# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 959 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.452 0.275 0.140 0.076 0.037 0.018 0.003 2 T 0.213 0.156 0.183 0.210 0.166 0.064 0.007 3 S 0.317 0.290 0.190 0.121 0.058 0.022 0.003 4 C 0.091 0.126 0.166 0.240 0.241 0.125 0.011 5 V 0.093 0.168 0.262 0.276 0.159 0.040 0.002 6 A 0.337 0.365 0.196 0.079 0.020 0.003 0.001 7 E 0.620 0.243 0.094 0.034 0.008 0.001 0.001 8 E 0.697 0.214 0.066 0.019 0.004 0.001 0.001 9 P 0.542 0.322 0.104 0.028 0.004 0.001 0.001 10 I 0.051 0.241 0.328 0.277 0.091 0.011 0.001 11 K 0.004 0.062 0.208 0.361 0.293 0.068 0.003 12 K 0.001 0.014 0.088 0.325 0.411 0.149 0.013 13 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.096 0.608 0.281 14 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.091 0.398 0.494 15 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.172 0.807 16 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.177 0.788 17 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.173 0.802 18 G 0.001 0.002 0.008 0.036 0.089 0.237 0.626 19 T 0.005 0.012 0.024 0.049 0.088 0.258 0.565 20 H 0.011 0.021 0.030 0.058 0.105 0.292 0.484 21 G 0.011 0.018 0.034 0.077 0.145 0.316 0.400 22 N 0.022 0.044 0.055 0.104 0.171 0.280 0.323 23 E 0.015 0.025 0.042 0.089 0.158 0.319 0.352 24 L 0.016 0.031 0.053 0.091 0.152 0.307 0.349 25 T 0.013 0.033 0.061 0.098 0.130 0.272 0.392 26 G 0.004 0.007 0.011 0.030 0.081 0.290 0.577 27 V 0.004 0.015 0.035 0.103 0.216 0.342 0.285 28 F 0.004 0.019 0.052 0.117 0.214 0.329 0.266 29 L 0.001 0.002 0.007 0.022 0.077 0.370 0.521 30 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.053 0.383 0.549 31 T 0.001 0.008 0.047 0.198 0.342 0.324 0.080 32 H 0.001 0.014 0.074 0.240 0.360 0.271 0.039 33 W 0.001 0.002 0.003 0.014 0.109 0.629 0.242 34 L 0.001 0.007 0.031 0.153 0.402 0.383 0.022 35 K 0.045 0.263 0.358 0.229 0.087 0.017 0.001 36 N 0.032 0.176 0.328 0.326 0.115 0.021 0.002 37 G 0.010 0.030 0.078 0.233 0.394 0.241 0.015 38 A 0.070 0.210 0.274 0.256 0.145 0.042 0.003 39 E 0.530 0.337 0.095 0.028 0.007 0.001 0.001 40 V 0.276 0.344 0.211 0.120 0.039 0.009 0.001 41 H 0.117 0.197 0.231 0.262 0.148 0.044 0.002 42 R 0.124 0.213 0.265 0.239 0.129 0.027 0.002 43 A 0.479 0.343 0.129 0.039 0.009 0.001 0.001 44 G 0.211 0.378 0.242 0.126 0.035 0.007 0.001 45 L 0.013 0.050 0.130 0.296 0.353 0.150 0.009 46 E 0.015 0.071 0.179 0.322 0.279 0.115 0.020 47 V 0.001 0.004 0.013 0.045 0.168 0.523 0.246 48 K 0.001 0.007 0.022 0.082 0.227 0.418 0.243 49 P 0.001 0.003 0.007 0.024 0.083 0.320 0.562 50 F 0.001 0.002 0.003 0.009 0.037 0.225 0.722 51 I 0.002 0.003 0.007 0.020 0.060 0.240 0.668 52 T 0.002 0.004 0.007 0.021 0.063 0.255 0.648 53 N 0.003 0.006 0.012 0.039 0.107 0.322 0.511 54 P 0.006 0.016 0.026 0.065 0.153 0.366 0.369 55 R 0.030 0.079 0.113 0.192 0.222 0.218 0.145 56 A 0.029 0.051 0.077 0.126 0.197 0.319 0.202 57 V 0.038 0.047 0.070 0.135 0.227 0.317 0.167 58 E 0.107 0.200 0.218 0.208 0.145 0.093 0.028 59 K 0.148 0.187 0.188 0.194 0.150 0.098 0.035 60 C 0.129 0.148 0.152 0.170 0.173 0.163 0.064 61 T 0.209 0.182 0.155 0.154 0.135 0.121 0.043 62 R 0.144 0.153 0.160 0.207 0.183 0.117 0.036 63 Y 0.179 0.151 0.163 0.193 0.172 0.104 0.037 64 I 0.206 0.245 0.212 0.177 0.097 0.048 0.016 65 D 0.300 0.294 0.186 0.119 0.061 0.027 0.013 66 C 0.077 0.116 0.169 0.226 0.220 0.142 0.050 67 D 0.042 0.115 0.188 0.221 0.204 0.165 0.065 68 L 0.005 0.011 0.021 0.062 0.185 0.443 0.273 69 N 0.003 0.023 0.067 0.158 0.247 0.323 0.179 70 R 0.001 0.007 0.020 0.068 0.214 0.486 0.203 71 V 0.005 0.040 0.117 0.230 0.289 0.242 0.076 72 F 0.002 0.012 0.043 0.157 0.348 0.368 0.071 73 D 0.061 0.226 0.291 0.225 0.125 0.060 0.012 74 L 0.086 0.177 0.248 0.278 0.161 0.047 0.004 75 E 0.354 0.291 0.182 0.103 0.048 0.020 0.002 76 N 0.375 0.233 0.165 0.130 0.072 0.023 0.002 77 L 0.398 0.245 0.178 0.116 0.050 0.013 0.001 78 S 0.654 0.212 0.081 0.038 0.012 0.003 0.001 79 K 0.627 0.213 0.093 0.046 0.016 0.004 0.001 80 E 0.555 0.239 0.109 0.062 0.027 0.007 0.001 81 M 0.378 0.230 0.169 0.134 0.069 0.019 0.002 82 S 0.375 0.230 0.175 0.133 0.067 0.019 0.002 83 E 0.512 0.241 0.126 0.077 0.032 0.010 0.001 84 D 0.437 0.262 0.149 0.093 0.043 0.013 0.002 85 L 0.132 0.145 0.178 0.227 0.182 0.113 0.023 86 P 0.220 0.218 0.167 0.156 0.123 0.087 0.030 87 Y 0.054 0.085 0.141 0.221 0.230 0.185 0.084 88 E 0.107 0.143 0.152 0.172 0.165 0.163 0.099 89 V 0.132 0.233 0.255 0.207 0.113 0.054 0.007 90 R 0.169 0.262 0.205 0.155 0.129 0.068 0.011 91 R 0.029 0.062 0.110 0.190 0.266 0.281 0.063 92 A 0.013 0.018 0.037 0.132 0.282 0.432 0.085 93 Q 0.087 0.283 0.292 0.226 0.084 0.024 0.003 94 E 0.037 0.137 0.308 0.337 0.140 0.038 0.003 95 I 0.006 0.007 0.015 0.054 0.279 0.558 0.081 96 N 0.018 0.079 0.250 0.395 0.217 0.040 0.002 97 H 0.134 0.477 0.243 0.098 0.037 0.010 0.001 98 L 0.027 0.079 0.247 0.388 0.220 0.037 0.002 99 F 0.034 0.066 0.127 0.326 0.313 0.128 0.006 100 G 0.214 0.368 0.235 0.127 0.047 0.009 0.001 101 P 0.508 0.329 0.109 0.041 0.011 0.002 0.001 102 K 0.412 0.312 0.159 0.084 0.027 0.007 0.001 103 N 0.547 0.245 0.116 0.067 0.022 0.003 0.001 104 S 0.696 0.213 0.068 0.018 0.003 0.001 0.001 105 D 0.766 0.187 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 106 D 0.223 0.368 0.267 0.121 0.020 0.001 0.001 107 A 0.093 0.445 0.314 0.126 0.021 0.002 0.001 108 Y 0.001 0.006 0.037 0.228 0.506 0.211 0.011 109 D 0.001 0.010 0.064 0.249 0.434 0.217 0.025 110 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.554 0.378 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.201 0.785 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.088 0.903 113 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.114 0.867 114 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.179 0.803 115 H 0.001 0.002 0.006 0.025 0.092 0.341 0.533 116 N 0.004 0.016 0.033 0.079 0.170 0.356 0.342 117 T 0.019 0.035 0.059 0.123 0.189 0.288 0.288 118 T 0.030 0.061 0.090 0.148 0.201 0.265 0.205 119 S 0.107 0.127 0.121 0.145 0.151 0.180 0.169 120 N 0.098 0.113 0.108 0.133 0.159 0.205 0.184 121 M 0.061 0.081 0.105 0.138 0.165 0.222 0.228 122 G 0.051 0.077 0.100 0.146 0.157 0.226 0.242 123 C 0.018 0.029 0.049 0.094 0.171 0.331 0.308 124 T 0.016 0.030 0.060 0.127 0.230 0.317 0.219 125 L 0.009 0.012 0.028 0.064 0.166 0.405 0.316 126 I 0.007 0.012 0.022 0.060 0.189 0.449 0.261 127 L 0.010 0.017 0.037 0.107 0.276 0.411 0.143 128 E 0.033 0.110 0.198 0.288 0.246 0.109 0.016 129 D 0.088 0.206 0.260 0.244 0.143 0.051 0.008 130 S 0.289 0.295 0.178 0.127 0.069 0.034 0.008 131 R 0.221 0.247 0.208 0.177 0.104 0.039 0.004 132 N 0.215 0.253 0.228 0.172 0.090 0.038 0.006 133 D 0.446 0.282 0.134 0.073 0.039 0.019 0.005 134 F 0.105 0.200 0.237 0.209 0.145 0.086 0.017 135 L 0.040 0.061 0.091 0.200 0.295 0.262 0.050 136 I 0.079 0.184 0.265 0.247 0.145 0.068 0.012 137 Q 0.090 0.211 0.256 0.228 0.139 0.064 0.012 138 M 0.024 0.030 0.047 0.099 0.233 0.406 0.161 139 F 0.014 0.029 0.080 0.219 0.317 0.280 0.061 140 H 0.079 0.263 0.292 0.210 0.098 0.046 0.011 141 Y 0.038 0.078 0.148 0.268 0.282 0.160 0.026 142 I 0.024 0.021 0.030 0.079 0.238 0.449 0.159 143 K 0.069 0.174 0.252 0.274 0.155 0.064 0.011 144 T 0.195 0.310 0.225 0.152 0.075 0.034 0.010 145 C 0.068 0.123 0.159 0.224 0.231 0.156 0.039 146 M 0.073 0.088 0.139 0.220 0.247 0.183 0.049 147 A 0.245 0.227 0.184 0.160 0.107 0.055 0.021 148 P 0.393 0.262 0.142 0.091 0.057 0.038 0.017 149 L 0.121 0.143 0.171 0.212 0.183 0.131 0.039 150 P 0.125 0.161 0.186 0.197 0.164 0.122 0.046 151 C 0.048 0.059 0.096 0.166 0.238 0.275 0.119 152 S 0.044 0.069 0.106 0.176 0.238 0.261 0.106 153 V 0.019 0.041 0.081 0.145 0.244 0.322 0.148 154 Y 0.013 0.031 0.063 0.140 0.250 0.365 0.138 155 L 0.017 0.035 0.067 0.143 0.274 0.353 0.110 156 I 0.057 0.117 0.166 0.221 0.226 0.165 0.048 157 E 0.158 0.226 0.210 0.181 0.121 0.076 0.027 158 H 0.189 0.228 0.207 0.186 0.112 0.060 0.019 159 P 0.288 0.247 0.165 0.130 0.092 0.060 0.019 160 S 0.165 0.183 0.169 0.168 0.151 0.123 0.040 161 L 0.063 0.061 0.093 0.172 0.229 0.263 0.119 162 K 0.091 0.155 0.195 0.214 0.159 0.129 0.057 163 Y 0.090 0.127 0.152 0.184 0.186 0.180 0.080 164 A 0.104 0.087 0.106 0.164 0.227 0.222 0.090 165 T 0.097 0.070 0.088 0.126 0.178 0.272 0.169 166 T 0.070 0.079 0.098 0.161 0.203 0.257 0.131 167 R 0.081 0.152 0.173 0.199 0.188 0.145 0.061 168 S 0.065 0.116 0.147 0.203 0.233 0.176 0.060 169 I 0.027 0.059 0.107 0.183 0.279 0.256 0.089 170 A 0.038 0.119 0.159 0.213 0.216 0.182 0.074 171 K 0.007 0.040 0.086 0.191 0.298 0.273 0.105 172 Y 0.001 0.004 0.016 0.076 0.227 0.409 0.267 173 P 0.001 0.001 0.003 0.018 0.093 0.388 0.497 174 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.179 0.809 175 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.107 0.886 176 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.085 0.911 177 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.192 0.781 178 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.065 0.376 0.549 179 G 0.001 0.005 0.023 0.104 0.291 0.413 0.162 180 P 0.026 0.112 0.176 0.248 0.225 0.168 0.045 181 Q 0.034 0.123 0.225 0.299 0.218 0.090 0.011 182 P 0.237 0.253 0.206 0.166 0.093 0.039 0.006 183 H 0.127 0.143 0.198 0.235 0.188 0.094 0.014 184 G 0.242 0.239 0.198 0.152 0.100 0.057 0.011 185 V 0.101 0.163 0.208 0.225 0.178 0.106 0.021 186 L 0.045 0.074 0.124 0.249 0.295 0.187 0.027 187 R 0.119 0.214 0.231 0.185 0.135 0.091 0.024 188 A 0.162 0.246 0.239 0.196 0.107 0.043 0.006 189 D 0.177 0.338 0.243 0.136 0.069 0.030 0.007 190 I 0.011 0.040 0.100 0.229 0.337 0.249 0.034 191 L 0.009 0.029 0.067 0.224 0.354 0.285 0.032 192 D 0.097 0.389 0.323 0.144 0.037 0.010 0.001 193 Q 0.023 0.088 0.235 0.343 0.223 0.080 0.008 194 M 0.004 0.006 0.012 0.040 0.189 0.587 0.162 195 R 0.007 0.040 0.152 0.338 0.310 0.139 0.014 196 R 0.035 0.234 0.326 0.236 0.121 0.042 0.006 197 M 0.003 0.021 0.072 0.199 0.366 0.303 0.036 198 L 0.002 0.004 0.007 0.038 0.179 0.555 0.215 199 K 0.007 0.080 0.249 0.358 0.225 0.075 0.005 200 H 0.006 0.024 0.120 0.345 0.370 0.124 0.011 201 A 0.003 0.004 0.004 0.009 0.054 0.503 0.423 202 L 0.004 0.011 0.036 0.158 0.370 0.374 0.046 203 D 0.022 0.168 0.337 0.293 0.138 0.035 0.007 204 F 0.007 0.023 0.064 0.222 0.395 0.259 0.030 205 I 0.006 0.020 0.055 0.182 0.391 0.321 0.025 206 Q 0.114 0.358 0.299 0.156 0.060 0.013 0.001 207 R 0.131 0.305 0.306 0.190 0.058 0.009 0.001 208 F 0.052 0.096 0.182 0.316 0.267 0.083 0.004 209 N 0.450 0.314 0.147 0.069 0.017 0.003 0.001 210 E 0.730 0.195 0.053 0.017 0.004 0.001 0.001 211 G 0.751 0.174 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 212 K 0.620 0.245 0.094 0.034 0.007 0.001 0.001 213 E 0.637 0.224 0.087 0.038 0.012 0.002 0.001 214 F 0.501 0.229 0.145 0.087 0.033 0.006 0.001