# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 959 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.056 0.005 0.003 0.004 0.113 0.820 2 T 0.246 0.017 0.005 0.006 0.087 0.639 3 S 0.468 0.028 0.009 0.007 0.095 0.394 4 C 0.617 0.045 0.022 0.009 0.088 0.218 5 V 0.535 0.045 0.022 0.013 0.205 0.179 6 A 0.277 0.013 0.029 0.017 0.420 0.244 7 E 0.102 0.013 0.024 0.010 0.632 0.219 8 E 0.044 0.009 0.017 0.005 0.698 0.227 9 P 0.045 0.012 0.022 0.005 0.481 0.435 10 I 0.116 0.021 0.007 0.001 0.294 0.561 11 K 0.327 0.006 0.002 0.001 0.180 0.485 12 K 0.884 0.004 0.001 0.001 0.021 0.091 13 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 17 G 0.717 0.002 0.001 0.001 0.057 0.221 18 G 0.421 0.010 0.013 0.002 0.181 0.373 19 T 0.283 0.030 0.039 0.013 0.342 0.294 20 H 0.118 0.051 0.036 0.017 0.555 0.224 21 G 0.049 0.015 0.055 0.024 0.610 0.247 22 N 0.046 0.018 0.062 0.070 0.539 0.264 23 E 0.047 0.029 0.088 0.263 0.402 0.170 24 L 0.027 0.028 0.057 0.546 0.202 0.141 25 T 0.017 0.017 0.016 0.679 0.107 0.164 26 G 0.004 0.002 0.006 0.948 0.016 0.024 27 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 28 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 35 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 36 N 0.001 0.001 0.006 0.936 0.021 0.037 37 G 0.001 0.004 0.011 0.280 0.129 0.574 38 A 0.006 0.005 0.043 0.195 0.189 0.562 39 E 0.044 0.013 0.123 0.230 0.345 0.246 40 V 0.035 0.010 0.149 0.441 0.242 0.122 41 H 0.015 0.006 0.125 0.690 0.130 0.034 42 R 0.011 0.004 0.093 0.696 0.178 0.018 43 A 0.007 0.002 0.049 0.626 0.258 0.057 44 G 0.015 0.005 0.026 0.111 0.472 0.371 45 L 0.109 0.012 0.004 0.002 0.220 0.652 46 E 0.615 0.018 0.002 0.001 0.058 0.305 47 V 0.786 0.037 0.002 0.001 0.040 0.133 48 K 0.673 0.011 0.003 0.001 0.091 0.221 49 P 0.536 0.007 0.009 0.002 0.149 0.297 50 F 0.470 0.014 0.028 0.007 0.222 0.258 51 I 0.373 0.031 0.038 0.020 0.233 0.306 52 T 0.333 0.055 0.040 0.051 0.196 0.325 53 N 0.132 0.025 0.017 0.085 0.205 0.537 54 P 0.023 0.003 0.036 0.766 0.077 0.095 55 R 0.020 0.003 0.040 0.839 0.068 0.029 56 A 0.009 0.002 0.053 0.883 0.046 0.007 57 V 0.011 0.003 0.072 0.838 0.066 0.010 58 E 0.021 0.002 0.076 0.803 0.090 0.008 59 K 0.024 0.003 0.047 0.748 0.153 0.025 60 C 0.028 0.007 0.026 0.352 0.335 0.250 61 T 0.044 0.017 0.015 0.051 0.285 0.587 62 R 0.118 0.040 0.024 0.023 0.260 0.535 63 Y 0.120 0.037 0.034 0.017 0.450 0.341 64 I 0.093 0.016 0.022 0.025 0.465 0.378 65 D 0.064 0.010 0.020 0.031 0.476 0.399 66 C 0.122 0.055 0.017 0.054 0.401 0.351 67 D 0.108 0.068 0.029 0.053 0.351 0.391 68 L 0.036 0.023 0.293 0.276 0.233 0.139 69 N 0.033 0.011 0.429 0.209 0.237 0.081 70 R 0.040 0.010 0.458 0.179 0.236 0.076 71 V 0.049 0.017 0.107 0.118 0.296 0.413 72 F 0.058 0.064 0.036 0.065 0.267 0.509 73 D 0.036 0.023 0.021 0.028 0.308 0.584 74 L 0.011 0.007 0.442 0.149 0.268 0.124 75 E 0.010 0.004 0.571 0.127 0.226 0.063 76 N 0.009 0.006 0.631 0.129 0.189 0.036 77 L 0.024 0.013 0.274 0.256 0.278 0.156 78 S 0.048 0.024 0.173 0.258 0.280 0.218 79 K 0.071 0.030 0.175 0.225 0.292 0.207 80 E 0.093 0.034 0.127 0.129 0.334 0.283 81 M 0.063 0.042 0.083 0.084 0.379 0.349 82 S 0.038 0.030 0.050 0.060 0.488 0.334 83 E 0.023 0.028 0.054 0.066 0.474 0.355 84 D 0.015 0.024 0.027 0.042 0.565 0.327 85 L 0.011 0.011 0.076 0.105 0.607 0.189 86 P 0.008 0.009 0.181 0.265 0.374 0.163 87 Y 0.008 0.011 0.114 0.526 0.198 0.143 88 E 0.010 0.006 0.060 0.756 0.070 0.098 89 V 0.009 0.004 0.009 0.902 0.026 0.050 90 R 0.012 0.003 0.013 0.902 0.027 0.044 91 R 0.010 0.002 0.009 0.949 0.012 0.017 92 A 0.009 0.001 0.006 0.965 0.008 0.011 93 Q 0.003 0.001 0.007 0.974 0.009 0.007 94 E 0.002 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 95 I 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.002 96 N 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.002 97 H 0.001 0.001 0.009 0.977 0.009 0.005 98 L 0.001 0.001 0.006 0.941 0.019 0.031 99 F 0.002 0.009 0.008 0.593 0.128 0.260 100 G 0.002 0.004 0.022 0.085 0.543 0.344 101 P 0.001 0.002 0.085 0.019 0.748 0.145 102 K 0.003 0.007 0.185 0.023 0.702 0.081 103 N 0.006 0.010 0.156 0.026 0.684 0.119 104 S 0.012 0.013 0.099 0.029 0.543 0.305 105 D 0.032 0.021 0.099 0.018 0.470 0.361 106 D 0.048 0.011 0.093 0.012 0.477 0.360 107 A 0.127 0.013 0.038 0.004 0.344 0.475 108 Y 0.434 0.014 0.006 0.001 0.172 0.373 109 D 0.763 0.004 0.001 0.001 0.053 0.179 110 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 111 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 D 0.945 0.003 0.001 0.001 0.011 0.041 114 L 0.480 0.008 0.006 0.001 0.173 0.332 115 H 0.168 0.008 0.029 0.002 0.446 0.346 116 N 0.053 0.009 0.086 0.005 0.627 0.220 117 T 0.037 0.024 0.128 0.020 0.573 0.217 118 T 0.040 0.067 0.093 0.028 0.575 0.198 119 S 0.025 0.017 0.217 0.053 0.571 0.116 120 N 0.028 0.014 0.177 0.075 0.565 0.141 121 M 0.045 0.018 0.127 0.065 0.568 0.177 122 G 0.068 0.015 0.034 0.025 0.425 0.434 123 C 0.153 0.022 0.015 0.016 0.241 0.553 124 T 0.378 0.023 0.021 0.020 0.181 0.378 125 L 0.636 0.018 0.024 0.021 0.109 0.192 126 I 0.684 0.024 0.018 0.024 0.093 0.157 127 L 0.600 0.030 0.014 0.034 0.121 0.201 128 E 0.448 0.019 0.019 0.030 0.213 0.271 129 D 0.166 0.013 0.033 0.039 0.431 0.317 130 S 0.051 0.019 0.076 0.068 0.498 0.288 131 R 0.032 0.027 0.028 0.065 0.403 0.445 132 N 0.010 0.006 0.004 0.049 0.238 0.693 133 D 0.001 0.001 0.009 0.889 0.048 0.051 134 F 0.002 0.001 0.005 0.955 0.021 0.016 135 L 0.002 0.001 0.004 0.977 0.010 0.006 136 I 0.002 0.001 0.002 0.987 0.004 0.004 137 Q 0.004 0.001 0.004 0.984 0.004 0.004 138 M 0.002 0.001 0.003 0.986 0.003 0.005 139 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.006 140 H 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.004 141 Y 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.005 142 I 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.005 143 K 0.001 0.001 0.013 0.971 0.009 0.006 144 T 0.001 0.001 0.015 0.961 0.014 0.009 145 C 0.001 0.001 0.024 0.871 0.050 0.053 146 M 0.002 0.005 0.029 0.627 0.157 0.180 147 A 0.003 0.004 0.020 0.232 0.295 0.446 148 P 0.003 0.003 0.012 0.033 0.287 0.662 149 L 0.005 0.004 0.010 0.007 0.286 0.688 150 P 0.033 0.015 0.029 0.017 0.327 0.580 151 C 0.119 0.024 0.068 0.039 0.299 0.451 152 S 0.259 0.030 0.074 0.055 0.224 0.358 153 V 0.393 0.026 0.073 0.077 0.164 0.268 154 Y 0.429 0.027 0.057 0.067 0.174 0.247 155 L 0.378 0.029 0.045 0.063 0.245 0.240 156 I 0.276 0.033 0.036 0.043 0.316 0.296 157 E 0.156 0.039 0.032 0.041 0.365 0.367 158 H 0.046 0.017 0.027 0.026 0.706 0.178 159 P 0.019 0.008 0.066 0.060 0.692 0.156 160 S 0.019 0.013 0.054 0.076 0.668 0.171 161 L 0.041 0.040 0.065 0.220 0.508 0.126 162 K 0.056 0.024 0.042 0.457 0.191 0.230 163 Y 0.050 0.007 0.058 0.630 0.157 0.098 164 A 0.035 0.004 0.059 0.754 0.095 0.052 165 T 0.055 0.010 0.058 0.743 0.082 0.052 166 T 0.048 0.007 0.062 0.729 0.090 0.064 167 R 0.031 0.003 0.072 0.738 0.090 0.066 168 S 0.048 0.009 0.081 0.581 0.154 0.126 169 I 0.050 0.008 0.080 0.378 0.248 0.235 170 A 0.067 0.010 0.031 0.079 0.344 0.468 171 K 0.111 0.011 0.022 0.022 0.330 0.504 172 Y 0.186 0.008 0.008 0.005 0.317 0.477 173 P 0.511 0.005 0.006 0.002 0.159 0.317 174 V 0.918 0.004 0.001 0.001 0.022 0.053 175 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 176 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 177 E 0.913 0.002 0.001 0.001 0.016 0.067 178 V 0.595 0.013 0.002 0.001 0.062 0.327 179 G 0.212 0.015 0.005 0.001 0.248 0.519 180 P 0.092 0.018 0.019 0.003 0.423 0.445 181 Q 0.049 0.019 0.033 0.006 0.574 0.318 182 P 0.042 0.019 0.048 0.012 0.656 0.223 183 H 0.033 0.013 0.049 0.017 0.623 0.264 184 G 0.039 0.016 0.044 0.040 0.523 0.338 185 V 0.051 0.045 0.054 0.098 0.363 0.388 186 L 0.029 0.040 0.008 0.068 0.240 0.614 187 R 0.009 0.008 0.010 0.249 0.171 0.553 188 A 0.001 0.001 0.014 0.975 0.007 0.004 189 D 0.001 0.001 0.021 0.969 0.007 0.002 190 I 0.001 0.001 0.013 0.978 0.006 0.002 191 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 192 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 194 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 195 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 198 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 199 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 200 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 201 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 202 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 203 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 204 F 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 205 I 0.001 0.001 0.007 0.980 0.005 0.006 206 Q 0.002 0.001 0.013 0.969 0.010 0.006 207 R 0.003 0.001 0.009 0.955 0.016 0.018 208 F 0.004 0.002 0.012 0.876 0.048 0.058 209 N 0.005 0.005 0.016 0.669 0.171 0.134 210 E 0.004 0.002 0.032 0.501 0.307 0.154 211 G 0.018 0.007 0.026 0.063 0.476 0.411 212 K 0.045 0.021 0.024 0.034 0.263 0.613 213 E 0.067 0.030 0.015 0.031 0.176 0.681 214 F 0.035 0.010 0.007 0.017 0.138 0.793