# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.002 0.001 0.013 0.027 0.042 0.120 0.003 0.001 0.023 0.757 2 T 0.009 0.002 0.001 0.034 0.134 0.168 0.099 0.003 0.001 0.030 0.521 3 S 0.015 0.004 0.004 0.071 0.096 0.141 0.108 0.002 0.002 0.060 0.499 4 C 0.046 0.001 0.003 0.052 0.096 0.150 0.065 0.009 0.002 0.060 0.516 5 V 0.461 0.003 0.001 0.031 0.015 0.026 0.053 0.004 0.001 0.056 0.348 6 A 0.024 0.001 0.001 0.016 0.007 0.013 0.067 0.001 0.001 0.020 0.851 7 E 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.064 0.001 0.001 0.005 0.911 8 E 0.015 0.001 0.001 0.012 0.093 0.030 0.120 0.004 0.001 0.020 0.706 9 P 0.014 0.001 0.001 0.022 0.014 0.014 0.118 0.001 0.001 0.017 0.801 10 I 0.007 0.001 0.001 0.049 0.045 0.033 0.135 0.004 0.001 0.021 0.706 11 K 0.005 0.002 0.001 0.410 0.034 0.027 0.102 0.001 0.001 0.019 0.400 12 K 0.001 0.001 0.001 0.688 0.044 0.066 0.032 0.001 0.001 0.032 0.137 13 I 0.001 0.001 0.001 0.882 0.033 0.029 0.007 0.001 0.001 0.019 0.029 14 A 0.001 0.001 0.001 0.896 0.035 0.026 0.005 0.001 0.001 0.009 0.028 15 I 0.001 0.001 0.001 0.797 0.070 0.060 0.007 0.001 0.001 0.031 0.033 16 F 0.009 0.002 0.001 0.685 0.030 0.072 0.035 0.001 0.001 0.066 0.100 17 G 0.034 0.006 0.001 0.453 0.038 0.084 0.100 0.002 0.002 0.080 0.199 18 G 0.053 0.008 0.002 0.139 0.066 0.118 0.170 0.002 0.002 0.093 0.348 19 T 0.023 0.018 0.001 0.093 0.080 0.104 0.188 0.003 0.001 0.051 0.438 20 H 0.148 0.117 0.004 0.037 0.034 0.062 0.138 0.016 0.002 0.059 0.384 21 G 0.089 0.142 0.006 0.023 0.019 0.032 0.110 0.012 0.002 0.202 0.362 22 N 0.025 0.615 0.003 0.004 0.008 0.018 0.054 0.004 0.001 0.087 0.181 23 E 0.034 0.773 0.002 0.003 0.006 0.012 0.025 0.003 0.001 0.044 0.097 24 L 0.006 0.855 0.001 0.004 0.005 0.007 0.016 0.001 0.001 0.045 0.059 25 T 0.003 0.953 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.018 0.015 26 G 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.009 27 V 0.002 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.815 0.005 28 F 0.002 0.586 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.389 0.013 29 L 0.001 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.013 30 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 31 T 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.026 32 H 0.012 0.255 0.015 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.008 0.637 0.053 33 W 0.059 0.580 0.046 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.022 0.181 0.061 34 L 0.096 0.480 0.032 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.017 0.054 0.266 35 K 0.091 0.298 0.008 0.002 0.001 0.001 0.080 0.006 0.005 0.050 0.459 36 N 0.079 0.345 0.005 0.004 0.001 0.002 0.083 0.012 0.003 0.069 0.397 37 G 0.093 0.404 0.018 0.005 0.001 0.002 0.055 0.027 0.008 0.062 0.324 38 A 0.232 0.400 0.006 0.002 0.001 0.003 0.045 0.019 0.003 0.018 0.270 39 E 0.071 0.271 0.005 0.007 0.002 0.007 0.059 0.003 0.003 0.030 0.543 40 V 0.074 0.037 0.099 0.010 0.006 0.010 0.096 0.006 0.032 0.146 0.482 41 H 0.452 0.015 0.005 0.007 0.005 0.008 0.071 0.024 0.003 0.094 0.316 42 R 0.175 0.001 0.002 0.009 0.003 0.006 0.067 0.002 0.002 0.039 0.694 43 A 0.008 0.002 0.001 0.026 0.008 0.014 0.113 0.001 0.001 0.014 0.813 44 G 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.048 0.134 0.001 0.001 0.028 0.747 45 L 0.003 0.002 0.001 0.137 0.141 0.062 0.088 0.001 0.001 0.093 0.472 46 E 0.001 0.001 0.001 0.623 0.087 0.107 0.026 0.001 0.001 0.055 0.099 47 V 0.001 0.001 0.001 0.270 0.050 0.045 0.032 0.001 0.001 0.027 0.573 48 K 0.001 0.001 0.001 0.800 0.079 0.037 0.015 0.001 0.001 0.020 0.049 49 P 0.004 0.001 0.001 0.446 0.038 0.064 0.060 0.002 0.001 0.037 0.348 50 F 0.018 0.001 0.001 0.563 0.043 0.045 0.057 0.001 0.001 0.028 0.244 51 I 0.011 0.001 0.001 0.264 0.023 0.041 0.160 0.001 0.001 0.023 0.476 52 T 0.004 0.006 0.001 0.107 0.022 0.037 0.127 0.001 0.001 0.012 0.681 53 N 0.294 0.437 0.003 0.020 0.009 0.009 0.044 0.018 0.002 0.014 0.149 54 P 0.177 0.549 0.003 0.005 0.003 0.004 0.027 0.014 0.001 0.025 0.194 55 R 0.044 0.498 0.007 0.005 0.008 0.018 0.053 0.007 0.003 0.054 0.302 56 A 0.181 0.210 0.040 0.008 0.028 0.049 0.054 0.018 0.011 0.149 0.252 57 V 0.432 0.040 0.011 0.006 0.026 0.033 0.063 0.019 0.006 0.094 0.270 58 E 0.148 0.013 0.004 0.013 0.031 0.060 0.074 0.004 0.002 0.030 0.622 59 K 0.037 0.007 0.001 0.008 0.009 0.017 0.067 0.001 0.001 0.010 0.842 60 C 0.016 0.002 0.001 0.007 0.044 0.061 0.131 0.013 0.001 0.026 0.699 61 T 0.031 0.003 0.002 0.015 0.021 0.032 0.127 0.004 0.001 0.033 0.733 62 R 0.059 0.003 0.002 0.041 0.037 0.051 0.081 0.006 0.001 0.041 0.679 63 Y 0.049 0.003 0.001 0.030 0.016 0.025 0.100 0.003 0.001 0.029 0.744 64 I 0.010 0.002 0.001 0.106 0.045 0.055 0.117 0.002 0.001 0.031 0.631 65 D 0.010 0.002 0.001 0.118 0.026 0.037 0.118 0.001 0.001 0.032 0.654 66 C 0.004 0.001 0.001 0.100 0.098 0.083 0.120 0.004 0.001 0.028 0.562 67 D 0.275 0.023 0.002 0.125 0.019 0.029 0.107 0.004 0.002 0.065 0.351 68 L 0.073 0.010 0.003 0.089 0.022 0.039 0.127 0.009 0.001 0.101 0.527 69 N 0.052 0.008 0.001 0.029 0.011 0.024 0.135 0.002 0.001 0.030 0.708 70 R 0.017 0.004 0.001 0.044 0.057 0.107 0.170 0.006 0.001 0.043 0.552 71 V 0.045 0.012 0.001 0.032 0.022 0.027 0.139 0.001 0.001 0.038 0.682 72 F 0.037 0.007 0.002 0.023 0.060 0.078 0.138 0.010 0.001 0.060 0.584 73 D 0.076 0.035 0.002 0.013 0.009 0.017 0.124 0.003 0.001 0.046 0.674 74 L 0.192 0.044 0.008 0.015 0.014 0.021 0.111 0.008 0.003 0.068 0.517 75 E 0.088 0.020 0.002 0.010 0.009 0.015 0.108 0.008 0.001 0.067 0.674 76 N 0.124 0.025 0.001 0.009 0.010 0.021 0.110 0.005 0.001 0.055 0.640 77 L 0.065 0.019 0.002 0.023 0.020 0.035 0.125 0.004 0.001 0.075 0.631 78 S 0.034 0.014 0.002 0.016 0.018 0.035 0.149 0.002 0.001 0.043 0.687 79 K 0.053 0.007 0.001 0.019 0.034 0.042 0.140 0.006 0.001 0.066 0.631 80 E 0.108 0.014 0.001 0.021 0.015 0.022 0.152 0.004 0.001 0.070 0.593 81 M 0.045 0.007 0.001 0.019 0.008 0.019 0.155 0.005 0.001 0.047 0.694 82 S 0.088 0.009 0.001 0.017 0.010 0.016 0.148 0.003 0.001 0.051 0.658 83 E 0.012 0.005 0.001 0.014 0.011 0.017 0.151 0.002 0.001 0.033 0.756 84 D 0.033 0.061 0.001 0.012 0.010 0.012 0.150 0.003 0.001 0.035 0.681 85 L 0.077 0.313 0.002 0.009 0.010 0.009 0.098 0.014 0.001 0.070 0.399 86 P 0.041 0.767 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 0.005 0.001 0.022 0.131 87 Y 0.024 0.863 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.003 0.001 0.030 0.062 88 E 0.012 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.026 0.037 89 V 0.008 0.927 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.023 0.026 90 R 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.011 0.017 91 R 0.015 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.014 0.029 92 A 0.029 0.430 0.016 0.006 0.004 0.005 0.018 0.006 0.004 0.404 0.078 93 Q 0.046 0.687 0.012 0.004 0.002 0.004 0.025 0.009 0.004 0.117 0.090 94 E 0.105 0.442 0.060 0.007 0.003 0.007 0.042 0.019 0.030 0.057 0.228 95 I 0.209 0.210 0.031 0.011 0.006 0.009 0.069 0.018 0.017 0.047 0.373 96 N 0.164 0.072 0.002 0.008 0.004 0.012 0.088 0.009 0.002 0.043 0.597 97 H 0.082 0.014 0.003 0.015 0.004 0.012 0.097 0.004 0.001 0.056 0.713 98 L 0.023 0.012 0.003 0.033 0.007 0.021 0.149 0.002 0.001 0.045 0.704 99 F 0.017 0.006 0.002 0.022 0.009 0.019 0.108 0.002 0.001 0.031 0.783 100 G 0.149 0.016 0.002 0.022 0.024 0.028 0.116 0.008 0.001 0.125 0.508 101 P 0.077 0.008 0.002 0.011 0.006 0.009 0.120 0.002 0.001 0.070 0.693 102 K 0.046 0.004 0.002 0.010 0.007 0.015 0.127 0.004 0.001 0.040 0.744 103 N 0.165 0.009 0.002 0.007 0.005 0.008 0.103 0.004 0.001 0.052 0.644 104 S 0.127 0.002 0.001 0.005 0.008 0.014 0.116 0.008 0.001 0.053 0.665 105 D 0.038 0.001 0.001 0.009 0.007 0.014 0.116 0.002 0.001 0.029 0.783 106 D 0.016 0.002 0.001 0.025 0.037 0.056 0.149 0.001 0.001 0.034 0.678 107 A 0.005 0.003 0.001 0.067 0.066 0.102 0.152 0.001 0.001 0.052 0.550 108 Y 0.002 0.002 0.001 0.128 0.179 0.225 0.080 0.001 0.001 0.078 0.305 109 D 0.001 0.003 0.001 0.375 0.166 0.198 0.036 0.001 0.001 0.071 0.149 110 V 0.001 0.001 0.001 0.421 0.195 0.188 0.023 0.001 0.001 0.056 0.114 111 V 0.002 0.001 0.001 0.515 0.160 0.162 0.024 0.001 0.001 0.054 0.082 112 F 0.007 0.001 0.001 0.495 0.100 0.132 0.046 0.001 0.001 0.084 0.132 113 D 0.046 0.003 0.001 0.380 0.063 0.117 0.084 0.003 0.001 0.144 0.157 114 L 0.064 0.005 0.002 0.214 0.021 0.053 0.158 0.002 0.003 0.090 0.388 115 H 0.046 0.007 0.002 0.097 0.032 0.063 0.176 0.003 0.002 0.075 0.497 116 N 0.078 0.020 0.002 0.048 0.023 0.045 0.184 0.005 0.001 0.093 0.501 117 T 0.094 0.080 0.004 0.025 0.021 0.036 0.163 0.011 0.002 0.099 0.466 118 T 0.192 0.047 0.007 0.013 0.021 0.036 0.149 0.013 0.004 0.082 0.435 119 S 0.124 0.041 0.003 0.015 0.027 0.058 0.149 0.016 0.001 0.068 0.498 120 N 0.222 0.013 0.003 0.017 0.024 0.053 0.133 0.005 0.001 0.086 0.444 121 M 0.036 0.016 0.003 0.047 0.046 0.095 0.143 0.004 0.001 0.042 0.566 122 G 0.042 0.023 0.002 0.026 0.038 0.068 0.154 0.004 0.001 0.033 0.609 123 C 0.022 0.012 0.001 0.061 0.182 0.161 0.135 0.014 0.001 0.068 0.344 124 T 0.026 0.018 0.001 0.109 0.065 0.150 0.123 0.004 0.001 0.075 0.428 125 L 0.017 0.006 0.002 0.144 0.154 0.226 0.078 0.002 0.001 0.067 0.305 126 I 0.009 0.006 0.002 0.205 0.085 0.157 0.106 0.001 0.001 0.060 0.370 127 L 0.037 0.009 0.003 0.155 0.081 0.117 0.111 0.004 0.002 0.093 0.390 128 E 0.119 0.014 0.001 0.101 0.033 0.061 0.138 0.007 0.001 0.094 0.431 129 D 0.072 0.012 0.001 0.029 0.010 0.021 0.145 0.002 0.001 0.046 0.661 130 S 0.016 0.017 0.001 0.020 0.013 0.020 0.158 0.001 0.001 0.039 0.712 131 R 0.014 0.156 0.001 0.008 0.008 0.009 0.105 0.007 0.001 0.030 0.663 132 N 0.050 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.007 0.039 133 D 0.028 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.012 0.038 134 F 0.009 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.025 0.042 135 L 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.028 0.019 136 I 0.013 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.051 0.020 137 Q 0.003 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 0.023 138 M 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 139 F 0.011 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.018 0.020 140 H 0.019 0.140 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.777 0.045 141 Y 0.023 0.584 0.020 0.002 0.001 0.001 0.025 0.007 0.007 0.218 0.112 142 I 0.224 0.317 0.098 0.004 0.001 0.002 0.041 0.037 0.026 0.078 0.170 143 K 0.206 0.145 0.025 0.015 0.003 0.007 0.056 0.014 0.018 0.075 0.437 144 T 0.114 0.015 0.001 0.004 0.002 0.007 0.080 0.002 0.001 0.036 0.739 145 C 0.051 0.007 0.006 0.017 0.004 0.014 0.090 0.008 0.002 0.067 0.735 146 M 0.074 0.003 0.002 0.011 0.002 0.005 0.100 0.001 0.001 0.027 0.773 147 A 0.015 0.001 0.001 0.010 0.012 0.017 0.102 0.003 0.001 0.025 0.814 148 P 0.024 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.112 0.001 0.001 0.020 0.823 149 L 0.053 0.003 0.001 0.027 0.033 0.035 0.167 0.025 0.001 0.064 0.592 150 P 0.084 0.014 0.001 0.034 0.008 0.014 0.140 0.003 0.001 0.029 0.673 151 C 0.018 0.009 0.001 0.063 0.055 0.119 0.130 0.012 0.001 0.030 0.563 152 S 0.046 0.025 0.001 0.094 0.063 0.101 0.101 0.003 0.001 0.049 0.515 153 V 0.016 0.011 0.002 0.139 0.144 0.183 0.093 0.004 0.001 0.043 0.365 154 Y 0.021 0.016 0.002 0.169 0.094 0.194 0.095 0.002 0.001 0.051 0.354 155 L 0.054 0.009 0.003 0.117 0.108 0.141 0.088 0.002 0.001 0.059 0.417 156 I 0.025 0.008 0.002 0.083 0.092 0.126 0.115 0.002 0.001 0.052 0.494 157 E 0.037 0.030 0.003 0.032 0.034 0.058 0.123 0.005 0.002 0.037 0.638 158 H 0.292 0.056 0.004 0.014 0.026 0.025 0.096 0.015 0.003 0.056 0.412 159 P 0.079 0.068 0.002 0.016 0.021 0.032 0.120 0.011 0.001 0.048 0.601 160 S 0.083 0.121 0.002 0.016 0.018 0.050 0.103 0.007 0.001 0.037 0.562 161 L 0.089 0.067 0.004 0.040 0.039 0.049 0.100 0.006 0.001 0.160 0.445 162 K 0.018 0.048 0.003 0.029 0.056 0.076 0.107 0.003 0.001 0.251 0.408 163 Y 0.041 0.239 0.007 0.030 0.044 0.081 0.077 0.009 0.002 0.099 0.371 164 A 0.097 0.111 0.011 0.029 0.063 0.075 0.063 0.009 0.003 0.145 0.394 165 T 0.050 0.218 0.007 0.020 0.055 0.101 0.086 0.011 0.004 0.096 0.352 166 T 0.207 0.123 0.010 0.012 0.026 0.059 0.066 0.013 0.007 0.054 0.422 167 R 0.190 0.040 0.024 0.019 0.034 0.046 0.082 0.025 0.013 0.077 0.452 168 S 0.104 0.006 0.002 0.010 0.020 0.049 0.122 0.004 0.002 0.037 0.644 169 I 0.045 0.002 0.004 0.026 0.017 0.033 0.120 0.002 0.001 0.040 0.711 170 A 0.009 0.001 0.001 0.039 0.057 0.084 0.195 0.002 0.001 0.039 0.571 171 K 0.005 0.001 0.001 0.047 0.057 0.114 0.141 0.001 0.001 0.058 0.575 172 Y 0.002 0.001 0.001 0.143 0.249 0.304 0.061 0.001 0.001 0.073 0.166 173 P 0.001 0.002 0.001 0.182 0.128 0.267 0.049 0.001 0.001 0.077 0.295 174 V 0.001 0.001 0.001 0.183 0.307 0.413 0.009 0.001 0.001 0.045 0.042 175 G 0.001 0.001 0.001 0.314 0.212 0.255 0.019 0.001 0.001 0.076 0.121 176 I 0.001 0.001 0.001 0.326 0.310 0.232 0.016 0.001 0.001 0.049 0.065 177 E 0.010 0.001 0.001 0.290 0.116 0.332 0.046 0.001 0.001 0.077 0.128 178 V 0.060 0.001 0.001 0.127 0.074 0.108 0.100 0.001 0.001 0.044 0.484 179 G 0.010 0.001 0.001 0.042 0.095 0.180 0.145 0.004 0.001 0.048 0.474 180 P 0.016 0.003 0.001 0.018 0.010 0.018 0.140 0.001 0.001 0.020 0.772 181 Q 0.137 0.016 0.003 0.014 0.054 0.047 0.133 0.020 0.002 0.052 0.522 182 P 0.206 0.054 0.002 0.005 0.005 0.005 0.079 0.006 0.001 0.041 0.596 183 H 0.076 0.132 0.001 0.005 0.007 0.015 0.097 0.017 0.001 0.026 0.623 184 G 0.170 0.233 0.002 0.006 0.010 0.017 0.066 0.008 0.001 0.035 0.452 185 V 0.030 0.329 0.004 0.012 0.022 0.025 0.086 0.004 0.001 0.046 0.442 186 L 0.016 0.751 0.002 0.003 0.009 0.009 0.028 0.006 0.001 0.023 0.153 187 R 0.020 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.009 0.031 188 A 0.008 0.925 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.022 0.033 189 D 0.008 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.037 0.018 190 I 0.004 0.869 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.091 0.024 191 L 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.010 192 D 0.005 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.054 0.020 193 Q 0.002 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.013 194 M 0.020 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.005 0.011 195 R 0.033 0.669 0.018 0.003 0.001 0.001 0.013 0.008 0.009 0.166 0.078 196 R 0.155 0.364 0.019 0.003 0.001 0.002 0.063 0.009 0.010 0.153 0.222 197 M 0.165 0.088 0.052 0.015 0.002 0.004 0.099 0.021 0.026 0.168 0.360 198 L 0.230 0.036 0.009 0.020 0.004 0.008 0.122 0.007 0.005 0.072 0.487 199 K 0.031 0.014 0.002 0.013 0.003 0.007 0.100 0.001 0.001 0.019 0.809 200 H 0.019 0.004 0.001 0.007 0.006 0.010 0.120 0.007 0.001 0.022 0.802