# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.003 0.004 0.025 0.034 0.047 0.036 0.001 0.001 0.003 0.818 2 T 0.036 0.002 0.005 0.039 0.056 0.089 0.061 0.001 0.001 0.005 0.706 3 S 0.042 0.002 0.003 0.075 0.115 0.143 0.101 0.001 0.001 0.005 0.512 4 C 0.019 0.003 0.002 0.072 0.067 0.099 0.071 0.001 0.001 0.003 0.665 5 V 0.020 0.003 0.001 0.124 0.172 0.258 0.109 0.001 0.001 0.003 0.309 6 A 0.015 0.002 0.001 0.043 0.035 0.068 0.069 0.001 0.001 0.003 0.764 7 E 0.042 0.003 0.001 0.072 0.058 0.099 0.121 0.002 0.001 0.012 0.591 8 E 0.139 0.002 0.002 0.017 0.031 0.033 0.252 0.001 0.001 0.018 0.505 9 P 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.966 10 I 0.022 0.001 0.002 0.039 0.030 0.060 0.196 0.001 0.001 0.013 0.638 11 K 0.144 0.001 0.004 0.084 0.076 0.060 0.124 0.001 0.001 0.017 0.489 12 K 0.011 0.001 0.003 0.300 0.095 0.122 0.048 0.001 0.001 0.002 0.418 13 I 0.001 0.001 0.001 0.597 0.174 0.200 0.014 0.001 0.001 0.001 0.014 14 A 0.001 0.001 0.001 0.821 0.061 0.077 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 15 I 0.001 0.001 0.001 0.777 0.076 0.132 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 16 F 0.001 0.001 0.001 0.751 0.088 0.128 0.009 0.001 0.001 0.001 0.023 17 G 0.001 0.001 0.001 0.515 0.077 0.144 0.023 0.001 0.001 0.002 0.239 18 G 0.002 0.001 0.001 0.259 0.116 0.274 0.087 0.001 0.001 0.006 0.255 19 T 0.044 0.002 0.002 0.123 0.084 0.142 0.111 0.001 0.001 0.017 0.474 20 H 0.023 0.006 0.002 0.066 0.096 0.132 0.144 0.001 0.001 0.007 0.522 21 G 0.010 0.002 0.001 0.017 0.018 0.035 0.054 0.001 0.001 0.003 0.859 22 N 0.045 0.009 0.001 0.014 0.017 0.028 0.192 0.001 0.001 0.006 0.687 23 E 0.176 0.031 0.002 0.006 0.005 0.009 0.194 0.001 0.001 0.011 0.565 24 L 0.152 0.127 0.007 0.015 0.009 0.015 0.218 0.002 0.001 0.010 0.445 25 T 0.113 0.150 0.008 0.011 0.007 0.016 0.245 0.002 0.001 0.007 0.441 26 G 0.066 0.235 0.004 0.006 0.005 0.009 0.095 0.002 0.001 0.004 0.576 27 V 0.026 0.435 0.002 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.475 28 F 0.006 0.519 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.002 0.001 0.001 0.392 29 L 0.010 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.083 30 V 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 31 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 H 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 33 W 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.005 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 35 K 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 36 N 0.028 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.019 37 G 0.063 0.872 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.035 38 A 0.039 0.731 0.032 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.171 39 E 0.043 0.511 0.047 0.003 0.003 0.005 0.040 0.035 0.001 0.001 0.312 40 V 0.242 0.542 0.005 0.004 0.003 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.174 41 H 0.216 0.541 0.007 0.008 0.008 0.006 0.020 0.027 0.001 0.002 0.166 42 R 0.138 0.304 0.040 0.012 0.013 0.015 0.034 0.016 0.001 0.004 0.424 43 A 0.062 0.080 0.006 0.017 0.025 0.028 0.088 0.023 0.001 0.004 0.667 44 G 0.353 0.012 0.009 0.025 0.010 0.013 0.064 0.031 0.001 0.018 0.464 45 L 0.361 0.003 0.238 0.097 0.032 0.024 0.048 0.004 0.001 0.015 0.177 46 E 0.007 0.001 0.022 0.337 0.117 0.084 0.121 0.001 0.001 0.002 0.310 47 V 0.001 0.001 0.004 0.335 0.086 0.186 0.022 0.001 0.001 0.001 0.364 48 K 0.001 0.001 0.001 0.559 0.174 0.231 0.016 0.001 0.001 0.001 0.019 49 P 0.001 0.001 0.001 0.157 0.030 0.039 0.014 0.001 0.001 0.001 0.758 50 F 0.001 0.001 0.001 0.573 0.106 0.180 0.026 0.001 0.001 0.002 0.111 51 I 0.005 0.001 0.001 0.255 0.088 0.195 0.062 0.001 0.001 0.005 0.390 52 T 0.007 0.001 0.001 0.207 0.097 0.217 0.072 0.001 0.001 0.006 0.392 53 N 0.011 0.001 0.001 0.073 0.115 0.203 0.133 0.001 0.001 0.005 0.458 54 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.954 55 R 0.026 0.004 0.001 0.014 0.036 0.057 0.184 0.001 0.001 0.008 0.670 56 A 0.318 0.022 0.002 0.015 0.028 0.043 0.107 0.001 0.001 0.016 0.447 57 V 0.089 0.164 0.002 0.032 0.082 0.100 0.080 0.002 0.001 0.003 0.446 58 E 0.054 0.142 0.003 0.039 0.109 0.232 0.070 0.002 0.001 0.005 0.344 59 K 0.101 0.212 0.004 0.027 0.087 0.175 0.045 0.005 0.001 0.005 0.339 60 C 0.137 0.184 0.010 0.028 0.109 0.165 0.046 0.011 0.001 0.005 0.304 61 T 0.051 0.065 0.013 0.034 0.151 0.211 0.054 0.009 0.001 0.005 0.407 62 R 0.054 0.027 0.012 0.043 0.080 0.119 0.083 0.009 0.001 0.008 0.566 63 Y 0.096 0.023 0.034 0.073 0.089 0.138 0.095 0.005 0.001 0.010 0.435 64 I 0.051 0.015 0.007 0.097 0.085 0.116 0.142 0.004 0.001 0.007 0.475 65 D 0.056 0.005 0.005 0.030 0.032 0.044 0.099 0.002 0.001 0.007 0.720 66 C 0.080 0.007 0.009 0.083 0.043 0.075 0.152 0.002 0.001 0.014 0.534 67 D 0.039 0.003 0.002 0.024 0.026 0.030 0.441 0.001 0.001 0.011 0.423 68 L 0.032 0.002 0.005 0.016 0.006 0.007 0.059 0.001 0.001 0.007 0.865 69 N 0.022 0.003 0.001 0.026 0.017 0.028 0.514 0.001 0.001 0.014 0.375 70 R 0.288 0.009 0.004 0.019 0.013 0.017 0.235 0.001 0.001 0.045 0.369 71 V 0.134 0.064 0.004 0.038 0.029 0.054 0.223 0.002 0.001 0.013 0.437 72 F 0.092 0.046 0.007 0.071 0.078 0.131 0.143 0.003 0.001 0.012 0.418 73 D 0.075 0.030 0.002 0.025 0.032 0.049 0.071 0.003 0.001 0.005 0.708 74 L 0.100 0.034 0.011 0.033 0.052 0.105 0.063 0.003 0.001 0.008 0.591 75 E 0.050 0.023 0.003 0.024 0.034 0.050 0.140 0.004 0.001 0.004 0.667 76 N 0.116 0.025 0.004 0.030 0.025 0.035 0.106 0.004 0.001 0.010 0.644 77 L 0.123 0.051 0.008 0.030 0.019 0.037 0.173 0.004 0.001 0.013 0.542 78 S 0.181 0.046 0.006 0.029 0.026 0.039 0.215 0.006 0.001 0.020 0.434 79 K 0.184 0.043 0.011 0.020 0.016 0.022 0.100 0.004 0.001 0.010 0.589 80 E 0.112 0.035 0.009 0.024 0.040 0.046 0.157 0.004 0.001 0.009 0.564 81 M 0.075 0.026 0.009 0.026 0.031 0.051 0.117 0.003 0.001 0.008 0.654 82 S 0.074 0.029 0.003 0.034 0.055 0.072 0.217 0.006 0.001 0.009 0.501 83 E 0.143 0.028 0.006 0.015 0.010 0.016 0.127 0.003 0.001 0.013 0.638 84 D 0.161 0.033 0.005 0.020 0.017 0.025 0.366 0.006 0.001 0.022 0.346 85 L 0.191 0.022 0.013 0.010 0.004 0.005 0.213 0.002 0.001 0.017 0.523 86 P 0.042 0.032 0.006 0.008 0.002 0.005 0.201 0.001 0.001 0.007 0.696 87 Y 0.069 0.056 0.005 0.009 0.006 0.012 0.247 0.002 0.001 0.014 0.580 88 E 0.082 0.252 0.002 0.008 0.008 0.015 0.236 0.003 0.001 0.006 0.387 89 V 0.058 0.631 0.001 0.006 0.008 0.011 0.039 0.004 0.001 0.002 0.241 90 R 0.032 0.817 0.001 0.002 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.120 91 R 0.027 0.812 0.002 0.001 0.003 0.005 0.023 0.004 0.001 0.001 0.122 92 A 0.020 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.025 93 Q 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.040 94 E 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.041 95 I 0.027 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.027 96 N 0.043 0.910 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.027 97 H 0.074 0.789 0.012 0.002 0.002 0.005 0.005 0.021 0.001 0.001 0.090 98 L 0.204 0.569 0.008 0.004 0.002 0.004 0.002 0.051 0.001 0.001 0.156 99 F 0.230 0.310 0.039 0.010 0.005 0.005 0.006 0.055 0.001 0.001 0.339 100 G 0.119 0.102 0.065 0.021 0.019 0.035 0.043 0.018 0.001 0.002 0.576 101 P 0.004 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.978 102 K 0.040 0.006 0.001 0.032 0.018 0.041 0.090 0.002 0.001 0.002 0.769 103 N 0.281 0.009 0.002 0.020 0.016 0.021 0.082 0.002 0.001 0.008 0.559 104 S 0.156 0.029 0.002 0.026 0.017 0.017 0.146 0.002 0.001 0.005 0.601 105 D 0.092 0.010 0.002 0.022 0.012 0.015 0.178 0.002 0.001 0.011 0.657 106 D 0.213 0.010 0.003 0.025 0.016 0.018 0.316 0.002 0.001 0.030 0.367 107 A 0.166 0.007 0.009 0.019 0.022 0.026 0.316 0.003 0.001 0.034 0.399 108 Y 0.098 0.007 0.043 0.133 0.061 0.081 0.135 0.001 0.001 0.018 0.421 109 D 0.021 0.002 0.007 0.209 0.173 0.187 0.136 0.001 0.001 0.006 0.259 110 V 0.005 0.001 0.003 0.339 0.201 0.241 0.031 0.001 0.001 0.002 0.176 111 V 0.002 0.001 0.001 0.321 0.157 0.383 0.045 0.001 0.001 0.001 0.090 112 F 0.003 0.002 0.001 0.496 0.178 0.268 0.017 0.001 0.001 0.001 0.035 113 D 0.005 0.007 0.001 0.381 0.134 0.222 0.074 0.001 0.001 0.003 0.173 114 L 0.014 0.007 0.002 0.327 0.150 0.228 0.052 0.001 0.001 0.007 0.211 115 H 0.019 0.013 0.001 0.171 0.103 0.229 0.269 0.002 0.001 0.016 0.176 116 N 0.099 0.012 0.005 0.042 0.068 0.093 0.250 0.006 0.001 0.039 0.387 117 T 0.124 0.029 0.024 0.037 0.047 0.062 0.229 0.003 0.001 0.021 0.423 118 T 0.045 0.016 0.005 0.023 0.047 0.052 0.283 0.003 0.001 0.017 0.509 119 S 0.082 0.024 0.009 0.022 0.035 0.038 0.199 0.002 0.001 0.016 0.573 120 N 0.121 0.042 0.003 0.020 0.040 0.059 0.250 0.004 0.001 0.023 0.437 121 M 0.260 0.051 0.009 0.031 0.049 0.078 0.170 0.006 0.001 0.029 0.318 122 G 0.138 0.033 0.011 0.046 0.076 0.105 0.147 0.007 0.001 0.017 0.420 123 C 0.062 0.010 0.028 0.065 0.075 0.108 0.076 0.002 0.001 0.008 0.566 124 T 0.010 0.003 0.004 0.061 0.056 0.090 0.051 0.001 0.001 0.002 0.721 125 L 0.023 0.003 0.003 0.114 0.118 0.203 0.080 0.001 0.001 0.005 0.451 126 I 0.039 0.008 0.002 0.122 0.124 0.236 0.091 0.001 0.001 0.006 0.373 127 L 0.025 0.010 0.002 0.137 0.132 0.224 0.062 0.001 0.001 0.004 0.402 128 E 0.028 0.009 0.001 0.100 0.105 0.195 0.090 0.001 0.001 0.005 0.465 129 D 0.051 0.010 0.002 0.054 0.043 0.084 0.104 0.002 0.001 0.008 0.642 130 S 0.084 0.015 0.005 0.038 0.027 0.050 0.189 0.003 0.001 0.012 0.576 131 R 0.125 0.011 0.008 0.018 0.012 0.020 0.267 0.003 0.001 0.019 0.518 132 N 0.153 0.014 0.006 0.010 0.004 0.007 0.323 0.003 0.001 0.014 0.465 133 D 0.032 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.138 0.001 0.001 0.005 0.802 134 F 0.009 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.001 0.001 0.005 0.498 135 L 0.026 0.088 0.001 0.001 0.001 0.004 0.665 0.002 0.001 0.011 0.201 136 I 0.037 0.714 0.001 0.002 0.002 0.003 0.104 0.004 0.001 0.005 0.128 137 Q 0.013 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.054 138 M 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 139 F 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 140 H 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 141 Y 0.010 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 142 I 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 143 K 0.013 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 144 T 0.040 0.867 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.049 145 C 0.158 0.756 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 0.032 146 M 0.298 0.406 0.073 0.004 0.003 0.005 0.016 0.075 0.001 0.003 0.117 147 A 0.111 0.132 0.162 0.031 0.011 0.016 0.025 0.046 0.001 0.002 0.464 148 P 0.015 0.003 0.007 0.010 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.951 149 L 0.136 0.003 0.031 0.069 0.011 0.019 0.059 0.003 0.001 0.004 0.664 150 P 0.009 0.001 0.002 0.013 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.961 151 C 0.023 0.002 0.001 0.154 0.023 0.054 0.099 0.001 0.001 0.003 0.641 152 S 0.078 0.004 0.001 0.178 0.044 0.085 0.129 0.001 0.001 0.005 0.475 153 V 0.054 0.015 0.001 0.181 0.048 0.064 0.069 0.001 0.001 0.004 0.564 154 Y 0.042 0.022 0.002 0.154 0.071 0.113 0.128 0.001 0.001 0.005 0.464 155 L 0.066 0.029 0.002 0.125 0.070 0.118 0.105 0.001 0.001 0.006 0.477 156 I 0.046 0.047 0.003 0.083 0.063 0.143 0.082 0.002 0.001 0.005 0.527 157 E 0.070 0.038 0.005 0.042 0.052 0.120 0.083 0.005 0.001 0.008 0.578 158 H 0.142 0.039 0.007 0.029 0.032 0.077 0.097 0.004 0.001 0.006 0.567 159 P 0.008 0.004 0.001 0.004 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.968 160 S 0.052 0.017 0.003 0.011 0.014 0.026 0.153 0.001 0.001 0.005 0.718 161 L 0.183 0.065 0.005 0.015 0.018 0.033 0.119 0.002 0.001 0.008 0.554 162 K 0.073 0.268 0.002 0.027 0.027 0.045 0.106 0.003 0.001 0.004 0.445 163 Y 0.097 0.282 0.005 0.012 0.012 0.026 0.085 0.002 0.001 0.006 0.473 164 A 0.081 0.425 0.004 0.013 0.020 0.028 0.086 0.004 0.001 0.005 0.334 165 T 0.061 0.532 0.006 0.014 0.025 0.039 0.094 0.007 0.001 0.005 0.217 166 T 0.051 0.600 0.005 0.016 0.038 0.047 0.045 0.011 0.001 0.003 0.183 167 R 0.051 0.677 0.004 0.008 0.020 0.025 0.035 0.010 0.001 0.003 0.168 168 S 0.168 0.531 0.009 0.005 0.013 0.016 0.040 0.021 0.001 0.005 0.193 169 I 0.189 0.483 0.019 0.009 0.018 0.019 0.042 0.031 0.001 0.006 0.184 170 A 0.194 0.235 0.030 0.019 0.025 0.033 0.067 0.055 0.001 0.012 0.330 171 K 0.191 0.091 0.106 0.022 0.023 0.041 0.054 0.022 0.001 0.010 0.441 172 Y 0.097 0.028 0.026 0.093 0.072 0.076 0.054 0.010 0.001 0.004 0.541 173 P 0.005 0.001 0.005 0.012 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.956 174 V 0.016 0.002 0.002 0.262 0.219 0.238 0.060 0.001 0.001 0.002 0.198 175 G 0.052 0.005 0.002 0.253 0.080 0.131 0.068 0.001 0.001 0.004 0.404 176 I 0.008 0.006 0.001 0.392 0.197 0.271 0.027 0.001 0.001 0.001 0.099 177 E 0.005 0.004 0.001 0.395 0.139 0.253 0.043 0.001 0.001 0.001 0.158 178 V 0.013 0.005 0.001 0.261 0.104 0.212 0.051 0.001 0.001 0.004 0.349 179 G 0.020 0.003 0.003 0.159 0.118 0.190 0.070 0.001 0.001 0.004 0.432 180 P 0.003 0.001 0.002 0.020 0.009 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.933 181 Q 0.012 0.001 0.001 0.061 0.038 0.105 0.130 0.001 0.001 0.003 0.649 182 P 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.972 183 H 0.037 0.005 0.001 0.026 0.012 0.031 0.109 0.001 0.001 0.003 0.777 184 G 0.145 0.007 0.001 0.009 0.004 0.007 0.088 0.001 0.001 0.004 0.736 185 V 0.179 0.049 0.002 0.015 0.004 0.006 0.104 0.001 0.001 0.003 0.638 186 L 0.077 0.082 0.004 0.012 0.007 0.018 0.198 0.001 0.001 0.004 0.598 187 R 0.114 0.217 0.002 0.018 0.007 0.018 0.126 0.002 0.001 0.004 0.491 188 A 0.037 0.310 0.002 0.003 0.001 0.004 0.049 0.001 0.001 0.001 0.592 189 D 0.027 0.396 0.001 0.001 0.001 0.002 0.096 0.004 0.001 0.001 0.471 190 I 0.050 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.001 0.001 0.133 191 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 192 D 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.039 193 Q 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 194 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 195 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 196 R 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 197 M 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 198 L 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 199 K 0.041 0.915 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.019 200 H 0.066 0.784 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.089