# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.2611 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.036 0.008 0.002 0.006 0.007 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.915 2 P 0.016 0.002 0.002 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.962 3 C 0.055 0.009 0.002 0.060 0.053 0.081 0.095 0.001 0.001 0.003 0.642 4 A 0.125 0.017 0.003 0.065 0.033 0.063 0.070 0.001 0.001 0.004 0.619 5 I 0.053 0.053 0.003 0.252 0.106 0.206 0.065 0.001 0.001 0.003 0.259 6 D 0.023 0.035 0.002 0.270 0.129 0.187 0.111 0.001 0.001 0.003 0.241 7 V 0.023 0.059 0.003 0.245 0.118 0.176 0.052 0.001 0.001 0.003 0.320 8 Y 0.011 0.063 0.002 0.228 0.208 0.354 0.035 0.001 0.001 0.002 0.095 9 K 0.018 0.073 0.002 0.127 0.148 0.282 0.063 0.003 0.001 0.004 0.279 10 I 0.042 0.087 0.004 0.102 0.182 0.256 0.036 0.004 0.001 0.003 0.285 11 M 0.030 0.074 0.005 0.069 0.142 0.324 0.053 0.005 0.001 0.006 0.293 12 E 0.048 0.062 0.006 0.060 0.119 0.187 0.078 0.008 0.001 0.006 0.426 13 K 0.147 0.045 0.011 0.036 0.063 0.089 0.062 0.011 0.001 0.008 0.528 14 V 0.116 0.055 0.023 0.063 0.091 0.146 0.077 0.008 0.001 0.007 0.414 15 D 0.041 0.021 0.012 0.052 0.076 0.144 0.081 0.005 0.001 0.006 0.562 16 Y 0.054 0.011 0.015 0.050 0.095 0.146 0.079 0.002 0.001 0.004 0.543 17 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.962 18 R 0.026 0.002 0.001 0.036 0.091 0.197 0.175 0.001 0.001 0.006 0.466 19 N 0.113 0.007 0.001 0.037 0.063 0.092 0.160 0.001 0.001 0.012 0.513 20 E 0.074 0.023 0.001 0.026 0.037 0.037 0.136 0.001 0.001 0.009 0.656 21 S 0.084 0.010 0.001 0.009 0.014 0.019 0.411 0.002 0.001 0.026 0.424 22 G 0.530 0.012 0.006 0.012 0.006 0.008 0.148 0.003 0.001 0.059 0.216 23 D 0.221 0.016 0.046 0.019 0.021 0.017 0.335 0.002 0.001 0.031 0.293 24 V 0.020 0.005 0.026 0.046 0.075 0.084 0.223 0.001 0.001 0.009 0.512 25 A 0.009 0.006 0.002 0.184 0.186 0.361 0.097 0.001 0.001 0.002 0.153 26 A 0.009 0.011 0.001 0.183 0.239 0.346 0.052 0.001 0.001 0.002 0.156 27 V 0.010 0.018 0.001 0.143 0.204 0.392 0.053 0.001 0.001 0.002 0.177 28 I 0.033 0.032 0.004 0.264 0.131 0.286 0.051 0.003 0.001 0.005 0.193 29 H 0.023 0.019 0.004 0.253 0.167 0.282 0.073 0.002 0.001 0.004 0.173 30 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.963 31 N 0.014 0.002 0.001 0.045 0.029 0.061 0.206 0.001 0.001 0.004 0.637 32 L 0.572 0.011 0.004 0.025 0.016 0.025 0.043 0.002 0.001 0.017 0.287 33 Q 0.115 0.098 0.002 0.049 0.050 0.052 0.187 0.004 0.001 0.005 0.437 34 D 0.113 0.037 0.003 0.036 0.021 0.036 0.094 0.002 0.001 0.006 0.652 35 Q 0.119 0.060 0.004 0.045 0.021 0.034 0.124 0.003 0.001 0.007 0.581 36 D 0.079 0.015 0.002 0.015 0.021 0.023 0.458 0.007 0.001 0.017 0.364 37 W 0.269 0.045 0.058 0.066 0.020 0.037 0.126 0.004 0.001 0.018 0.358 38 K 0.079 0.037 0.005 0.105 0.064 0.062 0.281 0.003 0.001 0.003 0.358 39 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 40 L 0.040 0.005 0.001 0.085 0.028 0.097 0.122 0.001 0.001 0.003 0.617 41 H 0.328 0.006 0.002 0.014 0.008 0.013 0.076 0.001 0.001 0.004 0.550 42 P 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.978 43 G 0.047 0.002 0.001 0.018 0.008 0.020 0.182 0.001 0.001 0.007 0.715 44 D 0.592 0.004 0.004 0.026 0.004 0.008 0.065 0.001 0.001 0.012 0.285 45 P 0.008 0.003 0.002 0.013 0.003 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.954 46 V 0.028 0.005 0.001 0.103 0.076 0.141 0.286 0.001 0.001 0.007 0.353 47 F 0.178 0.026 0.001 0.147 0.127 0.211 0.073 0.001 0.001 0.007 0.228 48 V 0.037 0.073 0.001 0.223 0.229 0.263 0.032 0.002 0.001 0.002 0.136 49 S 0.029 0.032 0.002 0.082 0.281 0.316 0.052 0.002 0.001 0.003 0.201 50 L 0.024 0.021 0.002 0.105 0.182 0.205 0.076 0.003 0.001 0.005 0.378 51 D 0.024 0.012 0.002 0.053 0.057 0.098 0.306 0.004 0.001 0.014 0.431 52 G 0.286 0.007 0.010 0.040 0.032 0.036 0.209 0.006 0.001 0.117 0.258 53 K 0.309 0.009 0.026 0.046 0.035 0.026 0.337 0.003 0.001 0.038 0.171 54 V 0.055 0.005 0.036 0.073 0.043 0.068 0.186 0.001 0.001 0.014 0.518 55 I 0.012 0.002 0.003 0.158 0.282 0.320 0.099 0.001 0.001 0.002 0.120 56 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.967 57 L 0.003 0.001 0.001 0.048 0.158 0.461 0.075 0.001 0.001 0.002 0.253 58 G 0.034 0.001 0.001 0.018 0.033 0.084 0.108 0.001 0.001 0.008 0.714 59 G 0.077 0.005 0.001 0.033 0.073 0.078 0.135 0.001 0.001 0.012 0.585 60 D 0.071 0.003 0.002 0.035 0.023 0.037 0.153 0.001 0.001 0.011 0.664 61 C 0.063 0.008 0.002 0.057 0.059 0.073 0.146 0.001 0.001 0.009 0.585 62 T 0.064 0.013 0.004 0.059 0.089 0.154 0.147 0.001 0.001 0.010 0.459 63 V 0.044 0.017 0.007 0.041 0.099 0.191 0.071 0.001 0.001 0.007 0.522 64 Y 0.027 0.014 0.003 0.112 0.192 0.347 0.070 0.001 0.001 0.004 0.230 65 P 0.005 0.003 0.002 0.020 0.024 0.045 0.014 0.001 0.001 0.001 0.885 66 V 0.013 0.009 0.002 0.192 0.207 0.302 0.055 0.001 0.001 0.003 0.217 67 F 0.028 0.031 0.002 0.166 0.133 0.267 0.067 0.001 0.001 0.004 0.301 68 V 0.011 0.082 0.001 0.230 0.165 0.377 0.042 0.001 0.001 0.002 0.089 69 N 0.020 0.139 0.002 0.098 0.085 0.185 0.094 0.002 0.001 0.004 0.370 70 E 0.053 0.246 0.003 0.038 0.040 0.079 0.159 0.004 0.001 0.010 0.366 71 A 0.088 0.353 0.013 0.031 0.051 0.087 0.172 0.011 0.001 0.015 0.178 72 A 0.071 0.540 0.018 0.032 0.046 0.046 0.083 0.008 0.001 0.007 0.147 73 Y 0.056 0.597 0.014 0.014 0.024 0.027 0.055 0.006 0.001 0.004 0.204 74 Y 0.064 0.595 0.018 0.010 0.017 0.030 0.042 0.004 0.001 0.003 0.217 75 E 0.019 0.564 0.008 0.014 0.018 0.035 0.047 0.005 0.001 0.002 0.289 76 K 0.032 0.523 0.005 0.012 0.016 0.036 0.059 0.015 0.001 0.007 0.294 77 K 0.068 0.681 0.009 0.006 0.005 0.014 0.039 0.009 0.001 0.004 0.165 78 E 0.044 0.764 0.003 0.006 0.007 0.007 0.015 0.014 0.001 0.001 0.139 79 A 0.025 0.880 0.004 0.005 0.007 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.062 80 F 0.015 0.907 0.003 0.003 0.006 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.042 81 A 0.024 0.898 0.002 0.004 0.007 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.042 82 K 0.055 0.835 0.005 0.005 0.007 0.010 0.006 0.012 0.001 0.001 0.064 83 T 0.062 0.710 0.030 0.008 0.017 0.026 0.021 0.016 0.001 0.002 0.109 84 T 0.043 0.568 0.027 0.039 0.046 0.062 0.025 0.024 0.001 0.003 0.164 85 K 0.068 0.323 0.022 0.032 0.033 0.065 0.056 0.025 0.001 0.008 0.368 86 L 0.128 0.350 0.038 0.054 0.075 0.083 0.056 0.020 0.001 0.005 0.191 87 T 0.115 0.377 0.019 0.061 0.044 0.068 0.045 0.019 0.001 0.005 0.247 88 L 0.052 0.255 0.035 0.134 0.115 0.140 0.050 0.010 0.001 0.005 0.204 89 N 0.052 0.134 0.011 0.065 0.079 0.120 0.105 0.009 0.001 0.005 0.422 90 A 0.046 0.093 0.025 0.090 0.055 0.110 0.059 0.004 0.001 0.006 0.512 91 K 0.022 0.081 0.005 0.064 0.052 0.103 0.174 0.003 0.001 0.007 0.490 92 S 0.102 0.086 0.006 0.029 0.041 0.059 0.171 0.005 0.001 0.015 0.486 93 I 0.127 0.305 0.007 0.040 0.050 0.084 0.097 0.007 0.001 0.008 0.275 94 R 0.086 0.321 0.007 0.035 0.051 0.101 0.092 0.008 0.001 0.010 0.288 95 S 0.092 0.384 0.009 0.016 0.037 0.051 0.057 0.008 0.001 0.004 0.341 96 T 0.140 0.374 0.007 0.014 0.031 0.045 0.045 0.016 0.001 0.005 0.323 97 L 0.167 0.321 0.024 0.016 0.040 0.048 0.068 0.015 0.001 0.008 0.295 98 H 0.090 0.211 0.023 0.018 0.035 0.062 0.117 0.010 0.001 0.008 0.425