# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.214 0.156 0.055 0.010 0.300 0.009 0.024 0.044 0.035 0.067 0.085 2 T 0.225 0.179 0.037 0.003 0.403 0.004 0.009 0.020 0.030 0.034 0.057 3 S 0.162 0.217 0.043 0.003 0.473 0.006 0.017 0.025 0.016 0.015 0.023 4 C 0.319 0.120 0.023 0.004 0.392 0.004 0.012 0.021 0.014 0.029 0.063 5 V 0.178 0.190 0.082 0.035 0.318 0.028 0.018 0.038 0.029 0.040 0.043 6 A 0.061 0.152 0.097 0.095 0.144 0.072 0.080 0.159 0.075 0.043 0.022 7 E 0.041 0.063 0.092 0.144 0.046 0.043 0.031 0.084 0.101 0.297 0.059 8 E 0.022 0.354 0.346 0.052 0.114 0.014 0.024 0.049 0.013 0.006 0.006 9 P 0.098 0.143 0.104 0.013 0.145 0.019 0.059 0.119 0.125 0.118 0.056 10 I 0.050 0.436 0.235 0.006 0.225 0.005 0.014 0.010 0.005 0.005 0.010 11 K 0.248 0.151 0.021 0.004 0.472 0.008 0.016 0.009 0.004 0.016 0.051 12 K 0.161 0.103 0.009 0.003 0.695 0.006 0.011 0.002 0.001 0.002 0.008 13 I 0.141 0.047 0.001 0.001 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 A 0.162 0.027 0.001 0.001 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 15 I 0.354 0.026 0.002 0.001 0.520 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.089 16 F 0.347 0.038 0.009 0.009 0.289 0.006 0.012 0.003 0.002 0.052 0.232 17 G 0.059 0.171 0.095 0.131 0.133 0.093 0.057 0.041 0.044 0.108 0.067 18 G 0.097 0.132 0.116 0.049 0.135 0.030 0.025 0.038 0.066 0.216 0.095 19 T 0.103 0.185 0.114 0.061 0.144 0.038 0.058 0.053 0.071 0.106 0.067 20 H 0.029 0.296 0.230 0.113 0.093 0.037 0.029 0.049 0.049 0.053 0.021 21 G 0.009 0.066 0.053 0.064 0.023 0.100 0.103 0.232 0.276 0.059 0.014 22 N 0.028 0.019 0.015 0.017 0.020 0.019 0.045 0.156 0.153 0.412 0.115 23 E 0.041 0.075 0.022 0.012 0.069 0.016 0.064 0.328 0.203 0.148 0.021 24 L 0.015 0.093 0.074 0.019 0.035 0.043 0.049 0.472 0.118 0.066 0.017 25 T 0.004 0.020 0.021 0.008 0.007 0.005 0.019 0.733 0.152 0.025 0.005 26 G 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.869 0.108 0.011 0.001 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.061 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.903 0.087 0.002 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.869 0.071 0.007 0.001 36 N 0.004 0.165 0.153 0.017 0.021 0.022 0.115 0.393 0.061 0.047 0.003 37 G 0.030 0.010 0.007 0.009 0.009 0.007 0.026 0.284 0.107 0.397 0.114 38 A 0.032 0.102 0.019 0.016 0.059 0.028 0.057 0.376 0.206 0.077 0.026 39 E 0.031 0.044 0.016 0.019 0.062 0.032 0.088 0.434 0.204 0.046 0.025 40 V 0.049 0.122 0.051 0.017 0.135 0.018 0.052 0.261 0.176 0.098 0.020 41 H 0.213 0.057 0.018 0.006 0.118 0.007 0.040 0.156 0.109 0.182 0.095 42 R 0.167 0.110 0.073 0.035 0.141 0.022 0.013 0.075 0.101 0.148 0.114 43 A 0.001 0.022 0.035 0.086 0.005 0.178 0.416 0.185 0.060 0.009 0.002 44 G 0.066 0.015 0.015 0.010 0.026 0.007 0.012 0.018 0.066 0.557 0.207 45 L 0.096 0.408 0.013 0.001 0.448 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.018 46 E 0.286 0.065 0.005 0.001 0.597 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.028 47 V 0.293 0.051 0.002 0.001 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 K 0.087 0.179 0.007 0.004 0.712 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 P 0.540 0.011 0.002 0.001 0.360 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.082 50 F 0.114 0.043 0.010 0.039 0.285 0.197 0.217 0.028 0.007 0.021 0.039 51 I 0.250 0.104 0.006 0.001 0.583 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.046 52 T 0.168 0.132 0.056 0.026 0.343 0.019 0.009 0.012 0.009 0.088 0.138 53 N 0.418 0.039 0.014 0.003 0.437 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.070 54 P 0.019 0.136 0.028 0.005 0.070 0.006 0.011 0.415 0.279 0.023 0.007 55 R 0.005 0.006 0.002 0.002 0.007 0.004 0.027 0.603 0.211 0.126 0.007 56 A 0.009 0.023 0.010 0.008 0.018 0.011 0.031 0.750 0.104 0.033 0.002 57 V 0.018 0.027 0.006 0.004 0.046 0.008 0.019 0.688 0.132 0.046 0.007 58 E 0.036 0.026 0.009 0.006 0.047 0.017 0.067 0.633 0.110 0.030 0.018 59 K 0.033 0.045 0.018 0.018 0.066 0.041 0.146 0.362 0.099 0.141 0.030 60 C 0.119 0.142 0.052 0.021 0.212 0.022 0.058 0.102 0.063 0.146 0.063 61 T 0.129 0.153 0.040 0.022 0.182 0.023 0.035 0.124 0.093 0.132 0.067 62 R 0.139 0.116 0.055 0.033 0.172 0.023 0.075 0.130 0.088 0.105 0.063 63 Y 0.106 0.114 0.044 0.050 0.178 0.066 0.091 0.117 0.077 0.098 0.058 64 I 0.069 0.219 0.084 0.058 0.189 0.040 0.055 0.099 0.074 0.078 0.035 65 D 0.204 0.061 0.055 0.025 0.173 0.018 0.017 0.063 0.060 0.198 0.126 66 C 0.056 0.343 0.132 0.026 0.205 0.012 0.021 0.088 0.047 0.046 0.024 67 D 0.283 0.126 0.033 0.003 0.399 0.002 0.012 0.053 0.018 0.013 0.058 68 L 0.036 0.097 0.025 0.007 0.072 0.012 0.018 0.315 0.324 0.076 0.019 69 N 0.078 0.083 0.033 0.011 0.145 0.013 0.036 0.254 0.190 0.120 0.037 70 R 0.050 0.081 0.033 0.007 0.071 0.011 0.052 0.431 0.187 0.058 0.019 71 V 0.085 0.101 0.029 0.006 0.137 0.012 0.079 0.183 0.108 0.207 0.053 72 F 0.096 0.356 0.119 0.011 0.270 0.007 0.011 0.027 0.019 0.039 0.047 73 D 0.244 0.112 0.073 0.013 0.222 0.011 0.015 0.040 0.031 0.087 0.152 74 L 0.047 0.183 0.086 0.010 0.129 0.005 0.010 0.230 0.187 0.093 0.020 75 E 0.019 0.050 0.034 0.013 0.039 0.029 0.074 0.454 0.216 0.059 0.013 76 N 0.100 0.056 0.028 0.014 0.109 0.010 0.038 0.300 0.124 0.161 0.061 77 L 0.042 0.072 0.022 0.007 0.088 0.013 0.027 0.310 0.222 0.169 0.029 78 S 0.035 0.038 0.023 0.013 0.052 0.013 0.036 0.289 0.226 0.245 0.030 79 K 0.044 0.189 0.110 0.015 0.118 0.014 0.043 0.199 0.132 0.114 0.020 80 E 0.070 0.200 0.127 0.016 0.173 0.010 0.029 0.155 0.077 0.109 0.035 81 M 0.111 0.177 0.042 0.010 0.176 0.012 0.038 0.192 0.105 0.083 0.054 82 S 0.038 0.280 0.203 0.032 0.138 0.015 0.020 0.110 0.079 0.067 0.018 83 E 0.029 0.091 0.065 0.020 0.069 0.033 0.101 0.328 0.168 0.080 0.016 84 D 0.118 0.200 0.144 0.015 0.172 0.008 0.023 0.082 0.052 0.112 0.075 85 L 0.039 0.395 0.139 0.014 0.139 0.006 0.013 0.160 0.050 0.026 0.018 86 P 0.032 0.188 0.061 0.006 0.084 0.011 0.034 0.394 0.122 0.050 0.018 87 Y 0.022 0.036 0.012 0.002 0.035 0.003 0.009 0.600 0.210 0.057 0.014 88 E 0.014 0.028 0.007 0.001 0.021 0.002 0.005 0.816 0.071 0.030 0.006 89 V 0.004 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.886 0.067 0.016 0.003 90 R 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.938 0.036 0.005 0.001 91 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.937 0.035 0.017 0.001 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.042 0.004 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.948 0.040 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.935 0.043 0.008 0.001 95 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.820 0.141 0.020 0.001 96 N 0.005 0.014 0.002 0.002 0.007 0.006 0.023 0.690 0.227 0.020 0.003 97 H 0.006 0.008 0.004 0.004 0.006 0.008 0.142 0.561 0.190 0.065 0.006 98 L 0.012 0.016 0.010 0.010 0.020 0.050 0.378 0.282 0.098 0.115 0.010 99 F 0.156 0.196 0.079 0.028 0.145 0.011 0.031 0.053 0.048 0.144 0.109 100 G 0.018 0.064 0.190 0.379 0.031 0.111 0.023 0.059 0.044 0.063 0.017 101 P 0.069 0.177 0.085 0.020 0.178 0.019 0.049 0.188 0.104 0.084 0.030 102 K 0.061 0.121 0.046 0.013 0.131 0.034 0.078 0.188 0.126 0.149 0.052 103 N 0.121 0.132 0.088 0.022 0.192 0.019 0.036 0.081 0.069 0.168 0.073 104 S 0.064 0.114 0.091 0.039 0.117 0.026 0.051 0.170 0.184 0.102 0.040 105 D 0.035 0.059 0.025 0.026 0.044 0.038 0.092 0.207 0.256 0.184 0.034 106 D 0.054 0.145 0.085 0.022 0.129 0.011 0.044 0.070 0.143 0.256 0.043 107 A 0.169 0.204 0.055 0.011 0.302 0.016 0.032 0.036 0.032 0.078 0.066 108 Y 0.335 0.096 0.014 0.003 0.474 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.062 109 D 0.222 0.048 0.008 0.024 0.460 0.075 0.108 0.014 0.006 0.008 0.026 110 V 0.243 0.055 0.002 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 111 V 0.248 0.024 0.001 0.001 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 112 F 0.229 0.081 0.010 0.004 0.602 0.005 0.003 0.003 0.001 0.007 0.057 113 D 0.405 0.044 0.006 0.001 0.395 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.135 114 L 0.133 0.124 0.035 0.029 0.150 0.042 0.029 0.070 0.096 0.195 0.098 115 H 0.067 0.121 0.096 0.098 0.146 0.080 0.082 0.080 0.073 0.114 0.043 116 N 0.139 0.106 0.068 0.045 0.164 0.024 0.048 0.084 0.075 0.173 0.074 117 T 0.059 0.101 0.084 0.047 0.090 0.037 0.046 0.181 0.139 0.162 0.055 118 T 0.044 0.128 0.062 0.037 0.119 0.034 0.046 0.209 0.181 0.111 0.031 119 S 0.040 0.063 0.044 0.029 0.042 0.039 0.099 0.309 0.206 0.089 0.040 120 N 0.056 0.054 0.037 0.030 0.070 0.032 0.098 0.272 0.137 0.162 0.051 121 M 0.056 0.230 0.094 0.048 0.143 0.046 0.085 0.104 0.075 0.089 0.030 122 G 0.061 0.059 0.084 0.099 0.038 0.034 0.018 0.040 0.050 0.385 0.132 123 C 0.103 0.256 0.129 0.033 0.258 0.013 0.015 0.077 0.041 0.046 0.030 124 T 0.199 0.147 0.033 0.009 0.284 0.012 0.034 0.111 0.071 0.046 0.053 125 L 0.161 0.199 0.052 0.012 0.317 0.015 0.028 0.086 0.051 0.042 0.038 126 I 0.190 0.160 0.050 0.010 0.343 0.011 0.027 0.114 0.031 0.027 0.037 127 L 0.173 0.127 0.050 0.032 0.177 0.026 0.038 0.130 0.069 0.101 0.076 128 E 0.038 0.233 0.126 0.064 0.131 0.057 0.065 0.138 0.080 0.049 0.019 129 D 0.084 0.087 0.056 0.017 0.123 0.016 0.040 0.170 0.149 0.186 0.073 130 S 0.041 0.160 0.077 0.013 0.098 0.016 0.065 0.281 0.131 0.095 0.022 131 R 0.039 0.148 0.094 0.045 0.071 0.057 0.085 0.162 0.081 0.174 0.043 132 N 0.129 0.190 0.101 0.018 0.284 0.008 0.020 0.094 0.033 0.046 0.076 133 D 0.009 0.028 0.014 0.003 0.023 0.006 0.011 0.621 0.229 0.044 0.012 134 F 0.006 0.011 0.005 0.001 0.007 0.001 0.008 0.775 0.122 0.059 0.005 135 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.886 0.079 0.020 0.001 136 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.904 0.073 0.005 0.001 137 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.921 0.054 0.007 0.001 138 M 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.908 0.059 0.016 0.001 139 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.886 0.087 0.012 0.001 140 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.904 0.072 0.005 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.885 0.074 0.017 0.001 142 I 0.005 0.011 0.003 0.001 0.008 0.003 0.015 0.758 0.164 0.028 0.004 143 K 0.009 0.010 0.003 0.003 0.012 0.006 0.032 0.573 0.283 0.060 0.009 144 T 0.012 0.062 0.036 0.010 0.038 0.028 0.152 0.452 0.166 0.038 0.005 145 C 0.039 0.029 0.015 0.014 0.045 0.023 0.163 0.322 0.125 0.180 0.045 146 M 0.110 0.070 0.034 0.025 0.096 0.027 0.057 0.103 0.105 0.282 0.092 147 A 0.034 0.231 0.188 0.089 0.123 0.061 0.078 0.114 0.044 0.024 0.016 148 P 0.060 0.128 0.129 0.042 0.103 0.027 0.036 0.084 0.108 0.222 0.061 149 L 0.044 0.431 0.245 0.009 0.198 0.004 0.013 0.027 0.011 0.009 0.010 150 P 0.121 0.248 0.054 0.009 0.291 0.016 0.046 0.089 0.048 0.034 0.043 151 C 0.124 0.156 0.041 0.022 0.245 0.035 0.053 0.079 0.089 0.102 0.055 152 S 0.182 0.156 0.042 0.012 0.367 0.011 0.017 0.057 0.040 0.064 0.052 153 V 0.190 0.165 0.036 0.009 0.355 0.011 0.022 0.091 0.047 0.038 0.038 154 Y 0.187 0.151 0.032 0.010 0.306 0.010 0.031 0.076 0.041 0.072 0.083 155 L 0.169 0.181 0.050 0.008 0.301 0.007 0.015 0.077 0.055 0.067 0.069 156 I 0.103 0.192 0.054 0.010 0.201 0.016 0.043 0.202 0.100 0.051 0.028 157 E 0.069 0.154 0.120 0.043 0.122 0.040 0.073 0.098 0.076 0.157 0.048 158 H 0.175 0.191 0.089 0.018 0.342 0.008 0.020 0.060 0.027 0.019 0.050 159 P 0.019 0.046 0.024 0.012 0.035 0.027 0.054 0.379 0.297 0.083 0.022 160 S 0.040 0.079 0.036 0.013 0.059 0.015 0.044 0.250 0.142 0.287 0.034 161 L 0.109 0.083 0.020 0.007 0.131 0.007 0.012 0.342 0.134 0.103 0.050 162 K 0.021 0.047 0.017 0.012 0.048 0.032 0.056 0.569 0.129 0.054 0.016 163 Y 0.087 0.065 0.023 0.008 0.132 0.006 0.020 0.484 0.075 0.067 0.034 164 A 0.052 0.028 0.012 0.005 0.062 0.008 0.016 0.649 0.101 0.048 0.020 165 T 0.031 0.039 0.015 0.006 0.045 0.005 0.012 0.712 0.075 0.046 0.012 166 T 0.034 0.034 0.010 0.006 0.053 0.009 0.023 0.641 0.125 0.053 0.012 167 R 0.030 0.046 0.023 0.011 0.048 0.016 0.047 0.592 0.134 0.041 0.012 168 S 0.052 0.037 0.015 0.009 0.069 0.018 0.105 0.515 0.099 0.060 0.020 169 I 0.074 0.109 0.029 0.023 0.114 0.027 0.044 0.203 0.136 0.197 0.044 170 A 0.089 0.125 0.082 0.047 0.136 0.032 0.049 0.168 0.107 0.128 0.037 171 K 0.087 0.157 0.077 0.023 0.170 0.029 0.083 0.135 0.091 0.112 0.036 172 Y 0.127 0.311 0.134 0.013 0.330 0.004 0.009 0.015 0.008 0.016 0.032 173 P 0.247 0.165 0.021 0.006 0.417 0.011 0.023 0.023 0.016 0.022 0.050 174 V 0.226 0.135 0.020 0.006 0.548 0.005 0.007 0.007 0.007 0.012 0.028 175 G 0.294 0.080 0.010 0.003 0.569 0.004 0.005 0.004 0.003 0.005 0.024 176 I 0.192 0.135 0.010 0.003 0.601 0.007 0.008 0.010 0.004 0.007 0.023 177 E 0.423 0.049 0.012 0.002 0.401 0.002 0.005 0.005 0.002 0.013 0.086 178 V 0.133 0.092 0.044 0.113 0.123 0.078 0.075 0.054 0.039 0.143 0.106 179 G 0.009 0.141 0.291 0.394 0.041 0.053 0.011 0.019 0.014 0.022 0.006 180 P 0.058 0.110 0.092 0.059 0.100 0.042 0.048 0.123 0.113 0.208 0.047 181 Q 0.014 0.213 0.482 0.085 0.050 0.029 0.050 0.050 0.014 0.007 0.006 182 P 0.049 0.178 0.148 0.074 0.090 0.068 0.077 0.172 0.060 0.045 0.038 183 H 0.019 0.224 0.098 0.086 0.050 0.076 0.102 0.153 0.098 0.074 0.020 184 G 0.018 0.029 0.034 0.060 0.020 0.033 0.013 0.087 0.093 0.507 0.107 185 V 0.040 0.201 0.047 0.005 0.134 0.010 0.039 0.339 0.109 0.061 0.014 186 L 0.103 0.213 0.080 0.007 0.127 0.006 0.018 0.245 0.061 0.081 0.059 187 R 0.026 0.204 0.117 0.018 0.065 0.006 0.008 0.441 0.067 0.035 0.012 188 A 0.003 0.011 0.004 0.001 0.006 0.004 0.007 0.848 0.107 0.006 0.002 189 D 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.926 0.046 0.010 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.042 0.017 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.002 0.001 192 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.002 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.030 0.002 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.923 0.056 0.010 0.001 198 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.792 0.165 0.025 0.001 199 K 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.008 0.070 0.689 0.176 0.041 0.002 200 H 0.014 0.076 0.035 0.009 0.051 0.016 0.117 0.439 0.128 0.103 0.013