 0.004 0.003 0.001 0.044 0.010 0.256 174 V 0.973 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 175 G 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 176 I 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 177 E 0.886 0.008 0.002 0.001 0.010 0.004 0.090 178 V 0.310 0.013 0.007 0.001 0.084 0.025 0.561 179 G 0.087 0.009 0.007 0.001 0.382 0.095 0.418 180 P 0.039 0.027 0.011 0.002 0.487 0.104 0.330 181 Q 0.016 0.010 0.003 0.001 0.511 0.015 0.444 182 P 0.014 0.009 0.018 0.010 0.181 0.122 0.646 183 H 0.019 0.020 0.060 0.049 0.287 0.395 0.170 184 G 0.043 0.011 0.053 0.080 0.348 0.226 0.239 185 V 0.076 0.021 0.042 0.298 0.153 0.060 0.350 186 L 0.098 0.065 0.021 0.287 0.107 0.041 0.381 187 R 0.036 0.012 0.013 0.558 0.040 0.025 0.317 188 A 0.003 0.001 0.013 0.939 0.008 0.013 0.023 189 D 0.004 0.002 0.015 0.945 0.006 0.013 0.016 190 I 0.001 0.001 0.008 0.973 0.002 0.009 0.007 191 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 192 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 195 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.004 0.001 196 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.013 0.001 197 M 0.001 0.001 0.007 0.950 0.002 0.035 0.006 198 L 0.001 0.002 0.018 0.822 0.019 0.118 0.019 199 K 0.004 0.005 0.020 0.580 0.015 0.313 0.062 200 H 0.004 0.001 0.009 0.210 0.055 0.062 0.661