# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.2611 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.014 0.744 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.163 0.051 0.003 0.015 2 P 0.001 0.012 0.735 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.142 0.071 0.004 0.015 3 C 0.002 0.014 0.650 0.023 0.025 0.007 0.001 0.001 0.003 0.185 0.054 0.028 0.008 4 A 0.016 0.026 0.454 0.009 0.043 0.019 0.006 0.001 0.021 0.075 0.122 0.039 0.169 5 I 0.069 0.009 0.337 0.018 0.016 0.012 0.029 0.008 0.091 0.026 0.014 0.165 0.204 6 D 0.184 0.010 0.096 0.021 0.005 0.014 0.081 0.008 0.090 0.025 0.003 0.333 0.131 7 V 0.177 0.005 0.040 0.006 0.006 0.011 0.095 0.015 0.082 0.004 0.004 0.076 0.478 8 Y 0.169 0.005 0.036 0.315 0.008 0.020 0.089 0.041 0.067 0.008 0.006 0.122 0.111 9 K 0.119 0.003 0.043 0.020 0.009 0.015 0.023 0.027 0.087 0.018 0.006 0.443 0.187 10 I 0.107 0.004 0.094 0.047 0.016 0.030 0.010 0.007 0.029 0.028 0.031 0.042 0.555 11 M 0.055 0.015 0.181 0.250 0.048 0.050 0.008 0.010 0.024 0.095 0.054 0.130 0.080 12 E 0.038 0.008 0.187 0.035 0.056 0.050 0.006 0.012 0.032 0.114 0.103 0.213 0.146 13 K 0.034 0.011 0.254 0.039 0.051 0.031 0.005 0.008 0.017 0.079 0.130 0.050 0.291 14 V 0.042 0.033 0.340 0.011 0.019 0.025 0.010 0.005 0.026 0.122 0.044 0.234 0.089 15 D 0.016 0.029 0.374 0.008 0.011 0.007 0.004 0.001 0.019 0.097 0.022 0.072 0.340 16 Y 0.006 0.015 0.513 0.025 0.015 0.009 0.001 0.001 0.008 0.192 0.023 0.118 0.076 17 P 0.004 0.012 0.631 0.007 0.018 0.015 0.001 0.001 0.008 0.116 0.059 0.030 0.096 18 R 0.008 0.106 0.364 0.009 0.039 0.028 0.006 0.002 0.011 0.161 0.144 0.019 0.105 19 N 0.001 0.014 0.758 0.005 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.097 0.053 0.021 0.028 20 E 0.001 0.010 0.153 0.003 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.206 0.574 0.016 0.010 21 S 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.937 0.001 0.003 22 G 0.002 0.004 0.175 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.190 0.015 0.006 23 D 0.029 0.016 0.647 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.093 0.012 0.062 0.120 24 V 0.193 0.032 0.134 0.011 0.001 0.001 0.049 0.001 0.009 0.009 0.003 0.152 0.405 25 A 0.323 0.003 0.031 0.165 0.001 0.001 0.072 0.002 0.008 0.006 0.001 0.245 0.142 26 A 0.428 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.175 0.006 0.011 0.001 0.001 0.111 0.257 27 V 0.618 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.162 0.009 0.007 0.001 0.001 0.084 0.104 28 I 0.442 0.003 0.013 0.005 0.001 0.001 0.082 0.008 0.029 0.003 0.001 0.208 0.203 29 H 0.084 0.003 0.241 0.069 0.004 0.002 0.005 0.001 0.074 0.052 0.005 0.174 0.287 30 P 0.016 0.005 0.350 0.122 0.056 0.018 0.003 0.001 0.021 0.127 0.136 0.011 0.135 31 N 0.019 0.015 0.147 0.016 0.072 0.014 0.008 0.004 0.021 0.226 0.374 0.062 0.022 32 L 0.019 0.027 0.317 0.001 0.093 0.020 0.009 0.008 0.021 0.183 0.184 0.043 0.075 33 Q 0.016 0.126 0.316 0.004 0.049 0.015 0.009 0.008 0.018 0.164 0.216 0.021 0.037 34 D 0.002 0.037 0.428 0.002 0.062 0.015 0.001 0.001 0.011 0.268 0.139 0.011 0.024 35 Q 0.001 0.005 0.185 0.008 0.082 0.023 0.001 0.001 0.001 0.406 0.282 0.003 0.005 36 D 0.002 0.013 0.254 0.016 0.096 0.033 0.001 0.001 0.001 0.300 0.263 0.012 0.009 37 W 0.004 0.045 0.321 0.003 0.163 0.048 0.001 0.001 0.004 0.175 0.124 0.007 0.104 38 K 0.011 0.043 0.376 0.009 0.064 0.050 0.002 0.004 0.012 0.127 0.107 0.181 0.015 39 P 0.020 0.085 0.244 0.002 0.063 0.036 0.007 0.011 0.019 0.081 0.092 0.016 0.323 40 L 0.019 0.177 0.419 0.013 0.029 0.039 0.006 0.004 0.020 0.132 0.055 0.035 0.052 41 H 0.001 0.007 0.806 0.002 0.012 0.007 0.001 0.001 0.003 0.080 0.034 0.022 0.025 42 P 0.001 0.002 0.031 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.045 0.900 0.002 0.003 43 G 0.001 0.001 0.032 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.888 0.001 0.001 44 D 0.001 0.005 0.568 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.380 0.024 0.008 0.003 45 P 0.019 0.040 0.462 0.018 0.019 0.010 0.002 0.001 0.008 0.121 0.120 0.016 0.163 46 V 0.140 0.045 0.135 0.054 0.064 0.012 0.030 0.014 0.016 0.055 0.086 0.190 0.159 47 F 0.290 0.013 0.058 0.023 0.029 0.011 0.074 0.019 0.021 0.021 0.013 0.166 0.261 48 V 0.267 0.024 0.048 0.022 0.019 0.014 0.091 0.028 0.028 0.028 0.011 0.238 0.181 49 S 0.133 0.013 0.207 0.034 0.018 0.013 0.012 0.013 0.066 0.025 0.056 0.119 0.291 50 L 0.043 0.012 0.320 0.025 0.009 0.005 0.002 0.002 0.025 0.097 0.095 0.286 0.079 51 D 0.003 0.002 0.045 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.086 0.807 0.011 0.020 52 G 0.002 0.003 0.123 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.347 0.488 0.009 0.007 53 K 0.008 0.029 0.511 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.011 0.130 0.012 0.251 0.040 54 V 0.011 0.074 0.117 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.013 0.004 0.012 0.746 55 I 0.009 0.029 0.201 0.040 0.005 0.002 0.004 0.001 0.021 0.030 0.004 0.626 0.028 56 P 0.008 0.012 0.288 0.008 0.015 0.006 0.003 0.001 0.028 0.032 0.046 0.016 0.536 57 L 0.014 0.038 0.381 0.025 0.048 0.021 0.010 0.003 0.020 0.082 0.224 0.085 0.049 58 G 0.002 0.014 0.273 0.012 0.037 0.021 0.002 0.001 0.012 0.172 0.416 0.015 0.024 59 G 0.001 0.007 0.219 0.005 0.043 0.012 0.001 0.001 0.003 0.338 0.362 0.007 0.004 60 D 0.001 0.014 0.492 0.006 0.027 0.013 0.001 0.001 0.005 0.200 0.219 0.010 0.012 61 C 0.004 0.034 0.554 0.011 0.020 0.007 0.004 0.001 0.012 0.171 0.066 0.035 0.082 62 T 0.017 0.052 0.371 0.015 0.008 0.012 0.020 0.014 0.051 0.155 0.022 0.106 0.157 63 V 0.066 0.050 0.183 0.048 0.008 0.024 0.047 0.024 0.085 0.074 0.026 0.098 0.269 64 Y 0.060 0.006 0.217 0.226 0.003 0.016 0.017 0.015 0.049 0.060 0.011 0.257 0.062 65 P 0.078 0.004 0.274 0.053 0.005 0.021 0.028 0.053 0.137 0.033 0.014 0.031 0.269 66 V 0.225 0.005 0.057 0.006 0.004 0.053 0.152 0.163 0.099 0.009 0.013 0.131 0.083 67 F 0.234 0.010 0.052 0.003 0.005 0.097 0.142 0.250 0.074 0.008 0.008 0.037 0.081 68 V 0.165 0.004 0.037 0.008 0.011 0.358 0.106 0.127 0.081 0.009 0.019 0.029 0.048 69 N 0.024 0.005 0.148 0.058 0.018 0.440 0.017 0.015 0.038 0.089 0.056 0.068 0.024 70 E 0.025 0.002 0.230 0.004 0.011 0.488 0.005 0.001 0.015 0.072 0.032 0.009 0.107 71 A 0.004 0.001 0.018 0.001 0.009 0.917 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.004 0.004 72 A 0.003 0.001 0.010 0.001 0.010 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.003 0.004 73 Y 0.003 0.001 0.015 0.001 0.015 0.924 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.004 0.004 74 Y 0.005 0.007 0.032 0.005 0.021 0.867 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.002 0.006 75 E 0.002 0.002 0.030 0.001 0.023 0.803 0.001 0.001 0.001 0.016 0.106 0.009 0.007 76 K 0.001 0.001 0.029 0.002 0.027 0.516 0.001 0.001 0.001 0.033 0.386 0.002 0.003 77 K 0.004 0.003 0.111 0.002 0.022 0.353 0.001 0.001 0.001 0.080 0.408 0.011 0.005 78 E 0.003 0.010 0.309 0.002 0.046 0.384 0.001 0.001 0.006 0.075 0.128 0.006 0.030 79 A 0.007 0.014 0.204 0.010 0.046 0.464 0.001 0.001 0.007 0.077 0.094 0.054 0.020 80 F 0.026 0.005 0.215 0.014 0.047 0.391 0.004 0.006 0.018 0.060 0.069 0.043 0.100 81 A 0.063 0.009 0.152 0.018 0.033 0.276 0.014 0.014 0.027 0.024 0.037 0.152 0.183 82 K 0.096 0.010 0.100 0.039 0.022 0.237 0.019 0.023 0.041 0.031 0.041 0.146 0.195 83 T 0.108 0.010 0.132 0.069 0.017 0.150 0.009 0.010 0.022 0.038 0.030 0.183 0.221 84 T 0.069 0.005 0.142 0.102 0.012 0.121 0.007 0.009 0.024 0.075 0.040 0.180 0.213 85 K 0.058 0.009 0.194 0.053 0.011 0.105 0.008 0.009 0.026 0.055 0.040 0.085 0.348 86 L 0.038 0.010 0.199 0.014 0.006 0.104 0.013 0.016 0.059 0.059 0.037 0.354 0.089 87 T 0.041 0.022 0.286 0.024 0.010 0.088 0.016 0.011 0.087 0.075 0.045 0.026 0.269 88 L 0.023 0.014 0.306 0.008 0.005 0.043 0.011 0.008 0.058 0.057 0.016 0.412 0.039 89 N 0.010 0.020 0.379 0.003 0.009 0.051 0.010 0.009 0.093 0.036 0.038 0.014 0.328 90 A 0.012 0.017 0.244 0.013 0.083 0.326 0.012 0.012 0.070 0.044 0.063 0.048 0.058 91 K 0.016 0.007 0.149 0.061 0.116 0.371 0.006 0.011 0.036 0.100 0.065 0.033 0.029 92 S 0.024 0.007 0.149 0.022 0.185 0.369 0.006 0.005 0.022 0.057 0.053 0.032 0.069 93 I 0.033 0.022 0.098 0.010 0.076 0.488 0.008 0.015 0.030 0.015 0.052 0.024 0.128 94 R 0.033 0.025 0.138 0.011 0.065 0.455 0.005 0.013 0.021 0.028 0.068 0.093 0.047 95 S 0.013 0.009 0.195 0.007 0.095 0.341 0.003 0.012 0.016 0.079 0.114 0.041 0.074 96 T 0.006 0.016 0.270 0.010 0.071 0.256 0.001 0.003 0.011 0.112 0.196 0.012 0.034 97 L 0.003 0.040 0.354 0.006 0.047 0.156 0.002 0.001 0.008 0.201 0.151 0.009 0.022 98 H 0.001 0.010 0.679 0.001 0.016 0.043 0.001 0.001 0.002 0.168 0.055 0.011 0.013