# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 991 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.003 0.003 0.008 0.014 0.012 0.912 2 T 0.292 0.039 0.010 0.017 0.019 0.014 0.608 3 S 0.587 0.032 0.011 0.019 0.038 0.015 0.299 4 C 0.669 0.046 0.015 0.015 0.039 0.018 0.198 5 V 0.459 0.060 0.017 0.011 0.062 0.037 0.355 6 A 0.197 0.016 0.026 0.007 0.215 0.240 0.300 7 E 0.078 0.014 0.057 0.008 0.290 0.268 0.285 8 E 0.053 0.009 0.031 0.006 0.409 0.051 0.440 9 P 0.064 0.020 0.052 0.006 0.147 0.149 0.563 10 I 0.134 0.033 0.019 0.001 0.169 0.043 0.601 11 K 0.204 0.004 0.007 0.001 0.166 0.029 0.590 12 K 0.795 0.002 0.004 0.001 0.061 0.010 0.128 13 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 17 G 0.633 0.002 0.002 0.001 0.062 0.025 0.275 18 G 0.239 0.006 0.009 0.002 0.299 0.075 0.371 19 T 0.213 0.037 0.014 0.007 0.267 0.072 0.389 20 H 0.099 0.034 0.013 0.014 0.227 0.060 0.552 21 G 0.021 0.012 0.092 0.098 0.194 0.391 0.193 22 N 0.015 0.011 0.108 0.155 0.146 0.402 0.164 23 E 0.012 0.011 0.070 0.354 0.163 0.150 0.240 24 L 0.009 0.013 0.018 0.675 0.089 0.069 0.127 25 T 0.005 0.007 0.012 0.873 0.023 0.034 0.046 26 G 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.006 0.005 27 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.016 0.001 35 K 0.001 0.001 0.011 0.864 0.002 0.120 0.003 36 N 0.001 0.001 0.015 0.571 0.007 0.395 0.011 37 G 0.001 0.001 0.023 0.322 0.044 0.500 0.109 38 A 0.004 0.005 0.097 0.162 0.098 0.161 0.473 39 E 0.013 0.004 0.299 0.198 0.112 0.156 0.218 40 V 0.049 0.017 0.287 0.178 0.115 0.197 0.158 41 H 0.043 0.008 0.144 0.136 0.096 0.143 0.430 42 R 0.099 0.011 0.128 0.113 0.119 0.155 0.375 43 A 0.024 0.003 0.034 0.023 0.126 0.728 0.063 44 G 0.027 0.001 0.013 0.002 0.104 0.783 0.071 45 L 0.260 0.005 0.001 0.001 0.047 0.005 0.680 46 E 0.926 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.063 47 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 48 K 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 49 P 0.900 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.094 50 F 0.903 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.079 51 I 0.837 0.006 0.001 0.001 0.018 0.004 0.132 52 T 0.382 0.010 0.003 0.002 0.148 0.033 0.422 53 N 0.183 0.010 0.001 0.005 0.130 0.021 0.650 54 P 0.090 0.013 0.025 0.237 0.099 0.278 0.257 55 R 0.059 0.007 0.055 0.405 0.127 0.227 0.120 56 A 0.125 0.011 0.094 0.495 0.064 0.102 0.108 57 V 0.237 0.022 0.049 0.530 0.027 0.061 0.074 58 E 0.259 0.010 0.043 0.451 0.049 0.114 0.073 59 K 0.201 0.006 0.044 0.365 0.057 0.238 0.090 60 C 0.260 0.009 0.018 0.295 0.062 0.190 0.167 61 T 0.388 0.018 0.018 0.156 0.097 0.106 0.217 62 R 0.430 0.019 0.019 0.231 0.063 0.107 0.132 63 Y 0.346 0.021 0.020 0.194 0.075 0.133 0.212 64 I 0.172 0.016 0.015 0.186 0.113 0.335 0.163 65 D 0.168 0.006 0.009 0.065 0.128 0.360 0.264 66 C 0.319 0.054 0.006 0.075 0.128 0.028 0.390 67 D 0.333 0.053 0.013 0.069 0.054 0.033 0.445 68 L 0.205 0.023 0.058 0.124 0.098 0.337 0.156 69 N 0.147 0.022 0.076 0.068 0.077 0.208 0.401 70 R 0.144 0.024 0.103 0.114 0.119 0.176 0.320 71 V 0.128 0.043 0.065 0.104 0.103 0.205 0.352 72 F 0.066 0.030 0.032 0.050 0.243 0.075 0.504 73 D 0.047 0.016 0.041 0.069 0.079 0.090 0.657 74 L 0.019 0.017 0.229 0.330 0.071 0.204 0.131 75 E 0.014 0.007 0.282 0.293 0.061 0.225 0.119 76 N 0.016 0.014 0.287 0.248 0.057 0.252 0.127 77 L 0.023 0.025 0.112 0.173 0.106 0.310 0.251 78 S 0.026 0.015 0.092 0.084 0.124 0.243 0.415 79 K 0.030 0.015 0.052 0.065 0.302 0.144 0.393 80 E 0.033 0.026 0.038 0.027 0.196 0.123 0.557 81 M 0.023 0.042 0.027 0.022 0.173 0.066 0.647 82 S 0.015 0.022 0.028 0.010 0.065 0.040 0.820 83 E 0.004 0.006 0.158 0.064 0.092 0.606 0.070 84 D 0.003 0.004 0.077 0.101 0.080 0.611 0.123 85 L 0.004 0.013 0.011 0.112 0.366 0.039 0.455 86 P 0.003 0.008 0.003 0.528 0.085 0.022 0.350 87 Y 0.001 0.001 0.003 0.967 0.003 0.008 0.017 88 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.004 0.004 89 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 90 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 91 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.009 0.004 92 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 94 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.006 0.001 95 I 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.009 0.002 96 N 0.001 0.001 0.008 0.975 0.002 0.013 0.001 97 H 0.001 0.001 0.024 0.907 0.001 0.063 0.003 98 L 0.001 0.001 0.021 0.875 0.005 0.084 0.014 99 F 0.002 0.004 0.026 0.717 0.057 0.141 0.054 100 G 0.004 0.005 0.013 0.038 0.398 0.048 0.494 101 P 0.006 0.004 0.114 0.064 0.108 0.455 0.249 102 K 0.009 0.013 0.108 0.035 0.128 0.547 0.160 103 N 0.015 0.008 0.131 0.017 0.162 0.282 0.386 104 S 0.028 0.018 0.113 0.025 0.179 0.268 0.369 105 D 0.035 0.012 0.116 0.019 0.234 0.376 0.208 106 D 0.047 0.006 0.078 0.014 0.356 0.261 0.239 107 A 0.163 0.021 0.031 0.004 0.182 0.098 0.500 108 Y 0.447 0.015 0.004 0.001 0.042 0.010 0.482 109 D 0.658 0.003 0.002 0.001 0.150 0.006 0.181 110 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 111 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 114 L 0.743 0.002 0.003 0.002 0.016 0.014 0.220 115 H 0.345 0.011 0.020 0.009 0.200 0.095 0.320 116 N 0.171 0.017 0.061 0.024 0.240 0.201 0.285 117 T 0.134 0.013 0.054 0.042 0.293 0.222 0.243 118 T 0.106 0.033 0.089 0.071 0.216 0.167 0.317 119 S 0.075 0.012 0.108 0.097 0.193 0.329 0.186 120 N 0.096 0.023 0.105 0.105 0.150 0.236 0.284 121 M 0.076 0.023 0.072 0.085 0.125 0.495 0.124 122 G 0.069 0.009 0.033 0.042 0.157 0.525 0.165 123 C 0.207 0.020 0.015 0.043 0.174 0.030 0.511 124 T 0.412 0.037 0.025 0.063 0.059 0.034 0.371 125 L 0.531 0.038 0.040 0.097 0.063 0.049 0.182 126 I 0.495 0.033 0.047 0.097 0.052 0.059 0.217 127 L 0.357 0.033 0.070 0.143 0.074 0.069 0.255 128 E 0.266 0.025 0.072 0.120 0.127 0.104 0.286 129 D 0.086 0.011 0.135 0.119 0.153 0.260 0.236 130 S 0.037 0.021 0.128 0.120 0.139 0.301 0.253 131 R 0.024 0.017 0.077 0.149 0.227 0.185 0.321 132 N 0.017 0.009 0.050 0.285 0.182 0.092 0.366 133 D 0.003 0.002 0.064 0.745 0.038 0.092 0.056 134 F 0.002 0.004 0.034 0.816 0.023 0.073 0.047 135 L 0.001 0.002 0.012 0.927 0.006 0.023 0.029 136 I 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.006 0.007 137 Q 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.006 0.005 138 M 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.011 0.002 139 F 0.001 0.001 0.005 0.975 0.001 0.016 0.002 140 H 0.001 0.001 0.004 0.962 0.001 0.029 0.002 141 Y 0.001 0.001 0.005 0.961 0.003 0.021 0.009 142 I 0.001 0.001 0.009 0.959 0.004 0.015 0.011 143 K 0.001 0.001 0.026 0.937 0.005 0.022 0.007 144 T 0.002 0.001 0.047 0.867 0.007 0.070 0.007 145 C 0.003 0.002 0.037 0.724 0.020 0.185 0.028 146 M 0.009 0.008 0.040 0.370 0.094 0.350 0.128 147 A 0.022 0.010 0.011 0.043 0.335 0.134 0.447 148 P 0.031 0.007 0.012 0.025 0.260 0.101 0.563 149 L 0.067 0.017 0.010 0.026 0.186 0.031 0.664 150 P 0.144 0.026 0.026 0.038 0.077 0.047 0.641 151 C 0.344 0.027 0.047 0.058 0.137 0.052 0.336 152 S 0.485 0.025 0.043 0.069 0.075 0.034 0.270 153 V 0.492 0.020 0.065 0.105 0.064 0.041 0.212 154 Y 0.506 0.025 0.069 0.093 0.051 0.062 0.194 155 L 0.346 0.020 0.087 0.072 0.083 0.104 0.288 156 I 0.205 0.029 0.059 0.046 0.191 0.131 0.337 157 E 0.097 0.031 0.031 0.028 0.343 0.110 0.359 158 H 0.033 0.011 0.033 0.028 0.302 0.061 0.532 159 P 0.021 0.008 0.103 0.102 0.153 0.399 0.215 160 S 0.032 0.016 0.116 0.171 0.109 0.385 0.171 161 L 0.052 0.024 0.097 0.351 0.106 0.120 0.250 162 K 0.055 0.015 0.039 0.495 0.085 0.085 0.226 163 Y 0.038 0.005 0.042 0.729 0.045 0.053 0.088 164 A 0.048 0.009 0.039 0.737 0.028 0.051 0.088 165 T 0.058 0.008 0.031 0.742 0.028 0.054 0.080 166 T 0.061 0.006 0.049 0.731 0.032 0.064 0.058 167 R 0.037 0.003 0.083 0.702 0.030 0.091 0.053 168 S 0.029 0.005 0.106 0.578 0.041 0.165 0.076 169 I 0.026 0.005 0.141 0.329 0.064 0.349 0.087 170 A 0.060 0.008 0.094 0.113 0.156 0.344 0.223 171 K 0.100 0.009 0.029 0.014 0.370 0.109 0.369 172 Y 0.204 0.006 0.003 0.001 0.323 0.018 0.446 173 P 0.636 0.004 0.003 0.001 0.082 0.015 0.261 174 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 175 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 176 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 177 E 0.916 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.070 178 V 0.320 0.007 0.005 0.001 0.071 0.020 0.575 179 G 0.098 0.012 0.007 0.001 0.361 0.070 0.451 180 P 0.040 0.037 0.012 0.002 0.450 0.089 0.369 181 Q 0.015 0.010 0.010 0.002 0.564 0.033 0.367 182 P 0.008 0.007 0.073 0.022 0.276 0.336 0.279 183 H 0.010 0.012 0.123 0.036 0.186 0.489 0.144 184 G 0.024 0.018 0.104 0.056 0.297 0.248 0.254 185 V 0.040 0.047 0.071 0.099 0.198 0.099 0.447 186 L 0.040 0.049 0.052 0.104 0.131 0.067 0.557 187 R 0.020 0.015 0.071 0.278 0.051 0.060 0.505 188 A 0.002 0.001 0.111 0.769 0.023 0.058 0.035 189 D 0.002 0.002 0.083 0.826 0.009 0.053 0.025 190 I 0.001 0.001 0.025 0.929 0.003 0.031 0.011 191 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.003 0.007 0.007 192 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.002 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 199 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 200 H 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 202 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 203 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.008 0.001 204 F 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.020 0.002 205 I 0.001 0.001 0.013 0.957 0.003 0.022 0.004 206 Q 0.002 0.001 0.028 0.841 0.008 0.104 0.016 207 R 0.006 0.001 0.025 0.795 0.025 0.090 0.058 208 F 0.011 0.007 0.014 0.535 0.135 0.084 0.215 209 N 0.011 0.009 0.025 0.422 0.044 0.177 0.312 210 E 0.003 0.001 0.021 0.203 0.047 0.695 0.031 211 G 0.004 0.001 0.025 0.035 0.098 0.712 0.125 212 K 0.021 0.018 0.023 0.016 0.224 0.078 0.620 213 E 0.031 0.031 0.004 0.005 0.035 0.019 0.875 214 F 0.007 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.977