# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 118 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.021 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.965 2 T 0.351 0.039 0.005 0.016 0.011 0.013 0.565 3 S 0.454 0.049 0.006 0.015 0.068 0.020 0.388 4 C 0.456 0.048 0.011 0.025 0.059 0.029 0.374 5 V 0.226 0.022 0.020 0.030 0.085 0.085 0.532 6 A 0.087 0.026 0.036 0.034 0.194 0.317 0.306 7 E 0.026 0.016 0.034 0.012 0.355 0.258 0.299 8 E 0.026 0.014 0.015 0.008 0.530 0.110 0.297 9 P 0.033 0.054 0.011 0.007 0.316 0.143 0.435 10 I 0.047 0.020 0.004 0.001 0.284 0.023 0.621 11 K 0.070 0.003 0.004 0.001 0.429 0.036 0.457 12 K 0.725 0.010 0.003 0.001 0.139 0.014 0.109 13 I 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 14 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 17 G 0.784 0.002 0.001 0.001 0.030 0.003 0.181 18 G 0.559 0.015 0.006 0.002 0.079 0.015 0.325 19 T 0.375 0.048 0.019 0.004 0.139 0.066 0.349 20 H 0.197 0.015 0.022 0.007 0.262 0.155 0.341 21 G 0.059 0.018 0.020 0.011 0.491 0.157 0.244 22 N 0.034 0.018 0.024 0.018 0.440 0.110 0.356 23 E 0.023 0.009 0.074 0.136 0.244 0.282 0.232 24 L 0.018 0.024 0.056 0.170 0.199 0.303 0.231 25 T 0.020 0.027 0.018 0.229 0.305 0.144 0.258 26 G 0.011 0.004 0.004 0.559 0.120 0.025 0.277 27 V 0.001 0.001 0.003 0.987 0.003 0.003 0.003 28 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 29 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.013 0.003 33 W 0.001 0.001 0.003 0.969 0.004 0.018 0.005 34 L 0.001 0.002 0.013 0.891 0.011 0.071 0.012 35 K 0.001 0.001 0.012 0.688 0.021 0.256 0.021 36 N 0.001 0.003 0.013 0.496 0.063 0.264 0.160 37 G 0.001 0.006 0.052 0.354 0.115 0.179 0.294 38 A 0.004 0.005 0.189 0.370 0.079 0.157 0.196 39 E 0.005 0.005 0.256 0.331 0.082 0.142 0.180 40 V 0.011 0.005 0.166 0.348 0.092 0.238 0.139 41 H 0.026 0.009 0.132 0.336 0.095 0.235 0.168 42 R 0.035 0.016 0.101 0.144 0.208 0.128 0.368 43 A 0.035 0.009 0.067 0.074 0.153 0.444 0.218 44 G 0.057 0.004 0.031 0.016 0.164 0.495 0.233 45 L 0.229 0.008 0.006 0.008 0.161 0.021 0.566 46 E 0.698 0.011 0.002 0.005 0.041 0.006 0.237 47 V 0.912 0.007 0.002 0.006 0.007 0.003 0.064 48 K 0.908 0.003 0.002 0.009 0.008 0.003 0.067 49 P 0.888 0.005 0.004 0.010 0.016 0.004 0.072 50 F 0.775 0.007 0.010 0.014 0.026 0.013 0.155 51 I 0.460 0.010 0.019 0.023 0.094 0.060 0.335 52 T 0.164 0.034 0.015 0.026 0.260 0.074 0.426 53 N 0.045 0.009 0.004 0.030 0.380 0.020 0.511 54 P 0.008 0.003 0.037 0.584 0.119 0.064 0.185 55 R 0.001 0.001 0.030 0.914 0.014 0.028 0.011 56 A 0.001 0.001 0.032 0.927 0.007 0.022 0.010 57 V 0.002 0.001 0.016 0.955 0.006 0.012 0.007 58 E 0.006 0.001 0.015 0.924 0.008 0.035 0.011 59 K 0.007 0.001 0.025 0.785 0.014 0.153 0.016 60 C 0.013 0.003 0.030 0.657 0.046 0.198 0.054 61 T 0.055 0.009 0.054 0.515 0.089 0.131 0.147 62 R 0.101 0.015 0.055 0.458 0.094 0.116 0.161 63 Y 0.082 0.013 0.038 0.364 0.104 0.128 0.271 64 I 0.112 0.024 0.033 0.207 0.145 0.105 0.374 65 D 0.121 0.015 0.046 0.130 0.183 0.116 0.389 66 C 0.114 0.018 0.071 0.143 0.241 0.111 0.302 67 D 0.096 0.016 0.062 0.110 0.132 0.097 0.487 68 L 0.054 0.009 0.195 0.290 0.079 0.234 0.139 69 N 0.052 0.010 0.232 0.258 0.105 0.230 0.114 70 R 0.063 0.014 0.220 0.235 0.157 0.159 0.153 71 V 0.074 0.021 0.106 0.223 0.166 0.164 0.245 72 F 0.067 0.044 0.027 0.099 0.296 0.084 0.383 73 D 0.039 0.018 0.011 0.031 0.127 0.052 0.721 74 L 0.011 0.007 0.279 0.306 0.085 0.190 0.122 75 E 0.006 0.007 0.403 0.287 0.072 0.149 0.075 76 N 0.005 0.007 0.441 0.258 0.057 0.149 0.084 77 L 0.006 0.009 0.160 0.262 0.110 0.299 0.154 78 S 0.006 0.014 0.073 0.135 0.167 0.359 0.245 79 K 0.006 0.017 0.049 0.091 0.316 0.118 0.403 80 E 0.005 0.011 0.090 0.161 0.187 0.205 0.341 81 M 0.005 0.009 0.110 0.156 0.158 0.237 0.324 82 S 0.004 0.008 0.113 0.160 0.160 0.175 0.381 83 E 0.005 0.008 0.068 0.259 0.175 0.167 0.318 84 D 0.003 0.006 0.037 0.384 0.143 0.104 0.322 85 L 0.002 0.003 0.020 0.707 0.074 0.049 0.146 86 P 0.001 0.001 0.008 0.908 0.017 0.021 0.044 87 Y 0.001 0.001 0.003 0.957 0.010 0.009 0.019 88 E 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.005 0.009 89 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.005 90 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.003 91 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.003 92 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.004 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.009 0.005 94 E 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.008 0.004 95 I 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.008 0.006 96 N 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.011 0.006 97 H 0.001 0.001 0.004 0.955 0.004 0.029 0.006 98 L 0.001 0.001 0.009 0.894 0.008 0.078 0.010 99 F 0.002 0.001 0.015 0.766 0.019 0.177 0.021 100 G 0.004 0.005 0.022 0.478 0.120 0.250 0.122 101 P 0.007 0.008 0.052 0.189 0.171 0.189 0.384 102 K 0.007 0.012 0.130 0.137 0.183 0.215 0.315 103 N 0.008 0.005 0.122 0.127 0.178 0.334 0.226 104 S 0.009 0.007 0.106 0.095 0.170 0.305 0.308 105 D 0.017 0.014 0.070 0.052 0.241 0.127 0.479 106 D 0.049 0.020 0.062 0.055 0.229 0.174 0.412 107 A 0.144 0.032 0.085 0.048 0.198 0.160 0.333 108 Y 0.305 0.015 0.013 0.009 0.063 0.015 0.579 109 D 0.617 0.003 0.003 0.006 0.109 0.004 0.257 110 V 0.966 0.002 0.001 0.004 0.013 0.001 0.011 111 V 0.986 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 112 F 0.983 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 113 D 0.900 0.004 0.001 0.009 0.007 0.004 0.075 114 L 0.347 0.004 0.029 0.029 0.069 0.085 0.437 115 H 0.142 0.006 0.081 0.052 0.297 0.159 0.263 116 N 0.120 0.023 0.178 0.083 0.212 0.169 0.215 117 T 0.112 0.042 0.142 0.117 0.179 0.141 0.269 118 T 0.103 0.040 0.112 0.098 0.172 0.117 0.358 119 S 0.024 0.008 0.150 0.091 0.122 0.515 0.089 120 N 0.012 0.003 0.088 0.054 0.108 0.681 0.054 121 M 0.053 0.025 0.066 0.054 0.201 0.262 0.339 122 G 0.081 0.015 0.029 0.029 0.222 0.206 0.417 123 C 0.225 0.014 0.050 0.035 0.163 0.120 0.393 124 T 0.468 0.022 0.050 0.034 0.089 0.048 0.290 125 L 0.698 0.015 0.030 0.033 0.037 0.030 0.157 126 I 0.808 0.018 0.020 0.026 0.023 0.021 0.083 127 L 0.686 0.021 0.014 0.027 0.042 0.024 0.186 128 E 0.422 0.020 0.011 0.021 0.149 0.037 0.339 129 D 0.155 0.021 0.008 0.018 0.217 0.037 0.543 130 S 0.030 0.010 0.028 0.038 0.191 0.121 0.581 131 R 0.011 0.007 0.052 0.077 0.233 0.204 0.416 132 N 0.005 0.005 0.132 0.238 0.178 0.240 0.202 133 D 0.005 0.006 0.088 0.419 0.143 0.127 0.211 134 F 0.005 0.005 0.067 0.651 0.070 0.063 0.138 135 L 0.005 0.003 0.032 0.818 0.038 0.036 0.067 136 I 0.007 0.002 0.017 0.882 0.024 0.027 0.042 137 Q 0.006 0.002 0.012 0.912 0.017 0.024 0.028 138 M 0.004 0.001 0.008 0.923 0.010 0.031 0.021 139 F 0.004 0.001 0.007 0.909 0.011 0.046 0.022 140 H 0.005 0.002 0.009 0.879 0.014 0.065 0.027 141 Y 0.006 0.002 0.013 0.825 0.029 0.073 0.053 142 I 0.006 0.003 0.028 0.793 0.041 0.063 0.067 143 K 0.007 0.002 0.056 0.740 0.044 0.087 0.064 144 T 0.006 0.003 0.096 0.674 0.028 0.145 0.049 145 C 0.008 0.004 0.103 0.519 0.060 0.218 0.089 146 M 0.017 0.004 0.080 0.379 0.092 0.308 0.119 147 A 0.031 0.009 0.081 0.242 0.103 0.270 0.264 148 P 0.057 0.014 0.065 0.165 0.132 0.099 0.468 149 L 0.122 0.008 0.065 0.169 0.173 0.120 0.343 150 P 0.283 0.016 0.058 0.180 0.107 0.095 0.261 151 C 0.478 0.017 0.028 0.148 0.042 0.040 0.247 152 S 0.586 0.015 0.024 0.123 0.043 0.028 0.180 153 V 0.653 0.018 0.028 0.088 0.031 0.034 0.148 154 Y 0.513 0.013 0.044 0.086 0.070 0.066 0.208 155 L 0.390 0.017 0.035 0.083 0.150 0.069 0.257 156 I 0.230 0.021 0.021 0.047 0.196 0.065 0.419 157 E 0.161 0.024 0.024 0.031 0.208 0.111 0.441 158 H 0.113 0.018 0.056 0.069 0.221 0.145 0.378 159 P 0.082 0.016 0.075 0.091 0.196 0.211 0.329 160 S 0.082 0.014 0.124 0.162 0.164 0.180 0.273 161 L 0.088 0.024 0.140 0.192 0.153 0.166 0.237 162 K 0.104 0.014 0.113 0.197 0.157 0.180 0.234 163 Y 0.159 0.018 0.078 0.205 0.131 0.199 0.210 164 A 0.204 0.032 0.041 0.187 0.130 0.135 0.273 165 T 0.242 0.044 0.033 0.172 0.092 0.067 0.351 166 T 0.104 0.010 0.122 0.515 0.061 0.069 0.119 167 R 0.088 0.005 0.197 0.511 0.041 0.092 0.065 168 S 0.093 0.005 0.212 0.421 0.042 0.155 0.071 169 I 0.173 0.011 0.117 0.317 0.093 0.152 0.136 170 A 0.169 0.016 0.146 0.168 0.086 0.158 0.257 171 K 0.117 0.009 0.153 0.110 0.199 0.289 0.124 172 Y 0.143 0.004 0.088 0.082 0.187 0.385 0.110 173 P 0.511 0.012 0.014 0.039 0.076 0.062 0.285 174 V 0.790 0.004 0.003 0.015 0.029 0.010 0.149 175 G 0.934 0.004 0.003 0.010 0.008 0.004 0.038 176 I 0.939 0.004 0.003 0.007 0.005 0.002 0.040 177 E 0.891 0.005 0.004 0.008 0.011 0.003 0.079 178 V 0.722 0.007 0.004 0.008 0.029 0.010 0.220 179 G 0.463 0.009 0.007 0.005 0.143 0.037 0.337 180 P 0.341 0.016 0.009 0.005 0.209 0.054 0.365 181 Q 0.214 0.040 0.011 0.010 0.196 0.038 0.491 182 P 0.089 0.031 0.022 0.017 0.140 0.081 0.621 183 H 0.037 0.010 0.066 0.032 0.266 0.304 0.285 184 G 0.036 0.010 0.085 0.070 0.281 0.317 0.201 185 V 0.074 0.025 0.093 0.127 0.226 0.180 0.275 186 L 0.088 0.044 0.042 0.138 0.200 0.090 0.397 187 R 0.047 0.017 0.018 0.213 0.130 0.042 0.533 188 A 0.002 0.001 0.039 0.884 0.021 0.031 0.022 189 D 0.001 0.001 0.020 0.922 0.014 0.029 0.013 190 I 0.001 0.001 0.011 0.955 0.005 0.018 0.010 191 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.006 0.005 192 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.009 0.004 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 194 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 195 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 199 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 200 H 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 202 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.010 0.002 203 D 0.001 0.001 0.004 0.944 0.003 0.046 0.003 204 F 0.001 0.001 0.010 0.891 0.007 0.076 0.014 205 I 0.003 0.005 0.017 0.873 0.018 0.049 0.036 206 Q 0.011 0.003 0.031 0.762 0.031 0.122 0.039 207 R 0.021 0.009 0.056 0.558 0.063 0.192 0.100 208 F 0.019 0.018 0.050 0.442 0.149 0.108 0.214 209 N 0.023 0.012 0.038 0.268 0.136 0.217 0.306 210 E 0.014 0.004 0.031 0.119 0.130 0.552 0.151 211 G 0.015 0.005 0.030 0.064 0.210 0.508 0.169 212 K 0.045 0.015 0.012 0.056 0.427 0.061 0.385 213 E 0.099 0.046 0.009 0.059 0.018 0.045 0.724 214 F 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.986