# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.038 0.005 0.004 0.005 0.104 0.844 2 T 0.173 0.015 0.004 0.006 0.081 0.722 3 S 0.390 0.028 0.010 0.006 0.097 0.470 4 C 0.547 0.050 0.027 0.010 0.100 0.265 5 V 0.483 0.049 0.028 0.013 0.218 0.209 6 A 0.253 0.013 0.034 0.016 0.414 0.270 7 E 0.105 0.014 0.025 0.010 0.617 0.229 8 E 0.046 0.008 0.019 0.005 0.694 0.227 9 P 0.046 0.012 0.025 0.005 0.492 0.421 10 I 0.125 0.023 0.008 0.001 0.319 0.524 11 K 0.325 0.006 0.002 0.001 0.188 0.478 12 K 0.881 0.004 0.001 0.001 0.022 0.092 13 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 17 G 0.734 0.002 0.001 0.001 0.053 0.208 18 G 0.441 0.010 0.012 0.002 0.172 0.363 19 T 0.296 0.030 0.037 0.013 0.332 0.293 20 H 0.123 0.050 0.035 0.017 0.547 0.227 21 G 0.050 0.015 0.055 0.025 0.604 0.251 22 N 0.047 0.018 0.063 0.074 0.531 0.266 23 E 0.046 0.028 0.090 0.278 0.388 0.169 24 L 0.027 0.026 0.058 0.557 0.196 0.137 25 T 0.017 0.016 0.016 0.686 0.104 0.161 26 G 0.004 0.002 0.006 0.951 0.015 0.023 27 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 28 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 35 K 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.002 36 N 0.001 0.001 0.010 0.934 0.022 0.032 37 G 0.002 0.005 0.036 0.402 0.132 0.422 38 A 0.013 0.007 0.181 0.211 0.271 0.315 39 E 0.037 0.006 0.268 0.213 0.317 0.159 40 V 0.056 0.011 0.240 0.307 0.248 0.137 41 H 0.051 0.020 0.145 0.345 0.262 0.177 42 R 0.039 0.013 0.135 0.170 0.591 0.053 43 A 0.031 0.004 0.074 0.090 0.726 0.076 44 G 0.037 0.005 0.026 0.015 0.734 0.183 45 L 0.402 0.014 0.003 0.001 0.295 0.285 46 E 0.880 0.004 0.001 0.001 0.013 0.103 47 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 48 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 P 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 50 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 51 I 0.931 0.001 0.001 0.005 0.015 0.048 52 T 0.731 0.009 0.002 0.014 0.040 0.204 53 N 0.208 0.008 0.004 0.026 0.101 0.654 54 P 0.021 0.002 0.040 0.751 0.076 0.110 55 R 0.010 0.001 0.049 0.862 0.055 0.022 56 A 0.005 0.001 0.061 0.889 0.039 0.005 57 V 0.005 0.001 0.050 0.894 0.043 0.006 58 E 0.010 0.002 0.048 0.867 0.066 0.006 59 K 0.013 0.003 0.036 0.776 0.145 0.027 60 C 0.016 0.006 0.025 0.354 0.342 0.257 61 T 0.024 0.013 0.013 0.041 0.298 0.612 62 R 0.067 0.031 0.021 0.018 0.279 0.583 63 Y 0.083 0.033 0.031 0.014 0.428 0.411 64 I 0.081 0.017 0.019 0.026 0.427 0.430 65 D 0.071 0.011 0.020 0.036 0.423 0.439 66 C 0.124 0.055 0.019 0.068 0.354 0.380 67 D 0.114 0.072 0.034 0.065 0.350 0.365 68 L 0.037 0.024 0.288 0.280 0.224 0.148 69 N 0.032 0.012 0.426 0.221 0.227 0.082 70 R 0.038 0.012 0.443 0.189 0.238 0.081 71 V 0.037 0.016 0.099 0.116 0.300 0.431 72 F 0.041 0.062 0.023 0.048 0.249 0.577 73 D 0.024 0.017 0.013 0.020 0.259 0.668 74 L 0.007 0.004 0.448 0.198 0.228 0.114 75 E 0.006 0.003 0.610 0.157 0.177 0.046 76 N 0.007 0.005 0.671 0.162 0.134 0.022 77 L 0.022 0.008 0.303 0.369 0.200 0.097 78 S 0.047 0.021 0.178 0.373 0.218 0.163 79 K 0.068 0.028 0.135 0.348 0.230 0.191 80 E 0.082 0.032 0.093 0.160 0.303 0.330 81 M 0.043 0.030 0.057 0.077 0.366 0.427 82 S 0.029 0.031 0.052 0.073 0.443 0.372 83 E 0.018 0.024 0.039 0.087 0.446 0.386 84 D 0.010 0.018 0.011 0.063 0.386 0.512 85 L 0.012 0.010 0.027 0.409 0.292 0.251 86 P 0.010 0.006 0.024 0.677 0.151 0.131 87 Y 0.006 0.004 0.018 0.875 0.062 0.036 88 E 0.008 0.003 0.018 0.919 0.029 0.023 89 V 0.010 0.002 0.010 0.947 0.015 0.015 90 R 0.010 0.001 0.012 0.941 0.018 0.017 91 R 0.014 0.002 0.012 0.931 0.017 0.024 92 A 0.010 0.001 0.011 0.944 0.015 0.018 93 Q 0.012 0.001 0.018 0.918 0.028 0.024 94 E 0.013 0.002 0.021 0.901 0.036 0.027 95 I 0.019 0.002 0.030 0.870 0.039 0.040 96 N 0.014 0.002 0.046 0.833 0.048 0.057 97 H 0.023 0.004 0.061 0.746 0.083 0.083 98 L 0.034 0.010 0.036 0.618 0.117 0.186 99 F 0.033 0.016 0.018 0.214 0.219 0.500 100 G 0.019 0.011 0.024 0.051 0.336 0.559 101 P 0.024 0.014 0.081 0.039 0.518 0.324 102 K 0.029 0.040 0.162 0.048 0.510 0.212 103 N 0.023 0.023 0.159 0.036 0.591 0.168 104 S 0.019 0.015 0.112 0.029 0.646 0.179 105 D 0.026 0.012 0.109 0.018 0.591 0.244 106 D 0.031 0.009 0.088 0.011 0.589 0.271 107 A 0.075 0.010 0.026 0.002 0.409 0.478 108 Y 0.328 0.020 0.005 0.001 0.179 0.468 109 D 0.742 0.005 0.001 0.001 0.057 0.195 110 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 111 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 113 D 0.952 0.002 0.001 0.001 0.009 0.035 114 L 0.507 0.008 0.005 0.001 0.155 0.324 115 H 0.174 0.008 0.026 0.002 0.429 0.361 116 N 0.056 0.009 0.080 0.005 0.618 0.232 117 T 0.037 0.025 0.129 0.019 0.572 0.219 118 T 0.038 0.067 0.094 0.030 0.577 0.193 119 S 0.022 0.016 0.221 0.059 0.571 0.111 120 N 0.025 0.013 0.188 0.084 0.554 0.136 121 M 0.040 0.018 0.133 0.078 0.555 0.175 122 G 0.059 0.016 0.034 0.028 0.415 0.447 123 C 0.122 0.022 0.013 0.014 0.230 0.599 124 T 0.333 0.025 0.020 0.018 0.186 0.417 125 L 0.567 0.021 0.027 0.020 0.129 0.235 126 I 0.624 0.026 0.021 0.023 0.111 0.195 127 L 0.541 0.034 0.017 0.034 0.136 0.238 128 E 0.385 0.022 0.022 0.030 0.234 0.307 129 D 0.138 0.014 0.037 0.039 0.445 0.327 130 S 0.046 0.019 0.079 0.063 0.501 0.292 131 R 0.030 0.027 0.027 0.061 0.403 0.451 132 N 0.009 0.006 0.003 0.042 0.221 0.718 133 D 0.001 0.001 0.008 0.893 0.044 0.053 134 F 0.002 0.001 0.004 0.965 0.016 0.012 135 L 0.002 0.001 0.003 0.980 0.009 0.005 136 I 0.003 0.001 0.003 0.985 0.005 0.004 137 Q 0.004 0.001 0.003 0.983 0.004 0.004 138 M 0.003 0.001 0.003 0.984 0.003 0.006 139 F 0.002 0.001 0.002 0.986 0.003 0.007 140 H 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.005 141 Y 0.001 0.001 0.006 0.980 0.006 0.006 142 I 0.001 0.001 0.008 0.976 0.007 0.007 143 K 0.001 0.001 0.020 0.953 0.015 0.011 144 T 0.001 0.001 0.021 0.942 0.020 0.015 145 C 0.001 0.001 0.032 0.840 0.063 0.062 146 M 0.003 0.007 0.039 0.519 0.200 0.233 147 A 0.004 0.005 0.026 0.246 0.299 0.420 148 P 0.005 0.004 0.016 0.038 0.274 0.665 149 L 0.007 0.004 0.007 0.005 0.214 0.762 150 P 0.048 0.015 0.020 0.011 0.251 0.656 151 C 0.160 0.029 0.042 0.022 0.231 0.516 152 S 0.302 0.030 0.049 0.031 0.200 0.388 153 V 0.466 0.022 0.057 0.045 0.150 0.260 154 Y 0.522 0.024 0.039 0.042 0.146 0.226 155 L 0.450 0.032 0.033 0.048 0.193 0.243 156 I 0.293 0.032 0.028 0.035 0.298 0.314 157 E 0.138 0.026 0.030 0.039 0.385 0.382 158 H 0.046 0.014 0.028 0.031 0.617 0.264 159 P 0.024 0.013 0.054 0.073 0.600 0.235 160 S 0.026 0.019 0.052 0.112 0.520 0.271 161 L 0.027 0.023 0.097 0.397 0.336 0.121 162 K 0.038 0.015 0.072 0.542 0.172 0.160 163 Y 0.032 0.005 0.089 0.675 0.129 0.070 164 A 0.030 0.005 0.066 0.770 0.083 0.047 165 T 0.043 0.008 0.065 0.747 0.083 0.053 166 T 0.037 0.006 0.064 0.749 0.083 0.060 167 R 0.027 0.003 0.075 0.747 0.088 0.060 168 S 0.040 0.009 0.085 0.607 0.147 0.112 169 I 0.040 0.007 0.086 0.395 0.248 0.223 170 A 0.058 0.010 0.041 0.108 0.345 0.437 171 K 0.092 0.010 0.027 0.026 0.353 0.492 172 Y 0.153 0.006 0.010 0.005 0.347 0.479 173 P 0.477 0.004 0.006 0.003 0.171 0.339 174 V 0.922 0.004 0.001 0.001 0.022 0.049 175 G 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 176 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 177 E 0.922 0.002 0.001 0.001 0.014 0.061 178 V 0.613 0.011 0.002 0.002 0.055 0.318 179 G 0.208 0.010 0.004 0.001 0.258 0.519 180 P 0.093 0.009 0.014 0.003 0.353 0.528 181 Q 0.054 0.015 0.017 0.005 0.378 0.530 182 P 0.045 0.023 0.026 0.015 0.709 0.181 183 H 0.020 0.009 0.042 0.057 0.650 0.223 184 G 0.017 0.007 0.044 0.139 0.575 0.218 185 V 0.056 0.036 0.073 0.323 0.379 0.134 186 L 0.066 0.029 0.016 0.233 0.157 0.498 187 R 0.042 0.012 0.013 0.488 0.096 0.347 188 A 0.003 0.001 0.009 0.962 0.011 0.014 189 D 0.004 0.001 0.014 0.954 0.014 0.013 190 I 0.001 0.001 0.005 0.982 0.006 0.005 191 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 192 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 194 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 195 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 196 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 197 M 0.001 0.001 0.006 0.935 0.019 0.039 198 L 0.002 0.002 0.008 0.840 0.041 0.107 199 K 0.004 0.003 0.007 0.507 0.083 0.397 200 H 0.003 0.002 0.002 0.055 0.073 0.866