# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.322 0.214 0.056 0.143 0.114 0.065 0.035 0.025 0.016 0.007 0.003 2 T 0.036 0.016 0.008 0.025 0.040 0.065 0.132 0.139 0.200 0.174 0.165 3 S 0.168 0.142 0.092 0.228 0.151 0.085 0.064 0.030 0.022 0.011 0.007 4 C 0.017 0.022 0.037 0.078 0.069 0.079 0.176 0.132 0.137 0.142 0.111 5 V 0.045 0.054 0.047 0.079 0.083 0.093 0.157 0.141 0.117 0.097 0.086 6 A 0.140 0.142 0.069 0.166 0.119 0.100 0.107 0.066 0.049 0.027 0.015 7 E 0.449 0.179 0.078 0.111 0.083 0.045 0.025 0.014 0.009 0.004 0.002 8 E 0.530 0.160 0.037 0.081 0.061 0.046 0.037 0.021 0.016 0.007 0.004 9 P 0.304 0.291 0.042 0.122 0.089 0.058 0.044 0.026 0.015 0.006 0.003 10 I 0.102 0.101 0.047 0.111 0.115 0.121 0.142 0.096 0.073 0.052 0.040 11 K 0.187 0.152 0.117 0.202 0.144 0.095 0.054 0.023 0.015 0.007 0.003 12 K 0.052 0.063 0.078 0.218 0.197 0.162 0.117 0.058 0.033 0.016 0.007 13 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.021 0.080 0.124 0.212 0.271 0.274 14 A 0.002 0.005 0.013 0.040 0.054 0.074 0.153 0.189 0.184 0.155 0.132 15 I 0.001 0.001 0.008 0.008 0.014 0.024 0.071 0.130 0.216 0.278 0.250 16 F 0.001 0.004 0.013 0.033 0.064 0.095 0.167 0.192 0.171 0.135 0.124 17 G 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.051 0.093 0.245 0.291 0.292 18 G 0.010 0.014 0.017 0.059 0.085 0.105 0.173 0.153 0.158 0.124 0.103 19 T 0.003 0.006 0.008 0.020 0.026 0.043 0.121 0.134 0.205 0.212 0.224 20 H 0.012 0.021 0.014 0.051 0.065 0.089 0.175 0.161 0.152 0.134 0.128 21 G 0.032 0.032 0.024 0.061 0.064 0.077 0.137 0.122 0.164 0.150 0.137 22 N 0.098 0.085 0.055 0.146 0.136 0.126 0.134 0.069 0.071 0.047 0.035 23 E 0.040 0.042 0.025 0.092 0.093 0.106 0.179 0.111 0.124 0.105 0.082 24 L 0.032 0.034 0.022 0.077 0.071 0.090 0.182 0.135 0.132 0.121 0.102 25 T 0.020 0.050 0.037 0.103 0.107 0.111 0.163 0.127 0.112 0.097 0.072 26 G 0.009 0.021 0.022 0.054 0.075 0.115 0.164 0.138 0.168 0.133 0.101 27 V 0.016 0.017 0.022 0.087 0.111 0.142 0.205 0.124 0.132 0.085 0.058 28 F 0.007 0.010 0.014 0.082 0.101 0.118 0.256 0.176 0.108 0.079 0.049 29 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.008 0.037 0.087 0.207 0.306 0.341 30 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.044 0.113 0.261 0.288 0.276 31 T 0.002 0.006 0.055 0.086 0.170 0.193 0.217 0.122 0.083 0.045 0.021 32 H 0.002 0.007 0.038 0.089 0.115 0.172 0.285 0.160 0.075 0.039 0.018 33 W 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.037 0.082 0.232 0.321 0.314 34 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.015 0.040 0.155 0.189 0.222 0.217 0.147 35 K 0.009 0.034 0.266 0.194 0.186 0.136 0.099 0.033 0.022 0.014 0.007 36 N 0.030 0.053 0.129 0.171 0.145 0.178 0.183 0.067 0.027 0.012 0.004 37 G 0.022 0.021 0.023 0.037 0.033 0.048 0.149 0.172 0.203 0.175 0.116 38 A 0.055 0.046 0.036 0.068 0.083 0.129 0.236 0.141 0.100 0.065 0.041 39 E 0.133 0.127 0.254 0.231 0.132 0.061 0.035 0.013 0.009 0.005 0.002 40 V 0.111 0.080 0.142 0.143 0.111 0.112 0.148 0.059 0.045 0.031 0.019 41 H 0.119 0.152 0.062 0.169 0.113 0.095 0.136 0.073 0.044 0.024 0.012 42 R 0.096 0.076 0.059 0.089 0.091 0.109 0.161 0.118 0.087 0.069 0.047 43 A 0.285 0.233 0.124 0.177 0.092 0.046 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 44 G 0.370 0.187 0.096 0.134 0.097 0.056 0.028 0.017 0.010 0.004 0.001 45 L 0.034 0.021 0.008 0.024 0.042 0.076 0.150 0.169 0.184 0.159 0.134 46 E 0.117 0.205 0.070 0.229 0.169 0.103 0.050 0.030 0.017 0.007 0.003 47 V 0.002 0.003 0.007 0.013 0.019 0.038 0.098 0.120 0.191 0.255 0.255 48 K 0.021 0.046 0.036 0.148 0.176 0.164 0.158 0.112 0.067 0.042 0.031 49 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.019 0.066 0.099 0.222 0.284 0.290 50 F 0.003 0.006 0.011 0.031 0.049 0.061 0.124 0.158 0.188 0.191 0.178 51 I 0.002 0.003 0.007 0.020 0.027 0.041 0.114 0.140 0.219 0.219 0.208 52 T 0.003 0.008 0.015 0.032 0.044 0.057 0.126 0.144 0.191 0.196 0.183 53 N 0.002 0.008 0.007 0.029 0.046 0.071 0.163 0.174 0.196 0.165 0.137 54 P 0.006 0.007 0.009 0.021 0.030 0.052 0.124 0.138 0.215 0.205 0.192 55 R 0.044 0.061 0.041 0.182 0.205 0.168 0.152 0.077 0.040 0.019 0.010 56 A 0.004 0.006 0.008 0.019 0.024 0.032 0.094 0.128 0.223 0.243 0.218 57 V 0.006 0.007 0.010 0.020 0.031 0.045 0.118 0.141 0.207 0.205 0.210 58 E 0.019 0.035 0.077 0.128 0.131 0.126 0.176 0.101 0.094 0.070 0.044 59 K 0.016 0.036 0.078 0.134 0.137 0.149 0.186 0.101 0.074 0.055 0.034 60 C 0.013 0.012 0.016 0.038 0.046 0.079 0.195 0.157 0.181 0.155 0.107 61 T 0.107 0.073 0.087 0.134 0.103 0.099 0.126 0.085 0.083 0.064 0.040 62 R 0.033 0.048 0.040 0.089 0.099 0.127 0.192 0.131 0.102 0.079 0.058 63 Y 0.057 0.073 0.039 0.074 0.074 0.088 0.139 0.131 0.125 0.104 0.096 64 I 0.095 0.099 0.032 0.116 0.109 0.112 0.138 0.094 0.085 0.064 0.054 65 D 0.296 0.192 0.076 0.154 0.113 0.069 0.040 0.022 0.021 0.011 0.006 66 C 0.042 0.030 0.013 0.068 0.082 0.112 0.188 0.120 0.140 0.113 0.093 67 D 0.033 0.045 0.026 0.102 0.102 0.104 0.167 0.122 0.123 0.097 0.078 68 L 0.004 0.007 0.013 0.031 0.033 0.044 0.120 0.130 0.188 0.224 0.206 69 N 0.010 0.013 0.041 0.052 0.069 0.087 0.149 0.137 0.154 0.152 0.137 70 R 0.011 0.018 0.036 0.079 0.083 0.098 0.185 0.131 0.148 0.123 0.089 71 V 0.024 0.029 0.035 0.076 0.088 0.098 0.167 0.140 0.138 0.120 0.084 72 F 0.021 0.021 0.015 0.036 0.044 0.063 0.141 0.148 0.186 0.173 0.152 73 D 0.147 0.172 0.072 0.172 0.139 0.100 0.083 0.050 0.034 0.018 0.010 74 L 0.076 0.050 0.029 0.075 0.086 0.101 0.155 0.115 0.123 0.105 0.085 75 E 0.335 0.166 0.061 0.141 0.105 0.069 0.056 0.027 0.022 0.011 0.007 76 N 0.114 0.100 0.048 0.145 0.109 0.096 0.134 0.083 0.075 0.057 0.039 77 L 0.051 0.058 0.027 0.071 0.086 0.102 0.171 0.136 0.118 0.100 0.081 78 S 0.163 0.133 0.080 0.180 0.129 0.096 0.086 0.050 0.042 0.025 0.016 79 K 0.217 0.112 0.101 0.164 0.130 0.094 0.080 0.039 0.032 0.020 0.011 80 E 0.191 0.115 0.060 0.132 0.110 0.093 0.109 0.072 0.058 0.038 0.023 81 M 0.053 0.058 0.020 0.063 0.070 0.092 0.173 0.155 0.135 0.100 0.081 82 S 0.231 0.186 0.093 0.144 0.108 0.075 0.061 0.042 0.030 0.018 0.012 83 E 0.355 0.161 0.089 0.149 0.098 0.062 0.040 0.019 0.014 0.008 0.005 84 D 0.412 0.185 0.062 0.109 0.085 0.059 0.040 0.021 0.016 0.007 0.004 85 L 0.105 0.094 0.029 0.098 0.092 0.107 0.162 0.112 0.096 0.061 0.044 86 P 0.166 0.132 0.079 0.146 0.119 0.108 0.104 0.064 0.044 0.024 0.015 87 Y 0.145 0.125 0.164 0.193 0.117 0.089 0.073 0.040 0.028 0.017 0.009 88 E 0.044 0.095 0.077 0.133 0.137 0.145 0.154 0.094 0.067 0.037 0.019 89 V 0.024 0.024 0.033 0.075 0.083 0.118 0.200 0.135 0.145 0.099 0.062 90 R 0.089 0.067 0.176 0.197 0.134 0.110 0.111 0.052 0.034 0.022 0.010 91 R 0.011 0.047 0.081 0.165 0.153 0.159 0.185 0.107 0.053 0.028 0.010 92 A 0.001 0.002 0.010 0.007 0.010 0.024 0.090 0.128 0.233 0.263 0.232 93 Q 0.047 0.051 0.166 0.192 0.192 0.149 0.121 0.042 0.023 0.013 0.005 94 E 0.035 0.072 0.299 0.238 0.138 0.095 0.068 0.030 0.015 0.007 0.002 95 I 0.003 0.004 0.010 0.012 0.017 0.043 0.172 0.181 0.208 0.195 0.155 96 N 0.049 0.060 0.078 0.123 0.125 0.139 0.184 0.098 0.071 0.047 0.025 97 H 0.076 0.093 0.374 0.208 0.104 0.061 0.043 0.017 0.013 0.008 0.003 98 L 0.060 0.062 0.070 0.126 0.134 0.150 0.199 0.100 0.052 0.031 0.016 99 F 0.076 0.046 0.025 0.046 0.048 0.076 0.156 0.159 0.165 0.120 0.083 100 G 0.190 0.185 0.107 0.209 0.127 0.075 0.053 0.026 0.016 0.008 0.005 101 P 0.183 0.103 0.092 0.110 0.105 0.094 0.109 0.069 0.062 0.045 0.029 102 K 0.291 0.162 0.049 0.152 0.104 0.076 0.077 0.038 0.026 0.014 0.010 103 N 0.322 0.216 0.074 0.137 0.082 0.056 0.049 0.027 0.020 0.011 0.006 104 S 0.176 0.172 0.045 0.126 0.109 0.093 0.106 0.073 0.048 0.031 0.021 105 D 0.414 0.219 0.065 0.124 0.080 0.046 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 106 D 0.290 0.160 0.073 0.151 0.115 0.082 0.057 0.031 0.023 0.012 0.005 107 A 0.113 0.136 0.065 0.184 0.178 0.131 0.088 0.051 0.031 0.015 0.007 108 Y 0.002 0.002 0.003 0.009 0.016 0.040 0.118 0.145 0.229 0.227 0.208 109 D 0.009 0.026 0.053 0.185 0.193 0.178 0.163 0.094 0.051 0.028 0.018 110 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.020 0.078 0.125 0.207 0.289 0.259 111 V 0.001 0.001 0.004 0.010 0.020 0.029 0.083 0.162 0.220 0.230 0.240 112 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.037 0.093 0.254 0.299 0.299 113 D 0.002 0.006 0.022 0.052 0.101 0.124 0.199 0.181 0.140 0.096 0.077 114 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.018 0.068 0.106 0.235 0.264 0.288 115 H 0.012 0.014 0.016 0.043 0.062 0.090 0.189 0.168 0.165 0.131 0.109 116 N 0.037 0.052 0.044 0.110 0.096 0.103 0.169 0.114 0.113 0.089 0.073 117 T 0.067 0.061 0.033 0.089 0.104 0.127 0.181 0.114 0.102 0.070 0.052 118 T 0.150 0.102 0.043 0.116 0.095 0.090 0.122 0.081 0.085 0.064 0.052 119 S 0.145 0.129 0.052 0.150 0.126 0.110 0.122 0.060 0.051 0.033 0.022 120 N 0.115 0.094 0.054 0.129 0.112 0.103 0.129 0.084 0.076 0.060 0.044 121 M 0.076 0.072 0.039 0.109 0.107 0.118 0.161 0.106 0.094 0.069 0.051 122 G 0.085 0.111 0.075 0.160 0.140 0.115 0.109 0.074 0.063 0.043 0.026 123 C 0.014 0.016 0.016 0.047 0.061 0.090 0.169 0.137 0.162 0.155 0.134 124 T 0.058 0.057 0.056 0.128 0.127 0.119 0.141 0.102 0.099 0.068 0.045 125 L 0.009 0.013 0.018 0.055 0.065 0.083 0.175 0.148 0.159 0.152 0.121 126 I 0.015 0.018 0.026 0.042 0.048 0.058 0.119 0.137 0.185 0.184 0.168 127 L 0.018 0.021 0.024 0.059 0.069 0.085 0.166 0.143 0.161 0.139 0.114 128 E 0.090 0.098 0.088 0.151 0.133 0.112 0.124 0.073 0.064 0.042 0.027 129 D 0.118 0.079 0.047 0.127 0.111 0.108 0.155 0.085 0.079 0.054 0.038 130 S 0.316 0.163 0.062 0.126 0.085 0.067 0.075 0.041 0.033 0.020 0.012 131 R 0.178 0.191 0.059 0.150 0.114 0.093 0.097 0.052 0.036 0.020 0.012 132 N 0.250 0.164 0.070 0.124 0.108 0.092 0.088 0.047 0.032 0.016 0.009 133 D 0.434 0.157 0.095 0.139 0.079 0.044 0.026 0.012 0.008 0.004 0.002 134 F 0.185 0.159 0.098 0.138 0.127 0.111 0.087 0.047 0.031 0.013 0.005 135 L 0.031 0.052 0.050 0.088 0.086 0.112 0.173 0.136 0.129 0.085 0.059 136 I 0.031 0.036 0.077 0.111 0.122 0.155 0.199 0.107 0.079 0.053 0.029 137 Q 0.045 0.075 0.278 0.247 0.139 0.095 0.067 0.029 0.016 0.008 0.003 138 M 0.004 0.011 0.034 0.045 0.053 0.097 0.214 0.174 0.163 0.132 0.074 139 F 0.005 0.007 0.024 0.029 0.043 0.085 0.192 0.162 0.192 0.163 0.099 140 H 0.023 0.043 0.208 0.208 0.149 0.129 0.125 0.053 0.032 0.021 0.008 141 Y 0.008 0.023 0.085 0.110 0.112 0.146 0.221 0.134 0.080 0.055 0.026 142 I 0.003 0.004 0.012 0.011 0.014 0.029 0.105 0.134 0.225 0.252 0.212 143 K 0.031 0.038 0.079 0.155 0.168 0.165 0.188 0.077 0.052 0.033 0.015 144 T 0.053 0.053 0.284 0.165 0.107 0.087 0.092 0.048 0.049 0.040 0.022 145 C 0.014 0.024 0.025 0.072 0.081 0.124 0.293 0.149 0.101 0.070 0.046 146 M 0.037 0.038 0.037 0.051 0.046 0.058 0.132 0.155 0.159 0.161 0.126 147 A 0.101 0.103 0.068 0.141 0.136 0.127 0.129 0.082 0.054 0.035 0.024 148 P 0.389 0.234 0.112 0.115 0.076 0.038 0.016 0.009 0.007 0.003 0.001 149 L 0.048 0.028 0.008 0.040 0.057 0.090 0.177 0.139 0.156 0.134 0.122 150 P 0.247 0.221 0.051 0.154 0.114 0.074 0.055 0.035 0.027 0.014 0.008 151 C 0.012 0.016 0.015 0.046 0.051 0.074 0.153 0.135 0.167 0.171 0.159 152 S 0.065 0.085 0.076 0.152 0.147 0.130 0.126 0.085 0.063 0.042 0.030 153 V 0.012 0.014 0.019 0.055 0.057 0.075 0.153 0.131 0.181 0.171 0.133 154 Y 0.036 0.041 0.051 0.101 0.104 0.105 0.162 0.118 0.116 0.095 0.071 155 L 0.020 0.024 0.028 0.072 0.066 0.077 0.161 0.137 0.157 0.146 0.111 156 I 0.044 0.054 0.053 0.091 0.097 0.109 0.161 0.117 0.110 0.093 0.071 157 E 0.099 0.145 0.075 0.169 0.132 0.109 0.109 0.065 0.050 0.030 0.017 158 H 0.135 0.087 0.042 0.108 0.118 0.126 0.141 0.091 0.074 0.049 0.030 159 P 0.311 0.147 0.059 0.130 0.100 0.078 0.069 0.043 0.034 0.019 0.011 160 S 0.118 0.122 0.051 0.158 0.130 0.110 0.119 0.078 0.057 0.035 0.022 161 L 0.015 0.020 0.015 0.029 0.040 0.061 0.124 0.138 0.186 0.188 0.184 162 K 0.058 0.091 0.075 0.196 0.169 0.143 0.121 0.058 0.046 0.026 0.017 163 Y 0.047 0.052 0.083 0.161 0.139 0.134 0.149 0.086 0.072 0.051 0.026 164 A 0.015 0.017 0.018 0.052 0.066 0.091 0.186 0.173 0.158 0.131 0.094 165 T 0.009 0.013 0.016 0.032 0.035 0.049 0.120 0.153 0.217 0.194 0.163 166 T 0.018 0.025 0.060 0.077 0.092 0.104 0.157 0.124 0.137 0.119 0.088 167 R 0.042 0.058 0.110 0.156 0.142 0.131 0.150 0.072 0.063 0.045 0.030 168 S 0.055 0.069 0.057 0.143 0.122 0.127 0.177 0.099 0.076 0.049 0.026 169 I 0.042 0.038 0.030 0.064 0.062 0.082 0.161 0.141 0.144 0.134 0.102 170 A 0.092 0.101 0.064 0.138 0.125 0.124 0.136 0.084 0.066 0.043 0.027 171 K 0.090 0.105 0.094 0.167 0.145 0.124 0.106 0.063 0.052 0.034 0.020 172 Y 0.022 0.027 0.018 0.058 0.078 0.116 0.194 0.141 0.139 0.115 0.090 173 P 0.029 0.045 0.028 0.118 0.116 0.121 0.164 0.128 0.112 0.080 0.059 174 V 0.002 0.003 0.005 0.015 0.024 0.038 0.105 0.138 0.203 0.237 0.229 175 G 0.008 0.012 0.021 0.062 0.082 0.088 0.147 0.146 0.170 0.139 0.126 176 I 0.002 0.002 0.009 0.016 0.021 0.028 0.086 0.103 0.210 0.258 0.264 177 E 0.005 0.009 0.016 0.047 0.067 0.079 0.178 0.168 0.166 0.148 0.117 178 V 0.003 0.005 0.009 0.015 0.020 0.031 0.097 0.137 0.215 0.237 0.233 179 G 0.057 0.063 0.050 0.118 0.133 0.134 0.167 0.112 0.082 0.051 0.033 180 P 0.221 0.134 0.078 0.142 0.112 0.085 0.080 0.053 0.049 0.029 0.017 181 Q 0.167 0.105 0.029 0.096 0.101 0.111 0.154 0.086 0.071 0.045 0.035 182 P 0.250 0.246 0.043 0.142 0.096 0.066 0.066 0.040 0.027 0.015 0.009 183 H 0.149 0.104 0.039 0.108 0.114 0.116 0.132 0.090 0.070 0.046 0.032 184 G 0.436 0.177 0.088 0.129 0.080 0.043 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 185 V 0.168 0.099 0.063 0.170 0.129 0.109 0.114 0.061 0.046 0.027 0.015 186 L 0.037 0.060 0.040 0.059 0.067 0.089 0.155 0.145 0.153 0.113 0.082 187 R 0.035 0.080 0.069 0.189 0.159 0.147 0.160 0.077 0.046 0.025 0.013 188 A 0.171 0.082 0.234 0.160 0.109 0.085 0.070 0.038 0.027 0.018 0.008 189 D 0.174 0.132 0.145 0.246 0.127 0.086 0.057 0.019 0.009 0.003 0.001 190 I 0.010 0.034 0.031 0.034 0.041 0.075 0.170 0.180 0.204 0.145 0.077 191 L 0.011 0.021 0.028 0.078 0.119 0.187 0.266 0.131 0.080 0.050 0.029 192 D 0.189 0.094 0.442 0.171 0.059 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 193 Q 0.007 0.027 0.046 0.124 0.167 0.202 0.239 0.117 0.045 0.020 0.007 194 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.030 0.072 0.244 0.302 0.342 195 R 0.004 0.009 0.062 0.117 0.225 0.241 0.223 0.060 0.033 0.019 0.006 196 R 0.008 0.024 0.524 0.218 0.099 0.061 0.041 0.015 0.006 0.003 0.001 197 M 0.001 0.001 0.007 0.008 0.010 0.025 0.151 0.178 0.231 0.222 0.167 198 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.019 0.094 0.185 0.252 0.259 0.173 199 K 0.016 0.059 0.397 0.221 0.148 0.081 0.046 0.016 0.009 0.005 0.002 200 H 0.052 0.075 0.213 0.147 0.130 0.150 0.138 0.052 0.025 0.013 0.005