# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 991 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.009 0.004 0.006 0.112 0.822 2 T 0.163 0.024 0.007 0.009 0.096 0.701 3 S 0.282 0.042 0.018 0.009 0.119 0.530 4 C 0.325 0.062 0.046 0.014 0.165 0.388 5 V 0.221 0.042 0.040 0.015 0.349 0.333 6 A 0.088 0.010 0.044 0.016 0.485 0.358 7 E 0.064 0.018 0.035 0.012 0.597 0.274 8 E 0.039 0.011 0.028 0.007 0.648 0.268 9 P 0.035 0.011 0.035 0.006 0.444 0.469 10 I 0.105 0.021 0.012 0.001 0.313 0.548 11 K 0.324 0.006 0.003 0.001 0.187 0.479 12 K 0.883 0.004 0.001 0.001 0.023 0.089 13 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.958 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 17 G 0.723 0.002 0.001 0.002 0.057 0.215 18 G 0.428 0.011 0.013 0.003 0.180 0.367 19 T 0.291 0.031 0.038 0.013 0.337 0.290 20 H 0.121 0.051 0.036 0.017 0.550 0.225 21 G 0.050 0.015 0.053 0.023 0.607 0.251 22 N 0.047 0.019 0.060 0.068 0.539 0.267 23 E 0.047 0.030 0.085 0.252 0.411 0.175 24 L 0.028 0.028 0.056 0.525 0.215 0.148 25 T 0.018 0.017 0.017 0.665 0.113 0.171 26 G 0.004 0.002 0.006 0.947 0.016 0.025 27 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 28 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 35 K 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.001 36 N 0.001 0.001 0.009 0.945 0.018 0.026 37 G 0.002 0.005 0.036 0.460 0.116 0.381 38 A 0.012 0.007 0.190 0.235 0.247 0.310 39 E 0.032 0.006 0.283 0.217 0.291 0.170 40 V 0.044 0.013 0.230 0.330 0.232 0.151 41 H 0.031 0.018 0.143 0.399 0.239 0.170 42 R 0.025 0.013 0.128 0.232 0.534 0.068 43 A 0.019 0.005 0.054 0.106 0.730 0.086 44 G 0.023 0.003 0.021 0.015 0.742 0.196 45 L 0.322 0.025 0.003 0.001 0.310 0.338 46 E 0.847 0.015 0.001 0.001 0.024 0.113 47 V 0.923 0.024 0.001 0.001 0.011 0.041 48 K 0.808 0.009 0.001 0.001 0.042 0.139 49 P 0.536 0.006 0.005 0.001 0.116 0.335 50 F 0.403 0.009 0.022 0.005 0.229 0.331 51 I 0.301 0.029 0.040 0.016 0.259 0.355 52 T 0.298 0.058 0.041 0.053 0.210 0.340 53 N 0.116 0.024 0.015 0.091 0.207 0.546 54 P 0.020 0.002 0.037 0.769 0.081 0.092 55 R 0.022 0.003 0.045 0.818 0.082 0.030 56 A 0.012 0.003 0.062 0.853 0.061 0.009 57 V 0.014 0.003 0.074 0.830 0.069 0.011 58 E 0.027 0.002 0.081 0.802 0.080 0.009 59 K 0.028 0.002 0.046 0.785 0.114 0.025 60 C 0.045 0.007 0.030 0.406 0.265 0.246 61 T 0.095 0.017 0.018 0.100 0.240 0.530 62 R 0.243 0.031 0.027 0.055 0.217 0.427 63 Y 0.227 0.027 0.026 0.033 0.261 0.425 64 I 0.124 0.015 0.012 0.031 0.245 0.573 65 D 0.099 0.011 0.014 0.044 0.287 0.545 66 C 0.146 0.046 0.016 0.082 0.273 0.438 67 D 0.131 0.069 0.031 0.066 0.343 0.360 68 L 0.046 0.025 0.248 0.258 0.257 0.167 69 N 0.038 0.014 0.372 0.201 0.273 0.102 70 R 0.045 0.014 0.370 0.157 0.314 0.100 71 V 0.038 0.018 0.096 0.101 0.344 0.404 72 F 0.039 0.065 0.024 0.046 0.296 0.530 73 D 0.023 0.017 0.020 0.027 0.354 0.558 74 L 0.006 0.005 0.512 0.201 0.200 0.077 75 E 0.005 0.003 0.635 0.161 0.165 0.032 76 N 0.005 0.003 0.703 0.152 0.121 0.016 77 L 0.015 0.009 0.275 0.369 0.223 0.108 78 S 0.032 0.017 0.196 0.279 0.283 0.193 79 K 0.059 0.021 0.170 0.220 0.288 0.243 80 E 0.086 0.030 0.106 0.135 0.284 0.359 81 M 0.040 0.044 0.063 0.093 0.273 0.487 82 S 0.015 0.024 0.032 0.053 0.560 0.317 83 E 0.003 0.006 0.139 0.152 0.549 0.151 84 D 0.003 0.008 0.064 0.105 0.560 0.259 85 L 0.006 0.015 0.043 0.243 0.409 0.285 86 P 0.002 0.003 0.014 0.711 0.070 0.199 87 Y 0.001 0.002 0.009 0.959 0.012 0.017 88 E 0.002 0.001 0.007 0.976 0.007 0.007 89 V 0.003 0.001 0.005 0.979 0.006 0.006 90 R 0.002 0.001 0.005 0.982 0.006 0.004 91 R 0.002 0.001 0.005 0.982 0.006 0.005 92 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 93 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 94 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 96 N 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.004 97 H 0.001 0.001 0.013 0.972 0.009 0.005 98 L 0.002 0.001 0.008 0.956 0.015 0.018 99 F 0.003 0.005 0.012 0.820 0.048 0.112 100 G 0.009 0.008 0.022 0.084 0.318 0.557 101 P 0.011 0.006 0.124 0.060 0.560 0.240 102 K 0.026 0.027 0.140 0.047 0.600 0.160 103 N 0.020 0.018 0.085 0.025 0.706 0.147 104 S 0.018 0.012 0.098 0.032 0.679 0.162 105 D 0.042 0.013 0.102 0.021 0.582 0.241 106 D 0.055 0.013 0.082 0.013 0.568 0.270 107 A 0.089 0.009 0.018 0.002 0.318 0.564 108 Y 0.351 0.020 0.003 0.001 0.151 0.474 109 D 0.744 0.005 0.001 0.001 0.051 0.199 110 V 0.982 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 111 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 113 D 0.956 0.002 0.001 0.001 0.008 0.034 114 L 0.506 0.008 0.006 0.001 0.140 0.339 115 H 0.168 0.006 0.042 0.003 0.425 0.356 116 N 0.053 0.007 0.140 0.010 0.596 0.192 117 T 0.039 0.020 0.177 0.033 0.556 0.176 118 T 0.055 0.064 0.112 0.049 0.527 0.193 119 S 0.049 0.026 0.180 0.069 0.525 0.151 120 N 0.045 0.017 0.165 0.091 0.549 0.134 121 M 0.053 0.016 0.130 0.076 0.561 0.163 122 G 0.081 0.014 0.035 0.021 0.490 0.359 123 C 0.228 0.030 0.015 0.015 0.268 0.443 124 T 0.456 0.028 0.018 0.016 0.158 0.324 125 L 0.608 0.020 0.020 0.016 0.129 0.206 126 I 0.606 0.026 0.020 0.018 0.124 0.207 127 L 0.470 0.037 0.019 0.025 0.167 0.282 128 E 0.334 0.027 0.028 0.026 0.288 0.297 129 D 0.116 0.013 0.049 0.034 0.484 0.305 130 S 0.039 0.015 0.076 0.053 0.515 0.302 131 R 0.031 0.025 0.028 0.053 0.405 0.456 132 N 0.012 0.008 0.006 0.055 0.223 0.697 133 D 0.004 0.002 0.016 0.772 0.088 0.118 134 F 0.004 0.002 0.008 0.915 0.037 0.034 135 L 0.005 0.001 0.007 0.946 0.022 0.018 136 I 0.004 0.001 0.005 0.977 0.008 0.007 137 Q 0.005 0.001 0.006 0.974 0.007 0.007 138 M 0.004 0.001 0.005 0.978 0.005 0.008 139 F 0.002 0.001 0.003 0.982 0.004 0.008 140 H 0.002 0.001 0.004 0.986 0.003 0.005 141 Y 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.006 142 I 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 143 K 0.001 0.001 0.015 0.968 0.010 0.006 144 T 0.001 0.001 0.016 0.960 0.013 0.009 145 C 0.001 0.001 0.023 0.882 0.045 0.048 146 M 0.002 0.007 0.031 0.552 0.187 0.221 147 A 0.003 0.006 0.022 0.191 0.323 0.456 148 P 0.004 0.004 0.015 0.034 0.324 0.619 149 L 0.006 0.004 0.011 0.008 0.292 0.680 150 P 0.035 0.017 0.035 0.018 0.339 0.557 151 C 0.119 0.029 0.074 0.037 0.306 0.435 152 S 0.238 0.032 0.078 0.048 0.246 0.358 153 V 0.377 0.026 0.079 0.068 0.187 0.263 154 Y 0.453 0.030 0.056 0.057 0.176 0.229 155 L 0.404 0.035 0.042 0.056 0.235 0.228 156 I 0.264 0.036 0.033 0.041 0.317 0.308 157 E 0.125 0.036 0.029 0.038 0.390 0.381 158 H 0.037 0.016 0.030 0.031 0.671 0.214 159 P 0.019 0.010 0.065 0.071 0.647 0.188 160 S 0.018 0.015 0.051 0.102 0.610 0.204 161 L 0.030 0.034 0.058 0.337 0.397 0.145 162 K 0.032 0.018 0.032 0.598 0.142 0.177 163 Y 0.024 0.004 0.040 0.757 0.107 0.068 164 A 0.015 0.003 0.039 0.860 0.055 0.029 165 T 0.026 0.006 0.040 0.845 0.054 0.029 166 T 0.022 0.004 0.042 0.835 0.058 0.039 167 R 0.016 0.002 0.051 0.825 0.063 0.044 168 S 0.027 0.007 0.059 0.699 0.118 0.090 169 I 0.031 0.006 0.069 0.491 0.214 0.188 170 A 0.050 0.009 0.031 0.106 0.352 0.452 171 K 0.079 0.009 0.023 0.027 0.349 0.513 172 Y 0.154 0.007 0.008 0.005 0.333 0.493 173 P 0.500 0.004 0.006 0.003 0.164 0.324 174 V 0.925 0.004 0.001 0.001 0.020 0.048 175 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 176 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 177 E 0.907 0.002 0.001 0.001 0.017 0.072 178 V 0.585 0.013 0.002 0.002 0.065 0.334 179 G 0.215 0.013 0.005 0.001 0.225 0.540 180 P 0.105 0.019 0.023 0.004 0.364 0.486 181 Q 0.056 0.021 0.051 0.009 0.598 0.265 182 P 0.041 0.018 0.088 0.022 0.669 0.163 183 H 0.027 0.012 0.070 0.032 0.654 0.205 184 G 0.038 0.019 0.047 0.052 0.542 0.303 185 V 0.043 0.047 0.040 0.127 0.311 0.432 186 L 0.028 0.034 0.016 0.115 0.225 0.582 187 R 0.008 0.006 0.036 0.492 0.162 0.296 188 A 0.001 0.001 0.028 0.939 0.019 0.013 189 D 0.001 0.001 0.043 0.929 0.018 0.008 190 I 0.001 0.001 0.010 0.975 0.008 0.006 191 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.006 192 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 198 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 199 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 200 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 201 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 202 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 203 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 204 F 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.007 205 I 0.001 0.001 0.008 0.980 0.005 0.006 206 Q 0.002 0.001 0.012 0.970 0.009 0.006 207 R 0.003 0.001 0.013 0.947 0.017 0.019 208 F 0.005 0.003 0.014 0.807 0.060 0.111 209 N 0.005 0.006 0.021 0.522 0.266 0.180 210 E 0.003 0.002 0.038 0.340 0.447 0.170 211 G 0.010 0.005 0.021 0.048 0.524 0.392 212 K 0.037 0.025 0.017 0.030 0.318 0.574 213 E 0.046 0.029 0.008 0.023 0.123 0.772 214 F 0.032 0.011 0.005 0.010 0.090 0.852