# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 991 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.494 0.253 0.126 0.070 0.037 0.017 0.002 2 T 0.257 0.144 0.148 0.185 0.169 0.084 0.013 3 S 0.279 0.244 0.200 0.156 0.082 0.035 0.004 4 C 0.138 0.182 0.194 0.223 0.180 0.075 0.008 5 V 0.211 0.281 0.265 0.166 0.062 0.013 0.001 6 A 0.317 0.326 0.211 0.105 0.034 0.005 0.001 7 E 0.687 0.209 0.073 0.025 0.006 0.001 0.001 8 E 0.627 0.245 0.091 0.030 0.007 0.001 0.001 9 P 0.569 0.304 0.096 0.027 0.004 0.001 0.001 10 I 0.057 0.257 0.318 0.274 0.084 0.010 0.001 11 K 0.004 0.061 0.212 0.363 0.286 0.070 0.003 12 K 0.001 0.017 0.092 0.323 0.410 0.144 0.012 13 I 0.001 0.001 0.002 0.014 0.109 0.611 0.263 14 A 0.001 0.001 0.003 0.012 0.077 0.390 0.518 15 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.168 0.809 16 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.165 0.802 17 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.172 0.804 18 G 0.001 0.002 0.008 0.036 0.088 0.241 0.625 19 T 0.005 0.012 0.025 0.050 0.092 0.262 0.555 20 H 0.011 0.021 0.031 0.059 0.106 0.295 0.478 21 G 0.012 0.018 0.034 0.077 0.145 0.314 0.401 22 N 0.022 0.044 0.055 0.104 0.170 0.280 0.326 23 E 0.015 0.025 0.041 0.088 0.156 0.318 0.357 24 L 0.016 0.031 0.052 0.089 0.151 0.308 0.353 25 T 0.012 0.034 0.063 0.101 0.133 0.273 0.385 26 G 0.004 0.007 0.011 0.030 0.083 0.294 0.570 27 V 0.004 0.016 0.036 0.106 0.225 0.346 0.268 28 F 0.004 0.018 0.050 0.115 0.219 0.339 0.255 29 L 0.001 0.002 0.007 0.021 0.075 0.362 0.533 30 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.039 0.348 0.603 31 T 0.001 0.005 0.035 0.179 0.333 0.347 0.101 32 H 0.001 0.009 0.054 0.213 0.358 0.309 0.056 33 W 0.001 0.002 0.002 0.008 0.060 0.536 0.391 34 L 0.001 0.004 0.014 0.077 0.292 0.543 0.070 35 K 0.013 0.117 0.297 0.326 0.192 0.049 0.006 36 N 0.018 0.094 0.221 0.370 0.233 0.058 0.005 37 G 0.007 0.022 0.055 0.183 0.369 0.329 0.035 38 A 0.054 0.145 0.219 0.289 0.214 0.075 0.004 39 E 0.451 0.377 0.124 0.038 0.009 0.001 0.001 40 V 0.335 0.350 0.191 0.094 0.025 0.005 0.001 41 H 0.265 0.315 0.218 0.136 0.052 0.013 0.001 42 R 0.200 0.260 0.255 0.188 0.080 0.016 0.001 43 A 0.625 0.232 0.088 0.038 0.013 0.003 0.001 44 G 0.363 0.335 0.176 0.088 0.030 0.007 0.001 45 L 0.038 0.104 0.198 0.314 0.245 0.094 0.008 46 E 0.036 0.121 0.192 0.270 0.229 0.125 0.026 47 V 0.004 0.011 0.034 0.100 0.265 0.426 0.159 48 K 0.004 0.015 0.041 0.122 0.253 0.380 0.184 49 P 0.003 0.005 0.011 0.033 0.109 0.346 0.493 50 F 0.002 0.004 0.007 0.018 0.056 0.264 0.649 51 I 0.004 0.007 0.013 0.032 0.080 0.264 0.600 52 T 0.003 0.007 0.011 0.027 0.072 0.263 0.616 53 N 0.004 0.007 0.013 0.038 0.100 0.311 0.528 54 P 0.008 0.018 0.029 0.071 0.159 0.359 0.356 55 R 0.039 0.097 0.128 0.204 0.216 0.193 0.123 56 A 0.036 0.057 0.082 0.134 0.207 0.312 0.172 57 V 0.048 0.053 0.075 0.139 0.228 0.317 0.140 58 E 0.112 0.214 0.228 0.213 0.137 0.077 0.019 59 K 0.158 0.206 0.198 0.195 0.141 0.079 0.023 60 C 0.120 0.145 0.159 0.184 0.186 0.156 0.050 61 T 0.202 0.193 0.171 0.163 0.132 0.106 0.033 62 R 0.148 0.168 0.179 0.218 0.175 0.089 0.022 63 Y 0.201 0.199 0.200 0.190 0.132 0.061 0.018 64 I 0.184 0.259 0.220 0.182 0.099 0.044 0.012 65 D 0.213 0.282 0.212 0.152 0.083 0.039 0.019 66 C 0.027 0.056 0.112 0.219 0.295 0.225 0.066 67 D 0.019 0.063 0.137 0.210 0.236 0.233 0.102 68 L 0.003 0.006 0.010 0.033 0.120 0.438 0.390 69 N 0.002 0.012 0.035 0.095 0.195 0.356 0.305 70 R 0.001 0.006 0.016 0.055 0.176 0.466 0.280 71 V 0.005 0.028 0.075 0.165 0.272 0.314 0.141 72 F 0.003 0.014 0.045 0.134 0.291 0.388 0.126 73 D 0.058 0.163 0.215 0.213 0.174 0.136 0.041 74 L 0.066 0.110 0.183 0.284 0.249 0.100 0.009 75 E 0.283 0.256 0.204 0.145 0.076 0.032 0.004 76 N 0.427 0.235 0.148 0.109 0.059 0.021 0.002 77 L 0.445 0.222 0.161 0.111 0.048 0.012 0.001 78 S 0.718 0.186 0.062 0.026 0.007 0.001 0.001 79 K 0.723 0.176 0.061 0.028 0.009 0.002 0.001 80 E 0.640 0.226 0.082 0.037 0.013 0.002 0.001 81 M 0.378 0.283 0.193 0.108 0.033 0.005 0.001 82 S 0.519 0.281 0.120 0.056 0.019 0.004 0.001 83 E 0.737 0.173 0.053 0.024 0.010 0.002 0.001 84 D 0.437 0.291 0.155 0.081 0.029 0.006 0.001 85 L 0.065 0.150 0.256 0.307 0.169 0.050 0.004 86 P 0.279 0.318 0.196 0.115 0.057 0.029 0.006 87 Y 0.047 0.111 0.185 0.266 0.255 0.117 0.018 88 E 0.008 0.017 0.044 0.139 0.301 0.374 0.117 89 V 0.008 0.036 0.090 0.246 0.305 0.267 0.048 90 R 0.015 0.159 0.344 0.291 0.139 0.045 0.006 91 R 0.003 0.011 0.044 0.152 0.373 0.379 0.038 92 A 0.001 0.001 0.002 0.010 0.092 0.581 0.312 93 Q 0.005 0.055 0.207 0.373 0.249 0.105 0.007 94 E 0.006 0.101 0.326 0.379 0.158 0.027 0.002 95 I 0.001 0.004 0.011 0.065 0.286 0.553 0.080 96 N 0.004 0.023 0.089 0.288 0.406 0.179 0.011 97 H 0.085 0.365 0.323 0.156 0.058 0.012 0.001 98 L 0.057 0.186 0.320 0.293 0.123 0.021 0.002 99 F 0.023 0.062 0.139 0.308 0.318 0.142 0.008 100 G 0.183 0.319 0.243 0.164 0.071 0.018 0.001 101 P 0.568 0.266 0.099 0.048 0.016 0.003 0.001 102 K 0.587 0.247 0.100 0.047 0.016 0.003 0.001 103 N 0.689 0.200 0.068 0.032 0.009 0.002 0.001 104 S 0.748 0.186 0.050 0.013 0.003 0.001 0.001 105 D 0.653 0.249 0.075 0.020 0.003 0.001 0.001 106 D 0.283 0.359 0.230 0.105 0.021 0.002 0.001 107 A 0.092 0.433 0.306 0.137 0.029 0.004 0.001 108 Y 0.001 0.009 0.053 0.271 0.487 0.170 0.009 109 D 0.001 0.016 0.086 0.294 0.404 0.178 0.020 110 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.065 0.573 0.353 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.230 0.753 112 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.099 0.889 113 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.128 0.852 114 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.184 0.799 115 H 0.001 0.002 0.005 0.019 0.076 0.315 0.584 116 N 0.003 0.014 0.031 0.074 0.163 0.337 0.379 117 T 0.013 0.027 0.048 0.108 0.195 0.309 0.300 118 T 0.024 0.059 0.096 0.152 0.208 0.261 0.201 119 S 0.083 0.116 0.127 0.160 0.165 0.194 0.156 120 N 0.107 0.116 0.112 0.141 0.168 0.204 0.152 121 M 0.076 0.087 0.104 0.137 0.171 0.222 0.202 122 G 0.056 0.059 0.080 0.125 0.156 0.242 0.282 123 C 0.023 0.029 0.045 0.084 0.144 0.314 0.361 124 T 0.029 0.036 0.055 0.098 0.168 0.299 0.315 125 L 0.023 0.027 0.047 0.088 0.181 0.325 0.307 126 I 0.016 0.022 0.036 0.079 0.191 0.387 0.270 127 L 0.023 0.031 0.053 0.124 0.259 0.368 0.142 128 E 0.057 0.122 0.186 0.262 0.241 0.114 0.018 129 D 0.159 0.253 0.238 0.193 0.107 0.042 0.008 130 S 0.239 0.233 0.186 0.171 0.107 0.054 0.011 131 R 0.224 0.240 0.203 0.174 0.106 0.046 0.006 132 N 0.266 0.252 0.199 0.149 0.083 0.041 0.009 133 D 0.361 0.255 0.153 0.107 0.070 0.042 0.012 134 F 0.120 0.173 0.202 0.206 0.165 0.109 0.025 135 L 0.061 0.102 0.135 0.208 0.239 0.203 0.051 136 I 0.083 0.162 0.229 0.236 0.169 0.100 0.021 137 Q 0.103 0.208 0.234 0.214 0.147 0.077 0.016 138 M 0.036 0.047 0.072 0.133 0.237 0.342 0.133 139 F 0.023 0.040 0.094 0.230 0.303 0.257 0.054 140 H 0.105 0.262 0.270 0.201 0.098 0.050 0.014 141 Y 0.054 0.091 0.140 0.236 0.261 0.180 0.038 142 I 0.034 0.033 0.050 0.116 0.266 0.379 0.121 143 K 0.105 0.210 0.247 0.229 0.128 0.065 0.016 144 T 0.192 0.276 0.216 0.163 0.089 0.047 0.016 145 C 0.087 0.138 0.159 0.204 0.214 0.157 0.042 146 M 0.094 0.104 0.147 0.211 0.226 0.169 0.049 147 A 0.218 0.191 0.175 0.172 0.132 0.079 0.032 148 P 0.375 0.257 0.145 0.094 0.062 0.044 0.022 149 L 0.123 0.133 0.159 0.206 0.189 0.144 0.047 150 P 0.131 0.159 0.180 0.192 0.165 0.126 0.048 151 C 0.049 0.059 0.095 0.164 0.236 0.277 0.119 152 S 0.036 0.055 0.091 0.160 0.237 0.290 0.131 153 V 0.017 0.035 0.068 0.126 0.230 0.343 0.181 154 Y 0.012 0.028 0.056 0.127 0.237 0.379 0.161 155 L 0.016 0.035 0.068 0.146 0.277 0.349 0.109 156 I 0.059 0.125 0.178 0.222 0.217 0.152 0.047 157 E 0.168 0.242 0.212 0.173 0.111 0.069 0.026 158 H 0.181 0.221 0.206 0.188 0.116 0.065 0.022 159 P 0.262 0.232 0.163 0.138 0.105 0.075 0.025 160 S 0.138 0.168 0.167 0.174 0.165 0.140 0.048 161 L 0.052 0.054 0.084 0.160 0.226 0.280 0.144 162 K 0.078 0.140 0.181 0.213 0.171 0.146 0.070 163 Y 0.078 0.121 0.154 0.189 0.190 0.184 0.084 164 A 0.099 0.081 0.099 0.156 0.227 0.236 0.101 165 T 0.098 0.064 0.079 0.112 0.168 0.275 0.204 166 T 0.066 0.072 0.091 0.156 0.198 0.263 0.153 167 R 0.076 0.146 0.167 0.193 0.186 0.156 0.074 168 S 0.047 0.090 0.118 0.184 0.253 0.221 0.087 169 I 0.017 0.045 0.090 0.163 0.275 0.286 0.125 170 A 0.021 0.087 0.128 0.198 0.228 0.229 0.110 171 K 0.003 0.024 0.059 0.158 0.295 0.317 0.144 172 Y 0.001 0.002 0.011 0.060 0.204 0.409 0.313 173 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.055 0.337 0.599 174 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.121 0.872 175 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.927 176 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.941 177 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.138 0.849 178 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.282 0.682 179 G 0.001 0.002 0.012 0.066 0.231 0.454 0.235 180 P 0.008 0.050 0.116 0.225 0.268 0.252 0.082 181 Q 0.026 0.100 0.186 0.281 0.244 0.138 0.026 182 P 0.218 0.226 0.190 0.175 0.116 0.062 0.013 183 H 0.103 0.124 0.178 0.218 0.202 0.141 0.034 184 G 0.166 0.189 0.189 0.178 0.144 0.106 0.028 185 V 0.068 0.130 0.176 0.211 0.204 0.164 0.046 186 L 0.032 0.068 0.118 0.230 0.292 0.221 0.038 187 R 0.057 0.150 0.203 0.211 0.193 0.146 0.040 188 A 0.134 0.247 0.243 0.191 0.114 0.058 0.012 189 D 0.048 0.199 0.278 0.236 0.153 0.072 0.014 190 I 0.004 0.013 0.036 0.129 0.336 0.413 0.069 191 L 0.007 0.042 0.116 0.293 0.326 0.196 0.020 192 D 0.075 0.399 0.331 0.140 0.042 0.013 0.001 193 Q 0.004 0.031 0.146 0.353 0.335 0.123 0.009 194 M 0.001 0.002 0.004 0.022 0.166 0.646 0.160 195 R 0.004 0.042 0.193 0.397 0.274 0.086 0.005 196 R 0.016 0.133 0.314 0.328 0.166 0.040 0.003 197 M 0.002 0.010 0.023 0.058 0.207 0.557 0.143 198 L 0.001 0.004 0.010 0.066 0.274 0.524 0.122 199 K 0.006 0.097 0.323 0.359 0.167 0.045 0.004 200 H 0.003 0.010 0.058 0.265 0.450 0.200 0.015 201 A 0.001 0.002 0.002 0.005 0.042 0.487 0.462 202 L 0.004 0.019 0.081 0.264 0.370 0.241 0.021 203 D 0.021 0.161 0.310 0.302 0.161 0.038 0.007 204 F 0.006 0.018 0.049 0.175 0.366 0.330 0.056 205 I 0.006 0.017 0.048 0.174 0.382 0.338 0.036 206 Q 0.097 0.365 0.301 0.154 0.064 0.017 0.002 207 R 0.089 0.260 0.320 0.237 0.080 0.013 0.001 208 F 0.044 0.080 0.149 0.305 0.302 0.113 0.006 209 N 0.365 0.336 0.184 0.089 0.022 0.003 0.001 210 E 0.723 0.209 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 211 G 0.723 0.192 0.060 0.020 0.004 0.001 0.001 212 K 0.575 0.255 0.114 0.045 0.009 0.001 0.001 213 E 0.810 0.147 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 214 F 0.391 0.209 0.195 0.142 0.055 0.008 0.001