# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.100 0.211 0.420 0.086 0.067 0.050 0.025 0.009 0.023 0.006 0.003 2 T 0.057 0.504 0.257 0.042 0.079 0.020 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 3 S 0.077 0.306 0.476 0.036 0.037 0.043 0.004 0.002 0.016 0.002 0.002 4 C 0.055 0.489 0.226 0.048 0.115 0.030 0.007 0.004 0.023 0.003 0.001 5 V 0.042 0.641 0.151 0.026 0.066 0.017 0.004 0.001 0.049 0.002 0.001 6 A 0.174 0.171 0.341 0.094 0.107 0.035 0.023 0.015 0.012 0.025 0.004 7 E 0.125 0.212 0.184 0.182 0.089 0.054 0.058 0.019 0.061 0.012 0.002 8 E 0.053 0.224 0.492 0.009 0.067 0.020 0.019 0.002 0.104 0.007 0.003 9 P 0.174 0.013 0.549 0.055 0.002 0.047 0.005 0.002 0.003 0.001 0.149 10 I 0.029 0.380 0.411 0.024 0.081 0.023 0.014 0.005 0.030 0.002 0.001 11 K 0.046 0.221 0.627 0.024 0.019 0.042 0.003 0.001 0.012 0.001 0.004 12 K 0.006 0.765 0.142 0.007 0.052 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 13 I 0.001 0.845 0.102 0.001 0.022 0.010 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 14 A 0.001 0.726 0.220 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 15 I 0.003 0.728 0.158 0.001 0.011 0.066 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 16 F 0.007 0.692 0.116 0.008 0.046 0.053 0.003 0.001 0.074 0.001 0.001 17 G 0.031 0.320 0.213 0.042 0.251 0.039 0.046 0.010 0.029 0.018 0.001 18 G 0.040 0.127 0.165 0.049 0.325 0.032 0.088 0.073 0.018 0.082 0.003 19 T 0.081 0.377 0.311 0.076 0.077 0.037 0.009 0.004 0.018 0.008 0.003 20 H 0.058 0.233 0.358 0.030 0.107 0.058 0.035 0.008 0.081 0.028 0.002 21 G 0.616 0.020 0.136 0.078 0.027 0.017 0.015 0.031 0.003 0.049 0.006 22 N 0.351 0.025 0.051 0.368 0.015 0.065 0.067 0.016 0.035 0.004 0.002 23 E 0.652 0.053 0.115 0.105 0.012 0.025 0.017 0.006 0.010 0.003 0.001 24 L 0.887 0.013 0.044 0.030 0.002 0.009 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 25 T 0.969 0.004 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.472 0.001 0.002 0.525 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.245 0.001 0.027 0.065 0.003 0.006 0.258 0.362 0.007 0.026 0.001 38 A 0.302 0.091 0.471 0.055 0.016 0.044 0.006 0.001 0.008 0.005 0.001 39 E 0.658 0.039 0.130 0.109 0.026 0.019 0.008 0.005 0.003 0.003 0.001 40 V 0.405 0.119 0.072 0.308 0.039 0.017 0.009 0.006 0.023 0.002 0.001 41 H 0.350 0.158 0.153 0.122 0.036 0.080 0.054 0.007 0.036 0.004 0.001 42 R 0.301 0.267 0.158 0.140 0.028 0.043 0.018 0.002 0.042 0.002 0.001 43 A 0.213 0.059 0.493 0.171 0.015 0.014 0.025 0.002 0.005 0.003 0.001 44 G 0.017 0.007 0.025 0.103 0.022 0.005 0.190 0.614 0.005 0.011 0.001 45 L 0.003 0.413 0.531 0.005 0.020 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 46 E 0.004 0.704 0.237 0.004 0.014 0.025 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 47 V 0.002 0.743 0.218 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 48 K 0.001 0.657 0.163 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.143 0.001 0.001 49 P 0.008 0.065 0.819 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 50 F 0.054 0.494 0.209 0.024 0.028 0.132 0.004 0.001 0.052 0.001 0.001 51 I 0.037 0.586 0.124 0.029 0.110 0.056 0.010 0.002 0.041 0.004 0.001 52 T 0.041 0.444 0.179 0.056 0.177 0.057 0.010 0.002 0.027 0.006 0.001 53 N 0.016 0.135 0.283 0.006 0.051 0.207 0.016 0.001 0.277 0.007 0.002 54 P 0.923 0.003 0.027 0.020 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 55 R 0.952 0.001 0.007 0.032 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 A 0.959 0.003 0.003 0.021 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 57 V 0.956 0.008 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.947 0.015 0.018 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.574 0.015 0.012 0.384 0.003 0.003 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 60 C 0.243 0.081 0.162 0.186 0.035 0.021 0.181 0.036 0.042 0.011 0.001 61 T 0.307 0.218 0.178 0.107 0.091 0.024 0.031 0.013 0.015 0.015 0.001 62 R 0.299 0.237 0.196 0.127 0.072 0.029 0.012 0.007 0.012 0.008 0.001 63 Y 0.278 0.237 0.178 0.095 0.058 0.053 0.020 0.009 0.058 0.011 0.002 64 I 0.212 0.216 0.123 0.238 0.045 0.050 0.056 0.005 0.051 0.004 0.001 65 D 0.096 0.036 0.068 0.110 0.059 0.043 0.438 0.102 0.017 0.027 0.003 66 C 0.160 0.417 0.218 0.096 0.063 0.022 0.003 0.003 0.015 0.003 0.001 67 D 0.044 0.123 0.294 0.030 0.024 0.225 0.070 0.002 0.184 0.002 0.002 68 L 0.617 0.055 0.074 0.199 0.007 0.024 0.008 0.002 0.009 0.001 0.003 69 N 0.321 0.063 0.102 0.286 0.030 0.052 0.099 0.015 0.025 0.006 0.001 70 R 0.388 0.131 0.112 0.208 0.045 0.023 0.044 0.027 0.014 0.006 0.001 71 V 0.318 0.161 0.172 0.219 0.021 0.039 0.034 0.006 0.027 0.002 0.001 72 F 0.127 0.308 0.337 0.054 0.070 0.038 0.018 0.005 0.038 0.006 0.001 73 D 0.141 0.115 0.496 0.047 0.020 0.118 0.019 0.003 0.033 0.004 0.004 74 L 0.677 0.042 0.077 0.129 0.016 0.018 0.015 0.012 0.008 0.005 0.001 75 E 0.683 0.068 0.064 0.135 0.014 0.008 0.013 0.004 0.008 0.003 0.001 76 N 0.392 0.037 0.097 0.315 0.013 0.042 0.067 0.005 0.029 0.002 0.001 77 L 0.368 0.065 0.134 0.313 0.019 0.025 0.051 0.008 0.013 0.003 0.001 78 S 0.294 0.086 0.199 0.226 0.045 0.033 0.052 0.031 0.015 0.018 0.001 79 K 0.319 0.170 0.284 0.102 0.060 0.015 0.014 0.010 0.015 0.011 0.001 80 E 0.330 0.099 0.297 0.115 0.034 0.046 0.037 0.012 0.022 0.006 0.002 81 M 0.500 0.109 0.173 0.144 0.024 0.019 0.010 0.004 0.014 0.003 0.001 82 S 0.436 0.071 0.128 0.268 0.027 0.031 0.015 0.006 0.013 0.004 0.001 83 E 0.425 0.115 0.197 0.149 0.053 0.015 0.017 0.007 0.013 0.010 0.001 84 D 0.360 0.050 0.233 0.272 0.009 0.038 0.016 0.005 0.012 0.002 0.003 85 L 0.068 0.252 0.427 0.004 0.016 0.017 0.011 0.001 0.202 0.001 0.001 86 P 0.348 0.003 0.586 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 87 Y 0.738 0.026 0.102 0.067 0.014 0.011 0.015 0.018 0.004 0.005 0.001 88 E 0.728 0.053 0.089 0.074 0.022 0.010 0.008 0.007 0.004 0.005 0.001 89 V 0.858 0.047 0.056 0.019 0.006 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 90 R 0.969 0.005 0.014 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.978 0.007 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.933 0.003 0.006 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.484 0.024 0.047 0.427 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 100 G 0.188 0.026 0.143 0.004 0.050 0.002 0.042 0.031 0.035 0.478 0.001 101 P 0.609 0.002 0.237 0.040 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 102 K 0.400 0.056 0.084 0.378 0.016 0.021 0.024 0.010 0.010 0.001 0.001 103 N 0.185 0.085 0.132 0.316 0.031 0.067 0.115 0.018 0.044 0.005 0.001 104 S 0.270 0.199 0.202 0.162 0.046 0.040 0.029 0.010 0.031 0.011 0.001 105 D 0.257 0.079 0.121 0.323 0.019 0.065 0.093 0.014 0.025 0.004 0.001 106 D 0.124 0.177 0.189 0.186 0.138 0.036 0.094 0.017 0.034 0.004 0.001 107 A 0.147 0.222 0.191 0.273 0.060 0.038 0.038 0.011 0.017 0.003 0.001 108 Y 0.009 0.453 0.417 0.004 0.068 0.030 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 109 D 0.330 0.190 0.094 0.337 0.012 0.025 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 110 V 0.001 0.904 0.016 0.001 0.076 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 V 0.001 0.939 0.022 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 112 F 0.002 0.834 0.087 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 113 D 0.010 0.303 0.137 0.004 0.023 0.279 0.013 0.001 0.229 0.001 0.002 114 L 0.155 0.199 0.275 0.139 0.016 0.131 0.005 0.001 0.061 0.001 0.016 115 H 0.112 0.151 0.294 0.139 0.084 0.107 0.067 0.007 0.023 0.011 0.006 116 N 0.147 0.139 0.148 0.198 0.137 0.044 0.082 0.047 0.026 0.031 0.002 117 T 0.206 0.172 0.164 0.213 0.114 0.034 0.038 0.020 0.024 0.013 0.001 118 T 0.258 0.144 0.176 0.203 0.080 0.036 0.031 0.026 0.031 0.015 0.001 119 S 0.439 0.082 0.145 0.183 0.052 0.020 0.032 0.018 0.010 0.019 0.001 120 N 0.220 0.154 0.157 0.219 0.058 0.046 0.084 0.014 0.041 0.005 0.002 121 M 0.301 0.122 0.266 0.227 0.023 0.015 0.027 0.005 0.009 0.003 0.001 122 G 0.097 0.035 0.082 0.123 0.068 0.014 0.234 0.295 0.009 0.044 0.001 123 C 0.061 0.346 0.418 0.039 0.069 0.024 0.009 0.002 0.029 0.003 0.001 124 T 0.154 0.269 0.444 0.045 0.027 0.037 0.006 0.002 0.011 0.002 0.003 125 L 0.136 0.455 0.223 0.057 0.060 0.034 0.007 0.002 0.024 0.002 0.001 126 I 0.102 0.541 0.155 0.051 0.092 0.024 0.005 0.002 0.025 0.001 0.001 127 L 0.113 0.383 0.288 0.061 0.059 0.054 0.008 0.002 0.027 0.003 0.001 128 E 0.157 0.395 0.192 0.066 0.108 0.027 0.010 0.003 0.035 0.008 0.001 129 D 0.283 0.089 0.187 0.174 0.073 0.078 0.054 0.011 0.037 0.011 0.003 130 S 0.394 0.092 0.135 0.229 0.050 0.029 0.028 0.018 0.016 0.008 0.002 131 R 0.318 0.152 0.147 0.268 0.025 0.037 0.017 0.004 0.026 0.005 0.001 132 N 0.259 0.099 0.296 0.097 0.035 0.085 0.049 0.006 0.061 0.012 0.001 133 D 0.766 0.010 0.049 0.085 0.007 0.020 0.042 0.012 0.004 0.004 0.001 134 F 0.901 0.005 0.013 0.059 0.002 0.006 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 135 L 0.959 0.003 0.005 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.989 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 M 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 H 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Y 0.963 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.768 0.010 0.014 0.198 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 143 K 0.701 0.022 0.045 0.042 0.015 0.010 0.118 0.027 0.011 0.009 0.001 144 T 0.740 0.045 0.086 0.097 0.017 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 145 C 0.604 0.070 0.063 0.206 0.025 0.009 0.010 0.005 0.006 0.002 0.001 146 M 0.369 0.149 0.172 0.179 0.028 0.029 0.022 0.004 0.044 0.003 0.001 147 A 0.161 0.195 0.491 0.006 0.053 0.013 0.016 0.002 0.050 0.012 0.001 148 P 0.344 0.005 0.369 0.092 0.001 0.052 0.002 0.001 0.002 0.001 0.132 149 L 0.029 0.355 0.433 0.004 0.042 0.023 0.011 0.001 0.102 0.001 0.001 150 P 0.176 0.020 0.650 0.018 0.001 0.090 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 151 C 0.215 0.322 0.202 0.073 0.109 0.021 0.017 0.010 0.025 0.004 0.001 152 S 0.284 0.278 0.220 0.063 0.089 0.031 0.008 0.007 0.012 0.007 0.002 153 V 0.133 0.547 0.114 0.076 0.071 0.021 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 154 Y 0.137 0.348 0.294 0.052 0.056 0.058 0.015 0.002 0.035 0.002 0.001 155 L 0.157 0.394 0.191 0.080 0.053 0.060 0.013 0.003 0.047 0.002 0.001 156 I 0.178 0.309 0.261 0.065 0.059 0.052 0.028 0.004 0.039 0.004 0.002 157 E 0.186 0.234 0.348 0.088 0.036 0.062 0.011 0.004 0.024 0.004 0.003 158 H 0.073 0.228 0.370 0.015 0.056 0.032 0.038 0.003 0.177 0.008 0.001 159 P 0.480 0.009 0.391 0.054 0.004 0.015 0.003 0.002 0.001 0.003 0.038 160 S 0.286 0.086 0.109 0.259 0.091 0.019 0.036 0.080 0.015 0.017 0.001 161 L 0.204 0.210 0.334 0.109 0.053 0.035 0.021 0.007 0.020 0.005 0.001 162 K 0.371 0.249 0.174 0.100 0.033 0.027 0.017 0.005 0.020 0.003 0.001 163 Y 0.473 0.185 0.137 0.073 0.059 0.021 0.019 0.008 0.016 0.006 0.001 164 A 0.639 0.116 0.111 0.052 0.026 0.024 0.014 0.004 0.010 0.002 0.001 165 T 0.638 0.164 0.080 0.058 0.033 0.014 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 166 T 0.715 0.116 0.057 0.056 0.023 0.016 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 167 R 0.683 0.140 0.043 0.087 0.023 0.009 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 168 S 0.596 0.129 0.076 0.089 0.043 0.017 0.027 0.005 0.016 0.003 0.001 169 I 0.258 0.099 0.073 0.494 0.022 0.009 0.026 0.003 0.013 0.001 0.001 170 A 0.078 0.056 0.122 0.078 0.073 0.027 0.390 0.128 0.020 0.028 0.001 171 K 0.065 0.473 0.294 0.058 0.057 0.022 0.010 0.002 0.014 0.004 0.001 172 Y 0.017 0.242 0.574 0.004 0.018 0.032 0.009 0.001 0.102 0.001 0.001 173 P 0.109 0.042 0.772 0.009 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 174 V 0.043 0.680 0.089 0.039 0.096 0.019 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 175 G 0.031 0.493 0.205 0.011 0.223 0.012 0.002 0.003 0.009 0.010 0.001 176 I 0.016 0.800 0.074 0.007 0.066 0.013 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 177 E 0.038 0.271 0.559 0.009 0.017 0.081 0.004 0.001 0.016 0.001 0.002 178 V 0.088 0.448 0.190 0.141 0.055 0.028 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 179 G 0.020 0.029 0.121 0.002 0.258 0.002 0.015 0.025 0.006 0.521 0.001 180 P 0.241 0.015 0.352 0.191 0.004 0.028 0.002 0.001 0.002 0.002 0.161 181 Q 0.036 0.353 0.383 0.003 0.074 0.013 0.020 0.002 0.108 0.008 0.001 182 P 0.197 0.010 0.555 0.022 0.001 0.097 0.001 0.001 0.005 0.001 0.113 183 H 0.247 0.080 0.270 0.241 0.028 0.017 0.077 0.019 0.015 0.005 0.001 184 G 0.103 0.014 0.061 0.043 0.069 0.009 0.126 0.468 0.002 0.105 0.001 185 V 0.464 0.212 0.174 0.086 0.020 0.024 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 186 L 0.360 0.163 0.282 0.060 0.015 0.073 0.011 0.002 0.029 0.004 0.001 187 R 0.793 0.056 0.080 0.027 0.007 0.020 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 188 A 0.964 0.003 0.015 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 D 0.940 0.004 0.007 0.032 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 190 I 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 M 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 R 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 M 0.962 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 L 0.853 0.007 0.018 0.112 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 199 K 0.583 0.031 0.073 0.247 0.006 0.014 0.029 0.008 0.007 0.002 0.001 200 H 0.334 0.109 0.291 0.122 0.032 0.024 0.042 0.014 0.019 0.013 0.001