# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.2611 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.156 0.131 0.040 0.131 0.116 0.109 0.124 0.079 0.058 0.034 0.023 2 P 0.267 0.146 0.078 0.143 0.096 0.072 0.068 0.045 0.040 0.027 0.019 3 C 0.062 0.106 0.048 0.129 0.132 0.132 0.150 0.092 0.072 0.047 0.030 4 A 0.075 0.128 0.067 0.186 0.156 0.132 0.106 0.067 0.047 0.024 0.012 5 I 0.022 0.013 0.017 0.043 0.054 0.088 0.170 0.155 0.172 0.153 0.113 6 D 0.051 0.107 0.087 0.241 0.205 0.135 0.092 0.048 0.022 0.009 0.003 7 V 0.001 0.001 0.005 0.008 0.008 0.015 0.061 0.097 0.221 0.297 0.285 8 Y 0.009 0.009 0.031 0.038 0.077 0.114 0.213 0.170 0.152 0.119 0.069 9 K 0.021 0.052 0.245 0.260 0.149 0.099 0.087 0.039 0.027 0.015 0.006 10 I 0.005 0.017 0.035 0.052 0.062 0.110 0.248 0.187 0.133 0.098 0.053 11 M 0.012 0.016 0.019 0.035 0.047 0.072 0.180 0.168 0.174 0.160 0.117 12 E 0.154 0.135 0.202 0.243 0.121 0.068 0.048 0.015 0.009 0.005 0.002 13 K 0.149 0.146 0.166 0.215 0.153 0.084 0.047 0.023 0.010 0.005 0.001 14 V 0.007 0.004 0.003 0.006 0.014 0.043 0.145 0.190 0.233 0.195 0.161 15 D 0.193 0.217 0.106 0.227 0.118 0.063 0.036 0.020 0.011 0.005 0.003 16 Y 0.029 0.030 0.042 0.068 0.087 0.107 0.172 0.146 0.126 0.117 0.076 17 P 0.184 0.125 0.068 0.112 0.089 0.075 0.091 0.075 0.073 0.053 0.055 18 R 0.138 0.123 0.029 0.150 0.115 0.112 0.139 0.072 0.061 0.037 0.024 19 N 0.295 0.209 0.077 0.131 0.091 0.055 0.045 0.032 0.029 0.022 0.014 20 E 0.246 0.173 0.029 0.135 0.105 0.095 0.099 0.053 0.035 0.018 0.012 21 S 0.435 0.235 0.055 0.105 0.070 0.041 0.023 0.016 0.012 0.006 0.003 22 G 0.152 0.106 0.039 0.109 0.114 0.116 0.124 0.085 0.074 0.048 0.033 23 D 0.154 0.141 0.071 0.181 0.143 0.111 0.086 0.047 0.036 0.019 0.012 24 V 0.013 0.020 0.024 0.060 0.071 0.096 0.176 0.139 0.155 0.142 0.104 25 A 0.014 0.027 0.042 0.119 0.127 0.137 0.183 0.125 0.098 0.074 0.054 26 A 0.003 0.003 0.013 0.020 0.025 0.041 0.113 0.131 0.220 0.240 0.190 27 V 0.013 0.020 0.044 0.096 0.113 0.121 0.182 0.144 0.113 0.088 0.065 28 I 0.002 0.006 0.010 0.016 0.019 0.031 0.093 0.137 0.223 0.240 0.223 29 H 0.015 0.024 0.019 0.054 0.082 0.108 0.184 0.171 0.144 0.110 0.088 30 P 0.177 0.110 0.103 0.153 0.121 0.091 0.086 0.054 0.055 0.032 0.018 31 N 0.239 0.136 0.072 0.183 0.144 0.099 0.069 0.029 0.018 0.008 0.003 32 L 0.019 0.020 0.011 0.027 0.033 0.051 0.139 0.141 0.199 0.188 0.171 33 Q 0.047 0.074 0.051 0.136 0.125 0.129 0.185 0.098 0.072 0.048 0.034 34 D 0.091 0.094 0.213 0.209 0.135 0.093 0.076 0.036 0.026 0.018 0.009 35 Q 0.073 0.071 0.097 0.150 0.141 0.140 0.155 0.076 0.049 0.031 0.017 36 D 0.051 0.071 0.035 0.102 0.088 0.093 0.160 0.143 0.123 0.087 0.048 37 W 0.020 0.016 0.014 0.040 0.067 0.102 0.184 0.156 0.158 0.136 0.106 38 K 0.209 0.122 0.206 0.216 0.110 0.057 0.040 0.015 0.013 0.008 0.004 39 P 0.068 0.079 0.064 0.193 0.154 0.117 0.147 0.080 0.047 0.034 0.017 40 L 0.008 0.008 0.003 0.006 0.012 0.025 0.084 0.180 0.219 0.230 0.224 41 H 0.275 0.284 0.051 0.167 0.098 0.054 0.030 0.021 0.011 0.005 0.003 42 P 0.407 0.230 0.080 0.112 0.086 0.043 0.018 0.011 0.008 0.004 0.002 43 G 0.396 0.175 0.024 0.093 0.101 0.076 0.052 0.033 0.029 0.013 0.008 44 D 0.096 0.074 0.011 0.096 0.106 0.133 0.169 0.116 0.106 0.056 0.037 45 P 0.022 0.033 0.034 0.094 0.099 0.105 0.151 0.136 0.128 0.108 0.089 46 V 0.006 0.012 0.027 0.066 0.070 0.081 0.166 0.160 0.149 0.139 0.124 47 F 0.003 0.004 0.015 0.020 0.027 0.037 0.091 0.121 0.204 0.241 0.237 48 V 0.010 0.015 0.037 0.069 0.074 0.084 0.171 0.130 0.156 0.143 0.113 49 S 0.030 0.054 0.056 0.133 0.134 0.123 0.164 0.119 0.090 0.062 0.034 50 L 0.020 0.023 0.012 0.029 0.042 0.068 0.149 0.182 0.183 0.162 0.130 51 D 0.316 0.262 0.046 0.147 0.102 0.057 0.032 0.021 0.011 0.005 0.002 52 G 0.274 0.104 0.041 0.086 0.095 0.088 0.086 0.067 0.073 0.051 0.035 53 K 0.314 0.178 0.040 0.146 0.119 0.077 0.062 0.028 0.020 0.010 0.006 54 V 0.092 0.079 0.039 0.131 0.112 0.100 0.143 0.098 0.092 0.068 0.045 55 I 0.039 0.033 0.029 0.061 0.072 0.093 0.169 0.144 0.133 0.123 0.104 56 P 0.149 0.178 0.128 0.211 0.125 0.078 0.054 0.034 0.023 0.013 0.007 57 L 0.035 0.039 0.021 0.055 0.070 0.100 0.180 0.156 0.139 0.119 0.087 58 G 0.340 0.222 0.053 0.137 0.094 0.055 0.039 0.026 0.018 0.009 0.006 59 G 0.276 0.145 0.043 0.125 0.100 0.086 0.083 0.051 0.047 0.028 0.016 60 D 0.355 0.235 0.069 0.132 0.095 0.051 0.028 0.016 0.011 0.006 0.003 61 C 0.052 0.044 0.017 0.065 0.076 0.111 0.185 0.137 0.132 0.102 0.079 62 T 0.155 0.165 0.099 0.193 0.135 0.096 0.066 0.039 0.027 0.015 0.009 63 V 0.022 0.033 0.039 0.091 0.094 0.120 0.172 0.130 0.123 0.105 0.072 64 Y 0.011 0.019 0.018 0.054 0.077 0.113 0.174 0.152 0.151 0.127 0.103 65 P 0.007 0.011 0.015 0.050 0.057 0.083 0.156 0.141 0.190 0.158 0.131 66 V 0.005 0.009 0.017 0.051 0.069 0.089 0.178 0.158 0.157 0.146 0.120 67 F 0.001 0.003 0.007 0.016 0.022 0.030 0.090 0.134 0.213 0.241 0.242 68 V 0.001 0.002 0.006 0.011 0.019 0.031 0.089 0.137 0.235 0.236 0.234 69 N 0.010 0.017 0.043 0.074 0.100 0.117 0.178 0.142 0.150 0.101 0.069 70 E 0.008 0.014 0.028 0.076 0.090 0.120 0.226 0.144 0.133 0.095 0.066 71 A 0.010 0.014 0.027 0.047 0.053 0.074 0.172 0.153 0.195 0.152 0.102 72 A 0.008 0.013 0.028 0.046 0.054 0.083 0.197 0.160 0.175 0.141 0.096 73 Y 0.022 0.033 0.107 0.110 0.123 0.142 0.193 0.103 0.083 0.054 0.030 74 Y 0.038 0.045 0.131 0.137 0.110 0.123 0.180 0.093 0.069 0.047 0.027 75 E 0.042 0.074 0.105 0.133 0.111 0.124 0.185 0.096 0.069 0.041 0.021 76 K 0.034 0.050 0.075 0.095 0.092 0.125 0.203 0.116 0.100 0.070 0.040 77 K 0.107 0.097 0.171 0.191 0.151 0.124 0.094 0.032 0.020 0.010 0.004 78 E 0.092 0.072 0.186 0.207 0.137 0.114 0.108 0.042 0.025 0.013 0.005 79 A 0.017 0.020 0.050 0.059 0.056 0.084 0.219 0.158 0.143 0.117 0.077 80 F 0.013 0.022 0.064 0.067 0.073 0.103 0.203 0.142 0.136 0.105 0.072 81 A 0.035 0.054 0.256 0.135 0.110 0.107 0.124 0.066 0.053 0.040 0.021 82 K 0.060 0.098 0.140 0.215 0.174 0.136 0.102 0.043 0.019 0.009 0.003 83 T 0.048 0.034 0.040 0.045 0.049 0.075 0.152 0.155 0.178 0.135 0.088 84 T 0.150 0.147 0.074 0.196 0.137 0.103 0.097 0.049 0.028 0.014 0.007 85 K 0.074 0.071 0.122 0.126 0.118 0.117 0.128 0.075 0.078 0.057 0.035 86 L 0.053 0.068 0.094 0.168 0.135 0.131 0.174 0.069 0.052 0.035 0.021 87 T 0.065 0.075 0.083 0.192 0.149 0.126 0.137 0.082 0.048 0.030 0.012 88 L 0.011 0.009 0.014 0.016 0.024 0.051 0.125 0.180 0.203 0.207 0.160 89 N 0.076 0.226 0.085 0.228 0.155 0.099 0.061 0.039 0.019 0.008 0.004 90 A 0.009 0.009 0.010 0.017 0.028 0.049 0.113 0.126 0.200 0.230 0.209 91 K 0.266 0.180 0.075 0.218 0.131 0.062 0.038 0.014 0.008 0.004 0.002 92 S 0.097 0.091 0.060 0.190 0.140 0.118 0.128 0.072 0.058 0.033 0.014 93 I 0.012 0.011 0.012 0.019 0.025 0.043 0.115 0.143 0.201 0.220 0.198 94 R 0.067 0.103 0.079 0.200 0.166 0.135 0.121 0.061 0.038 0.020 0.010 95 S 0.049 0.052 0.132 0.112 0.095 0.103 0.138 0.097 0.092 0.081 0.050 96 T 0.132 0.144 0.090 0.188 0.142 0.109 0.100 0.048 0.026 0.013 0.008 97 L 0.070 0.049 0.027 0.056 0.059 0.086 0.164 0.145 0.158 0.114 0.072 98 H 0.232 0.184 0.098 0.182 0.119 0.072 0.053 0.027 0.018 0.010 0.006