# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 976 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.736 0.184 0.053 0.020 0.006 0.002 0.001 2 T 0.438 0.244 0.174 0.100 0.036 0.007 0.001 3 S 0.399 0.305 0.170 0.091 0.029 0.006 0.001 4 C 0.105 0.142 0.200 0.273 0.215 0.062 0.003 5 V 0.265 0.319 0.235 0.125 0.044 0.010 0.001 6 A 0.264 0.306 0.230 0.142 0.050 0.008 0.001 7 E 0.645 0.222 0.087 0.035 0.009 0.001 0.001 8 E 0.616 0.262 0.091 0.026 0.005 0.001 0.001 9 P 0.547 0.314 0.104 0.030 0.005 0.001 0.001 10 I 0.060 0.264 0.315 0.266 0.085 0.010 0.001 11 K 0.004 0.058 0.207 0.362 0.295 0.070 0.003 12 K 0.002 0.019 0.098 0.333 0.400 0.137 0.012 13 I 0.001 0.001 0.002 0.015 0.106 0.604 0.273 14 A 0.001 0.001 0.003 0.013 0.079 0.390 0.514 15 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.172 0.805 16 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.169 0.795 17 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.178 0.796 18 G 0.001 0.003 0.009 0.039 0.093 0.244 0.612 19 T 0.006 0.013 0.026 0.052 0.093 0.261 0.549 20 H 0.012 0.022 0.032 0.059 0.106 0.291 0.479 21 G 0.012 0.018 0.034 0.077 0.145 0.314 0.400 22 N 0.022 0.044 0.055 0.104 0.170 0.280 0.326 23 E 0.015 0.025 0.041 0.088 0.156 0.318 0.357 24 L 0.015 0.030 0.051 0.089 0.150 0.309 0.356 25 T 0.012 0.033 0.061 0.099 0.132 0.274 0.389 26 G 0.004 0.007 0.011 0.030 0.083 0.295 0.570 27 V 0.004 0.016 0.035 0.107 0.226 0.346 0.266 28 F 0.004 0.017 0.048 0.113 0.217 0.341 0.260 29 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.072 0.355 0.543 30 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.039 0.345 0.606 31 T 0.001 0.005 0.034 0.175 0.331 0.351 0.104 32 H 0.001 0.009 0.050 0.203 0.355 0.322 0.061 33 W 0.001 0.002 0.002 0.007 0.056 0.525 0.407 34 L 0.001 0.003 0.013 0.073 0.285 0.548 0.076 35 K 0.012 0.108 0.288 0.328 0.202 0.055 0.007 36 N 0.017 0.089 0.214 0.371 0.241 0.062 0.006 37 G 0.006 0.020 0.051 0.174 0.367 0.342 0.039 38 A 0.041 0.129 0.207 0.293 0.234 0.091 0.005 39 E 0.433 0.380 0.132 0.043 0.010 0.002 0.001 40 V 0.317 0.355 0.191 0.101 0.029 0.006 0.001 41 H 0.211 0.283 0.234 0.172 0.076 0.022 0.002 42 R 0.120 0.227 0.268 0.228 0.126 0.028 0.002 43 A 0.379 0.324 0.174 0.086 0.030 0.006 0.001 44 G 0.194 0.362 0.228 0.142 0.055 0.017 0.002 45 L 0.009 0.050 0.136 0.301 0.342 0.152 0.010 46 E 0.004 0.035 0.132 0.306 0.313 0.172 0.037 47 V 0.001 0.001 0.003 0.015 0.100 0.505 0.376 48 K 0.001 0.002 0.010 0.064 0.239 0.430 0.255 49 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.254 0.702 50 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.163 0.813 51 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.037 0.194 0.753 52 T 0.001 0.002 0.004 0.016 0.059 0.250 0.668 53 N 0.002 0.005 0.012 0.039 0.108 0.358 0.477 54 P 0.005 0.016 0.028 0.077 0.186 0.402 0.286 55 R 0.035 0.096 0.139 0.221 0.226 0.187 0.095 56 A 0.034 0.058 0.085 0.137 0.216 0.313 0.156 57 V 0.048 0.058 0.089 0.166 0.243 0.280 0.116 58 E 0.120 0.220 0.232 0.201 0.129 0.077 0.022 59 K 0.179 0.204 0.188 0.184 0.136 0.082 0.027 60 C 0.147 0.159 0.162 0.173 0.169 0.142 0.048 61 T 0.227 0.197 0.166 0.154 0.123 0.099 0.033 62 R 0.139 0.156 0.165 0.211 0.183 0.113 0.033 63 Y 0.176 0.155 0.166 0.195 0.171 0.103 0.035 64 I 0.197 0.244 0.214 0.180 0.100 0.050 0.015 65 D 0.279 0.297 0.194 0.125 0.064 0.028 0.013 66 C 0.057 0.099 0.159 0.232 0.241 0.160 0.053 67 D 0.031 0.097 0.171 0.223 0.219 0.185 0.074 68 L 0.003 0.008 0.017 0.053 0.169 0.450 0.299 69 N 0.002 0.017 0.060 0.156 0.253 0.331 0.182 70 R 0.001 0.004 0.013 0.049 0.181 0.507 0.245 71 V 0.003 0.029 0.095 0.212 0.300 0.274 0.087 72 F 0.001 0.008 0.032 0.123 0.321 0.421 0.093 73 D 0.047 0.191 0.281 0.244 0.147 0.073 0.017 74 L 0.077 0.167 0.243 0.276 0.174 0.058 0.005 75 E 0.272 0.255 0.213 0.150 0.077 0.030 0.003 76 N 0.408 0.231 0.151 0.118 0.067 0.023 0.002 77 L 0.419 0.223 0.166 0.117 0.057 0.016 0.001 78 S 0.647 0.207 0.087 0.042 0.014 0.004 0.001 79 K 0.672 0.184 0.080 0.044 0.016 0.004 0.001 80 E 0.635 0.215 0.086 0.042 0.018 0.005 0.001 81 M 0.415 0.213 0.165 0.133 0.060 0.013 0.001 82 S 0.436 0.248 0.159 0.102 0.044 0.011 0.001 83 E 0.503 0.246 0.129 0.078 0.033 0.009 0.001 84 D 0.463 0.242 0.136 0.096 0.047 0.014 0.002 85 L 0.221 0.261 0.226 0.175 0.082 0.031 0.004 86 P 0.355 0.221 0.138 0.126 0.093 0.055 0.013 87 Y 0.110 0.166 0.212 0.227 0.175 0.087 0.022 88 E 0.145 0.210 0.208 0.192 0.134 0.085 0.026 89 V 0.104 0.232 0.267 0.225 0.117 0.050 0.006 90 R 0.074 0.199 0.244 0.221 0.176 0.075 0.011 91 R 0.012 0.044 0.097 0.189 0.281 0.311 0.067 92 A 0.004 0.010 0.024 0.120 0.317 0.443 0.080 93 Q 0.035 0.231 0.357 0.264 0.086 0.025 0.003 94 E 0.018 0.084 0.238 0.359 0.223 0.072 0.005 95 I 0.002 0.003 0.007 0.031 0.197 0.624 0.136 96 N 0.009 0.050 0.196 0.393 0.284 0.065 0.003 97 H 0.076 0.399 0.308 0.148 0.055 0.014 0.001 98 L 0.012 0.058 0.198 0.385 0.274 0.071 0.004 99 F 0.012 0.033 0.087 0.260 0.384 0.212 0.012 100 G 0.155 0.354 0.274 0.153 0.054 0.009 0.001 101 P 0.519 0.348 0.098 0.028 0.006 0.001 0.001 102 K 0.428 0.329 0.150 0.070 0.019 0.004 0.001 103 N 0.505 0.256 0.136 0.077 0.023 0.003 0.001 104 S 0.673 0.232 0.074 0.018 0.003 0.001 0.001 105 D 0.734 0.209 0.046 0.011 0.001 0.001 0.001 106 D 0.198 0.366 0.283 0.131 0.022 0.001 0.001 107 A 0.091 0.465 0.310 0.114 0.018 0.002 0.001 108 Y 0.001 0.005 0.035 0.230 0.520 0.201 0.009 109 D 0.001 0.010 0.061 0.248 0.443 0.216 0.022 110 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.058 0.562 0.372 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.206 0.781 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.091 0.899 113 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.126 0.853 114 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.202 0.780 115 H 0.001 0.002 0.006 0.026 0.097 0.356 0.512 116 N 0.004 0.018 0.040 0.093 0.187 0.350 0.308 117 T 0.020 0.039 0.066 0.133 0.204 0.285 0.253 118 T 0.034 0.074 0.107 0.163 0.210 0.244 0.168 119 S 0.099 0.127 0.133 0.155 0.154 0.177 0.155 120 N 0.109 0.123 0.115 0.141 0.164 0.201 0.148 121 M 0.072 0.091 0.114 0.147 0.175 0.215 0.186 122 G 0.060 0.074 0.096 0.143 0.163 0.230 0.233 123 C 0.022 0.029 0.049 0.090 0.156 0.327 0.327 124 T 0.026 0.040 0.068 0.128 0.205 0.304 0.228 125 L 0.019 0.024 0.042 0.077 0.173 0.357 0.308 126 I 0.012 0.020 0.034 0.086 0.221 0.409 0.219 127 L 0.018 0.030 0.059 0.137 0.276 0.367 0.114 128 E 0.047 0.118 0.201 0.291 0.242 0.091 0.010 129 D 0.194 0.296 0.240 0.160 0.079 0.026 0.005 130 S 0.265 0.268 0.202 0.154 0.076 0.030 0.005 131 R 0.247 0.257 0.203 0.162 0.093 0.035 0.004 132 N 0.251 0.251 0.219 0.162 0.081 0.032 0.005 133 D 0.459 0.291 0.125 0.067 0.036 0.018 0.004 134 F 0.082 0.133 0.197 0.240 0.209 0.120 0.019 135 L 0.060 0.105 0.140 0.228 0.244 0.188 0.035 136 I 0.119 0.228 0.265 0.211 0.114 0.053 0.010 137 Q 0.100 0.218 0.260 0.222 0.133 0.056 0.010 138 M 0.025 0.028 0.044 0.105 0.245 0.406 0.148 139 F 0.021 0.045 0.109 0.244 0.291 0.236 0.055 140 H 0.094 0.286 0.281 0.188 0.088 0.047 0.015 141 Y 0.043 0.088 0.145 0.243 0.267 0.174 0.040 142 I 0.032 0.032 0.047 0.105 0.232 0.383 0.169 143 K 0.109 0.188 0.216 0.214 0.141 0.098 0.034 144 T 0.196 0.244 0.196 0.168 0.104 0.065 0.028 145 C 0.105 0.136 0.153 0.207 0.208 0.142 0.049 146 M 0.117 0.099 0.122 0.170 0.208 0.200 0.084 147 A 0.192 0.172 0.160 0.164 0.144 0.109 0.059 148 P 0.222 0.234 0.171 0.136 0.098 0.084 0.055 149 L 0.061 0.085 0.119 0.198 0.236 0.211 0.089 150 P 0.086 0.115 0.150 0.196 0.203 0.172 0.078 151 C 0.037 0.039 0.060 0.107 0.195 0.340 0.223 152 S 0.023 0.034 0.061 0.125 0.214 0.333 0.210 153 V 0.015 0.029 0.056 0.107 0.200 0.343 0.250 154 Y 0.013 0.025 0.043 0.099 0.224 0.377 0.219 155 L 0.022 0.044 0.083 0.157 0.259 0.314 0.121 156 I 0.053 0.096 0.142 0.206 0.233 0.200 0.069 157 E 0.175 0.224 0.197 0.173 0.122 0.083 0.026 158 H 0.160 0.187 0.191 0.192 0.145 0.093 0.032 159 P 0.238 0.211 0.168 0.150 0.114 0.086 0.034 160 S 0.238 0.191 0.149 0.142 0.127 0.111 0.042 161 L 0.087 0.094 0.119 0.180 0.216 0.209 0.095 162 K 0.086 0.184 0.213 0.198 0.144 0.118 0.056 163 Y 0.064 0.098 0.133 0.205 0.222 0.199 0.078 164 A 0.078 0.127 0.169 0.203 0.206 0.163 0.054 165 T 0.044 0.072 0.145 0.226 0.250 0.205 0.057 166 T 0.030 0.023 0.033 0.087 0.209 0.416 0.203 167 R 0.039 0.093 0.149 0.242 0.251 0.177 0.050 168 S 0.084 0.174 0.185 0.197 0.189 0.136 0.035 169 I 0.026 0.080 0.147 0.229 0.273 0.191 0.054 170 A 0.045 0.135 0.189 0.228 0.194 0.150 0.059 171 K 0.015 0.063 0.101 0.186 0.282 0.265 0.088 172 Y 0.001 0.007 0.028 0.116 0.283 0.379 0.185 173 P 0.001 0.001 0.005 0.023 0.098 0.405 0.466 174 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.244 0.730 175 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.165 0.809 176 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.167 0.813 177 E 0.001 0.001 0.002 0.012 0.064 0.288 0.633 178 V 0.001 0.004 0.014 0.052 0.170 0.442 0.317 179 G 0.005 0.029 0.072 0.174 0.302 0.314 0.105 180 P 0.085 0.195 0.216 0.221 0.157 0.097 0.029 181 Q 0.072 0.160 0.213 0.251 0.192 0.096 0.017 182 P 0.241 0.247 0.201 0.164 0.095 0.044 0.009 183 H 0.146 0.175 0.213 0.217 0.152 0.080 0.017 184 G 0.282 0.245 0.187 0.141 0.087 0.046 0.012 185 V 0.117 0.204 0.229 0.205 0.139 0.085 0.021 186 L 0.043 0.068 0.109 0.220 0.297 0.227 0.037 187 R 0.053 0.135 0.185 0.206 0.199 0.173 0.049 188 A 0.044 0.115 0.192 0.265 0.225 0.139 0.019 189 D 0.039 0.159 0.252 0.251 0.186 0.093 0.020 190 I 0.005 0.013 0.030 0.098 0.279 0.457 0.118 191 L 0.007 0.032 0.092 0.241 0.328 0.262 0.037 192 D 0.035 0.224 0.323 0.250 0.124 0.040 0.004 193 Q 0.004 0.018 0.089 0.272 0.374 0.220 0.025 194 M 0.004 0.003 0.004 0.017 0.113 0.586 0.273 195 R 0.010 0.051 0.152 0.346 0.321 0.113 0.007 196 R 0.038 0.140 0.267 0.318 0.173 0.058 0.006 197 M 0.019 0.030 0.040 0.087 0.224 0.487 0.114 198 L 0.023 0.046 0.084 0.207 0.347 0.261 0.033 199 K 0.204 0.275 0.240 0.169 0.081 0.026 0.005 200 H 0.278 0.302 0.227 0.129 0.050 0.012 0.002