# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 959 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.063 0.003 0.002 0.002 0.011 0.007 0.912 2 T 0.433 0.022 0.005 0.005 0.015 0.006 0.513 3 S 0.796 0.025 0.005 0.006 0.011 0.004 0.153 4 C 0.870 0.019 0.006 0.005 0.008 0.005 0.086 5 V 0.764 0.026 0.008 0.006 0.026 0.025 0.146 6 A 0.444 0.018 0.009 0.003 0.185 0.101 0.241 7 E 0.123 0.009 0.026 0.003 0.326 0.161 0.353 8 E 0.069 0.008 0.020 0.002 0.379 0.072 0.450 9 P 0.085 0.023 0.046 0.003 0.168 0.136 0.540 10 I 0.145 0.019 0.017 0.001 0.145 0.029 0.644 11 K 0.213 0.004 0.007 0.001 0.175 0.028 0.573 12 K 0.849 0.002 0.004 0.001 0.051 0.007 0.087 13 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 17 G 0.635 0.002 0.002 0.001 0.063 0.025 0.272 18 G 0.233 0.006 0.009 0.002 0.310 0.078 0.362 19 T 0.218 0.037 0.015 0.007 0.267 0.074 0.382 20 H 0.097 0.034 0.013 0.014 0.228 0.060 0.554 21 G 0.020 0.011 0.092 0.103 0.192 0.395 0.187 22 N 0.014 0.011 0.107 0.165 0.141 0.405 0.158 23 E 0.011 0.010 0.068 0.381 0.154 0.145 0.231 24 L 0.008 0.012 0.017 0.704 0.080 0.062 0.117 25 T 0.005 0.006 0.011 0.888 0.020 0.030 0.041 26 G 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.006 0.005 27 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.016 0.001 35 K 0.001 0.001 0.008 0.869 0.002 0.119 0.002 36 N 0.001 0.001 0.009 0.627 0.006 0.348 0.009 37 G 0.001 0.001 0.010 0.395 0.056 0.412 0.125 38 A 0.004 0.004 0.032 0.152 0.099 0.076 0.633 39 E 0.024 0.005 0.180 0.307 0.132 0.092 0.260 40 V 0.119 0.020 0.239 0.238 0.132 0.109 0.142 41 H 0.107 0.010 0.181 0.310 0.067 0.116 0.209 42 R 0.182 0.009 0.127 0.340 0.071 0.125 0.146 43 A 0.037 0.003 0.031 0.078 0.080 0.736 0.035 44 G 0.036 0.001 0.009 0.003 0.056 0.844 0.052 45 L 0.329 0.007 0.001 0.001 0.030 0.006 0.626 46 E 0.927 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.064 47 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 48 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 49 P 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 50 F 0.917 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.069 51 I 0.849 0.003 0.001 0.001 0.017 0.003 0.127 52 T 0.374 0.008 0.002 0.001 0.161 0.022 0.433 53 N 0.194 0.010 0.001 0.004 0.123 0.012 0.655 54 P 0.096 0.012 0.020 0.211 0.102 0.248 0.312 55 R 0.062 0.006 0.050 0.378 0.127 0.249 0.128 56 A 0.144 0.010 0.086 0.483 0.072 0.110 0.094 57 V 0.277 0.026 0.053 0.486 0.029 0.059 0.070 58 E 0.262 0.011 0.050 0.435 0.046 0.126 0.069 59 K 0.196 0.008 0.050 0.313 0.057 0.284 0.091 60 C 0.229 0.012 0.022 0.223 0.084 0.233 0.197 61 T 0.297 0.016 0.021 0.111 0.147 0.130 0.278 62 R 0.365 0.024 0.024 0.165 0.105 0.126 0.190 63 Y 0.323 0.034 0.023 0.107 0.088 0.110 0.315 64 I 0.203 0.026 0.020 0.117 0.133 0.284 0.217 65 D 0.169 0.009 0.011 0.059 0.162 0.312 0.277 66 C 0.215 0.039 0.009 0.086 0.173 0.038 0.440 67 D 0.231 0.054 0.018 0.089 0.072 0.044 0.492 68 L 0.137 0.026 0.067 0.144 0.095 0.387 0.144 69 N 0.111 0.025 0.091 0.083 0.076 0.254 0.360 70 R 0.105 0.022 0.113 0.119 0.123 0.198 0.319 71 V 0.098 0.048 0.072 0.104 0.113 0.237 0.327 72 F 0.062 0.039 0.039 0.049 0.254 0.074 0.484 73 D 0.051 0.018 0.051 0.058 0.093 0.084 0.645 74 L 0.018 0.015 0.268 0.350 0.063 0.148 0.139 75 E 0.008 0.004 0.319 0.383 0.046 0.164 0.075 76 N 0.008 0.008 0.312 0.351 0.032 0.205 0.084 77 L 0.017 0.017 0.145 0.353 0.064 0.232 0.171 78 S 0.028 0.015 0.138 0.253 0.099 0.187 0.280 79 K 0.037 0.021 0.131 0.221 0.213 0.163 0.214 80 E 0.037 0.023 0.107 0.112 0.163 0.248 0.309 81 M 0.033 0.031 0.095 0.083 0.147 0.245 0.365 82 S 0.029 0.030 0.078 0.048 0.169 0.161 0.485 83 E 0.016 0.017 0.085 0.049 0.325 0.317 0.190 84 D 0.015 0.018 0.080 0.053 0.247 0.288 0.299 85 L 0.017 0.015 0.081 0.078 0.202 0.108 0.498 86 P 0.018 0.025 0.109 0.182 0.103 0.209 0.353 87 Y 0.013 0.026 0.073 0.336 0.125 0.221 0.207 88 E 0.004 0.004 0.013 0.630 0.070 0.059 0.221 89 V 0.003 0.002 0.003 0.881 0.026 0.008 0.078 90 R 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.003 0.011 91 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.003 92 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 95 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 96 N 0.001 0.001 0.009 0.980 0.001 0.008 0.001 97 H 0.001 0.001 0.014 0.928 0.001 0.055 0.001 98 L 0.001 0.001 0.015 0.875 0.006 0.085 0.017 99 F 0.002 0.006 0.020 0.573 0.119 0.162 0.118 100 G 0.004 0.007 0.012 0.033 0.199 0.086 0.659 101 P 0.003 0.003 0.202 0.076 0.097 0.426 0.193 102 K 0.004 0.004 0.240 0.051 0.095 0.510 0.097 103 N 0.010 0.008 0.355 0.036 0.083 0.337 0.171 104 S 0.025 0.018 0.141 0.038 0.258 0.191 0.329 105 D 0.035 0.010 0.132 0.037 0.169 0.281 0.335 106 D 0.062 0.012 0.118 0.031 0.290 0.263 0.224 107 A 0.189 0.024 0.038 0.008 0.170 0.111 0.461 108 Y 0.405 0.010 0.005 0.001 0.040 0.012 0.527 109 D 0.594 0.003 0.002 0.001 0.197 0.007 0.197 110 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 111 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 114 L 0.770 0.001 0.003 0.002 0.013 0.014 0.196 115 H 0.349 0.011 0.019 0.007 0.214 0.099 0.301 116 N 0.183 0.021 0.044 0.017 0.228 0.152 0.356 117 T 0.124 0.015 0.041 0.032 0.329 0.191 0.269 118 T 0.084 0.024 0.089 0.063 0.233 0.167 0.341 119 S 0.052 0.009 0.147 0.088 0.179 0.381 0.143 120 N 0.070 0.020 0.153 0.105 0.117 0.326 0.209 121 M 0.088 0.031 0.091 0.069 0.146 0.420 0.155 122 G 0.079 0.011 0.038 0.032 0.170 0.443 0.227 123 C 0.193 0.019 0.020 0.032 0.226 0.034 0.477 124 T 0.388 0.029 0.041 0.060 0.083 0.049 0.350 125 L 0.583 0.028 0.047 0.074 0.055 0.055 0.158 126 I 0.631 0.035 0.037 0.071 0.039 0.043 0.143 127 L 0.522 0.038 0.043 0.090 0.055 0.050 0.202 128 E 0.364 0.022 0.048 0.070 0.108 0.111 0.277 129 D 0.127 0.015 0.088 0.062 0.182 0.221 0.304 130 S 0.052 0.022 0.113 0.076 0.183 0.273 0.281 131 R 0.023 0.014 0.081 0.108 0.259 0.184 0.332 132 N 0.016 0.010 0.058 0.218 0.199 0.101 0.398 133 D 0.005 0.003 0.072 0.623 0.068 0.140 0.089 134 F 0.004 0.007 0.034 0.734 0.041 0.093 0.087 135 L 0.001 0.002 0.009 0.933 0.006 0.020 0.029 136 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.006 137 Q 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.005 0.005 138 M 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.008 0.003 139 F 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.010 0.001 140 H 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.016 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.015 0.005 142 I 0.001 0.001 0.006 0.971 0.002 0.013 0.006 143 K 0.001 0.001 0.019 0.958 0.003 0.016 0.003 144 T 0.001 0.001 0.030 0.910 0.003 0.054 0.003 145 C 0.001 0.001 0.024 0.804 0.011 0.141 0.017 146 M 0.004 0.007 0.032 0.494 0.082 0.280 0.102 147 A 0.017 0.009 0.012 0.068 0.324 0.186 0.385 148 P 0.024 0.005 0.013 0.037 0.279 0.134 0.508 149 L 0.062 0.013 0.009 0.029 0.184 0.034 0.668 150 P 0.144 0.025 0.021 0.036 0.074 0.043 0.657 151 C 0.397 0.026 0.035 0.055 0.129 0.043 0.316 152 S 0.552 0.022 0.031 0.066 0.062 0.026 0.241 153 V 0.591 0.017 0.045 0.098 0.050 0.030 0.170 154 Y 0.596 0.022 0.048 0.082 0.040 0.044 0.168 155 L 0.421 0.016 0.070 0.068 0.072 0.084 0.269 156 I 0.246 0.024 0.055 0.051 0.157 0.130 0.337 157 E 0.121 0.033 0.033 0.039 0.305 0.120 0.349 158 H 0.041 0.012 0.022 0.025 0.328 0.043 0.529 159 P 0.021 0.006 0.094 0.108 0.148 0.445 0.177 160 S 0.033 0.013 0.105 0.161 0.105 0.444 0.139 161 L 0.068 0.026 0.096 0.319 0.106 0.127 0.258 162 K 0.087 0.019 0.037 0.417 0.094 0.091 0.256 163 Y 0.074 0.008 0.043 0.621 0.066 0.063 0.125 164 A 0.094 0.013 0.041 0.632 0.039 0.058 0.123 165 T 0.114 0.011 0.035 0.637 0.037 0.056 0.108 166 T 0.116 0.008 0.067 0.611 0.042 0.069 0.086 167 R 0.076 0.005 0.109 0.575 0.044 0.110 0.080 168 S 0.056 0.008 0.122 0.456 0.056 0.195 0.108 169 I 0.043 0.006 0.138 0.224 0.093 0.369 0.128 170 A 0.082 0.009 0.074 0.061 0.192 0.315 0.269 171 K 0.130 0.010 0.023 0.008 0.341 0.095 0.393 172 Y 0.251 0.007 0.003 0.001 0.280 0.015 0.445 173 P 0.662 0.003 0.002 0.001 0.066 0.011 0.254 174 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 175 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 176 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 177 E 0.915 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.069 178 V 0.307 0.009 0.006 0.001 0.067 0.021 0.588 179 G 0.091 0.011 0.008 0.001 0.380 0.089 0.419 180 P 0.031 0.034 0.013 0.002 0.518 0.089 0.313 181 Q 0.010 0.009 0.012 0.002 0.596 0.035 0.336 182 P 0.007 0.007 0.077 0.011 0.242 0.336 0.320 183 H 0.007 0.016 0.156 0.013 0.174 0.513 0.120 184 G 0.015 0.012 0.125 0.017 0.279 0.359 0.193 185 V 0.026 0.033 0.110 0.037 0.228 0.137 0.428 186 L 0.030 0.085 0.024 0.026 0.231 0.043 0.561 187 R 0.012 0.015 0.015 0.045 0.047 0.019 0.845 188 A 0.001 0.001 0.112 0.813 0.010 0.038 0.025 189 D 0.001 0.001 0.062 0.902 0.003 0.023 0.008 190 I 0.001 0.001 0.028 0.951 0.001 0.015 0.004 191 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.007 0.004 192 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 193 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.002 194 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 199 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 200 H 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.011 0.001 201 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 202 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 203 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 204 F 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.020 0.002 205 I 0.001 0.001 0.009 0.954 0.003 0.028 0.004 206 Q 0.003 0.001 0.023 0.831 0.009 0.111 0.022 207 R 0.009 0.002 0.026 0.784 0.028 0.081 0.070 208 F 0.015 0.007 0.016 0.556 0.106 0.075 0.224 209 N 0.014 0.010 0.026 0.456 0.038 0.146 0.309 210 E 0.004 0.001 0.024 0.217 0.045 0.673 0.035 211 G 0.005 0.001 0.023 0.038 0.105 0.681 0.147 212 K 0.022 0.020 0.023 0.018 0.217 0.074 0.626 213 E 0.031 0.034 0.004 0.006 0.059 0.022 0.842 214 F 0.008 0.003 0.003 0.002 0.013 0.004 0.967