# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 118 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.476 0.252 0.148 0.085 0.030 0.008 0.001 2 T 0.289 0.225 0.177 0.163 0.104 0.039 0.003 3 S 0.164 0.197 0.195 0.220 0.153 0.063 0.007 4 C 0.175 0.167 0.165 0.206 0.185 0.088 0.015 5 V 0.305 0.304 0.193 0.119 0.053 0.020 0.005 6 A 0.202 0.201 0.193 0.226 0.128 0.043 0.007 7 E 0.436 0.303 0.141 0.084 0.030 0.006 0.001 8 E 0.426 0.310 0.151 0.079 0.028 0.006 0.001 9 P 0.325 0.366 0.183 0.097 0.026 0.004 0.001 10 I 0.039 0.210 0.318 0.302 0.117 0.014 0.001 11 K 0.008 0.069 0.178 0.378 0.292 0.074 0.001 12 K 0.001 0.007 0.050 0.232 0.443 0.255 0.013 13 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.091 0.544 0.354 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.211 0.774 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.938 16 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.926 17 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.112 0.874 18 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.184 0.782 19 T 0.001 0.001 0.003 0.014 0.063 0.278 0.642 20 H 0.001 0.006 0.015 0.045 0.123 0.324 0.485 21 G 0.001 0.004 0.012 0.039 0.098 0.303 0.542 22 N 0.001 0.004 0.010 0.032 0.108 0.312 0.532 23 E 0.001 0.003 0.010 0.032 0.112 0.310 0.533 24 L 0.002 0.010 0.021 0.058 0.157 0.380 0.371 25 T 0.001 0.005 0.016 0.065 0.130 0.332 0.451 26 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.038 0.257 0.693 27 V 0.001 0.004 0.016 0.063 0.179 0.408 0.330 28 F 0.001 0.010 0.045 0.175 0.320 0.363 0.087 29 L 0.001 0.001 0.003 0.016 0.108 0.485 0.387 30 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.481 0.456 31 T 0.001 0.023 0.116 0.301 0.324 0.215 0.021 32 H 0.001 0.018 0.106 0.346 0.377 0.144 0.008 33 W 0.001 0.002 0.007 0.036 0.234 0.634 0.087 34 L 0.003 0.026 0.111 0.307 0.365 0.177 0.012 35 K 0.108 0.467 0.262 0.115 0.037 0.009 0.001 36 N 0.080 0.237 0.316 0.260 0.089 0.016 0.001 37 G 0.048 0.117 0.216 0.320 0.236 0.060 0.003 38 A 0.360 0.301 0.169 0.107 0.050 0.012 0.001 39 E 0.424 0.295 0.146 0.092 0.032 0.009 0.002 40 V 0.345 0.275 0.174 0.124 0.061 0.019 0.002 41 H 0.338 0.284 0.178 0.119 0.060 0.018 0.002 42 R 0.275 0.202 0.178 0.194 0.114 0.034 0.003 43 A 0.257 0.263 0.201 0.169 0.085 0.022 0.002 44 G 0.178 0.314 0.258 0.164 0.066 0.017 0.001 45 L 0.027 0.065 0.118 0.269 0.334 0.170 0.016 46 E 0.009 0.054 0.130 0.268 0.318 0.195 0.026 47 V 0.003 0.005 0.015 0.054 0.185 0.478 0.260 48 K 0.003 0.010 0.025 0.078 0.196 0.411 0.277 49 P 0.002 0.004 0.011 0.030 0.087 0.362 0.505 50 F 0.002 0.005 0.010 0.028 0.076 0.290 0.590 51 I 0.003 0.008 0.019 0.054 0.127 0.339 0.451 52 T 0.003 0.009 0.021 0.062 0.156 0.384 0.365 53 N 0.011 0.032 0.046 0.097 0.208 0.367 0.239 54 P 0.077 0.115 0.125 0.185 0.209 0.202 0.086 55 R 0.085 0.183 0.225 0.238 0.158 0.086 0.024 56 A 0.071 0.089 0.130 0.221 0.264 0.191 0.033 57 V 0.088 0.153 0.189 0.252 0.209 0.094 0.015 58 E 0.311 0.319 0.188 0.113 0.048 0.017 0.003 59 K 0.333 0.322 0.192 0.103 0.038 0.010 0.002 60 C 0.329 0.242 0.166 0.136 0.080 0.039 0.009 61 T 0.274 0.280 0.208 0.147 0.067 0.020 0.003 62 R 0.300 0.241 0.169 0.138 0.104 0.042 0.006 63 Y 0.197 0.168 0.151 0.184 0.172 0.105 0.023 64 I 0.175 0.151 0.168 0.208 0.167 0.106 0.026 65 D 0.178 0.189 0.170 0.182 0.147 0.099 0.035 66 C 0.166 0.199 0.179 0.192 0.155 0.084 0.025 67 D 0.065 0.084 0.105 0.151 0.214 0.262 0.119 68 L 0.021 0.017 0.024 0.069 0.137 0.430 0.303 69 N 0.018 0.027 0.058 0.139 0.252 0.357 0.150 70 R 0.026 0.035 0.066 0.124 0.231 0.382 0.135 71 V 0.019 0.038 0.091 0.216 0.293 0.275 0.069 72 F 0.019 0.030 0.057 0.145 0.303 0.344 0.101 73 D 0.084 0.195 0.230 0.239 0.164 0.073 0.016 74 L 0.200 0.249 0.212 0.175 0.107 0.049 0.007 75 E 0.415 0.282 0.161 0.090 0.036 0.015 0.002 76 N 0.318 0.235 0.184 0.146 0.085 0.030 0.002 77 L 0.365 0.195 0.174 0.150 0.089 0.026 0.002 78 S 0.682 0.192 0.074 0.036 0.012 0.003 0.001 79 K 0.628 0.211 0.093 0.046 0.017 0.005 0.001 80 E 0.535 0.228 0.121 0.074 0.032 0.010 0.001 81 M 0.391 0.238 0.147 0.125 0.068 0.025 0.005 82 S 0.314 0.232 0.180 0.141 0.088 0.038 0.007 83 E 0.392 0.262 0.140 0.114 0.061 0.026 0.005 84 D 0.239 0.251 0.200 0.145 0.099 0.052 0.014 85 L 0.236 0.207 0.174 0.179 0.123 0.067 0.014 86 P 0.207 0.314 0.207 0.141 0.083 0.038 0.010 87 Y 0.071 0.160 0.255 0.276 0.173 0.058 0.007 88 E 0.087 0.215 0.207 0.203 0.175 0.103 0.011 89 V 0.027 0.111 0.235 0.326 0.213 0.081 0.008 90 R 0.032 0.117 0.193 0.262 0.257 0.131 0.008 91 R 0.021 0.112 0.276 0.356 0.184 0.048 0.003 92 A 0.019 0.055 0.084 0.173 0.292 0.318 0.059 93 Q 0.010 0.042 0.109 0.248 0.358 0.210 0.023 94 E 0.062 0.220 0.272 0.226 0.138 0.074 0.008 95 I 0.016 0.065 0.154 0.292 0.315 0.144 0.014 96 N 0.012 0.023 0.049 0.138 0.327 0.404 0.048 97 H 0.031 0.064 0.119 0.233 0.278 0.235 0.040 98 L 0.159 0.221 0.169 0.171 0.146 0.109 0.025 99 F 0.079 0.134 0.175 0.227 0.205 0.144 0.036 100 G 0.094 0.100 0.134 0.220 0.243 0.171 0.038 101 P 0.182 0.216 0.182 0.186 0.150 0.070 0.013 102 K 0.292 0.283 0.199 0.150 0.058 0.015 0.003 103 N 0.459 0.268 0.131 0.088 0.039 0.013 0.002 104 S 0.321 0.250 0.170 0.141 0.084 0.030 0.005 105 D 0.233 0.250 0.205 0.180 0.099 0.030 0.003 106 D 0.217 0.320 0.226 0.153 0.065 0.018 0.001 107 A 0.040 0.172 0.266 0.293 0.171 0.054 0.004 108 Y 0.003 0.017 0.048 0.168 0.397 0.327 0.040 109 D 0.001 0.010 0.039 0.138 0.330 0.378 0.104 110 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.059 0.395 0.533 111 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.207 0.762 112 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.025 0.179 0.785 113 D 0.001 0.001 0.003 0.011 0.037 0.194 0.754 114 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.037 0.202 0.747 115 H 0.001 0.002 0.005 0.021 0.076 0.299 0.596 116 N 0.004 0.016 0.037 0.081 0.192 0.327 0.344 117 T 0.006 0.016 0.037 0.092 0.170 0.337 0.342 118 T 0.023 0.055 0.073 0.138 0.229 0.286 0.197 119 S 0.062 0.121 0.164 0.209 0.187 0.161 0.097 120 N 0.103 0.155 0.154 0.169 0.169 0.168 0.082 121 M 0.032 0.058 0.088 0.165 0.265 0.261 0.132 122 G 0.053 0.120 0.172 0.214 0.188 0.178 0.076 123 C 0.017 0.028 0.050 0.104 0.190 0.355 0.256 124 T 0.010 0.023 0.046 0.107 0.189 0.346 0.279 125 L 0.007 0.013 0.027 0.062 0.145 0.371 0.375 126 I 0.002 0.002 0.006 0.018 0.064 0.343 0.563 127 L 0.005 0.009 0.018 0.052 0.142 0.415 0.360 128 E 0.017 0.042 0.081 0.156 0.254 0.309 0.140 129 D 0.036 0.080 0.126 0.211 0.268 0.211 0.069 130 S 0.135 0.201 0.218 0.208 0.133 0.079 0.026 131 R 0.305 0.260 0.168 0.129 0.080 0.045 0.013 132 N 0.213 0.228 0.190 0.160 0.117 0.073 0.019 133 D 0.103 0.129 0.159 0.210 0.214 0.150 0.036 134 F 0.094 0.125 0.147 0.187 0.199 0.183 0.065 135 L 0.068 0.088 0.118 0.178 0.225 0.238 0.085 136 I 0.062 0.083 0.118 0.182 0.232 0.241 0.082 137 Q 0.049 0.066 0.095 0.162 0.223 0.286 0.120 138 M 0.050 0.063 0.082 0.137 0.215 0.313 0.140 139 F 0.043 0.062 0.090 0.161 0.228 0.296 0.119 140 H 0.052 0.076 0.110 0.186 0.232 0.247 0.098 141 Y 0.058 0.074 0.098 0.161 0.231 0.265 0.112 142 I 0.046 0.051 0.069 0.139 0.233 0.316 0.147 143 K 0.091 0.097 0.108 0.164 0.207 0.226 0.105 144 T 0.106 0.126 0.135 0.183 0.196 0.185 0.070 145 C 0.092 0.099 0.112 0.163 0.213 0.224 0.097 146 M 0.122 0.106 0.110 0.156 0.200 0.212 0.094 147 A 0.133 0.134 0.131 0.158 0.167 0.192 0.084 148 P 0.094 0.081 0.102 0.175 0.236 0.221 0.091 149 L 0.131 0.170 0.180 0.182 0.153 0.124 0.060 150 P 0.102 0.092 0.102 0.150 0.201 0.237 0.116 151 C 0.053 0.057 0.076 0.132 0.193 0.312 0.177 152 S 0.040 0.059 0.085 0.148 0.210 0.304 0.154 153 V 0.039 0.044 0.062 0.112 0.202 0.331 0.210 154 Y 0.054 0.087 0.121 0.192 0.229 0.221 0.095 155 L 0.100 0.144 0.169 0.202 0.187 0.149 0.049 156 I 0.137 0.201 0.197 0.214 0.154 0.077 0.020 157 E 0.311 0.265 0.178 0.129 0.072 0.036 0.009 158 H 0.191 0.201 0.189 0.190 0.136 0.073 0.021 159 P 0.340 0.246 0.162 0.121 0.077 0.043 0.012 160 S 0.165 0.204 0.195 0.189 0.140 0.083 0.023 161 L 0.119 0.128 0.158 0.222 0.205 0.133 0.035 162 K 0.210 0.217 0.167 0.153 0.124 0.095 0.034 163 Y 0.105 0.113 0.146 0.197 0.201 0.174 0.062 164 A 0.045 0.055 0.072 0.150 0.242 0.289 0.146 165 T 0.052 0.084 0.111 0.166 0.207 0.229 0.151 166 T 0.027 0.038 0.053 0.116 0.205 0.307 0.254 167 R 0.066 0.143 0.156 0.206 0.194 0.150 0.085 168 S 0.081 0.125 0.143 0.183 0.194 0.175 0.100 169 I 0.086 0.103 0.110 0.165 0.218 0.244 0.074 170 A 0.064 0.117 0.143 0.213 0.229 0.193 0.040 171 K 0.046 0.099 0.143 0.203 0.228 0.227 0.055 172 Y 0.014 0.053 0.110 0.217 0.282 0.261 0.064 173 P 0.002 0.006 0.018 0.061 0.161 0.435 0.317 174 V 0.001 0.002 0.006 0.023 0.081 0.326 0.561 175 G 0.001 0.002 0.006 0.018 0.067 0.291 0.615 176 I 0.001 0.002 0.006 0.016 0.052 0.285 0.639 177 E 0.002 0.008 0.024 0.070 0.165 0.371 0.360 178 V 0.003 0.013 0.030 0.077 0.192 0.431 0.255 179 G 0.007 0.026 0.071 0.190 0.307 0.289 0.110 180 P 0.044 0.136 0.198 0.224 0.202 0.144 0.053 181 Q 0.055 0.112 0.188 0.255 0.207 0.145 0.038 182 P 0.085 0.090 0.099 0.169 0.247 0.245 0.065 183 H 0.132 0.161 0.190 0.204 0.160 0.119 0.034 184 G 0.182 0.178 0.150 0.191 0.164 0.110 0.024 185 V 0.192 0.231 0.202 0.162 0.124 0.073 0.016 186 L 0.186 0.189 0.164 0.199 0.156 0.086 0.019 187 R 0.153 0.225 0.217 0.197 0.126 0.071 0.013 188 A 0.138 0.179 0.198 0.221 0.170 0.084 0.011 189 D 0.213 0.335 0.231 0.137 0.063 0.018 0.003 190 I 0.062 0.144 0.186 0.266 0.223 0.110 0.011 191 L 0.007 0.045 0.131 0.281 0.369 0.157 0.009 192 D 0.061 0.273 0.334 0.238 0.079 0.015 0.001 193 Q 0.012 0.074 0.200 0.335 0.267 0.102 0.011 194 M 0.001 0.002 0.005 0.030 0.218 0.620 0.123 195 R 0.001 0.016 0.113 0.354 0.381 0.129 0.007 196 R 0.007 0.120 0.336 0.383 0.129 0.025 0.001 197 M 0.001 0.003 0.008 0.045 0.253 0.583 0.107 198 L 0.001 0.001 0.002 0.019 0.149 0.664 0.165 199 K 0.003 0.079 0.306 0.411 0.161 0.037 0.003 200 H 0.007 0.044 0.149 0.373 0.328 0.094 0.005 201 A 0.001 0.002 0.004 0.018 0.131 0.628 0.216 202 L 0.003 0.013 0.057 0.230 0.404 0.269 0.024 203 D 0.031 0.235 0.329 0.272 0.105 0.025 0.002 204 F 0.021 0.074 0.194 0.360 0.266 0.078 0.006 205 I 0.019 0.042 0.085 0.203 0.370 0.254 0.027 206 Q 0.135 0.257 0.274 0.210 0.100 0.023 0.002 207 R 0.385 0.344 0.151 0.080 0.032 0.008 0.001 208 F 0.166 0.226 0.289 0.236 0.072 0.010 0.001 209 N 0.408 0.262 0.174 0.108 0.041 0.006 0.001 210 E 0.665 0.206 0.084 0.034 0.009 0.001 0.001 211 G 0.816 0.136 0.031 0.012 0.003 0.001 0.001 212 K 0.724 0.178 0.068 0.024 0.005 0.001 0.001 213 E 0.706 0.194 0.067 0.025 0.006 0.001 0.001 214 F 0.618 0.180 0.095 0.071 0.030 0.006 0.001