# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.153 0.111 0.050 0.015 0.198 0.019 0.046 0.075 0.086 0.147 0.101 2 T 0.107 0.297 0.106 0.006 0.343 0.004 0.013 0.029 0.031 0.033 0.030 3 S 0.209 0.184 0.037 0.002 0.429 0.005 0.021 0.033 0.024 0.021 0.035 4 C 0.199 0.184 0.049 0.009 0.350 0.009 0.020 0.034 0.032 0.049 0.064 5 V 0.159 0.241 0.100 0.016 0.331 0.011 0.012 0.040 0.025 0.029 0.036 6 A 0.088 0.165 0.085 0.043 0.171 0.033 0.046 0.184 0.102 0.056 0.026 7 E 0.047 0.095 0.112 0.113 0.061 0.050 0.046 0.118 0.118 0.195 0.045 8 E 0.033 0.331 0.301 0.048 0.130 0.014 0.033 0.075 0.018 0.008 0.009 9 P 0.099 0.148 0.102 0.012 0.147 0.017 0.045 0.110 0.131 0.133 0.056 10 I 0.055 0.443 0.203 0.005 0.245 0.004 0.013 0.011 0.005 0.006 0.010 11 K 0.254 0.145 0.019 0.004 0.471 0.009 0.018 0.010 0.005 0.016 0.049 12 K 0.155 0.110 0.009 0.003 0.695 0.005 0.010 0.002 0.001 0.002 0.008 13 I 0.148 0.047 0.001 0.001 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 A 0.161 0.029 0.001 0.001 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 15 I 0.355 0.027 0.002 0.001 0.516 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.090 16 F 0.348 0.039 0.010 0.009 0.293 0.006 0.013 0.003 0.003 0.052 0.224 17 G 0.059 0.169 0.097 0.132 0.132 0.095 0.059 0.042 0.045 0.105 0.065 18 G 0.095 0.131 0.116 0.050 0.134 0.031 0.026 0.039 0.067 0.219 0.094 19 T 0.102 0.186 0.115 0.061 0.144 0.038 0.059 0.053 0.071 0.105 0.066 20 H 0.030 0.288 0.230 0.115 0.094 0.038 0.030 0.049 0.050 0.054 0.022 21 G 0.009 0.067 0.053 0.065 0.023 0.100 0.105 0.231 0.273 0.058 0.014 22 N 0.028 0.019 0.015 0.017 0.021 0.020 0.045 0.150 0.151 0.418 0.116 23 E 0.045 0.080 0.024 0.013 0.075 0.017 0.066 0.314 0.196 0.149 0.023 24 L 0.017 0.103 0.079 0.020 0.039 0.044 0.050 0.444 0.115 0.071 0.018 25 T 0.005 0.024 0.024 0.009 0.008 0.005 0.021 0.711 0.156 0.029 0.006 26 G 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.866 0.109 0.011 0.001 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.060 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.904 0.087 0.002 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.879 0.070 0.006 0.001 36 N 0.003 0.124 0.120 0.015 0.016 0.021 0.116 0.473 0.067 0.043 0.002 37 G 0.025 0.008 0.006 0.009 0.008 0.007 0.029 0.330 0.113 0.373 0.092 38 A 0.030 0.088 0.016 0.014 0.051 0.027 0.057 0.396 0.218 0.078 0.025 39 E 0.029 0.042 0.015 0.018 0.058 0.031 0.092 0.446 0.201 0.044 0.024 40 V 0.049 0.128 0.051 0.017 0.137 0.018 0.051 0.249 0.175 0.104 0.021 41 H 0.219 0.055 0.018 0.005 0.118 0.007 0.040 0.151 0.108 0.181 0.097 42 R 0.175 0.102 0.065 0.033 0.139 0.022 0.014 0.074 0.103 0.152 0.121 43 A 0.001 0.023 0.036 0.094 0.005 0.178 0.409 0.183 0.060 0.010 0.002 44 G 0.067 0.015 0.016 0.011 0.027 0.007 0.012 0.018 0.066 0.557 0.204 45 L 0.098 0.401 0.013 0.001 0.454 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.018 46 E 0.289 0.064 0.005 0.001 0.596 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 0.028 47 V 0.288 0.052 0.002 0.001 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 K 0.088 0.176 0.007 0.004 0.715 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 P 0.542 0.011 0.002 0.001 0.355 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.085 50 F 0.108 0.041 0.010 0.040 0.259 0.205 0.237 0.030 0.008 0.023 0.039 51 I 0.249 0.111 0.006 0.001 0.575 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.047 52 T 0.167 0.131 0.055 0.027 0.339 0.020 0.009 0.013 0.009 0.090 0.139 53 N 0.420 0.038 0.015 0.004 0.435 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.070 54 P 0.020 0.138 0.028 0.006 0.074 0.007 0.012 0.414 0.270 0.024 0.008 55 R 0.006 0.008 0.003 0.002 0.008 0.005 0.030 0.581 0.207 0.143 0.008 56 A 0.010 0.026 0.011 0.009 0.020 0.012 0.032 0.736 0.105 0.035 0.003 57 V 0.021 0.032 0.007 0.004 0.053 0.009 0.021 0.669 0.130 0.045 0.008 58 E 0.039 0.027 0.009 0.007 0.052 0.019 0.071 0.623 0.105 0.029 0.019 59 K 0.036 0.047 0.019 0.019 0.070 0.042 0.140 0.356 0.096 0.144 0.032 60 C 0.133 0.133 0.050 0.020 0.215 0.020 0.052 0.106 0.062 0.144 0.066 61 T 0.133 0.164 0.036 0.020 0.196 0.023 0.034 0.131 0.089 0.113 0.060 62 R 0.161 0.112 0.050 0.031 0.191 0.021 0.068 0.121 0.080 0.098 0.068 63 Y 0.113 0.111 0.039 0.046 0.195 0.072 0.106 0.123 0.069 0.076 0.051 64 I 0.076 0.207 0.076 0.056 0.194 0.038 0.052 0.095 0.076 0.091 0.039 65 D 0.233 0.068 0.054 0.022 0.208 0.016 0.016 0.057 0.048 0.160 0.118 66 C 0.061 0.330 0.116 0.025 0.218 0.013 0.021 0.089 0.050 0.049 0.026 67 D 0.293 0.117 0.031 0.003 0.407 0.002 0.011 0.046 0.016 0.012 0.061 68 L 0.036 0.080 0.022 0.007 0.065 0.012 0.019 0.318 0.335 0.085 0.020 69 N 0.084 0.078 0.030 0.012 0.133 0.012 0.039 0.262 0.178 0.132 0.041 70 R 0.051 0.093 0.031 0.007 0.089 0.013 0.050 0.402 0.181 0.064 0.020 71 V 0.108 0.102 0.029 0.005 0.162 0.009 0.062 0.172 0.099 0.192 0.060 72 F 0.104 0.302 0.133 0.013 0.238 0.009 0.013 0.050 0.033 0.054 0.051 73 D 0.195 0.185 0.085 0.011 0.304 0.009 0.017 0.058 0.028 0.034 0.074 74 L 0.040 0.060 0.024 0.006 0.059 0.007 0.017 0.292 0.333 0.137 0.025 75 E 0.021 0.073 0.057 0.024 0.049 0.036 0.111 0.392 0.164 0.058 0.015 76 N 0.075 0.057 0.025 0.018 0.083 0.014 0.042 0.240 0.130 0.257 0.060 77 L 0.066 0.130 0.046 0.015 0.128 0.019 0.042 0.190 0.140 0.172 0.051 78 S 0.046 0.088 0.075 0.032 0.074 0.022 0.028 0.170 0.170 0.250 0.045 79 K 0.045 0.192 0.133 0.027 0.124 0.023 0.066 0.191 0.114 0.066 0.019 80 E 0.067 0.145 0.087 0.023 0.116 0.019 0.043 0.166 0.107 0.172 0.056 81 M 0.103 0.127 0.053 0.021 0.149 0.023 0.056 0.177 0.107 0.122 0.062 82 S 0.049 0.212 0.141 0.049 0.131 0.028 0.038 0.137 0.094 0.090 0.030 83 E 0.028 0.139 0.125 0.052 0.079 0.034 0.043 0.205 0.148 0.125 0.022 84 D 0.067 0.109 0.069 0.015 0.121 0.019 0.083 0.148 0.140 0.178 0.052 85 L 0.044 0.442 0.220 0.007 0.157 0.002 0.008 0.068 0.025 0.012 0.016 86 P 0.027 0.146 0.035 0.003 0.073 0.005 0.021 0.408 0.235 0.029 0.018 87 Y 0.016 0.047 0.010 0.002 0.029 0.006 0.028 0.505 0.296 0.051 0.012 88 E 0.026 0.049 0.012 0.002 0.030 0.003 0.011 0.512 0.154 0.180 0.019 89 V 0.012 0.033 0.008 0.001 0.029 0.001 0.005 0.761 0.116 0.025 0.007 90 R 0.003 0.011 0.004 0.001 0.006 0.004 0.013 0.882 0.069 0.005 0.002 91 R 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.891 0.060 0.032 0.003 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.061 0.005 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.951 0.037 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.040 0.008 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.828 0.141 0.021 0.001 96 N 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 0.726 0.234 0.007 0.001 97 H 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.114 0.706 0.138 0.025 0.002 98 L 0.003 0.004 0.004 0.008 0.004 0.048 0.376 0.354 0.097 0.097 0.004 99 F 0.090 0.093 0.025 0.019 0.071 0.014 0.048 0.146 0.100 0.281 0.113 100 G 0.022 0.112 0.176 0.189 0.051 0.090 0.037 0.114 0.091 0.098 0.020 101 P 0.030 0.131 0.106 0.027 0.093 0.026 0.062 0.275 0.155 0.078 0.017 102 K 0.035 0.072 0.029 0.012 0.062 0.024 0.097 0.287 0.204 0.144 0.034 103 N 0.076 0.067 0.034 0.022 0.092 0.024 0.058 0.120 0.119 0.310 0.078 104 S 0.055 0.132 0.076 0.031 0.122 0.023 0.043 0.159 0.185 0.134 0.041 105 D 0.051 0.057 0.021 0.019 0.056 0.031 0.078 0.196 0.235 0.208 0.047 106 D 0.070 0.138 0.082 0.021 0.144 0.011 0.046 0.069 0.142 0.235 0.042 107 A 0.146 0.232 0.061 0.012 0.314 0.016 0.029 0.039 0.032 0.068 0.050 108 Y 0.340 0.093 0.014 0.003 0.467 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.063 109 D 0.221 0.051 0.008 0.025 0.454 0.078 0.108 0.014 0.006 0.008 0.026 110 V 0.236 0.054 0.003 0.001 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 111 V 0.257 0.023 0.001 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 112 F 0.231 0.080 0.009 0.004 0.594 0.005 0.003 0.003 0.001 0.008 0.063 113 D 0.422 0.041 0.006 0.001 0.389 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.128 114 L 0.115 0.111 0.034 0.035 0.127 0.048 0.031 0.071 0.103 0.229 0.097 115 H 0.058 0.135 0.127 0.125 0.137 0.082 0.071 0.071 0.067 0.092 0.034 116 N 0.109 0.073 0.043 0.047 0.128 0.036 0.075 0.108 0.101 0.204 0.076 117 T 0.074 0.107 0.091 0.043 0.113 0.030 0.044 0.132 0.123 0.178 0.065 118 T 0.054 0.093 0.045 0.028 0.112 0.034 0.047 0.217 0.207 0.128 0.037 119 S 0.041 0.087 0.063 0.039 0.053 0.042 0.101 0.252 0.184 0.101 0.037 120 N 0.079 0.067 0.050 0.041 0.091 0.034 0.082 0.231 0.117 0.145 0.065 121 M 0.051 0.194 0.079 0.049 0.126 0.055 0.102 0.139 0.094 0.081 0.030 122 G 0.082 0.051 0.059 0.064 0.048 0.025 0.016 0.041 0.055 0.416 0.141 123 C 0.083 0.327 0.143 0.023 0.249 0.010 0.012 0.070 0.035 0.032 0.017 124 T 0.241 0.145 0.029 0.006 0.352 0.008 0.026 0.071 0.039 0.029 0.053 125 L 0.218 0.162 0.038 0.009 0.351 0.015 0.029 0.063 0.040 0.031 0.045 126 I 0.190 0.173 0.048 0.010 0.389 0.011 0.021 0.070 0.023 0.027 0.038 127 L 0.200 0.161 0.062 0.028 0.230 0.019 0.025 0.083 0.042 0.081 0.071 128 E 0.057 0.243 0.118 0.054 0.174 0.051 0.063 0.105 0.059 0.050 0.026 129 D 0.084 0.129 0.078 0.021 0.153 0.018 0.041 0.167 0.124 0.121 0.063 130 S 0.050 0.100 0.052 0.014 0.086 0.018 0.059 0.267 0.170 0.150 0.036 131 R 0.038 0.204 0.107 0.037 0.092 0.035 0.073 0.188 0.087 0.113 0.026 132 N 0.063 0.152 0.114 0.035 0.135 0.019 0.035 0.194 0.080 0.103 0.069 133 D 0.021 0.077 0.040 0.006 0.055 0.010 0.025 0.529 0.164 0.053 0.021 134 F 0.014 0.030 0.013 0.002 0.017 0.002 0.008 0.676 0.146 0.081 0.011 135 L 0.004 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.004 0.844 0.097 0.025 0.002 136 I 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.889 0.087 0.005 0.001 137 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.914 0.056 0.011 0.001 138 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.889 0.078 0.021 0.001 139 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.864 0.110 0.009 0.001 140 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.877 0.085 0.008 0.001 141 Y 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.044 0.826 0.088 0.027 0.001 142 I 0.018 0.028 0.007 0.003 0.026 0.005 0.021 0.647 0.168 0.066 0.012 143 K 0.024 0.024 0.008 0.006 0.032 0.009 0.032 0.461 0.265 0.121 0.018 144 T 0.032 0.109 0.057 0.012 0.090 0.030 0.115 0.377 0.125 0.044 0.010 145 C 0.057 0.049 0.027 0.023 0.079 0.024 0.134 0.291 0.110 0.152 0.054 146 M 0.119 0.106 0.048 0.027 0.129 0.026 0.056 0.116 0.099 0.199 0.075 147 A 0.028 0.338 0.228 0.051 0.146 0.027 0.038 0.089 0.030 0.015 0.011 148 P 0.089 0.138 0.102 0.023 0.134 0.021 0.033 0.096 0.103 0.193 0.067 149 L 0.027 0.423 0.311 0.016 0.141 0.006 0.019 0.031 0.011 0.007 0.007 150 P 0.102 0.296 0.088 0.013 0.231 0.014 0.035 0.090 0.039 0.044 0.049 151 C 0.116 0.170 0.051 0.014 0.221 0.018 0.028 0.109 0.132 0.091 0.050 152 S 0.138 0.116 0.037 0.015 0.245 0.024 0.040 0.148 0.104 0.081 0.053 153 V 0.148 0.157 0.039 0.012 0.281 0.015 0.040 0.130 0.072 0.066 0.038 154 Y 0.191 0.116 0.031 0.011 0.276 0.011 0.030 0.107 0.057 0.093 0.076 155 L 0.164 0.125 0.032 0.012 0.233 0.022 0.043 0.124 0.084 0.088 0.074 156 I 0.102 0.173 0.068 0.027 0.191 0.024 0.042 0.137 0.093 0.099 0.044 157 E 0.090 0.173 0.128 0.045 0.147 0.028 0.053 0.104 0.064 0.119 0.047 158 H 0.078 0.249 0.194 0.051 0.182 0.020 0.033 0.091 0.043 0.029 0.030 159 P 0.028 0.110 0.050 0.026 0.068 0.049 0.118 0.332 0.160 0.042 0.019 160 S 0.047 0.081 0.041 0.019 0.064 0.022 0.038 0.140 0.140 0.343 0.065 161 L 0.110 0.170 0.066 0.013 0.189 0.010 0.016 0.172 0.099 0.103 0.052 162 K 0.051 0.114 0.032 0.010 0.102 0.025 0.053 0.454 0.093 0.043 0.022 163 Y 0.080 0.076 0.025 0.015 0.120 0.010 0.018 0.350 0.107 0.143 0.056 164 A 0.097 0.069 0.027 0.008 0.144 0.011 0.019 0.496 0.068 0.034 0.027 165 T 0.057 0.051 0.025 0.006 0.067 0.005 0.009 0.621 0.080 0.061 0.018 166 T 0.048 0.020 0.005 0.004 0.051 0.007 0.018 0.659 0.124 0.049 0.016 167 R 0.030 0.034 0.009 0.007 0.044 0.019 0.057 0.601 0.157 0.029 0.011 168 S 0.052 0.036 0.016 0.008 0.079 0.011 0.087 0.503 0.112 0.077 0.019 169 I 0.091 0.170 0.050 0.027 0.175 0.029 0.045 0.154 0.091 0.130 0.038 170 A 0.102 0.091 0.082 0.082 0.106 0.040 0.037 0.117 0.092 0.187 0.065 171 K 0.106 0.204 0.083 0.018 0.212 0.023 0.065 0.101 0.064 0.085 0.038 172 Y 0.117 0.323 0.120 0.014 0.344 0.005 0.011 0.016 0.008 0.014 0.029 173 P 0.285 0.139 0.019 0.005 0.438 0.008 0.014 0.014 0.012 0.015 0.050 174 V 0.204 0.143 0.022 0.007 0.558 0.006 0.008 0.007 0.008 0.012 0.026 175 G 0.298 0.085 0.012 0.004 0.550 0.003 0.005 0.005 0.003 0.006 0.029 176 I 0.204 0.148 0.012 0.005 0.552 0.010 0.010 0.012 0.006 0.012 0.030 177 E 0.395 0.060 0.016 0.003 0.410 0.003 0.008 0.007 0.003 0.015 0.081 178 V 0.125 0.091 0.044 0.113 0.121 0.087 0.077 0.060 0.046 0.136 0.100 179 G 0.012 0.139 0.273 0.381 0.050 0.053 0.012 0.020 0.017 0.033 0.009 180 P 0.071 0.128 0.108 0.060 0.119 0.040 0.045 0.107 0.098 0.174 0.050 181 Q 0.015 0.241 0.437 0.082 0.057 0.030 0.055 0.051 0.016 0.009 0.006 182 P 0.056 0.194 0.160 0.072 0.105 0.061 0.069 0.146 0.054 0.041 0.042 183 H 0.023 0.158 0.071 0.070 0.049 0.085 0.118 0.170 0.130 0.101 0.025 184 G 0.020 0.049 0.057 0.077 0.030 0.034 0.017 0.088 0.090 0.449 0.088 185 V 0.055 0.152 0.040 0.006 0.133 0.011 0.042 0.334 0.134 0.071 0.022 186 L 0.072 0.206 0.088 0.010 0.107 0.008 0.022 0.289 0.079 0.071 0.048 187 R 0.031 0.183 0.075 0.014 0.069 0.006 0.010 0.475 0.081 0.040 0.016 188 A 0.005 0.019 0.006 0.002 0.012 0.009 0.013 0.790 0.129 0.010 0.004 189 D 0.002 0.010 0.007 0.002 0.003 0.003 0.010 0.879 0.060 0.021 0.003 190 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.914 0.055 0.024 0.001 191 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.047 0.002 0.001 192 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.002 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.961 0.030 0.003 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.914 0.062 0.011 0.001 198 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.796 0.155 0.022 0.002 199 K 0.003 0.007 0.003 0.003 0.005 0.010 0.089 0.668 0.159 0.049 0.003 200 H 0.025 0.096 0.043 0.010 0.078 0.018 0.109 0.391 0.113 0.099 0.018