# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 118 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.062 0.005 0.003 0.006 0.105 0.819 2 T 0.284 0.040 0.005 0.011 0.078 0.582 3 S 0.399 0.035 0.005 0.011 0.079 0.471 4 C 0.304 0.024 0.014 0.015 0.155 0.488 5 V 0.214 0.032 0.016 0.011 0.296 0.431 6 A 0.091 0.019 0.025 0.013 0.488 0.365 7 E 0.033 0.011 0.028 0.008 0.605 0.315 8 E 0.030 0.014 0.021 0.007 0.577 0.351 9 P 0.044 0.032 0.020 0.007 0.363 0.534 10 I 0.080 0.022 0.007 0.003 0.293 0.596 11 K 0.164 0.006 0.003 0.001 0.179 0.646 12 K 0.825 0.006 0.001 0.001 0.037 0.132 13 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 14 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 F 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 17 G 0.734 0.002 0.002 0.001 0.052 0.209 18 G 0.421 0.011 0.009 0.002 0.289 0.268 19 T 0.173 0.018 0.028 0.005 0.427 0.350 20 H 0.121 0.037 0.031 0.008 0.430 0.373 21 G 0.062 0.035 0.023 0.008 0.431 0.440 22 N 0.026 0.018 0.011 0.019 0.266 0.660 23 E 0.005 0.003 0.036 0.681 0.178 0.097 24 L 0.001 0.001 0.014 0.880 0.074 0.030 25 T 0.001 0.002 0.005 0.963 0.021 0.008 26 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 27 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 33 W 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 34 L 0.001 0.001 0.008 0.969 0.015 0.007 35 K 0.001 0.001 0.012 0.870 0.063 0.055 36 N 0.001 0.001 0.012 0.734 0.090 0.162 37 G 0.003 0.004 0.032 0.641 0.160 0.160 38 A 0.004 0.005 0.061 0.596 0.217 0.117 39 E 0.004 0.002 0.095 0.595 0.224 0.079 40 V 0.006 0.003 0.110 0.477 0.285 0.119 41 H 0.012 0.005 0.071 0.422 0.298 0.192 42 R 0.028 0.016 0.043 0.243 0.467 0.203 43 A 0.028 0.009 0.032 0.087 0.565 0.279 44 G 0.034 0.004 0.020 0.018 0.557 0.366 45 L 0.247 0.006 0.012 0.012 0.367 0.355 46 E 0.685 0.008 0.004 0.007 0.076 0.221 47 V 0.921 0.008 0.001 0.004 0.012 0.055 48 K 0.945 0.003 0.001 0.003 0.011 0.037 49 P 0.919 0.007 0.002 0.004 0.016 0.053 50 F 0.747 0.003 0.007 0.005 0.067 0.171 51 I 0.442 0.011 0.009 0.009 0.165 0.363 52 T 0.162 0.033 0.009 0.010 0.189 0.598 53 N 0.021 0.014 0.002 0.009 0.130 0.823 54 P 0.001 0.001 0.039 0.903 0.040 0.017 55 R 0.001 0.001 0.034 0.916 0.046 0.004 56 A 0.001 0.001 0.033 0.905 0.058 0.002 57 V 0.004 0.001 0.023 0.891 0.071 0.010 58 E 0.010 0.001 0.016 0.907 0.054 0.012 59 K 0.022 0.004 0.022 0.836 0.082 0.033 60 C 0.038 0.002 0.017 0.723 0.098 0.122 61 T 0.105 0.013 0.020 0.605 0.091 0.166 62 R 0.161 0.011 0.018 0.553 0.083 0.175 63 Y 0.214 0.027 0.021 0.342 0.171 0.226 64 I 0.290 0.020 0.011 0.139 0.229 0.312 65 D 0.123 0.011 0.028 0.132 0.488 0.218 66 C 0.078 0.015 0.060 0.153 0.500 0.193 67 D 0.080 0.018 0.072 0.131 0.507 0.192 68 L 0.026 0.009 0.186 0.181 0.462 0.136 69 N 0.043 0.010 0.125 0.185 0.402 0.235 70 R 0.091 0.022 0.169 0.208 0.324 0.185 71 V 0.176 0.040 0.057 0.147 0.279 0.300 72 F 0.188 0.094 0.043 0.128 0.265 0.282 73 D 0.076 0.021 0.022 0.047 0.334 0.500 74 L 0.018 0.007 0.329 0.079 0.364 0.204 75 E 0.008 0.010 0.563 0.072 0.264 0.082 76 N 0.008 0.006 0.535 0.088 0.306 0.056 77 L 0.010 0.020 0.216 0.106 0.495 0.153 78 S 0.007 0.014 0.064 0.122 0.464 0.327 79 K 0.006 0.018 0.051 0.111 0.501 0.312 80 E 0.004 0.015 0.072 0.209 0.491 0.209 81 M 0.006 0.015 0.066 0.168 0.532 0.213 82 S 0.010 0.010 0.066 0.239 0.456 0.219 83 E 0.011 0.011 0.041 0.305 0.306 0.326 84 D 0.009 0.010 0.023 0.359 0.203 0.396 85 L 0.004 0.003 0.020 0.805 0.078 0.090 86 P 0.002 0.001 0.011 0.916 0.040 0.030 87 Y 0.001 0.001 0.009 0.929 0.038 0.022 88 E 0.001 0.001 0.006 0.932 0.034 0.026 89 V 0.001 0.001 0.003 0.940 0.026 0.028 90 R 0.001 0.001 0.003 0.957 0.020 0.019 91 R 0.001 0.001 0.003 0.952 0.016 0.028 92 A 0.001 0.001 0.003 0.949 0.014 0.033 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.958 0.012 0.027 94 E 0.001 0.001 0.002 0.960 0.016 0.021 95 I 0.001 0.001 0.002 0.961 0.018 0.017 96 N 0.002 0.001 0.004 0.945 0.024 0.025 97 H 0.001 0.001 0.012 0.914 0.038 0.034 98 L 0.001 0.001 0.016 0.866 0.058 0.058 99 F 0.002 0.002 0.018 0.728 0.094 0.155 100 G 0.005 0.008 0.019 0.179 0.218 0.572 101 P 0.009 0.006 0.040 0.100 0.374 0.471 102 K 0.009 0.006 0.101 0.085 0.516 0.283 103 N 0.007 0.005 0.110 0.066 0.582 0.231 104 S 0.016 0.012 0.089 0.064 0.533 0.285 105 D 0.029 0.011 0.037 0.045 0.453 0.425 106 D 0.047 0.016 0.024 0.042 0.346 0.525 107 A 0.131 0.029 0.050 0.055 0.334 0.402 108 Y 0.338 0.009 0.041 0.046 0.249 0.317 109 D 0.638 0.006 0.038 0.038 0.110 0.170 110 V 0.906 0.008 0.009 0.018 0.019 0.040 111 V 0.946 0.002 0.004 0.015 0.012 0.021 112 F 0.936 0.003 0.002 0.016 0.013 0.030 113 D 0.832 0.010 0.005 0.023 0.045 0.086 114 L 0.452 0.012 0.021 0.064 0.228 0.223 115 H 0.142 0.007 0.054 0.082 0.508 0.207 116 N 0.119 0.035 0.051 0.070 0.551 0.174 117 T 0.107 0.046 0.061 0.106 0.442 0.237 118 T 0.067 0.022 0.096 0.110 0.519 0.187 119 S 0.028 0.006 0.165 0.099 0.572 0.130 120 N 0.021 0.010 0.124 0.098 0.611 0.136 121 M 0.049 0.018 0.069 0.075 0.583 0.205 122 G 0.090 0.011 0.023 0.026 0.406 0.444 123 C 0.310 0.020 0.029 0.020 0.288 0.332 124 T 0.664 0.016 0.020 0.019 0.128 0.154 125 L 0.829 0.012 0.016 0.016 0.048 0.079 126 I 0.853 0.007 0.013 0.015 0.040 0.072 127 L 0.849 0.007 0.009 0.015 0.044 0.076 128 E 0.673 0.012 0.006 0.015 0.081 0.214 129 D 0.217 0.016 0.009 0.016 0.298 0.443 130 S 0.034 0.008 0.042 0.040 0.477 0.400 131 R 0.007 0.004 0.057 0.057 0.535 0.340 132 N 0.005 0.007 0.090 0.143 0.544 0.212 133 D 0.004 0.005 0.065 0.277 0.387 0.261 134 F 0.006 0.006 0.078 0.482 0.265 0.162 135 L 0.012 0.007 0.083 0.605 0.206 0.088 136 I 0.014 0.004 0.077 0.687 0.152 0.067 137 Q 0.016 0.005 0.065 0.747 0.111 0.057 138 M 0.017 0.005 0.047 0.801 0.073 0.058 139 F 0.015 0.003 0.027 0.832 0.057 0.066 140 H 0.016 0.002 0.016 0.811 0.060 0.095 141 Y 0.019 0.003 0.014 0.826 0.053 0.085 142 I 0.022 0.004 0.019 0.808 0.063 0.084 143 K 0.022 0.003 0.039 0.783 0.075 0.078 144 T 0.020 0.002 0.052 0.759 0.077 0.090 145 C 0.021 0.003 0.037 0.753 0.084 0.103 146 M 0.016 0.004 0.025 0.711 0.083 0.160 147 A 0.025 0.005 0.023 0.396 0.150 0.401 148 P 0.030 0.004 0.079 0.423 0.206 0.257 149 L 0.047 0.008 0.099 0.384 0.207 0.255 150 P 0.100 0.011 0.110 0.379 0.208 0.192 151 C 0.157 0.014 0.073 0.358 0.163 0.234 152 S 0.207 0.013 0.123 0.319 0.170 0.169 153 V 0.212 0.008 0.141 0.357 0.149 0.133 154 Y 0.225 0.010 0.094 0.323 0.168 0.180 155 L 0.235 0.020 0.035 0.157 0.237 0.316 156 I 0.195 0.017 0.020 0.107 0.312 0.349 157 E 0.111 0.016 0.028 0.114 0.336 0.394 158 H 0.057 0.012 0.031 0.103 0.427 0.370 159 P 0.054 0.009 0.044 0.089 0.431 0.372 160 S 0.074 0.017 0.070 0.179 0.332 0.328 161 L 0.108 0.020 0.105 0.198 0.313 0.255 162 K 0.136 0.011 0.102 0.219 0.271 0.260 163 Y 0.178 0.017 0.070 0.268 0.220 0.247 164 A 0.236 0.034 0.037 0.276 0.165 0.253 165 T 0.187 0.020 0.022 0.242 0.147 0.383 166 T 0.069 0.004 0.066 0.666 0.104 0.090 167 R 0.047 0.003 0.086 0.727 0.097 0.040 168 S 0.055 0.003 0.095 0.694 0.116 0.036 169 I 0.057 0.009 0.133 0.610 0.148 0.043 170 A 0.058 0.009 0.076 0.460 0.270 0.127 171 K 0.070 0.003 0.138 0.285 0.348 0.157 172 Y 0.152 0.014 0.048 0.084 0.391 0.312 173 P 0.298 0.009 0.013 0.013 0.255 0.413 174 V 0.809 0.004 0.001 0.004 0.034 0.148 175 G 0.968 0.003 0.001 0.001 0.005 0.024 176 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 177 E 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 178 V 0.851 0.003 0.001 0.001 0.029 0.114 179 G 0.571 0.004 0.002 0.002 0.108 0.311 180 P 0.340 0.018 0.013 0.004 0.174 0.451 181 Q 0.262 0.071 0.018 0.008 0.252 0.390 182 P 0.131 0.016 0.049 0.010 0.489 0.305 183 H 0.061 0.008 0.043 0.013 0.560 0.315 184 G 0.062 0.018 0.046 0.025 0.557 0.292 185 V 0.107 0.043 0.039 0.077 0.430 0.304 186 L 0.069 0.028 0.036 0.101 0.343 0.423 187 R 0.039 0.017 0.027 0.148 0.274 0.494 188 A 0.003 0.001 0.054 0.790 0.091 0.061 189 D 0.005 0.002 0.045 0.810 0.084 0.054 190 I 0.002 0.002 0.022 0.918 0.032 0.024 191 L 0.001 0.001 0.005 0.970 0.010 0.013 192 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.005 193 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 194 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 195 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 199 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 200 H 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 201 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.009 202 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.006 0.013 203 D 0.001 0.001 0.003 0.957 0.014 0.025 204 F 0.001 0.001 0.003 0.978 0.009 0.010 205 I 0.001 0.001 0.004 0.968 0.015 0.013 206 Q 0.001 0.001 0.008 0.927 0.035 0.028 207 R 0.001 0.001 0.009 0.818 0.090 0.081 208 F 0.002 0.002 0.011 0.704 0.155 0.126 209 N 0.004 0.007 0.017 0.546 0.280 0.145 210 E 0.009 0.003 0.022 0.386 0.332 0.249 211 G 0.014 0.003 0.017 0.063 0.362 0.542 212 K 0.068 0.026 0.021 0.051 0.283 0.551 213 E 0.108 0.041 0.009 0.037 0.139 0.666 214 F 0.004 0.004 0.002 0.010 0.049 0.932